MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia akari str. Hartford chromosome

Total Repeats: 423

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009881	AAAGTA	2	12	1213	1224	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157825127
2	NC_009881	CTAATA	2	12	4536	4547	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157825130
3	NC_009881	AAACCC	2	12	7924	7935	50 %	0 %	0 %	50 %	157825135
4	NC_009881	ATTTCA	2	12	9639	9650	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157825137
5	NC_009881	ACGCTC	2	12	11178	11189	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157825138
6	NC_009881	TGATAA	2	12	15783	15794	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157825143
7	NC_009881	TAGAGT	2	12	15911	15922	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157825143
8	NC_009881	TAAACC	2	12	15999	16010	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	157825143
9	NC_009881	TAAAAA	2	12	17167	17178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157825144
10	NC_009881	CTTTAA	2	12	18722	18733	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157825147
11	NC_009881	TTATCT	2	12	19090	19101	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	157825148
12	NC_009881	TGAGCT	2	12	20134	20145	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157825150
13	NC_009881	TATCGA	2	12	27647	27658	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157825163
14	NC_009881	ACAATA	2	12	27825	27836	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	157825163
15	NC_009881	TTCTAA	2	12	34273	34284	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157825170
16	NC_009881	ATAATT	2	12	38476	38487	50 %	50 %	0 %	0 %	157825177
17	NC_009881	ATCGGA	2	12	39097	39108	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157825177
18	NC_009881	TAATTC	2	12	40825	40836	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157825177
19	NC_009881	CTTTTT	2	12	40923	40934	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	157825177
20	NC_009881	TTTTAT	2	12	41449	41460	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157825177
21	NC_009881	TTCCGG	2	12	42316	42327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	157825177
22	NC_009881	AAAGAC	2	12	44308	44319	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157825179
23	NC_009881	AAGATT	2	12	45943	45954	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157825180
24	NC_009881	TTTTCT	2	12	48276	48287	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	157825184
25	NC_009881	ATTTTT	2	12	48402	48413	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157825184
26	NC_009881	ATCAGA	2	12	53455	53466	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157825191
27	NC_009881	TTTTTG	2	12	55156	55167	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	157825193
28	NC_009881	AGGTAT	2	12	55904	55915	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157825193
29	NC_009881	GAAAAA	2	12	56337	56348	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157825193
30	NC_009881	TAATAT	2	12	62863	62874	50 %	50 %	0 %	0 %	157825201
31	NC_009881	CAGCAA	2	12	63469	63480	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	157825202
32	NC_009881	AAAAAG	2	12	64628	64639	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157825202
33	NC_009881	ATCCTG	2	12	69585	69596	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157825209
34	NC_009881	AAAGCT	2	12	70004	70015	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157825209
35	NC_009881	GTAATA	2	12	70643	70654	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157825209
36	NC_009881	TTGATT	2	12	83997	84008	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157825222
37	NC_009881	TCTTGC	2	12	84367	84378	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	157825222
38	NC_009881	TCAAAG	2	12	84870	84881	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157825223
39	NC_009881	GAAGCA	2	12	85063	85074	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	157825223
40	NC_009881	TTTTTA	2	12	91222	91233	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157825229
41	NC_009881	ACGGAT	2	12	92455	92466	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157825231
42	NC_009881	GTAGGT	2	12	95260	95271	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157825234
43	NC_009881	CCTATA	2	12	96301	96312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157825235
44	NC_009881	ACCGCT	2	12	97883	97894	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157825236
45	NC_009881	ATCTTC	2	12	102363	102374	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	157825242
46	NC_009881	TTGTTT	2	12	104187	104198	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	157825242
47	NC_009881	AATCAG	2	12	108795	108806	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157825243
48	NC_009881	GTAGAT	2	12	109196	109207	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157825243
49	NC_009881	GTGGCG	3	18	109302	109319	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	157825243
50	NC_009881	TTTGTG	2	12	110622	110633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157825243
51	NC_009881	CTTCAT	2	12	118527	118538	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	157825249
52	NC_009881	CTTTTT	2	12	118751	118762	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	157825249
53	NC_009881	GTTTAT	2	12	123242	123253	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157825254
54	NC_009881	ATTTAT	2	12	127742	127753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157825262
55	NC_009881	GATAAG	2	12	127940	127951	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157825262
56	NC_009881	ATCTGT	2	12	129525	129536	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157825263
57	NC_009881	GTAAAA	2	12	130817	130828	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157825266
58	NC_009881	TAAAAT	2	12	133152	133163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157825269
59	NC_009881	AGGTGT	2	12	134242	134253	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157825271
60	NC_009881	TTGCTA	2	12	140518	140529	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157825276
61	NC_009881	AAGATA	2	12	140683	140694	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157825276
62	NC_009881	CTTTAG	2	12	140845	140856	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157825276
63	NC_009881	TTTAGT	2	12	141504	141515	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157825276
64	NC_009881	GTAATT	2	12	143282	143293	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	157825277
65	NC_009881	TAATGC	2	12	145302	145313	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157825278
66	NC_009881	GATTCC	2	12	145548	145559	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157825278
67	NC_009881	TAAAGA	2	12	146379	146390	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157825278
68	NC_009881	TTTATC	2	12	159712	159723	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	157825288
69	NC_009881	GATTTT	2	12	160131	160142	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	157825289
70	NC_009881	GCTATG	2	12	160521	160532	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157825289
71	NC_009881	CTATAT	2	12	161609	161620	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157825290
72	NC_009881	GTAAAA	2	12	164028	164039	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157825292
73	NC_009881	TTGAAA	2	12	167408	167419	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157825297
74	NC_009881	AAAGAA	2	12	169944	169955	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	157825299
75	NC_009881	TCAAGC	2	12	169961	169972	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157825299
76	NC_009881	GTTGAG	2	12	170575	170586	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157825301
77	NC_009881	ATAGGT	2	12	172049	172060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157825302
78	NC_009881	ATTGTA	2	12	174320	174331	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	157825305
79	NC_009881	TTTTTA	2	12	181690	181701	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157825314
80	NC_009881	GTGCAG	2	12	183317	183328	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157825317
81	NC_009881	CTGTAG	2	12	184654	184665	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157825319
82	NC_009881	TTAAAA	2	12	186840	186851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157825320
83	NC_009881	TTTATA	2	12	188097	188108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157825320
84	NC_009881	GCTATT	2	12	188687	188698	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157825320
85	NC_009881	ATAAAA	2	12	189297	189308	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157825320
86	NC_009881	GATGTT	2	12	196714	196725	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	157825323
87	NC_009881	AGAAAT	2	12	199144	199155	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157825326
88	NC_009881	ATCAGG	2	12	206876	206887	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157825332
89	NC_009881	CTCTAT	2	12	211960	211971	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	157825338
90	NC_009881	TCAACA	2	12	217439	217450	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	157825343
91	NC_009881	CTTTAG	2	12	217461	217472	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157825343
92	NC_009881	TTATAT	2	12	217839	217850	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157825343
93	NC_009881	ATATTT	2	12	218450	218461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157825343
94	NC_009881	GTTTCA	2	12	221508	221519	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157825347
95	NC_009881	TGTTTC	2	12	221576	221587	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	157825347
96	NC_009881	AGCAAA	2	12	222667	222678	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157825348
97	NC_009881	CTTTTG	2	12	224135	224146	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	157825351
98	NC_009881	TCATAA	2	12	229071	229082	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157825356
99	NC_009881	TAATAT	2	12	229176	229187	50 %	50 %	0 %	0 %	157825356
100	NC_009881	AAGTGA	2	12	230809	230820	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157825358
101	NC_009881	TAAATT	2	12	230829	230840	50 %	50 %	0 %	0 %	157825358
102	NC_009881	AAAGCA	2	12	238856	238867	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157825362
103	NC_009881	GTCCTT	2	12	242284	242295	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	157825366
104	NC_009881	AATATG	2	12	249625	249636	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157825371
105	NC_009881	CTTCTC	2	12	249909	249920	0 %	50 %	0 %	50 %	157825371
106	NC_009881	TGAAAA	2	12	252946	252957	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	157825373
107	NC_009881	ACAGGA	2	12	253128	253139	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	157825373
108	NC_009881	AAAGCA	2	12	256202	256213	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	157825376
109	NC_009881	TTTATT	2	12	258397	258408	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	157825379
110	NC_009881	CAATAT	2	12	260597	260608	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157825382
111	NC_009881	GAGCTA	2	12	267851	267862	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157825391
112	NC_009881	AAAATC	2	12	268519	268530	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	157825392
113	NC_009881	TTACTC	2	12	269195	269206	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	157825395
114	NC_009881	ATCCTT	2	12	274029	274040	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	157825401
115	NC_009881	GCAGCG	2	12	280899	280910	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	157825406
116	NC_009881	CATCTT	2	12	285530	285541	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	157825410
117	NC_009881	TAAAAA	2	12	293066	293077	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157825415
118	NC_009881	TCAAGT	2	12	295990	296001	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157825418
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.