MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhodococcus erythropolis PR4 plasmid pREL1

Total Repeats: 177

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007491	CGTCA	2	10	541	550	20 %	20 %	20 %	40 %	77454568
2	NC_007491	CCTGA	2	10	1993	2002	20 %	20 %	20 %	40 %	77454570
3	NC_007491	CACGC	2	10	2123	2132	20 %	0 %	20 %	60 %	77454570
4	NC_007491	GTCGA	2	10	2307	2316	20 %	20 %	40 %	20 %	77454570
5	NC_007491	GCTGG	2	10	4070	4079	0 %	20 %	60 %	20 %	77454571
6	NC_007491	CACGC	2	10	6657	6666	20 %	0 %	20 %	60 %	77454573
7	NC_007491	TTCGG	2	10	8291	8300	0 %	40 %	40 %	20 %	77454575
8	NC_007491	CCATC	2	10	8400	8409	20 %	20 %	0 %	60 %	77454575
9	NC_007491	GCCTC	2	10	8801	8810	0 %	20 %	20 %	60 %	77454575
10	NC_007491	CATCG	2	10	8977	8986	20 %	20 %	20 %	40 %	77454575
11	NC_007491	CGACA	2	10	9952	9961	40 %	0 %	20 %	40 %	77454575
12	NC_007491	ATCGC	2	10	14299	14308	20 %	20 %	20 %	40 %	77454577
13	NC_007491	CGCGG	2	10	14647	14656	0 %	0 %	60 %	40 %	77454577
14	NC_007491	GGCCA	2	10	14844	14853	20 %	0 %	40 %	40 %	77454578
15	NC_007491	ACACC	2	10	17105	17114	40 %	0 %	0 %	60 %	77454579
16	NC_007491	TCGCG	2	10	20138	20147	0 %	20 %	40 %	40 %	77454582
17	NC_007491	AGTCC	2	10	20663	20672	20 %	20 %	20 %	40 %	77454582
18	NC_007491	GCGCC	2	10	20996	21005	0 %	0 %	40 %	60 %	77454582
19	NC_007491	TCCGT	2	10	22633	22642	0 %	40 %	20 %	40 %	77454584
20	NC_007491	ACTCG	2	10	23791	23800	20 %	20 %	20 %	40 %	77454585
21	NC_007491	GCCAC	2	10	24220	24229	20 %	0 %	20 %	60 %	77454586
22	NC_007491	GCCAA	2	10	24951	24960	40 %	0 %	20 %	40 %	77454586
23	NC_007491	CACCT	2	10	25874	25883	20 %	20 %	0 %	60 %	77454588
24	NC_007491	CCCCG	2	10	26049	26058	0 %	0 %	20 %	80 %	77454588
25	NC_007491	CCGCG	2	10	28728	28737	0 %	0 %	40 %	60 %	77454590
26	NC_007491	CGAAT	2	10	30099	30108	40 %	20 %	20 %	20 %	77454590
27	NC_007491	CCTGA	2	10	34560	34569	20 %	20 %	20 %	40 %	77454594
28	NC_007491	GACCT	2	10	34943	34952	20 %	20 %	20 %	40 %	77454594
29	NC_007491	ATCGC	2	10	37563	37572	20 %	20 %	20 %	40 %	77454595
30	NC_007491	GAACA	2	10	37735	37744	60 %	0 %	20 %	20 %	77454595
31	NC_007491	GTGGC	2	10	40525	40534	0 %	20 %	60 %	20 %	77454599
32	NC_007491	GTCGG	2	10	42136	42145	0 %	20 %	60 %	20 %	77454600
33	NC_007491	GCCGC	2	10	42976	42985	0 %	0 %	40 %	60 %	77454601
34	NC_007491	CCGTT	2	10	45524	45533	0 %	40 %	20 %	40 %	77454604
35	NC_007491	CCTCC	2	10	49819	49828	0 %	20 %	0 %	80 %	77454608
36	NC_007491	GCGCC	2	10	51203	51212	0 %	0 %	40 %	60 %	77454610
37	NC_007491	ACTGC	2	10	53729	53738	20 %	20 %	20 %	40 %	77454616
38	NC_007491	ACTGC	2	10	55453	55462	20 %	20 %	20 %	40 %	77454617
39	NC_007491	CCCCA	2	10	59445	59454	20 %	0 %	0 %	80 %	77454620
40	NC_007491	CCTGT	2	10	59795	59804	0 %	40 %	20 %	40 %	77454621
41	NC_007491	TGGCG	2	10	61737	61746	0 %	20 %	60 %	20 %	77454623
42	NC_007491	CCGGA	2	10	62618	62627	20 %	0 %	40 %	40 %	77454624
43	NC_007491	AGTGA	2	10	63891	63900	40 %	20 %	40 %	0 %	77454626
44	NC_007491	CGAAT	2	10	64896	64905	40 %	20 %	20 %	20 %	77454628
45	NC_007491	CGTGA	2	10	70651	70660	20 %	20 %	40 %	20 %	77454634
46	NC_007491	GGACC	2	10	71541	71550	20 %	0 %	40 %	40 %	77454635
47	NC_007491	TCGAT	2	10	72052	72061	20 %	40 %	20 %	20 %	77454636
48	NC_007491	CCTCG	2	10	73544	73553	0 %	20 %	20 %	60 %	77454639
49	NC_007491	GCAAA	2	10	73962	73971	60 %	0 %	20 %	20 %	77454639
50	NC_007491	CGGCG	2	10	74098	74107	0 %	0 %	60 %	40 %	77454639
51	NC_007491	ACCCG	2	10	74784	74793	20 %	0 %	20 %	60 %	77454640
52	NC_007491	CGGAC	2	10	78256	78265	20 %	0 %	40 %	40 %	77454647
53	NC_007491	GACAC	2	10	78326	78335	40 %	0 %	20 %	40 %	77454647
54	NC_007491	ACAGC	2	10	79069	79078	40 %	0 %	20 %	40 %	77454648
55	NC_007491	GCCCG	2	10	81554	81563	0 %	0 %	40 %	60 %	77454651
56	NC_007491	TCGAA	2	10	84323	84332	40 %	20 %	20 %	20 %	77454655
57	NC_007491	TGGGA	2	10	87223	87232	20 %	20 %	60 %	0 %	77454660
58	NC_007491	GTGCC	2	10	89444	89453	0 %	20 %	40 %	40 %	77454661
59	NC_007491	TCGAA	2	10	89803	89812	40 %	20 %	20 %	20 %	77454661
60	NC_007491	CGCGG	2	10	89978	89987	0 %	0 %	60 %	40 %	77454661
61	NC_007491	TCAAC	2	10	90685	90694	40 %	20 %	0 %	40 %	77454661
62	NC_007491	GCGTT	2	10	91084	91093	0 %	40 %	40 %	20 %	77454662
63	NC_007491	CGAAG	2	10	92457	92466	40 %	0 %	40 %	20 %	77454662
64	NC_007491	CGCAC	2	10	94079	94088	20 %	0 %	20 %	60 %	77454664
65	NC_007491	CGAAG	2	10	96771	96780	40 %	0 %	40 %	20 %	77454666
66	NC_007491	GGGTC	2	10	99671	99680	0 %	20 %	60 %	20 %	77454669
67	NC_007491	CGGAC	2	10	101794	101803	20 %	0 %	40 %	40 %	77454671
68	NC_007491	CCCAC	2	10	105455	105464	20 %	0 %	0 %	80 %	77454675
69	NC_007491	GCGCG	2	10	105726	105735	0 %	0 %	60 %	40 %	77454675
70	NC_007491	TGACC	2	10	106894	106903	20 %	20 %	20 %	40 %	77454676
71	NC_007491	AATCG	2	10	107188	107197	40 %	20 %	20 %	20 %	77454676
72	NC_007491	CGGCG	2	10	108665	108674	0 %	0 %	60 %	40 %	77454677
73	NC_007491	GGCTG	2	10	109740	109749	0 %	20 %	60 %	20 %	77454678
74	NC_007491	GCGAT	2	10	110679	110688	20 %	20 %	40 %	20 %	77454679
75	NC_007491	CGGGA	2	10	112485	112494	20 %	0 %	60 %	20 %	77454681
76	NC_007491	GATCG	2	10	113189	113198	20 %	20 %	40 %	20 %	77454682
77	NC_007491	TCGGA	2	10	114922	114931	20 %	20 %	40 %	20 %	77454684
78	NC_007491	AACCG	2	10	115914	115923	40 %	0 %	20 %	40 %	77454685
79	NC_007491	ACGGT	2	10	118589	118598	20 %	20 %	40 %	20 %	77454686
80	NC_007491	CATGG	2	10	118818	118827	20 %	20 %	40 %	20 %	77454686
81	NC_007491	TGCGG	2	10	119915	119924	0 %	20 %	60 %	20 %	77454688
82	NC_007491	GCACG	2	10	120581	120590	20 %	0 %	40 %	40 %	77454689
83	NC_007491	CAGGT	2	10	125182	125191	20 %	20 %	40 %	20 %	77454695
84	NC_007491	GTTCA	2	10	126177	126186	20 %	40 %	20 %	20 %	77454696
85	NC_007491	AGGGA	2	10	129356	129365	40 %	0 %	60 %	0 %	77454698
86	NC_007491	CGAAC	2	10	129656	129665	40 %	0 %	20 %	40 %	77454699
87	NC_007491	CCAAC	2	10	131312	131321	40 %	0 %	0 %	60 %	77454700
88	NC_007491	AGGTC	2	10	132203	132212	20 %	20 %	40 %	20 %	77454701
89	NC_007491	CTCGT	2	10	135087	135096	0 %	40 %	20 %	40 %	77454705
90	NC_007491	CCACG	2	10	135135	135144	20 %	0 %	20 %	60 %	77454705
91	NC_007491	CGATG	2	10	136257	136266	20 %	20 %	40 %	20 %	77454706
92	NC_007491	CGGCG	2	10	140121	140130	0 %	0 %	60 %	40 %	77454710
93	NC_007491	GGACG	2	10	144377	144386	20 %	0 %	60 %	20 %	77454713
94	NC_007491	TCCCG	2	10	145391	145400	0 %	20 %	20 %	60 %	77454715
95	NC_007491	GCCGG	2	10	147079	147088	0 %	0 %	60 %	40 %	77454716
96	NC_007491	CCGAG	2	10	147288	147297	20 %	0 %	40 %	40 %	77454717
97	NC_007491	TCCGC	2	10	155506	155515	0 %	20 %	20 %	60 %	77454727
98	NC_007491	AGCGA	2	10	157124	157133	40 %	0 %	40 %	20 %	77454729
99	NC_007491	GGGGT	2	10	162670	162679	0 %	20 %	80 %	0 %	77454734
100	NC_007491	CGTCG	2	10	162822	162831	0 %	20 %	40 %	40 %	77454734
101	NC_007491	CGCAG	2	10	163368	163377	20 %	0 %	40 %	40 %	77454735
102	NC_007491	AAGGG	2	10	163892	163901	40 %	0 %	60 %	0 %	77454735
103	NC_007491	CCGTG	2	10	163961	163970	0 %	20 %	40 %	40 %	77454735
104	NC_007491	GCGGT	2	10	164257	164266	0 %	20 %	60 %	20 %	77454735
105	NC_007491	GATGT	2	10	165392	165401	20 %	40 %	40 %	0 %	77454737
106	NC_007491	TCGGT	2	10	165672	165681	0 %	40 %	40 %	20 %	77454737
107	NC_007491	CCCGT	2	10	166019	166028	0 %	20 %	20 %	60 %	77454738
108	NC_007491	CGACA	2	10	166675	166684	40 %	0 %	20 %	40 %	77454738
109	NC_007491	TGCGC	2	10	166841	166850	0 %	20 %	40 %	40 %	77454738
110	NC_007491	CCCCA	2	10	169275	169284	20 %	0 %	0 %	80 %	77454744
111	NC_007491	GGGAG	2	10	171312	171321	20 %	0 %	80 %	0 %	77454746
112	NC_007491	TCGAC	2	10	172803	172812	20 %	20 %	20 %	40 %	77454747
113	NC_007491	AGCTC	2	10	176539	176548	20 %	20 %	20 %	40 %	77454752
114	NC_007491	TCGTA	2	10	184741	184750	20 %	40 %	20 %	20 %	77454763
115	NC_007491	GCTGC	2	10	186189	186198	0 %	20 %	40 %	40 %	77454766
116	NC_007491	GCGTG	2	10	186334	186343	0 %	20 %	60 %	20 %	77454766
117	NC_007491	GCCGG	2	10	187674	187683	0 %	0 %	60 %	40 %	77454769
118	NC_007491	CTTCG	2	10	187738	187747	0 %	40 %	20 %	40 %	77454769
119	NC_007491	ACCCG	2	10	188436	188445	20 %	0 %	20 %	60 %	77454769
120	NC_007491	GGTGA	2	10	189702	189711	20 %	20 %	60 %	0 %	77454771
121	NC_007491	GTCGA	2	10	190810	190819	20 %	20 %	40 %	20 %	77454774
122	NC_007491	ACGAA	2	10	192767	192776	60 %	0 %	20 %	20 %	77454776
123	NC_007491	GCTGG	2	10	192916	192925	0 %	20 %	60 %	20 %	77454776
124	NC_007491	CGCGT	2	10	194416	194425	0 %	20 %	40 %	40 %	77454780
125	NC_007491	CACCG	2	10	194533	194542	20 %	0 %	20 %	60 %	77454780
126	NC_007491	GTCGG	2	10	194985	194994	0 %	20 %	60 %	20 %	77454780
127	NC_007491	ACCGT	2	10	195298	195307	20 %	20 %	20 %	40 %	77454780
128	NC_007491	CAGAC	2	10	195536	195545	40 %	0 %	20 %	40 %	77454780
129	NC_007491	TCCGG	2	10	200646	200655	0 %	20 %	40 %	40 %	77454783
130	NC_007491	GCAGA	2	10	200734	200743	40 %	0 %	40 %	20 %	77454783
131	NC_007491	CGGAG	2	10	201862	201871	20 %	0 %	60 %	20 %	77454784
132	NC_007491	GGCAT	2	10	204409	204418	20 %	20 %	40 %	20 %	77454787
133	NC_007491	CACGT	2	10	207614	207623	20 %	20 %	20 %	40 %	77454790
134	NC_007491	CCCTG	2	10	207972	207981	0 %	20 %	20 %	60 %	77454790
135	NC_007491	GCCGC	2	10	209701	209710	0 %	0 %	40 %	60 %	77454791
136	NC_007491	GCCAC	2	10	211864	211873	20 %	0 %	20 %	60 %	77454794
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175	NC_007491	TCGAC	2	10	264668	264677	20 %	20 %	20 %	40 %	77454859
176	NC_007491	TCGCC	2	10	266916	266925	0 %	20 %	20 %	60 %	77454861
177	NC_007491	CGGAC	2	10	267347	267356	20 %	0 %	40 %	40 %	77454861

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.