MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1b

Total Repeats: 164

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021907	ACGGC	2	10	1743	1752	20 %	0 %	40 %	40 %	528831101
2	NC_021907	GCAGG	2	10	2274	2283	20 %	0 %	60 %	20 %	528831102
3	NC_021907	ACCGC	2	10	3919	3928	20 %	0 %	20 %	60 %	528831103
4	NC_021907	GCCGC	2	10	5694	5703	0 %	0 %	40 %	60 %	528831105
5	NC_021907	GGCAT	2	10	6943	6952	20 %	20 %	40 %	20 %	528831106
6	NC_021907	ATGAG	2	10	8913	8922	40 %	20 %	40 %	0 %	528831108
7	NC_021907	GGGGA	2	10	9542	9551	20 %	0 %	80 %	0 %	528831108
8	NC_021907	CCGAT	2	10	9798	9807	20 %	20 %	20 %	40 %	528831108
9	NC_021907	GGATT	2	10	10325	10334	20 %	40 %	40 %	0 %	528831109
10	NC_021907	CGGCA	2	10	16619	16628	20 %	0 %	40 %	40 %	528831120
11	NC_021907	GCAGA	2	10	20291	20300	40 %	0 %	40 %	20 %	528831123
12	NC_021907	CGCGA	2	10	24059	24068	20 %	0 %	40 %	40 %	528831127
13	NC_021907	CGGAC	2	10	25766	25775	20 %	0 %	40 %	40 %	528831129
14	NC_021907	TTCAT	2	10	27761	27770	20 %	60 %	0 %	20 %	528831131
15	NC_021907	AGGCG	2	10	28006	28015	20 %	0 %	60 %	20 %	528831131
16	NC_021907	GCCGC	2	10	30138	30147	0 %	0 %	40 %	60 %	528831133
17	NC_021907	AGGGC	2	10	30156	30165	20 %	0 %	60 %	20 %	528831133
18	NC_021907	TCATC	2	10	30279	30288	20 %	40 %	0 %	40 %	528831133
19	NC_021907	CTCAT	2	10	30428	30437	20 %	40 %	0 %	40 %	528831133
20	NC_021907	ACGAA	2	10	30805	30814	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021907	GGCCC	2	10	31659	31668	0 %	0 %	40 %	60 %	528831136
22	NC_021907	GCCGT	2	10	31722	31731	0 %	20 %	40 %	40 %	528831136
23	NC_021907	CAGCG	2	10	32966	32975	20 %	0 %	40 %	40 %	528831137
24	NC_021907	GGCCG	2	10	35655	35664	0 %	0 %	60 %	40 %	528831140
25	NC_021907	GTCGG	2	10	36662	36671	0 %	20 %	60 %	20 %	528831140
26	NC_021907	CCGAA	2	10	40378	40387	40 %	0 %	20 %	40 %	528831143
27	NC_021907	GGCGC	2	10	41216	41225	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_021907	CGATG	2	10	42122	42131	20 %	20 %	40 %	20 %	528831144
29	NC_021907	ATCGT	2	10	42247	42256	20 %	40 %	20 %	20 %	528831144
30	NC_021907	GCGCC	2	10	43070	43079	0 %	0 %	40 %	60 %	528831144
31	NC_021907	TTGAA	2	10	44356	44365	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021907	TTGCT	2	10	46689	46698	0 %	60 %	20 %	20 %	528831148
33	NC_021907	GCCCG	2	10	47536	47545	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
34	NC_021907	GGGCA	2	10	48512	48521	20 %	0 %	60 %	20 %	528831149
35	NC_021907	AGCGA	2	10	48784	48793	40 %	0 %	40 %	20 %	528831149
36	NC_021907	CCGGC	2	10	49506	49515	0 %	0 %	40 %	60 %	528831150
37	NC_021907	CGGCG	2	10	50612	50621	0 %	0 %	60 %	40 %	528831151
38	NC_021907	CCTCG	2	10	51150	51159	0 %	20 %	20 %	60 %	528831152
39	NC_021907	TCGAT	2	10	51912	51921	20 %	40 %	20 %	20 %	528831152
40	NC_021907	TGAAG	2	10	54448	54457	40 %	20 %	40 %	0 %	528831153
41	NC_021907	TCCCG	2	10	54468	54477	0 %	20 %	20 %	60 %	528831153
42	NC_021907	GCCGC	2	10	55692	55701	0 %	0 %	40 %	60 %	528831154
43	NC_021907	ATGCC	2	10	57401	57410	20 %	20 %	20 %	40 %	528831155
44	NC_021907	GGCAG	2	10	63497	63506	20 %	0 %	60 %	20 %	528831160
45	NC_021907	GGCGA	2	10	65425	65434	20 %	0 %	60 %	20 %	528831162
46	NC_021907	TCGTG	2	10	65569	65578	0 %	40 %	40 %	20 %	528831163
47	NC_021907	AGCGC	2	10	66596	66605	20 %	0 %	40 %	40 %	528831164
48	NC_021907	TGGCG	2	10	67292	67301	0 %	20 %	60 %	20 %	528831165
49	NC_021907	GGCGC	2	10	67852	67861	0 %	0 %	60 %	40 %	528831166
50	NC_021907	ATCGC	2	10	69715	69724	20 %	20 %	20 %	40 %	528831167
51	NC_021907	CTGCC	2	10	69948	69957	0 %	20 %	20 %	60 %	528831167
52	NC_021907	GGGGC	2	10	70185	70194	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021907	GCCGC	2	10	72827	72836	0 %	0 %	40 %	60 %	528831170
54	NC_021907	GATCC	2	10	74159	74168	20 %	20 %	20 %	40 %	528831171
55	NC_021907	CGGCG	2	10	78277	78286	0 %	0 %	60 %	40 %	528831175
56	NC_021907	GATCG	2	10	79420	79429	20 %	20 %	40 %	20 %	528831176
57	NC_021907	GATGC	2	10	79649	79658	20 %	20 %	40 %	20 %	528831176
58	NC_021907	ACCCG	2	10	83035	83044	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_021907	TCGGC	2	10	85555	85564	0 %	20 %	40 %	40 %	528831182
60	NC_021907	GAAGC	2	10	91782	91791	40 %	0 %	40 %	20 %	528831185
61	NC_021907	GGGTT	2	10	92549	92558	0 %	40 %	60 %	0 %	528831185
62	NC_021907	AAACG	2	10	94764	94773	60 %	0 %	20 %	20 %	528831187
63	NC_021907	CGGGG	2	10	96199	96208	0 %	0 %	80 %	20 %	528831188
64	NC_021907	GAAAT	2	10	96499	96508	60 %	20 %	20 %	0 %	528831188
65	NC_021907	CCGCG	2	10	102589	102598	0 %	0 %	40 %	60 %	528831195
66	NC_021907	AGCCG	2	10	102628	102637	20 %	0 %	40 %	40 %	528831195
67	NC_021907	CGGCA	2	10	102821	102830	20 %	0 %	40 %	40 %	528831195
68	NC_021907	CCGAG	2	10	104239	104248	20 %	0 %	40 %	40 %	528831196
69	NC_021907	GTCAG	2	10	104852	104861	20 %	20 %	40 %	20 %	528831197
70	NC_021907	CGCGC	2	10	107498	107507	0 %	0 %	40 %	60 %	528831199
71	NC_021907	CATGC	2	10	107629	107638	20 %	20 %	20 %	40 %	528831199
72	NC_021907	GCCTC	2	10	108073	108082	0 %	20 %	20 %	60 %	528831200
73	NC_021907	CGGCG	2	10	109164	109173	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
74	NC_021907	CATGG	2	10	109788	109797	20 %	20 %	40 %	20 %	528831202
75	NC_021907	CGCGG	2	10	111452	111461	0 %	0 %	60 %	40 %	528831202
76	NC_021907	CAACT	2	10	111645	111654	40 %	20 %	0 %	40 %	528831202
77	NC_021907	CGCGC	2	10	111721	111730	0 %	0 %	40 %	60 %	528831202
78	NC_021907	TTCGG	2	10	112351	112360	0 %	40 %	40 %	20 %	528831202
79	NC_021907	TGGAA	2	10	112391	112400	40 %	20 %	40 %	0 %	528831202
80	NC_021907	AGAGG	2	10	114245	114254	40 %	0 %	60 %	0 %	528831202
81	NC_021907	TCGGA	2	10	116362	116371	20 %	20 %	40 %	20 %	528831204
82	NC_021907	AGATC	2	10	117813	117822	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021907	TGAAA	2	10	120321	120330	60 %	20 %	20 %	0 %	528831205
84	NC_021907	GAATG	2	10	123446	123455	40 %	20 %	40 %	0 %	528831209
85	NC_021907	TGATC	2	10	124917	124926	20 %	40 %	20 %	20 %	528831210
86	NC_021907	TGCGC	2	10	126526	126535	0 %	20 %	40 %	40 %	528831211
87	NC_021907	GTCAG	2	10	127273	127282	20 %	20 %	40 %	20 %	528831211
88	NC_021907	TCCCC	2	10	128152	128161	0 %	20 %	0 %	80 %	528831212
89	NC_021907	TGCGG	2	10	130212	130221	0 %	20 %	60 %	20 %	528831214
90	NC_021907	CGTCA	2	10	130518	130527	20 %	20 %	20 %	40 %	528831214
91	NC_021907	CGCGG	2	10	130704	130713	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
92	NC_021907	CGGCA	2	10	130857	130866	20 %	0 %	40 %	40 %	528831215
93	NC_021907	GCACG	2	10	133291	133300	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_021907	TCCGC	2	10	138890	138899	0 %	20 %	20 %	60 %	528831226
95	NC_021907	TCGCT	2	10	139105	139114	0 %	40 %	20 %	40 %	528831226
96	NC_021907	CGAAG	2	10	141344	141353	40 %	0 %	40 %	20 %	528831228
97	NC_021907	CTTGC	2	10	143203	143212	0 %	40 %	20 %	40 %	528831230
98	NC_021907	GCGAT	2	10	146346	146355	20 %	20 %	40 %	20 %	528831233
99	NC_021907	GCGTG	2	10	147757	147766	0 %	20 %	60 %	20 %	528831235
100	NC_021907	GGCGA	2	10	148691	148700	20 %	0 %	60 %	20 %	528831235
101	NC_021907	TCGAT	2	10	153811	153820	20 %	40 %	20 %	20 %	528831239
102	NC_021907	GAAGC	2	10	159340	159349	40 %	0 %	40 %	20 %	528831244
103	NC_021907	CGGGA	2	10	160954	160963	20 %	0 %	60 %	20 %	528831245
104	NC_021907	CGCAG	2	10	161121	161130	20 %	0 %	40 %	40 %	528831245
105	NC_021907	CGGCA	2	10	161922	161931	20 %	0 %	40 %	40 %	528831245
106	NC_021907	GCATC	2	10	162273	162282	20 %	20 %	20 %	40 %	528831245
107	NC_021907	GCAAG	2	10	163239	163248	40 %	0 %	40 %	20 %	528831246
108	NC_021907	CCCCT	2	10	165131	165140	0 %	20 %	0 %	80 %	528831249
109	NC_021907	CCTTC	2	10	167056	167065	0 %	40 %	0 %	60 %	528831250
110	NC_021907	CCGGG	2	10	168655	168664	0 %	0 %	60 %	40 %	528831251
111	NC_021907	TGCCG	2	10	170687	170696	0 %	20 %	40 %	40 %	528831253
112	NC_021907	GGCAT	2	10	172851	172860	20 %	20 %	40 %	20 %	528831256
113	NC_021907	CGGTT	2	10	174418	174427	0 %	40 %	40 %	20 %	528831257
114	NC_021907	GCCGG	2	10	175852	175861	0 %	0 %	60 %	40 %	528831258
115	NC_021907	CGATG	2	10	176586	176595	20 %	20 %	40 %	20 %	528831259
116	NC_021907	CCCTC	2	10	177225	177234	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
117	NC_021907	GCCGT	2	10	182868	182877	0 %	20 %	40 %	40 %	528831264
118	NC_021907	TTCAG	2	10	186083	186092	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_021907	AAGCT	2	10	187605	187614	40 %	20 %	20 %	20 %	528831270
120	NC_021907	CGGGA	2	10	187849	187858	20 %	0 %	60 %	20 %	528831271
121	NC_021907	CCCTG	2	10	191587	191596	0 %	20 %	20 %	60 %	528831275
122	NC_021907	CATCG	2	10	192994	193003	20 %	20 %	20 %	40 %	528831276
123	NC_021907	TTGCC	2	10	193287	193296	0 %	40 %	20 %	40 %	528831276
124	NC_021907	TCTGC	2	10	195651	195660	0 %	40 %	20 %	40 %	528831279
125	NC_021907	GCTCG	2	10	197028	197037	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_021907	TCGTG	2	10	197070	197079	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_021907	GGCCG	2	10	197102	197111	0 %	0 %	60 %	40 %	528831280
128	NC_021907	CGGCA	2	10	197239	197248	20 %	0 %	40 %	40 %	528831280
129	NC_021907	CTGCG	2	10	197752	197761	0 %	20 %	40 %	40 %	528831280
130	NC_021907	GCAAG	2	10	199007	199016	40 %	0 %	40 %	20 %	528831281
131	NC_021907	TCGTG	2	10	200580	200589	0 %	40 %	40 %	20 %	528831282
132	NC_021907	CGTTC	2	10	201304	201313	0 %	40 %	20 %	40 %	528831283
133	NC_021907	GCGTC	2	10	203014	203023	0 %	20 %	40 %	40 %	528831285
134	NC_021907	GGCGG	2	10	203915	203924	0 %	0 %	80 %	20 %	528831286
135	NC_021907	CCTGC	2	10	205721	205730	0 %	20 %	20 %	60 %	528831288
136	NC_021907	CCGTC	2	10	207280	207289	0 %	20 %	20 %	60 %	528831289
137	NC_021907	GATCG	2	10	207877	207886	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_021907	GGCGC	2	10	210019	210028	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
139	NC_021907	CGCGC	3	15	211866	211880	0 %	0 %	40 %	60 %	528831292
140	NC_021907	ATCGC	2	10	216496	216505	20 %	20 %	20 %	40 %	528831296
141	NC_021907	GCTTT	2	10	216981	216990	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_021907	CAGGA	2	10	217035	217044	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_021907	CGGCG	2	10	217094	217103	0 %	0 %	60 %	40 %	528831297
144	NC_021907	GGCCG	2	10	217160	217169	0 %	0 %	60 %	40 %	528831297
145	NC_021907	CCATG	2	10	225963	225972	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_021907	GGCGC	2	10	230099	230108	0 %	0 %	60 %	40 %	528831312
147	NC_021907	GCCGC	2	10	232174	232183	0 %	0 %	40 %	60 %	528831313
148	NC_021907	GCGTG	2	10	233418	233427	0 %	20 %	60 %	20 %	528831314
149	NC_021907	GGCCG	2	10	234950	234959	0 %	0 %	60 %	40 %	528831315
150	NC_021907	CATCT	2	10	237349	237358	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
151	NC_021907	GCGCG	2	10	238582	238591	0 %	0 %	60 %	40 %	528831319
152	NC_021907	CCCTC	2	10	239865	239874	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
153	NC_021907	AGCGA	2	10	241529	241538	40 %	0 %	40 %	20 %	528831322
154	NC_021907	GCCGC	2	10	241715	241724	0 %	0 %	40 %	60 %	528831322
155	NC_021907	AATGC	2	10	242068	242077	40 %	20 %	20 %	20 %	528831322
156	NC_021907	CTTTG	2	10	244578	244587	0 %	60 %	20 %	20 %	528831324
157	NC_021907	TCTGA	2	10	245735	245744	20 %	40 %	20 %	20 %	528831325
158	NC_021907	GGAAA	2	10	247491	247500	60 %	0 %	40 %	0 %	528831327
159	NC_021907	CAGCT	2	10	248264	248273	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
160	NC_021907	CCCGT	2	10	248583	248592	0 %	20 %	20 %	60 %	528831328
161	NC_021907	ATGCG	2	10	249271	249280	20 %	20 %	40 %	20 %	528831329
162	NC_021907	GCATG	2	10	251660	251669	20 %	20 %	40 %	20 %	528831331
163	NC_021907	CAGGG	2	10	251768	251777	20 %	0 %	60 %	20 %	528831331
164	NC_021907	GCGAA	2	10	252602	252611	40 %	0 %	40 %	20 %	528831331

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.