MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhodococcus opacus B4 plasmid pROB01

Total Repeats: 437

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012520	GGCCG	2	10	982	991	0 %	0 %	60 %	40 %	226349238
2	NC_012520	CCGCG	2	10	1756	1765	0 %	0 %	40 %	60 %	226349239
3	NC_012520	AGGTC	2	10	2686	2695	20 %	20 %	40 %	20 %	226349240
4	NC_012520	CGCAC	2	10	2967	2976	20 %	0 %	20 %	60 %	226349240
5	NC_012520	GATCG	2	10	3062	3071	20 %	20 %	40 %	20 %	226349240
6	NC_012520	GCGTT	2	10	3719	3728	0 %	40 %	40 %	20 %	226349242
7	NC_012520	TGTTC	2	10	7783	7792	0 %	60 %	20 %	20 %	226349246
8	NC_012520	CTTCG	2	10	8180	8189	0 %	40 %	20 %	40 %	226349246
9	NC_012520	GCTGT	2	10	13144	13153	0 %	40 %	40 %	20 %	226349247
10	NC_012520	GGGTC	2	10	14067	14076	0 %	20 %	60 %	20 %	226349248
11	NC_012520	GATCG	2	10	19801	19810	20 %	20 %	40 %	20 %	226349253
12	NC_012520	ACCGA	2	10	20054	20063	40 %	0 %	20 %	40 %	226349253
13	NC_012520	GCGAG	2	10	21693	21702	20 %	0 %	60 %	20 %	226349253
14	NC_012520	GCGGG	2	10	21951	21960	0 %	0 %	80 %	20 %	226349254
15	NC_012520	CCGAC	2	10	23479	23488	20 %	0 %	20 %	60 %	226349256
16	NC_012520	CGTCG	2	10	23947	23956	0 %	20 %	40 %	40 %	226349257
17	NC_012520	CCATC	2	10	24172	24181	20 %	20 %	0 %	60 %	226349257
18	NC_012520	GCCGA	2	10	24986	24995	20 %	0 %	40 %	40 %	226349258
19	NC_012520	CCACC	2	10	25548	25557	20 %	0 %	0 %	80 %	226349259
20	NC_012520	CTCCG	2	10	25700	25709	0 %	20 %	20 %	60 %	226349259
21	NC_012520	CTCGA	2	10	26099	26108	20 %	20 %	20 %	40 %	226349260
22	NC_012520	CCGCG	2	10	28398	28407	0 %	0 %	40 %	60 %	226349261
23	NC_012520	ATCGA	2	10	29161	29170	40 %	20 %	20 %	20 %	226349261
24	NC_012520	TCCTC	2	10	30113	30122	0 %	40 %	0 %	60 %	226349261
25	NC_012520	TTCGA	2	10	36355	36364	20 %	40 %	20 %	20 %	226349266
26	NC_012520	GGCGA	2	10	36753	36762	20 %	0 %	60 %	20 %	226349266
27	NC_012520	CCGTG	2	10	41677	41686	0 %	20 %	40 %	40 %	226349270
28	NC_012520	CCGGA	2	10	42515	42524	20 %	0 %	40 %	40 %	226349270
29	NC_012520	GTGGG	2	10	43355	43364	0 %	20 %	80 %	0 %	226349271
30	NC_012520	TCGAG	2	10	44330	44339	20 %	20 %	40 %	20 %	226349271
31	NC_012520	CCGGG	2	10	44439	44448	0 %	0 %	60 %	40 %	226349271
32	NC_012520	CTGGC	2	10	45058	45067	0 %	20 %	40 %	40 %	226349271
33	NC_012520	CCCGT	2	10	45630	45639	0 %	20 %	20 %	60 %	226349272
34	NC_012520	TGCGC	2	10	45661	45670	0 %	20 %	40 %	40 %	226349272
35	NC_012520	CCCGA	2	10	45712	45721	20 %	0 %	20 %	60 %	226349272
36	NC_012520	CCCGG	2	10	45971	45980	0 %	0 %	40 %	60 %	226349272
37	NC_012520	CCGGC	2	10	46286	46295	0 %	0 %	40 %	60 %	226349272
38	NC_012520	CTTCA	2	10	47199	47208	20 %	40 %	0 %	40 %	226349273
39	NC_012520	CGACA	2	10	48674	48683	40 %	0 %	20 %	40 %	226349275
40	NC_012520	TCGAC	2	10	48692	48701	20 %	20 %	20 %	40 %	226349275
41	NC_012520	TGCCA	2	10	49788	49797	20 %	20 %	20 %	40 %	226349276
42	NC_012520	CGACG	2	10	51387	51396	20 %	0 %	40 %	40 %	226349279
43	NC_012520	CGTCG	2	10	51549	51558	0 %	20 %	40 %	40 %	226349279
44	NC_012520	TCGCC	2	10	52757	52766	0 %	20 %	20 %	60 %	226349279
45	NC_012520	CGAAC	2	10	53847	53856	40 %	0 %	20 %	40 %	226349281
46	NC_012520	TCCGG	2	10	55656	55665	0 %	20 %	40 %	40 %	226349283
47	NC_012520	CACGG	2	10	56494	56503	20 %	0 %	40 %	40 %	226349283
48	NC_012520	AGGTC	2	10	56727	56736	20 %	20 %	40 %	20 %	226349284
49	NC_012520	CGCAC	2	10	57008	57017	20 %	0 %	20 %	60 %	226349284
50	NC_012520	GATCG	2	10	57103	57112	20 %	20 %	40 %	20 %	226349284
51	NC_012520	CCTCC	2	10	60880	60889	0 %	20 %	0 %	80 %	226349288
52	NC_012520	GATGC	2	10	61424	61433	20 %	20 %	40 %	20 %	226349289
53	NC_012520	GCACG	2	10	69210	69219	20 %	0 %	40 %	40 %	226349297
54	NC_012520	CGCAT	2	10	70743	70752	20 %	20 %	20 %	40 %	226349298
55	NC_012520	CGGGT	2	10	74207	74216	0 %	20 %	60 %	20 %	226349302
56	NC_012520	GCTGA	2	10	74225	74234	20 %	20 %	40 %	20 %	226349302
57	NC_012520	GTCGG	2	10	75641	75650	0 %	20 %	60 %	20 %	226349303
58	NC_012520	GTGCC	2	10	75651	75660	0 %	20 %	40 %	40 %	226349303
59	NC_012520	ACCCG	2	10	77087	77096	20 %	0 %	20 %	60 %	226349303
60	NC_012520	GGTCG	2	10	78376	78385	0 %	20 %	60 %	20 %	226349305
61	NC_012520	ACCGA	2	10	79116	79125	40 %	0 %	20 %	40 %	226349306
62	NC_012520	GAGCG	2	10	82625	82634	20 %	0 %	60 %	20 %	226349308
63	NC_012520	TCCGG	2	10	82844	82853	0 %	20 %	40 %	40 %	226349309
64	NC_012520	GTGTG	2	10	82930	82939	0 %	40 %	60 %	0 %	226349309
65	NC_012520	GTCCT	2	10	84861	84870	0 %	40 %	20 %	40 %	226349311
66	NC_012520	GGGTC	2	10	88098	88107	0 %	20 %	60 %	20 %	226349315
67	NC_012520	TCGGG	2	10	88448	88457	0 %	20 %	60 %	20 %	226349316
68	NC_012520	GTTCG	2	10	89944	89953	0 %	40 %	40 %	20 %	226349317
69	NC_012520	TGTGG	2	10	90257	90266	0 %	40 %	60 %	0 %	226349318
70	NC_012520	CGGCC	2	10	90629	90638	0 %	0 %	40 %	60 %	226349318
71	NC_012520	ATCGG	2	10	92111	92120	20 %	20 %	40 %	20 %	226349320
72	NC_012520	CGAGT	2	10	92360	92369	20 %	20 %	40 %	20 %	226349321
73	NC_012520	ACCCG	2	10	92904	92913	20 %	0 %	20 %	60 %	226349321
74	NC_012520	GAGCC	2	10	94779	94788	20 %	0 %	40 %	40 %	226349325
75	NC_012520	TCGCG	2	10	95364	95373	0 %	20 %	40 %	40 %	226349326
76	NC_012520	CTCGG	2	10	96105	96114	0 %	20 %	40 %	40 %	226349328
77	NC_012520	ACCTC	2	10	99478	99487	20 %	20 %	0 %	60 %	226349334
78	NC_012520	GCGGG	2	10	100674	100683	0 %	0 %	80 %	20 %	226349335
79	NC_012520	CGTGG	2	10	101578	101587	0 %	20 %	60 %	20 %	226349336
80	NC_012520	GGCGG	2	10	101632	101641	0 %	0 %	80 %	20 %	226349336
81	NC_012520	CGCGG	2	10	101667	101676	0 %	0 %	60 %	40 %	226349336
82	NC_012520	CGATG	2	10	103005	103014	20 %	20 %	40 %	20 %	226349338
83	NC_012520	TCCGA	2	10	103689	103698	20 %	20 %	20 %	40 %	226349339
84	NC_012520	AGGTG	2	10	103972	103981	20 %	20 %	60 %	0 %	226349339
85	NC_012520	ACCGC	2	10	104689	104698	20 %	0 %	20 %	60 %	226349339
86	NC_012520	CCAGC	2	10	104961	104970	20 %	0 %	20 %	60 %	226349340
87	NC_012520	CGATG	2	10	105167	105176	20 %	20 %	40 %	20 %	226349340
88	NC_012520	CCGGT	2	10	108141	108150	0 %	20 %	40 %	40 %	226349343
89	NC_012520	GTGCG	2	10	108919	108928	0 %	20 %	60 %	20 %	226349344
90	NC_012520	GATCG	2	10	110734	110743	20 %	20 %	40 %	20 %	226349347
91	NC_012520	CCCGA	2	10	115736	115745	20 %	0 %	20 %	60 %	226349351
92	NC_012520	GACCG	2	10	116936	116945	20 %	0 %	40 %	40 %	226349351
93	NC_012520	CCGAC	2	10	117038	117047	20 %	0 %	20 %	60 %	226349351
94	NC_012520	CGGGT	2	10	117521	117530	0 %	20 %	60 %	20 %	226349352
95	NC_012520	GGCGC	2	10	118147	118156	0 %	0 %	60 %	40 %	226349352
96	NC_012520	CGCAC	2	10	118265	118274	20 %	0 %	20 %	60 %	226349353
97	NC_012520	GACCT	2	10	118765	118774	20 %	20 %	20 %	40 %	226349353
98	NC_012520	GACGG	2	10	120631	120640	20 %	0 %	60 %	20 %	226349354
99	NC_012520	CTCGG	2	10	121335	121344	0 %	20 %	40 %	40 %	226349355
100	NC_012520	CGGCG	2	10	123210	123219	0 %	0 %	60 %	40 %	226349358
101	NC_012520	CGGTG	2	10	124358	124367	0 %	20 %	60 %	20 %	226349359
102	NC_012520	CGGTG	2	10	124443	124452	0 %	20 %	60 %	20 %	226349359
103	NC_012520	GGCGT	2	10	126539	126548	0 %	20 %	60 %	20 %	226349363
104	NC_012520	CGGGC	2	10	130644	130653	0 %	0 %	60 %	40 %	226349367
105	NC_012520	CCGCA	2	10	131724	131733	20 %	0 %	20 %	60 %	226349368
106	NC_012520	GACAC	2	10	131992	132001	40 %	0 %	20 %	40 %	226349368
107	NC_012520	CGGTC	2	10	133337	133346	0 %	20 %	40 %	40 %	226349369
108	NC_012520	CCGGG	2	10	133609	133618	0 %	0 %	60 %	40 %	226349369
109	NC_012520	GGTCG	2	10	134875	134884	0 %	20 %	60 %	20 %	226349370
110	NC_012520	GCCGC	2	10	136581	136590	0 %	0 %	40 %	60 %	226349373
111	NC_012520	TCCGA	2	10	136973	136982	20 %	20 %	20 %	40 %	226349373
112	NC_012520	CTCGA	2	10	138600	138609	20 %	20 %	20 %	40 %	226349374
113	NC_012520	TCTGC	2	10	139539	139548	0 %	40 %	20 %	40 %	226349376
114	NC_012520	TGAAG	2	10	141447	141456	40 %	20 %	40 %	0 %	226349377
115	NC_012520	GCCGG	2	10	142360	142369	0 %	0 %	60 %	40 %	226349379
116	NC_012520	CCGGG	2	10	142675	142684	0 %	0 %	60 %	40 %	226349379
117	NC_012520	GTCGG	2	10	142933	142942	0 %	20 %	60 %	20 %	226349379
118	NC_012520	GCGCA	2	10	142985	142994	20 %	0 %	40 %	40 %	226349379
119	NC_012520	GACGG	2	10	143015	143024	20 %	0 %	60 %	20 %	226349379
120	NC_012520	GCCAG	2	10	143588	143597	20 %	0 %	40 %	40 %	226349380
121	NC_012520	CCCGG	2	10	144207	144216	0 %	0 %	40 %	60 %	226349380
122	NC_012520	CCCAC	2	10	145291	145300	20 %	0 %	0 %	80 %	226349380
123	NC_012520	CCGTG	2	10	145581	145590	0 %	20 %	40 %	40 %	226349381
124	NC_012520	CCGGA	2	10	146419	146428	20 %	0 %	40 %	40 %	226349382
125	NC_012520	CCGCG	2	10	150179	150188	0 %	0 %	40 %	60 %	226349389
126	NC_012520	TCGGG	2	10	153385	153394	0 %	20 %	60 %	20 %	226349393
127	NC_012520	CGCTC	2	10	154742	154751	0 %	20 %	20 %	60 %	226349394
128	NC_012520	CGATC	2	10	155932	155941	20 %	20 %	20 %	40 %	226349397
129	NC_012520	CGGAT	2	10	156073	156082	20 %	20 %	40 %	20 %	226349397
130	NC_012520	TGCGA	2	10	157704	157713	20 %	20 %	40 %	20 %	226349399
131	NC_012520	CAGGC	2	10	159819	159828	20 %	0 %	40 %	40 %	226349402
132	NC_012520	TCCGG	2	10	163077	163086	0 %	20 %	40 %	40 %	226349406
133	NC_012520	CACGG	2	10	163915	163924	20 %	0 %	40 %	40 %	226349406
134	NC_012520	GCCGG	2	10	164561	164570	0 %	0 %	60 %	40 %	226349408
135	NC_012520	CCGGG	2	10	164876	164885	0 %	0 %	60 %	40 %	226349408
136	NC_012520	GTCGG	2	10	165134	165143	0 %	20 %	60 %	20 %	226349408
137	NC_012520	GCGCA	2	10	165186	165195	20 %	0 %	40 %	40 %	226349408
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139	NC_012520	GCCAG	2	10	165789	165798	20 %	0 %	40 %	40 %	226349409
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149	NC_012520	CCGCT	2	10	177842	177851	0 %	20 %	20 %	60 %	226349423
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151	NC_012520	CGGTG	2	10	178726	178735	0 %	20 %	60 %	20 %	226349424
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187	NC_012520	GGACC	2	10	239207	239216	20 %	0 %	40 %	40 %	226349489
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199	NC_012520	GTCCG	2	10	254927	254936	0 %	20 %	40 %	40 %	226349504
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234	NC_012520	TCAGG	2	10	284539	284548	20 %	20 %	40 %	20 %	226349531
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250	NC_012520	GCCAC	2	10	306046	306055	20 %	0 %	20 %	60 %	226349554
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252	NC_012520	CGCGG	2	10	307348	307357	0 %	0 %	60 %	40 %	226349555
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254	NC_012520	TGCGA	2	10	309643	309652	20 %	20 %	40 %	20 %	226349557
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261	NC_012520	CGTTG	2	10	318976	318985	0 %	40 %	40 %	20 %	226349568
262	NC_012520	CAGGG	2	10	319487	319496	20 %	0 %	60 %	20 %	226349568
263	NC_012520	CATCG	2	10	321132	321141	20 %	20 %	20 %	40 %	226349570
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266	NC_012520	CACCG	2	10	323926	323935	20 %	0 %	20 %	60 %	226349573
267	NC_012520	CGGCG	2	10	324145	324154	0 %	0 %	60 %	40 %	226349573
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280	NC_012520	CATCG	2	10	339113	339122	20 %	20 %	20 %	40 %	226349588
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394	NC_012520	CGTGC	2	10	491535	491544	0 %	20 %	40 %	40 %	226349757
395	NC_012520	GGCGG	2	10	491808	491817	0 %	0 %	80 %	20 %	226349757
396	NC_012520	GGGCG	2	10	492085	492094	0 %	0 %	80 %	20 %	226349758
397	NC_012520	TCGTC	2	10	493976	493985	0 %	40 %	20 %	40 %	226349760
398	NC_012520	CGGAC	2	10	494318	494327	20 %	0 %	40 %	40 %	226349760
399	NC_012520	ACGCC	2	10	496915	496924	20 %	0 %	20 %	60 %	226349763
400	NC_012520	TCGAC	2	10	497925	497934	20 %	20 %	20 %	40 %	226349765
401	NC_012520	TGCAC	2	10	499771	499780	20 %	20 %	20 %	40 %	226349768
402	NC_012520	CGGCC	2	10	501240	501249	0 %	0 %	40 %	60 %	226349771
403	NC_012520	CCAGC	2	10	506499	506508	20 %	0 %	20 %	60 %	226349777
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408	NC_012520	CGTCG	2	10	513440	513449	0 %	20 %	40 %	40 %	226349783
409	NC_012520	CCACG	2	10	513482	513491	20 %	0 %	20 %	60 %	226349783
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414	NC_012520	CGGCT	2	10	518657	518666	0 %	20 %	40 %	40 %	226349786
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420	NC_012520	CGGGG	2	10	529337	529346	0 %	0 %	80 %	20 %	226349801
421	NC_012520	GTCCT	2	10	532035	532044	0 %	40 %	20 %	40 %	226349804
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426	NC_012520	CGACG	2	10	533401	533410	20 %	0 %	40 %	40 %	226349806
427	NC_012520	AGGCG	2	10	535498	535507	20 %	0 %	60 %	20 %	226349808
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430	NC_012520	CGTTG	2	10	546382	546391	0 %	40 %	40 %	20 %	226349817
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432	NC_012520	ACTCA	2	10	548676	548685	40 %	20 %	0 %	40 %	226349819
433	NC_012520	CTCGC	2	10	548805	548814	0 %	20 %	20 %	60 %	226349819
434	NC_012520	GTCGC	2	10	550426	550435	0 %	20 %	40 %	40 %	226349820
435	NC_012520	CGAAG	2	10	553399	553408	40 %	0 %	40 %	20 %	226349823
436	NC_012520	GTGGC	2	10	556187	556196	0 %	20 %	60 %	20 %	226349827
437	NC_012520	CGGTG	2	10	556890	556899	0 %	20 %	60 %	20 %	226349828

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.