MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 790

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000963	TTAAT	2	10	1880	1889	40 %	60 %	0 %	0 %	15603884
2	NC_000963	TTTTA	2	10	2441	2450	20 %	80 %	0 %	0 %	15603885
3	NC_000963	ATTTA	2	10	2794	2803	40 %	60 %	0 %	0 %	15603885
4	NC_000963	GCAAA	2	10	3251	3260	60 %	0 %	20 %	20 %	15603886
5	NC_000963	TAAAT	2	10	4734	4743	60 %	40 %	0 %	0 %	15603887
6	NC_000963	GTAGT	2	10	5045	5054	20 %	40 %	40 %	0 %	15603887
7	NC_000963	AATGC	2	10	5706	5715	40 %	20 %	20 %	20 %	15603887
8	NC_000963	AATAC	2	10	6935	6944	60 %	20 %	0 %	20 %	15603888
9	NC_000963	AAACC	2	10	8104	8113	60 %	0 %	0 %	40 %	15603890
10	NC_000963	TTAAT	2	10	10607	10616	40 %	60 %	0 %	0 %	15603891
11	NC_000963	ACAAT	2	10	11056	11065	60 %	20 %	0 %	20 %	15603892
12	NC_000963	TCAAT	2	10	15891	15900	40 %	40 %	0 %	20 %	15603896
13	NC_000963	AATCA	2	10	16114	16123	60 %	20 %	0 %	20 %	15603897
14	NC_000963	TTACT	2	10	17213	17222	20 %	60 %	0 %	20 %	15603897
15	NC_000963	AGATA	2	10	18448	18457	60 %	20 %	20 %	0 %	15603898
16	NC_000963	TCAAA	2	10	18478	18487	60 %	20 %	0 %	20 %	15603898
17	NC_000963	TTTGT	2	10	21430	21439	0 %	80 %	20 %	0 %	15603899
18	NC_000963	TAAAT	2	10	21621	21630	60 %	40 %	0 %	0 %	15603899
19	NC_000963	TTTGT	2	10	21938	21947	0 %	80 %	20 %	0 %	15603900
20	NC_000963	AATAA	2	10	22871	22880	80 %	20 %	0 %	0 %	15603902
21	NC_000963	CTATA	2	10	23530	23539	40 %	40 %	0 %	20 %	15603904
22	NC_000963	TAATA	2	10	23753	23762	60 %	40 %	0 %	0 %	15603904
23	NC_000963	CCATA	2	10	27815	27824	40 %	20 %	0 %	40 %	15603908
24	NC_000963	GTTTC	2	10	30293	30302	0 %	60 %	20 %	20 %	15603909
25	NC_000963	AAATT	2	10	32767	32776	60 %	40 %	0 %	0 %	15603910
26	NC_000963	TTTTA	2	10	33597	33606	20 %	80 %	0 %	0 %	15603911
27	NC_000963	TTGAT	2	10	39548	39557	20 %	60 %	20 %	0 %	15603915
28	NC_000963	AATTG	2	10	39582	39591	40 %	40 %	20 %	0 %	15603915
29	NC_000963	ATATG	2	10	39741	39750	40 %	40 %	20 %	0 %	15603915
30	NC_000963	ATTAT	2	10	40648	40657	40 %	60 %	0 %	0 %	15603915
31	NC_000963	ATAAC	2	10	43773	43782	60 %	20 %	0 %	20 %	15603917
32	NC_000963	TAACA	2	10	44002	44011	60 %	20 %	0 %	20 %	15603917
33	NC_000963	AATAT	2	10	46181	46190	60 %	40 %	0 %	0 %	15603921
34	NC_000963	TACCT	2	10	47322	47331	20 %	40 %	0 %	40 %	15603921
35	NC_000963	TGGTA	2	10	48842	48851	20 %	40 %	40 %	0 %	15603922
36	NC_000963	AACTA	2	10	51742	51751	60 %	20 %	0 %	20 %	15603924
37	NC_000963	ACTTT	2	10	53180	53189	20 %	60 %	0 %	20 %	15603926
38	NC_000963	TTAAA	2	10	54097	54106	60 %	40 %	0 %	0 %	15603926
39	NC_000963	CAAGT	2	10	54479	54488	40 %	20 %	20 %	20 %	15603927
40	NC_000963	CTATG	2	10	55326	55335	20 %	40 %	20 %	20 %	15603927
41	NC_000963	GCTAA	2	10	56337	56346	40 %	20 %	20 %	20 %	15603928
42	NC_000963	TTTAC	2	10	58687	58696	20 %	60 %	0 %	20 %	15603931
43	NC_000963	AGCAT	2	10	58712	58721	40 %	20 %	20 %	20 %	15603931
44	NC_000963	GGGTT	2	10	60273	60282	0 %	40 %	60 %	0 %	15603932
45	NC_000963	TTTAT	2	10	60649	60658	20 %	80 %	0 %	0 %	15603932
46	NC_000963	GTTTT	2	10	61840	61849	0 %	80 %	20 %	0 %	15603933
47	NC_000963	ACAAT	2	10	62320	62329	60 %	20 %	0 %	20 %	15603934
48	NC_000963	TTTTC	2	10	62708	62717	0 %	80 %	0 %	20 %	15603934
49	NC_000963	CAATG	2	10	65600	65609	40 %	20 %	20 %	20 %	15603937
50	NC_000963	ATAAA	2	10	66015	66024	80 %	20 %	0 %	0 %	15603938
51	NC_000963	TAAAT	2	10	66421	66430	60 %	40 %	0 %	0 %	15603938
52	NC_000963	ATTAA	2	10	66769	66778	60 %	40 %	0 %	0 %	15603938
53	NC_000963	TGAAA	2	10	77663	77672	60 %	20 %	20 %	0 %	15603946
54	NC_000963	TTGAT	2	10	78990	78999	20 %	60 %	20 %	0 %	15603947
55	NC_000963	ATTTA	2	10	80836	80845	40 %	60 %	0 %	0 %	15603949
56	NC_000963	TTAGT	2	10	85832	85841	20 %	60 %	20 %	0 %	15603955
57	NC_000963	TTAAC	2	10	89088	89097	40 %	40 %	0 %	20 %	15603959
58	NC_000963	ATATT	2	10	89331	89340	40 %	60 %	0 %	0 %	15603959
59	NC_000963	TCTTT	2	10	90171	90180	0 %	80 %	0 %	20 %	15603960
60	NC_000963	TTTAA	2	10	90582	90591	40 %	60 %	0 %	0 %	15603961
61	NC_000963	TCCTT	2	10	91056	91065	0 %	60 %	0 %	40 %	15603961
62	NC_000963	ATTGT	2	10	91134	91143	20 %	60 %	20 %	0 %	15603961
63	NC_000963	ATAAA	2	10	101050	101059	80 %	20 %	0 %	0 %	15603967
64	NC_000963	TATAA	2	10	101084	101093	60 %	40 %	0 %	0 %	15603967
65	NC_000963	TAAAA	2	10	103301	103310	80 %	20 %	0 %	0 %	15603970
66	NC_000963	AAAAC	2	10	103997	104006	80 %	0 %	0 %	20 %	15603970
67	NC_000963	TTTAA	2	10	104073	104082	40 %	60 %	0 %	0 %	15603970
68	NC_000963	TGAAA	2	10	105523	105532	60 %	20 %	20 %	0 %	15603972
69	NC_000963	CTTGT	2	10	108291	108300	0 %	60 %	20 %	20 %	15603974
70	NC_000963	ATGAT	2	10	109208	109217	40 %	40 %	20 %	0 %	15603975
71	NC_000963	AAATC	2	10	112418	112427	60 %	20 %	0 %	20 %	15603979
72	NC_000963	TTATA	2	10	113724	113733	40 %	60 %	0 %	0 %	543938667
73	NC_000963	TGCTT	2	10	114229	114238	0 %	60 %	20 %	20 %	15603980
74	NC_000963	TTTTA	2	10	115346	115355	20 %	80 %	0 %	0 %	15603980
75	NC_000963	GCTTT	2	10	116922	116931	0 %	60 %	20 %	20 %	15603981
76	NC_000963	TATGT	2	10	117575	117584	20 %	60 %	20 %	0 %	15603981
77	NC_000963	TCTAC	2	10	117920	117929	20 %	40 %	0 %	40 %	15603981
78	NC_000963	AGAAA	2	10	119446	119455	80 %	0 %	20 %	0 %	15603981
79	NC_000963	GTTTT	2	10	120131	120140	0 %	80 %	20 %	0 %	15603982
80	NC_000963	TGCAG	2	10	120464	120473	20 %	20 %	40 %	20 %	15603982
81	NC_000963	GGTAT	2	10	121161	121170	20 %	40 %	40 %	0 %	15603982
82	NC_000963	ATCTA	2	10	122339	122348	40 %	40 %	0 %	20 %	15603983
83	NC_000963	GTTTG	2	10	122770	122779	0 %	60 %	40 %	0 %	15603983
84	NC_000963	ACAAG	2	10	124725	124734	60 %	0 %	20 %	20 %	15603983
85	NC_000963	AGTTT	2	10	125036	125045	20 %	60 %	20 %	0 %	15603984
86	NC_000963	TTAGT	2	10	125559	125568	20 %	60 %	20 %	0 %	15603984
87	NC_000963	GTTAT	2	10	126960	126969	20 %	60 %	20 %	0 %	15603984
88	NC_000963	ATGGT	2	10	128101	128110	20 %	40 %	40 %	0 %	15603985
89	NC_000963	TATTT	2	10	129035	129044	20 %	80 %	0 %	0 %	15603985
90	NC_000963	CAAAG	2	10	129427	129436	60 %	0 %	20 %	20 %	15603985
91	NC_000963	GAACA	2	10	129837	129846	60 %	0 %	20 %	20 %	15603985
92	NC_000963	TGATA	2	10	130813	130822	40 %	40 %	20 %	0 %	15603985
93	NC_000963	TTTAA	2	10	136545	136554	40 %	60 %	0 %	0 %	15603991
94	NC_000963	GGTTT	2	10	137663	137672	0 %	60 %	40 %	0 %	15603992
95	NC_000963	TATCA	2	10	143540	143549	40 %	40 %	0 %	20 %	15603997
96	NC_000963	TAGCT	2	10	143627	143636	20 %	40 %	20 %	20 %	15603997
97	NC_000963	TTATT	2	10	144489	144498	20 %	80 %	0 %	0 %	15603998
98	NC_000963	ATTTT	2	10	145285	145294	20 %	80 %	0 %	0 %	15603999
99	NC_000963	ACAAA	2	10	148888	148897	80 %	0 %	0 %	20 %	15604002
100	NC_000963	TAAAA	2	10	149405	149414	80 %	20 %	0 %	0 %	15604003
101	NC_000963	TGGTG	2	10	149539	149548	0 %	40 %	60 %	0 %	15604003
102	NC_000963	TATAA	2	10	150456	150465	60 %	40 %	0 %	0 %	15604005
103	NC_000963	AAGAA	2	10	152048	152057	80 %	0 %	20 %	0 %	15604005
104	NC_000963	TGGAT	2	10	154237	154246	20 %	40 %	40 %	0 %	15604009
105	NC_000963	ACAGA	2	10	156769	156778	60 %	0 %	20 %	20 %	15604011
106	NC_000963	GCAAA	2	10	158904	158913	60 %	0 %	20 %	20 %	15604014
107	NC_000963	TGAAG	2	10	167372	167381	40 %	20 %	40 %	0 %	15604017
108	NC_000963	TATAC	2	10	167979	167988	40 %	40 %	0 %	20 %	15604017
109	NC_000963	GTAGA	2	10	168388	168397	40 %	20 %	40 %	0 %	15604017
110	NC_000963	ATTAT	2	10	175473	175482	40 %	60 %	0 %	0 %	15604022
111	NC_000963	TAAAA	2	10	176654	176663	80 %	20 %	0 %	0 %	15604022
112	NC_000963	ACTAA	2	10	177293	177302	60 %	20 %	0 %	20 %	15604023
113	NC_000963	ATATT	2	10	178433	178442	40 %	60 %	0 %	0 %	15604024
114	NC_000963	ATACC	2	10	182996	183005	40 %	20 %	0 %	40 %	15604028
115	NC_000963	ATATA	2	10	186259	186268	60 %	40 %	0 %	0 %	15604032
116	NC_000963	AATTT	2	10	186269	186278	40 %	60 %	0 %	0 %	15604032
117	NC_000963	TTAAT	2	10	186301	186310	40 %	60 %	0 %	0 %	15604033
118	NC_000963	AAAAC	2	10	186689	186698	80 %	0 %	0 %	20 %	15604033
119	NC_000963	AAAGT	2	10	187011	187020	60 %	20 %	20 %	0 %	15604033
120	NC_000963	AATAA	2	10	187577	187586	80 %	20 %	0 %	0 %	15604033
121	NC_000963	AAATT	2	10	189699	189708	60 %	40 %	0 %	0 %	15604035
122	NC_000963	AGAAA	2	10	190440	190449	80 %	0 %	20 %	0 %	15604035
123	NC_000963	AGCTA	2	10	190562	190571	40 %	20 %	20 %	20 %	15604035
124	NC_000963	TTTAT	2	10	190713	190722	20 %	80 %	0 %	0 %	15604035
125	NC_000963	AAGTG	2	10	191552	191561	40 %	20 %	40 %	0 %	15604035
126	NC_000963	CAATA	2	10	192999	193008	60 %	20 %	0 %	20 %	15604036
127	NC_000963	GAGTT	2	10	194044	194053	20 %	40 %	40 %	0 %	15604038
128	NC_000963	AGGTT	2	10	195459	195468	20 %	40 %	40 %	0 %	15604039
129	NC_000963	TATTG	2	10	197020	197029	20 %	60 %	20 %	0 %	15604041
130	NC_000963	CCAAA	2	10	197164	197173	60 %	0 %	0 %	40 %	15604041
131	NC_000963	GGTTC	2	10	202315	202324	0 %	40 %	40 %	20 %	15604046
132	NC_000963	TATCA	2	10	205900	205909	40 %	40 %	0 %	20 %	15604049
133	NC_000963	CATCT	2	10	207220	207229	20 %	40 %	0 %	40 %	15604049
134	NC_000963	AATAA	2	10	208231	208240	80 %	20 %	0 %	0 %	15604050
135	NC_000963	TTTGA	2	10	208468	208477	20 %	60 %	20 %	0 %	15604050
136	NC_000963	TAATT	2	10	208617	208626	40 %	60 %	0 %	0 %	15604050
137	NC_000963	GCTAG	2	10	208720	208729	20 %	20 %	40 %	20 %	15604050
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