MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CIAT 652 plasmid pA

Total Repeats: 251

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010998	AGAGCG	2	12	1485	1496	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190895319
2	NC_010998	CGGCGA	2	12	4894	4905	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895324
3	NC_010998	ACGGCG	2	12	5424	5435	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895324
4	NC_010998	GGCGCC	2	12	14137	14148	0 %	0 %	50 %	50 %	190895327
5	NC_010998	GGCATG	2	12	19029	19040	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895330
6	NC_010998	GCTGGC	2	12	26258	26269	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895337
7	NC_010998	GATGGC	2	12	27495	27506	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895337
8	NC_010998	GTCGAG	2	12	28872	28883	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895338
9	NC_010998	GCGCCA	2	12	29123	29134	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895338
10	NC_010998	GCCGAT	2	12	29379	29390	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895338
11	NC_010998	CTCGGC	2	12	32354	32365	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895340
12	NC_010998	GGTCGT	2	12	34048	34059	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	190895341
13	NC_010998	CCCGGC	2	12	35289	35300	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	190895342
14	NC_010998	CCAGAA	2	12	38345	38356	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	190895346
15	NC_010998	CCAGAT	2	12	38879	38890	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190895346
16	NC_010998	CGACGC	2	12	39163	39174	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895346
17	NC_010998	GCGCCG	2	12	39817	39828	0 %	0 %	50 %	50 %	190895347
18	NC_010998	TCGATG	2	12	43657	43668	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	190895350
19	NC_010998	AGCTTT	2	12	45632	45643	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	190895353
20	NC_010998	TCGAAA	2	12	46769	46780	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	190895354
21	NC_010998	GGCCGA	2	12	52244	52255	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895357
22	NC_010998	TGACGC	2	12	52514	52525	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895358
23	NC_010998	CCGAGG	2	12	52576	52587	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895358
24	NC_010998	CTTCGC	2	12	54011	54022	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	190895359
25	NC_010998	GGCGCA	2	12	55372	55383	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895360
26	NC_010998	GTGAAG	2	12	56127	56138	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	190895360
27	NC_010998	GCGCTG	2	12	56962	56973	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895361
28	NC_010998	CTTGCG	2	12	57049	57060	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895361
29	NC_010998	CTGCGC	2	12	57407	57418	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895361
30	NC_010998	TCGCCG	2	12	59230	59241	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895362
31	NC_010998	CCACCT	2	12	60377	60388	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	190895363
32	NC_010998	GGCGCT	2	12	60948	60959	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895363
33	NC_010998	CCCGGC	2	12	61174	61185	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	190895363
34	NC_010998	GGTGCT	2	12	61368	61379	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	190895363
35	NC_010998	CATCGA	2	12	62577	62588	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190895366
36	NC_010998	TGGCCT	2	12	62766	62777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895366
37	NC_010998	TCCGGA	2	12	63857	63868	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895367
38	NC_010998	GCTGCC	2	12	64073	64084	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895367
39	NC_010998	GCAGCG	2	12	68119	68130	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895370
40	NC_010998	CGGGCG	2	12	68778	68789	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	190895370
41	NC_010998	GAAAAT	2	12	69454	69465	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	190895370
42	NC_010998	CGAGGT	2	12	69831	69842	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895371
43	NC_010998	GCGGCT	2	12	69921	69932	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895371
44	NC_010998	CGGCCT	2	12	72969	72980	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895375
45	NC_010998	AATGGC	2	12	73527	73538	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190895375
46	NC_010998	GCGCCG	2	12	75713	75724	0 %	0 %	50 %	50 %	190895377
47	NC_010998	CGGTGA	2	12	75738	75749	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895377
48	NC_010998	CGAGCG	2	12	85585	85596	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895390
49	NC_010998	GTCGAT	2	12	87019	87030	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	190895392
50	NC_010998	TGCCGT	2	12	87195	87206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895392
51	NC_010998	GCAGGC	2	12	87425	87436	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895393
52	NC_010998	GGCCAG	2	12	87810	87821	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895393
53	NC_010998	GAAGGC	2	12	88056	88067	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190895393
54	NC_010998	ATCGTT	2	12	89099	89110	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	190895394
55	NC_010998	GCCTTG	2	12	92148	92159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895396
56	NC_010998	ATCCAT	2	12	93690	93701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	190895397
57	NC_010998	CAAGGC	2	12	94740	94751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190895398
58	NC_010998	CGACCT	2	12	96688	96699	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190895401
59	NC_010998	GGGCGA	2	12	96814	96825	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	190895401
60	NC_010998	CTCCGG	2	12	98654	98665	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895404
61	NC_010998	GCCGAC	2	12	102377	102388	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895408
62	NC_010998	GCAGGC	2	12	102778	102789	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895408
63	NC_010998	GCGAAG	2	12	102978	102989	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190895408
64	NC_010998	GCTTCT	2	12	105648	105659	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	190895410
65	NC_010998	GTCTCG	2	12	105722	105733	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895411
66	NC_010998	ATGCCG	2	12	108523	108534	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895413
67	NC_010998	GGGCGG	2	12	108586	108597	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	190895413
68	NC_010998	CGGCGT	2	12	109083	109094	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895414
69	NC_010998	CGACGG	2	12	110220	110231	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895414
70	NC_010998	CCATCG	2	12	113374	113385	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190895417
71	NC_010998	TCCGGC	2	12	113394	113405	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895417
72	NC_010998	CCAGCG	2	12	113744	113755	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895417
73	NC_010998	AGCCTG	2	12	114177	114188	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895417
74	NC_010998	TCCGGC	2	12	114228	114239	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895417
75	NC_010998	CCAGCG	2	12	114557	114568	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895417
76	NC_010998	CGTCAT	2	12	114755	114766	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	190895417
77	NC_010998	TCGGCG	2	12	115239	115250	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895418
78	NC_010998	CTCGAC	2	12	116162	116173	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190895418
79	NC_010998	CGAAGT	2	12	117070	117081	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190895419
80	NC_010998	GGCATC	2	12	117383	117394	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895420
81	NC_010998	GCGGTC	2	12	123580	123591	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895424
82	NC_010998	ACGGCA	2	12	126042	126053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190895427
83	NC_010998	GCTACA	2	12	128440	128451	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190895429
84	NC_010998	CTCGGC	2	12	129686	129697	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895429
85	NC_010998	GAAGGT	2	12	133164	133175	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	190895434
86	NC_010998	CCCGCG	2	12	133272	133283	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	190895435
87	NC_010998	GCCGTC	2	12	133824	133835	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895435
88	NC_010998	AAGCCG	2	12	133951	133962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190895435
89	NC_010998	CTCGGC	2	12	139089	139100	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895438
90	NC_010998	CGCCAG	2	12	140160	140171	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895439
91	NC_010998	AGGCTG	2	12	141319	141330	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895439
92	NC_010998	CGAAGC	2	12	147860	147871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190895446
93	NC_010998	TCGGCA	2	12	149539	149550	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895447
94	NC_010998	CGGTAT	2	12	155597	155608	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	190895451
95	NC_010998	GGAAGG	2	12	156960	156971	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	190895453
96	NC_010998	TAAAGG	2	12	158652	158663	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	190895455
97	NC_010998	CAGGAT	2	12	159161	159172	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190895456
98	NC_010998	TCCAGC	2	12	159592	159603	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190895457
99	NC_010998	CGATGC	2	12	165320	165331	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895463
100	NC_010998	ATGACG	2	12	166106	166117	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190895464
101	NC_010998	GCATCG	2	12	174041	174052	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895469
102	NC_010998	TCGAGC	2	12	174152	174163	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895469
103	NC_010998	GATCGC	2	12	176466	176477	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895471
104	NC_010998	CTGCCG	2	12	177704	177715	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895473
105	NC_010998	GCTGCC	2	12	180904	180915	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895476
106	NC_010998	CGCAGG	2	12	182987	182998	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895477
107	NC_010998	TTCGCT	2	12	185387	185398	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	190895479
108	NC_010998	GCCGGA	2	12	186042	186053	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895481
109	NC_010998	GCTTCG	2	12	187078	187089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895483
110	NC_010998	AGACCG	2	12	187689	187700	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190895483
111	NC_010998	GCCGAG	2	12	191671	191682	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895488
112	NC_010998	GCCTTG	2	12	196574	196585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895495
113	NC_010998	GCCACC	2	12	198101	198112	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	190895497
114	NC_010998	TTCGAG	2	12	198662	198673	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	190895497
115	NC_010998	GCCTCG	2	12	198708	198719	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895497
116	NC_010998	CTGGTT	2	12	199394	199405	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	190895497
117	NC_010998	GGATCG	2	12	201965	201976	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895502
118	NC_010998	CCTTTC	2	12	203084	203095	0 %	50 %	0 %	50 %	190895503
119	NC_010998	CCTATC	2	12	203905	203916	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	190895504
120	NC_010998	ATCGCC	2	12	205200	205211	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190895505
121	NC_010998	CTGATC	2	12	205980	205991	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	190895506
122	NC_010998	GTCTCG	2	12	207043	207054	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895507
123	NC_010998	CCGTGA	2	12	207059	207070	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895507
124	NC_010998	CCAGCG	2	12	208063	208074	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895508
125	NC_010998	GCCGCT	2	12	208441	208452	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895508
126	NC_010998	AATGCC	2	12	209744	209755	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190895509
127	NC_010998	AGATGA	2	12	210028	210039	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	190895510
128	NC_010998	TGCGCA	2	12	213982	213993	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895512
129	NC_010998	CCTCGA	2	12	214183	214194	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190895512
130	NC_010998	TCGAGC	2	12	214263	214274	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895512
131	NC_010998	ATCGCC	2	12	214702	214713	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190895513
132	NC_010998	GCCGGT	2	12	216495	216506	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895514
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134	NC_010998	CGCTGG	2	12	219209	219220	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895516
135	NC_010998	GACACC	2	12	223403	223414	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	190895520
136	NC_010998	GTCGGC	2	12	225283	225294	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895523
137	NC_010998	GTGCCG	2	12	226142	226153	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895523
138	NC_010998	AGAGAT	2	12	226170	226181	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	190895523
139	NC_010998	CCAGAG	2	12	230368	230379	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190895525
140	NC_010998	TTGCCG	2	12	230405	230416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895525
141	NC_010998	ATGCCG	2	12	230879	230890	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895526
142	NC_010998	AGACGA	2	12	231771	231782	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	190895526
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144	NC_010998	GACGGC	2	12	236937	236948	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895531
145	NC_010998	AGGCCG	2	12	239392	239403	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895534
146	NC_010998	GCGACA	2	12	239687	239698	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190895534
147	NC_010998	ACGATC	2	12	240374	240385	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190895535
148	NC_010998	CTGACG	2	12	241733	241744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895536
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150	NC_010998	GGCTGG	2	12	245970	245981	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	190895541
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152	NC_010998	TGCGGC	2	12	251020	251031	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895545
153	NC_010998	TGCCGA	2	12	252247	252258	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895547
154	NC_010998	TGAAGA	2	12	252469	252480	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	190895547
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185	NC_010998	GGTCGA	2	12	295366	295377	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895591
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191	NC_010998	GCATCG	2	12	308152	308163	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895603
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211	NC_010998	CGGCTG	2	12	347853	347864	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895637
212	NC_010998	CCCGGC	2	12	348172	348183	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	190895637
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214	NC_010998	TCCTAT	2	12	348739	348750	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	190895637
215	NC_010998	AGCGGA	2	12	353721	353732	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190895643
216	NC_010998	CGCGGA	2	12	357516	357527	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895645
217	NC_010998	CACCAA	2	12	359829	359840	50 %	0 %	0 %	50 %	190895647
218	NC_010998	CCCGGC	2	12	361453	361464	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	190895649
219	NC_010998	AGCGCC	2	12	362889	362900	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895650
220	NC_010998	CGACGG	2	12	364407	364418	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190895651
221	NC_010998	CCGGCT	2	12	364643	364654	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895652
222	NC_010998	ACTTCA	2	12	367722	367733	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	190895655
223	NC_010998	GCTGGC	2	12	368098	368109	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895655
224	NC_010998	TTGCCG	2	12	370259	370270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895657
225	NC_010998	TCGATC	2	12	372249	372260	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	190895658
226	NC_010998	CTCAAA	2	12	373414	373425	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	190895659
227	NC_010998	AGGTCG	2	12	375235	375246	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895660
228	NC_010998	ATCGCC	2	12	376870	376881	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190895661
229	NC_010998	CGATCT	2	12	378675	378686	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	190895662
230	NC_010998	GGCGCG	2	12	379852	379863	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	190895663
231	NC_010998	TGGCGA	2	12	381772	381783	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190895665
232	NC_010998	CGCTGA	2	12	385125	385136	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895668
233	NC_010998	ATGCCG	2	12	386384	386395	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895669
234	NC_010998	GCAGCC	2	12	389758	389769	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895675
235	NC_010998	TCGACC	2	12	393369	393380	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190895677
236	NC_010998	GGCCCG	2	12	393401	393412	0 %	0 %	50 %	50 %	190895677
237	NC_010998	TCGGCC	2	12	395781	395792	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190895679
238	NC_010998	GCGGAA	2	12	396608	396619	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190895680
239	NC_010998	ATCGGC	2	12	397031	397042	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895680
240	NC_010998	CGGTCG	2	12	397221	397232	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190895680
241	NC_010998	CCGGAT	2	12	398460	398471	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895682
242	NC_010998	ATCAGC	2	12	400379	400390	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190895684
243	NC_010998	GACGCT	2	12	401921	401932	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895685
244	NC_010998	CCGGTT	2	12	405388	405399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190895689
245	NC_010998	ACCAGC	2	12	406776	406787	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	190895691
246	NC_010998	GTCAGC	2	12	408319	408330	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895693
247	NC_010998	AGCCGC	2	12	408455	408466	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895693
248	NC_010998	CGGCGC	2	12	408467	408478	0 %	0 %	50 %	50 %	190895693
249	NC_010998	CGACCG	2	12	408902	408913	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190895693
250	NC_010998	TGCCGA	2	12	410302	410313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190895694
251	NC_010998	CGAAAA	2	12	413588	413599	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	190895698

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.