MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132504

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012852	TCGCG	2	10	2524	2533	0 %	20 %	40 %	40 %	241258601
2	NC_012852	TCGTC	2	10	2632	2641	0 %	40 %	20 %	40 %	241258601
3	NC_012852	ACCGG	2	10	7111	7120	20 %	0 %	40 %	40 %	241258605
4	NC_012852	ATTGA	2	10	9089	9098	40 %	40 %	20 %	0 %	241258607
5	NC_012852	TCGTT	2	10	9378	9387	0 %	60 %	20 %	20 %	241258607
6	NC_012852	AGCAA	2	10	9754	9763	60 %	0 %	20 %	20 %	241258608
7	NC_012852	TCCGG	2	10	10277	10286	0 %	20 %	40 %	40 %	241258609
8	NC_012852	CGGCA	2	10	11650	11659	20 %	0 %	40 %	40 %	241258610
9	NC_012852	CGGTG	2	10	14231	14240	0 %	20 %	60 %	20 %	241258612
10	NC_012852	CGATC	2	10	20641	20650	20 %	20 %	20 %	40 %	241258621
11	NC_012852	GACCG	2	10	22113	22122	20 %	0 %	40 %	40 %	241258622
12	NC_012852	GCCCT	2	10	23573	23582	0 %	20 %	20 %	60 %	241258624
13	NC_012852	TGCCG	2	10	24260	24269	0 %	20 %	40 %	40 %	241258625
14	NC_012852	AGTCC	2	10	28617	28626	20 %	20 %	20 %	40 %	241258628
15	NC_012852	CCGGG	2	10	32139	32148	0 %	0 %	60 %	40 %	241258632
16	NC_012852	ACAGA	2	10	33251	33260	60 %	0 %	20 %	20 %	241258633
17	NC_012852	ATGTC	2	10	38322	38331	20 %	40 %	20 %	20 %	241258637
18	NC_012852	GCCGC	2	10	38673	38682	0 %	0 %	40 %	60 %	241258638
19	NC_012852	CCGAG	2	10	38949	38958	20 %	0 %	40 %	40 %	241258638
20	NC_012852	GCGAC	2	10	41909	41918	20 %	0 %	40 %	40 %	241258639
21	NC_012852	CTGGC	2	10	42766	42775	0 %	20 %	40 %	40 %	241258640
22	NC_012852	GCCCA	2	10	46483	46492	20 %	0 %	20 %	60 %	241258644
23	NC_012852	CAGAA	2	10	49023	49032	60 %	0 %	20 %	20 %	241258645
24	NC_012852	TCGCA	2	10	51110	51119	20 %	20 %	20 %	40 %	241258647
25	NC_012852	TCGGC	2	10	52481	52490	0 %	20 %	40 %	40 %	241258648
26	NC_012852	CCAGC	2	10	52562	52571	20 %	0 %	20 %	60 %	241258648
27	NC_012852	GCTTT	2	10	52936	52945	0 %	60 %	20 %	20 %	241258649
28	NC_012852	CGGCC	2	10	53186	53195	0 %	0 %	40 %	60 %	241258649
29	NC_012852	GAGTT	2	10	53328	53337	20 %	40 %	40 %	0 %	241258649
30	NC_012852	GCTGC	2	10	53369	53378	0 %	20 %	40 %	40 %	241258649
31	NC_012852	CGATG	2	10	53937	53946	20 %	20 %	40 %	20 %	241258650
32	NC_012852	TGGAT	2	10	57874	57883	20 %	40 %	40 %	0 %	241258652
33	NC_012852	GCCGC	2	10	60214	60223	0 %	0 %	40 %	60 %	241258654
34	NC_012852	AGCGC	2	10	60824	60833	20 %	0 %	40 %	40 %	241258654
35	NC_012852	GAACG	2	10	61678	61687	40 %	0 %	40 %	20 %	241258655
36	NC_012852	CGAGC	2	10	63362	63371	20 %	0 %	40 %	40 %	241258658
37	NC_012852	AGCGC	2	10	63516	63525	20 %	0 %	40 %	40 %	241258658
38	NC_012852	AATGG	2	10	63961	63970	40 %	20 %	40 %	0 %	241258658
39	NC_012852	TCGCC	2	10	66905	66914	0 %	20 %	20 %	60 %	241258661
40	NC_012852	TCGCG	2	10	68518	68527	0 %	20 %	40 %	40 %	241258661
41	NC_012852	GCCCG	2	10	69914	69923	0 %	0 %	40 %	60 %	241258662
42	NC_012852	GACCT	2	10	76375	76384	20 %	20 %	20 %	40 %	241258666
43	NC_012852	CCGGG	2	10	77320	77329	0 %	0 %	60 %	40 %	241258667
44	NC_012852	TATCG	2	10	77834	77843	20 %	40 %	20 %	20 %	241258668
45	NC_012852	TTCCA	2	10	77936	77945	20 %	40 %	0 %	40 %	241258668
46	NC_012852	GCCTC	2	10	79015	79024	0 %	20 %	20 %	60 %	241258669
47	NC_012852	CGATC	2	10	79967	79976	20 %	20 %	20 %	40 %	241258670
48	NC_012852	CCGAT	2	10	82388	82397	20 %	20 %	20 %	40 %	241258674
49	NC_012852	CCCTG	2	10	86940	86949	0 %	20 %	20 %	60 %	241258676
50	NC_012852	CGATG	2	10	90368	90377	20 %	20 %	40 %	20 %	241258679
51	NC_012852	GCCTG	2	10	90517	90526	0 %	20 %	40 %	40 %	241258679
52	NC_012852	GCAGG	2	10	90632	90641	20 %	0 %	60 %	20 %	241258679
53	NC_012852	AGGGG	3	15	90821	90835	20 %	0 %	80 %	0 %	241258680
54	NC_012852	ACCAG	2	10	92557	92566	40 %	0 %	20 %	40 %	241258682
55	NC_012852	GATCG	2	10	92867	92876	20 %	20 %	40 %	20 %	241258682
56	NC_012852	GGTCG	2	10	98146	98155	0 %	20 %	60 %	20 %	241258686
57	NC_012852	TTGCA	2	10	101894	101903	20 %	40 %	20 %	20 %	241258689
58	NC_012852	GGCCG	2	10	110681	110690	0 %	0 %	60 %	40 %	241258698
59	NC_012852	TCCAT	2	10	111509	111518	20 %	40 %	0 %	40 %	241258699
60	NC_012852	GGCGT	2	10	113940	113949	0 %	20 %	60 %	20 %	241258701
61	NC_012852	TTACG	2	10	120196	120205	20 %	40 %	20 %	20 %	241258708
62	NC_012852	TCCGG	2	10	120759	120768	0 %	20 %	40 %	40 %	241258708
63	NC_012852	TCGGT	2	10	128593	128602	0 %	40 %	40 %	20 %	241258714
64	NC_012852	CTTCG	2	10	128759	128768	0 %	40 %	20 %	40 %	241258714
65	NC_012852	ATCCG	2	10	129678	129687	20 %	20 %	20 %	40 %	241258715
66	NC_012852	TCGCG	2	10	131622	131631	0 %	20 %	40 %	40 %	241258717
67	NC_012852	AGCGA	2	10	131779	131788	40 %	0 %	40 %	20 %	241258717
68	NC_012852	CCTCG	2	10	132073	132082	0 %	20 %	20 %	60 %	241258718
69	NC_012852	GCGCC	2	10	133677	133686	0 %	0 %	40 %	60 %	241258719
70	NC_012852	GATGC	2	10	135857	135866	20 %	20 %	40 %	20 %	241258720
71	NC_012852	TGCTC	2	10	139047	139056	0 %	40 %	20 %	40 %	241258723
72	NC_012852	TGGCC	2	10	139375	139384	0 %	20 %	40 %	40 %	241258723
73	NC_012852	TGCCG	2	10	139441	139450	0 %	20 %	40 %	40 %	241258723
74	NC_012852	CACCT	2	10	140291	140300	20 %	20 %	0 %	60 %	241258724
75	NC_012852	CCCGG	2	10	142430	142439	0 %	0 %	40 %	60 %	241258727
76	NC_012852	TCGAT	2	10	142497	142506	20 %	40 %	20 %	20 %	241258727
77	NC_012852	CGGTT	2	10	144094	144103	0 %	40 %	40 %	20 %	241258727
78	NC_012852	CGAGC	2	10	144193	144202	20 %	0 %	40 %	40 %	241258727
79	NC_012852	CCGGC	2	10	144523	144532	0 %	0 %	40 %	60 %	241258727
80	NC_012852	AATGA	2	10	146509	146518	60 %	20 %	20 %	0 %	241258728
81	NC_012852	CATGT	2	10	147632	147641	20 %	40 %	20 %	20 %	241258730
82	NC_012852	AGGCG	2	10	148872	148881	20 %	0 %	60 %	20 %	241258731
83	NC_012852	GAAAT	2	10	153796	153805	60 %	20 %	20 %	0 %	241258735
84	NC_012852	AAGGC	2	10	156371	156380	40 %	0 %	40 %	20 %	241258738
85	NC_012852	CGATC	2	10	157404	157413	20 %	20 %	20 %	40 %	241258738
86	NC_012852	CCATG	2	10	162886	162895	20 %	20 %	20 %	40 %	241258743
87	NC_012852	CAAAC	2	10	165855	165864	60 %	0 %	0 %	40 %	241258745
88	NC_012852	TCCGA	2	10	168886	168895	20 %	20 %	20 %	40 %	241258747
89	NC_012852	GAAGG	2	10	169990	169999	40 %	0 %	60 %	0 %	241258748
90	NC_012852	GATCT	2	10	170595	170604	20 %	40 %	20 %	20 %	241258749
91	NC_012852	GGTGC	2	10	172527	172536	0 %	20 %	60 %	20 %	241258750
92	NC_012852	CGGCG	2	10	172594	172603	0 %	0 %	60 %	40 %	241258750
93	NC_012852	TCAGC	2	10	172813	172822	20 %	20 %	20 %	40 %	241258751
94	NC_012852	CATGA	2	10	173237	173246	40 %	20 %	20 %	20 %	241258751
95	NC_012852	TTCTT	2	10	174956	174965	0 %	80 %	0 %	20 %	241258753
96	NC_012852	AGGTG	2	10	175206	175215	20 %	20 %	60 %	0 %	241258753
97	NC_012852	TCGTC	2	10	176470	176479	0 %	40 %	20 %	40 %	241258754
98	NC_012852	GCGCC	2	10	178713	178722	0 %	0 %	40 %	60 %	241258756
99	NC_012852	CGGCG	2	10	179454	179463	0 %	0 %	60 %	40 %	241258757
100	NC_012852	GCACT	2	10	185023	185032	20 %	20 %	20 %	40 %	241258762
101	NC_012852	GCGCC	2	10	186077	186086	0 %	0 %	40 %	60 %	241258763
102	NC_012852	GCGCC	2	10	186212	186221	0 %	0 %	40 %	60 %	241258764
103	NC_012852	GGCGC	2	10	189326	189335	0 %	0 %	60 %	40 %	241258766
104	NC_012852	GTCCG	2	10	190142	190151	0 %	20 %	40 %	40 %	241258767
105	NC_012852	GCGAC	2	10	190375	190384	20 %	0 %	40 %	40 %	241258767
106	NC_012852	GCACC	2	10	192140	192149	20 %	0 %	20 %	60 %	241258768
107	NC_012852	GATCT	2	10	197495	197504	20 %	40 %	20 %	20 %	241258772
108	NC_012852	GATTT	2	10	197734	197743	20 %	60 %	20 %	0 %	241258773
109	NC_012852	GCCTT	2	10	198937	198946	0 %	40 %	20 %	40 %	241258774
110	NC_012852	CATCG	2	10	199895	199904	20 %	20 %	20 %	40 %	241258775
111	NC_012852	GCGCC	2	10	199910	199919	0 %	0 %	40 %	60 %	241258775
112	NC_012852	GGGCA	2	10	199959	199968	20 %	0 %	60 %	20 %	241258775
113	NC_012852	GCGCT	2	10	200732	200741	0 %	20 %	40 %	40 %	241258776
114	NC_012852	TGACG	2	10	201441	201450	20 %	20 %	40 %	20 %	241258777
115	NC_012852	CCTGA	2	10	208576	208585	20 %	20 %	20 %	40 %	241258783
116	NC_012852	ATTCC	2	10	210153	210162	20 %	40 %	0 %	40 %	241258785
117	NC_012852	GCGTC	2	10	210328	210337	0 %	20 %	40 %	40 %	241258785
118	NC_012852	CGAGG	2	10	211193	211202	20 %	0 %	60 %	20 %	241258786
119	NC_012852	CCGCG	2	10	211758	211767	0 %	0 %	40 %	60 %	241258786
120	NC_012852	AGGGC	2	10	213067	213076	20 %	0 %	60 %	20 %	241258788
121	NC_012852	CGGCG	2	10	213287	213296	0 %	0 %	60 %	40 %	241258788
122	NC_012852	TCGGC	2	10	215757	215766	0 %	20 %	40 %	40 %	241258791
123	NC_012852	GCTCG	2	10	216102	216111	0 %	20 %	40 %	40 %	241258792
124	NC_012852	CCGGC	2	10	216899	216908	0 %	0 %	40 %	60 %	241258793
125	NC_012852	GCCGG	2	10	218468	218477	0 %	0 %	60 %	40 %	241258795
126	NC_012852	CGGTG	2	10	220348	220357	0 %	20 %	60 %	20 %	241258797
127	NC_012852	GCCTA	2	10	220563	220572	20 %	20 %	20 %	40 %	241258797
128	NC_012852	AGCGC	2	10	221717	221726	20 %	0 %	40 %	40 %	241258798
129	NC_012852	ACAGC	2	10	223566	223575	40 %	0 %	20 %	40 %	241258800
130	NC_012852	GAGGC	2	10	224478	224487	20 %	0 %	60 %	20 %	241258801
131	NC_012852	AGGGG	2	10	226240	226249	20 %	0 %	80 %	0 %	241258802
132	NC_012852	GGCGC	2	10	228439	228448	0 %	0 %	60 %	40 %	241258804
133	NC_012852	CGCGG	2	10	229803	229812	0 %	0 %	60 %	40 %	241258806
134	NC_012852	TGCGC	2	10	231487	231496	0 %	20 %	40 %	40 %	241258808
135	NC_012852	ATCGG	2	10	232568	232577	20 %	20 %	40 %	20 %	241258810
136	NC_012852	TCGCG	2	10	236032	236041	0 %	20 %	40 %	40 %	241258813
137	NC_012852	GATCG	2	10	236189	236198	20 %	20 %	40 %	20 %	241258813
138	NC_012852	GGCAA	2	10	243785	243794	40 %	0 %	40 %	20 %	241258821
139	NC_012852	TCGCC	2	10	246521	246530	0 %	20 %	20 %	60 %	241258824
140	NC_012852	AAAGC	2	10	252320	252329	60 %	0 %	20 %	20 %	241258829
141	NC_012852	CGAGC	2	10	254013	254022	20 %	0 %	40 %	40 %	241258831
142	NC_012852	GCTGC	2	10	256433	256442	0 %	20 %	40 %	40 %	241258832
143	NC_012852	TCAGC	2	10	256666	256675	20 %	20 %	20 %	40 %	241258832
144	NC_012852	TCGCT	2	10	257889	257898	0 %	40 %	20 %	40 %	241258834
145	NC_012852	GCCGC	2	10	258218	258227	0 %	0 %	40 %	60 %	241258834
146	NC_012852	CCGTT	2	10	260043	260052	0 %	40 %	20 %	40 %	241258835
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148	NC_012852	GCCGT	2	10	266779	266788	0 %	20 %	40 %	40 %	241258837
149	NC_012852	ACCAC	2	10	267226	267235	40 %	0 %	0 %	60 %	241258837
150	NC_012852	ACATC	2	10	267323	267332	40 %	20 %	0 %	40 %	241258837
151	NC_012852	CCGAA	2	10	267758	267767	40 %	0 %	20 %	40 %	241258837
152	NC_012852	GACCA	2	10	268820	268829	40 %	0 %	20 %	40 %	241258837
153	NC_012852	GGTCT	2	10	269127	269136	0 %	40 %	40 %	20 %	241258837
154	NC_012852	CCACC	2	10	270365	270374	20 %	0 %	0 %	80 %	241258837
155	NC_012852	TATCG	2	10	271218	271227	20 %	40 %	20 %	20 %	241258838
156	NC_012852	TTCCG	2	10	271622	271631	0 %	40 %	20 %	40 %	241258838
157	NC_012852	GCGAA	2	10	272194	272203	40 %	0 %	40 %	20 %	241258838
158	NC_012852	GCGAA	2	10	272353	272362	40 %	0 %	40 %	20 %	241258838
159	NC_012852	CTATT	2	10	273755	273764	20 %	60 %	0 %	20 %	241258839
160	NC_012852	TGGCA	2	10	273924	273933	20 %	20 %	40 %	20 %	241258839
161	NC_012852	CGCTG	2	10	274822	274831	0 %	20 %	40 %	40 %	241258840
162	NC_012852	TGCGC	2	10	275087	275096	0 %	20 %	40 %	40 %	241258840
163	NC_012852	CATGC	2	10	275235	275244	20 %	20 %	20 %	40 %	241258840
164	NC_012852	AGCGC	2	10	276343	276352	20 %	0 %	40 %	40 %	241258841
165	NC_012852	GGGAT	2	10	277737	277746	20 %	20 %	60 %	0 %	241258843
166	NC_012852	CGAGG	2	10	278591	278600	20 %	0 %	60 %	20 %	241258843
167	NC_012852	ATGCG	2	10	278673	278682	20 %	20 %	40 %	20 %	241258843
168	NC_012852	TCATT	2	10	279705	279714	20 %	60 %	0 %	20 %	241258844
169	NC_012852	CCCTG	2	10	282452	282461	0 %	20 %	20 %	60 %	241258847
170	NC_012852	GCGAC	2	10	283320	283329	20 %	0 %	40 %	40 %	241258847
171	NC_012852	AGGAC	2	10	285894	285903	40 %	0 %	40 %	20 %	241258849
172	NC_012852	GGCGC	3	15	293971	293985	0 %	0 %	60 %	40 %	241258855
173	NC_012852	GCTCG	2	10	304061	304070	0 %	20 %	40 %	40 %	241258860
174	NC_012852	CTCAC	2	10	304266	304275	20 %	20 %	0 %	60 %	241258860
175	NC_012852	CCTGT	2	10	304572	304581	0 %	40 %	20 %	40 %	241258860
176	NC_012852	CCGAC	2	10	313889	313898	20 %	0 %	20 %	60 %	241258868
177	NC_012852	GTCCC	2	10	315082	315091	0 %	20 %	20 %	60 %	241258870
178	NC_012852	CTTCG	2	10	315204	315213	0 %	40 %	20 %	40 %	241258870
179	NC_012852	CGTTC	2	10	317894	317903	0 %	40 %	20 %	40 %	241258872
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181	NC_012852	CAGCG	2	10	324294	324303	20 %	0 %	40 %	40 %	241258878
182	NC_012852	ATGGC	2	10	324666	324675	20 %	20 %	40 %	20 %	241258878
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187	NC_012852	TCGCC	2	10	332859	332868	0 %	20 %	20 %	60 %	241258886
188	NC_012852	CCGGG	2	10	333764	333773	0 %	0 %	60 %	40 %	241258887
189	NC_012852	GGCCG	2	10	334134	334143	0 %	0 %	60 %	40 %	241258887
190	NC_012852	GATCG	2	10	336022	336031	20 %	20 %	40 %	20 %	241258889
191	NC_012852	TGGCG	2	10	338340	338349	0 %	20 %	60 %	20 %	241258891
192	NC_012852	CGCAT	2	10	340138	340147	20 %	20 %	20 %	40 %	241258892
193	NC_012852	GGCAA	2	10	342746	342755	40 %	0 %	40 %	20 %	241258894
194	NC_012852	GCGCT	2	10	343978	343987	0 %	20 %	40 %	40 %	241258897
195	NC_012852	GGCGA	2	10	348744	348753	20 %	0 %	60 %	20 %	241258903
196	NC_012852	AAGCC	2	10	348906	348915	40 %	0 %	20 %	40 %	241258903

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.