MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB3

Total Repeats: 242

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008388	GTC	3	9	657	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345695
2	NC_008388	GTTCCC	2	12	802	813	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	115345695
3	NC_008388	GTCT	2	8	980	987	0 %	50 %	25 %	25 %	115345695
4	NC_008388	GCG	2	6	996	1001	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345695
5	NC_008388	GCA	2	6	1005	1010	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345695
6	NC_008388	ATC	2	6	1061	1066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345695
7	NC_008388	ATC	3	9	1124	1132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345695
8	NC_008388	AGGC	2	8	1150	1157	25 %	0 %	50 %	25 %	115345695
9	NC_008388	GTT	2	6	1345	1350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345696
10	NC_008388	CGG	2	6	1398	1403	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
11	NC_008388	ATC	2	6	1415	1420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345696
12	NC_008388	GC	3	6	1586	1591	0 %	0 %	50 %	50 %	115345696
13	NC_008388	AGC	2	6	1615	1620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345696
14	NC_008388	AGG	2	6	1733	1738	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345696
15	NC_008388	GT	3	6	1877	1882	0 %	50 %	50 %	0 %	115345696
16	NC_008388	GGC	2	6	1942	1947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
17	NC_008388	GCCT	2	8	1963	1970	0 %	25 %	25 %	50 %	115345696
18	NC_008388	CAA	2	6	1993	1998	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345696
19	NC_008388	GA	3	6	2047	2052	50 %	0 %	50 %	0 %	115345696
20	NC_008388	CGG	2	6	2054	2059	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
21	NC_008388	CCG	2	6	2096	2101	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345696
22	NC_008388	TGGCCT	2	12	2106	2117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345696
23	NC_008388	CGG	2	6	2149	2154	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
24	NC_008388	GGC	2	6	2182	2187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
25	NC_008388	GGC	2	6	2239	2244	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
26	NC_008388	GCC	2	6	2298	2303	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345696
27	NC_008388	CCG	2	6	2364	2369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345696
28	NC_008388	CAG	2	6	2371	2376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345696
29	NC_008388	TG	3	6	2467	2472	0 %	50 %	50 %	0 %	115345696
30	NC_008388	CTT	2	6	2512	2517	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345696
31	NC_008388	GAA	2	6	2689	2694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345697
32	NC_008388	CCA	2	6	2715	2720	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345697
33	NC_008388	ATG	2	6	2771	2776	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345697
34	NC_008388	CCGA	2	8	2791	2798	25 %	0 %	25 %	50 %	115345697
35	NC_008388	TGG	2	6	3032	3037	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345697
36	NC_008388	TTC	2	6	3046	3051	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345697
37	NC_008388	C	6	6	3538	3543	0 %	0 %	0 %	100 %	115345699
38	NC_008388	ACC	2	6	3771	3776	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345700
39	NC_008388	CGG	3	9	3819	3827	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345700
40	NC_008388	GAG	2	6	3905	3910	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345700
41	NC_008388	CGC	2	6	3995	4000	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
42	NC_008388	GCACC	2	10	4136	4145	20 %	0 %	20 %	60 %	115345700
43	NC_008388	ACC	2	6	4164	4169	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345700
44	NC_008388	CG	3	6	4227	4232	0 %	0 %	50 %	50 %	115345700
45	NC_008388	GCG	2	6	4370	4375	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345700
46	NC_008388	CCG	2	6	4398	4403	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
47	NC_008388	GCC	2	6	4442	4447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
48	NC_008388	GCGCG	2	10	4516	4525	0 %	0 %	60 %	40 %	115345700
49	NC_008388	GTT	2	6	4526	4531	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345700
50	NC_008388	GCC	2	6	4535	4540	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
51	NC_008388	CGC	2	6	4552	4557	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
52	NC_008388	CG	3	6	4588	4593	0 %	0 %	50 %	50 %	115345700
53	NC_008388	GGCAG	2	10	4618	4627	20 %	0 %	60 %	20 %	115345700
54	NC_008388	GT	3	6	4632	4637	0 %	50 %	50 %	0 %	115345700
55	NC_008388	GGC	2	6	4648	4653	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345700
56	NC_008388	GAC	2	6	4745	4750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345700
57	NC_008388	CGG	2	6	4833	4838	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345700
58	NC_008388	GC	3	6	4895	4900	0 %	0 %	50 %	50 %	115345700
59	NC_008388	GAA	2	6	4924	4929	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345700
60	NC_008388	AGG	2	6	4992	4997	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345700
61	NC_008388	GA	3	6	5094	5099	50 %	0 %	50 %	0 %	115345701
62	NC_008388	ACCA	2	8	5107	5114	50 %	0 %	0 %	50 %	115345701
63	NC_008388	GTCT	2	8	5272	5279	0 %	50 %	25 %	25 %	115345701
64	NC_008388	TGA	2	6	5621	5626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
65	NC_008388	TTATTT	2	12	5650	5661	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	115345702
66	NC_008388	GCA	2	6	5667	5672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
67	NC_008388	CAG	2	6	5722	5727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
68	NC_008388	GTG	2	6	5756	5761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345702
69	NC_008388	AC	3	6	5790	5795	50 %	0 %	0 %	50 %	115345702
70	NC_008388	TAACC	2	10	5898	5907	40 %	20 %	0 %	40 %	115345702
71	NC_008388	AGTA	2	8	5916	5923	50 %	25 %	25 %	0 %	115345702
72	NC_008388	GAC	2	6	5986	5991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
73	NC_008388	AAG	2	6	6021	6026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345702
74	NC_008388	CCG	2	6	6031	6036	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345702
75	NC_008388	TCG	2	6	6096	6101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
76	NC_008388	GAA	2	6	6129	6134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345702
77	NC_008388	GA	4	8	6142	6149	50 %	0 %	50 %	0 %	115345702
78	NC_008388	ACG	2	6	6158	6163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
79	NC_008388	ATCC	2	8	6171	6178	25 %	25 %	0 %	50 %	115345702
80	NC_008388	ATT	2	6	6259	6264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	115345702
81	NC_008388	GAT	2	6	6289	6294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
82	NC_008388	AGG	2	6	6343	6348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345702
83	NC_008388	T	6	6	6403	6408	0 %	100 %	0 %	0 %	115345702
84	NC_008388	GTT	2	6	6427	6432	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345702
85	NC_008388	CGC	2	6	6501	6506	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345702
86	NC_008388	TTG	2	6	6512	6517	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345702
87	NC_008388	GAC	2	6	6528	6533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
88	NC_008388	GAT	2	6	6589	6594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
89	NC_008388	GCT	2	6	6616	6621	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
90	NC_008388	GAG	2	6	6685	6690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345702
91	NC_008388	AAT	2	6	6733	6738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	115345702
92	NC_008388	ACA	2	6	6743	6748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345702
93	NC_008388	GAG	2	6	6766	6771	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345702
94	NC_008388	CTGGT	2	10	6783	6792	0 %	40 %	40 %	20 %	115345702
95	NC_008388	ATG	2	6	6830	6835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
96	NC_008388	AG	3	6	6850	6855	50 %	0 %	50 %	0 %	115345702
97	NC_008388	AGA	2	6	6882	6887	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345702
98	NC_008388	CAA	2	6	6892	6897	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345702
99	NC_008388	GGC	2	6	6917	6922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345702
100	NC_008388	TGC	2	6	6923	6928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
101	NC_008388	TTG	2	6	6944	6949	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345702
102	NC_008388	GCT	2	6	6953	6958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
103	NC_008388	GT	3	6	7052	7057	0 %	50 %	50 %	0 %	115345702
104	NC_008388	CTT	2	6	7159	7164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345702
105	NC_008388	CG	3	6	7174	7179	0 %	0 %	50 %	50 %	115345702
106	NC_008388	TGAA	2	8	7193	7200	50 %	25 %	25 %	0 %	115345702
107	NC_008388	GCTT	2	8	7302	7309	0 %	50 %	25 %	25 %	115345702
108	NC_008388	TTTC	2	8	7449	7456	0 %	75 %	0 %	25 %	115345702
109	NC_008388	TCAG	2	8	7468	7475	25 %	25 %	25 %	25 %	115345702
110	NC_008388	CGG	2	6	7532	7537	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345702
111	NC_008388	TGA	2	6	7542	7547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
112	NC_008388	GTC	2	6	7693	7698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
113	NC_008388	ATC	2	6	7712	7717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345702
114	NC_008388	AGA	2	6	7731	7736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345702
115	NC_008388	GGCT	2	8	7737	7744	0 %	25 %	50 %	25 %	115345702
116	NC_008388	CCTAC	2	10	7767	7776	20 %	20 %	0 %	60 %	115345702
117	NC_008388	TGT	2	6	7882	7887	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345703
118	NC_008388	CGAG	2	8	7906	7913	25 %	0 %	50 %	25 %	115345703
119	NC_008388	GACT	2	8	8056	8063	25 %	25 %	25 %	25 %	115345703
120	NC_008388	GAG	2	6	8328	8333	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345703
121	NC_008388	ATT	2	6	8409	8414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	115345703
122	NC_008388	TTC	2	6	8675	8680	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345703
123	NC_008388	GAT	2	6	8681	8686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345703
124	NC_008388	AGA	2	6	8710	8715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345703
125	NC_008388	ATC	2	6	9765	9770	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345704
126	NC_008388	GAC	2	6	9792	9797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345704
127	NC_008388	GC	3	6	9878	9883	0 %	0 %	50 %	50 %	115345704
128	NC_008388	AGC	2	6	9910	9915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345704
129	NC_008388	CGACA	2	10	10043	10052	40 %	0 %	20 %	40 %	115345704
130	NC_008388	GCC	2	6	10063	10068	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345704
131	NC_008388	CAG	2	6	10192	10197	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345704
132	NC_008388	AGA	2	6	10201	10206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345704
133	NC_008388	AGC	2	6	10234	10239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345704
134	NC_008388	GC	3	6	10238	10243	0 %	0 %	50 %	50 %	115345704
135	NC_008388	GTT	2	6	10262	10267	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345704
136	NC_008388	AGCG	2	8	10275	10282	25 %	0 %	50 %	25 %	115345704
137	NC_008388	GCG	2	6	10289	10294	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345704
138	NC_008388	CG	3	6	10293	10298	0 %	0 %	50 %	50 %	115345704
139	NC_008388	AGA	2	6	10393	10398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345705
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242	NC_008388	CATGC	2	10	15665	15674	20 %	20 %	20 %	40 %	115345710

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.