MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rivularia sp. PCC 7116 chromosome

Total Repeats: 3975

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019678	CCTTTA	2	12	3091	3102	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_019678	TCTAAT	2	12	4473	4484	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427733622
3	NC_019678	CTCTTT	2	12	10201	10212	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_019678	ATAAGC	2	12	11340	11351	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	427733627
5	NC_019678	GTAGCG	2	12	14628	14639	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	427733629
6	NC_019678	AGTATA	2	12	16941	16952	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427733630
7	NC_019678	GGCTGC	2	12	19934	19945	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	427733634
8	NC_019678	GATCTG	2	12	20601	20612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733634
9	NC_019678	CTGCAA	2	12	23986	23997	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	427733637
10	NC_019678	CAAGCA	2	12	28113	28124	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427733641
11	NC_019678	TAGAAG	2	12	30043	30054	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733642
12	NC_019678	AGTAAG	2	12	31694	31705	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733642
13	NC_019678	ATGAAG	2	12	32266	32277	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733642
14	NC_019678	TTCAAA	2	12	34520	34531	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733644
15	NC_019678	TCTGGT	2	12	37471	37482	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	427733646
16	NC_019678	CTCTTG	2	12	38234	38245	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733647
17	NC_019678	AATTAC	2	12	41710	41721	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733651
18	NC_019678	ATTCTC	2	12	45480	45491	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	427733654
19	NC_019678	AGCTAC	2	12	50463	50474	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_019678	ATCTAA	2	12	54495	54506	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_019678	TTCAAT	2	12	58166	58177	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_019678	TCTAAT	2	12	58224	58235	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_019678	TAAATT	2	12	59683	59694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019678	TCCCCA	2	12	60987	60998	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	427733667
25	NC_019678	TAATTT	2	12	66098	66109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019678	TATAAA	2	12	68574	68585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427733673
27	NC_019678	ATATTT	2	12	71609	71620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427733675
28	NC_019678	CAATAT	2	12	73930	73941	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733677
29	NC_019678	CTCTAA	2	12	77174	77185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427733681
30	NC_019678	GAAAAT	2	12	79644	79655	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019678	AAGCAG	2	12	82087	82098	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	427733685
32	NC_019678	AAACTA	2	12	82526	82537	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_019678	GTTTCA	2	12	85237	85248	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733688
34	NC_019678	GCCAAA	2	12	87379	87390	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427733689
35	NC_019678	ACTGAT	2	12	102395	102406	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_019678	CAGTAA	2	12	103529	103540	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	427733704
37	NC_019678	ATAAGT	2	12	104119	104130	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427733704
38	NC_019678	TTTGAG	2	12	105533	105544	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427733705
39	NC_019678	CTTGAG	2	12	106631	106642	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733706
40	NC_019678	AGTATA	2	12	107836	107847	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019678	CTTAGA	2	12	107849	107860	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_019678	ATCAAA	2	12	111240	111251	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	427733708
43	NC_019678	TTTATT	2	12	118159	118170	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019678	TTTTAG	2	12	118330	118341	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	427733713
45	NC_019678	CCATTC	2	12	119073	119084	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	427733714
46	NC_019678	AGAAAT	2	12	120324	120335	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019678	TTCCCA	2	12	122110	122121	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	427733717
48	NC_019678	TCAAAC	2	12	133775	133786	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	427733725
49	NC_019678	ATTCAA	2	12	136067	136078	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733726
50	NC_019678	TAGAAA	2	12	136928	136939	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733727
51	NC_019678	TAGCTT	2	12	136991	137002	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733727
52	NC_019678	CCGCCA	2	12	138748	138759	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	427733728
53	NC_019678	AAACCC	2	12	140703	140714	50 %	0 %	0 %	50 %	427733729
54	NC_019678	ATGATT	2	12	149604	149615	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019678	CTTCAT	2	12	152164	152175	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	427733738
56	NC_019678	TCGGTA	2	12	155513	155524	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733740
57	NC_019678	TCAGCT	2	12	155918	155929	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	427733740
58	NC_019678	CGAGCG	2	12	157431	157442	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	427733741
59	NC_019678	GTGCTG	2	12	160823	160834	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	427733743
60	NC_019678	ATGAAG	2	12	161375	161386	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733743
61	NC_019678	CTGATA	2	12	162125	162136	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427733745
62	NC_019678	AAAAGG	2	12	163047	163058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427733745
63	NC_019678	GAATGA	2	12	173674	173685	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733753
64	NC_019678	GATGCT	2	12	177444	177455	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733758
65	NC_019678	AATTAG	2	12	181386	181397	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427733759
66	NC_019678	AAGTAA	2	12	181788	181799	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733759
67	NC_019678	TGCTTC	2	12	182272	182283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733759
68	NC_019678	ACCATA	2	12	185576	185587	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_019678	GCTTCT	2	12	187746	187757	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733763
70	NC_019678	TTTCTC	2	12	188179	188190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427733763
71	NC_019678	CCTGCA	2	12	188961	188972	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	427733763
72	NC_019678	AACCTA	2	12	192945	192956	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019678	TAGCTT	2	12	193101	193112	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733767
74	NC_019678	TTACTG	2	12	193113	193124	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733767
75	NC_019678	AAAGAT	2	12	196308	196319	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733769
76	NC_019678	AAAGAT	2	12	197193	197204	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733769
77	NC_019678	GATAGT	2	12	198654	198665	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427733769
78	NC_019678	AAGATA	2	12	201895	201906	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733770
79	NC_019678	TAGATG	2	12	203943	203954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427733771
80	NC_019678	AAGATA	2	12	204771	204782	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733771
81	NC_019678	AAAGAT	2	12	205436	205447	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733772
82	NC_019678	AAGATA	2	12	207834	207845	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733772
83	NC_019678	CTTTAT	2	12	208421	208432	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	427733773
84	NC_019678	TAGATG	2	12	210116	210127	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427733773
85	NC_019678	AAGATA	2	12	210944	210955	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427733773
86	NC_019678	AGGTAA	2	12	214186	214197	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733777
87	NC_019678	ATAAAA	2	12	215154	215165	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019678	GTGATT	2	12	215932	215943	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	427733778
89	NC_019678	AAGGTG	2	12	215945	215956	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	427733778
90	NC_019678	TGAAGT	2	12	216393	216404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427733778
91	NC_019678	TGGTGC	2	12	218096	218107	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	427733779
92	NC_019678	CATTTG	2	12	224564	224575	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733786
93	NC_019678	ATCTTC	2	12	228620	228631	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	427733790
94	NC_019678	ATTGTT	2	12	231427	231438	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019678	TTCTGC	2	12	233846	233857	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427733797
96	NC_019678	GTATTA	2	12	235022	235033	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019678	AAATCA	2	12	235508	235519	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	427733798
98	NC_019678	TTTGAT	2	12	242241	242252	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	427733805
99	NC_019678	ACTTAA	2	12	244597	244608	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	427733809
100	NC_019678	TGCTAA	2	12	245412	245423	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427733810
101	NC_019678	AGGGGT	2	12	252283	252294	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	427733815
102	NC_019678	ATCAGT	2	12	252511	252522	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427733815
103	NC_019678	TAGCTT	3	18	253217	253234	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	427733816
104	NC_019678	CGCAAA	2	12	255512	255523	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427733819
105	NC_019678	TGAAGG	2	12	259417	259428	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	427733822
106	NC_019678	TTTACC	2	12	260214	260225	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	427733823
107	NC_019678	TCAGAT	2	12	261037	261048	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427733824
108	NC_019678	TCGGTT	2	12	264667	264678	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	427733828
109	NC_019678	ACCAGA	4	24	267369	267392	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	427733829
110	NC_019678	TAAATT	2	12	270446	270457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019678	AAGCGA	2	12	273389	273400	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	427733834
112	NC_019678	AAAAAT	2	12	274896	274907	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	427733835
113	NC_019678	ATTTCT	2	12	276606	276617	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_019678	ATTGCG	2	12	278055	278066	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	427733836
115	NC_019678	GGAATC	2	12	279870	279881	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	427733836
116	NC_019678	TAAGGA	2	12	281496	281507	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	427733837
117	NC_019678	ATGGGA	2	12	283325	283336	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	427733839
118	NC_019678	ATTTCT	2	12	285549	285560	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_019678	ACGACC	2	12	285822	285833	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
120	NC_019678	ATACTC	2	12	287306	287317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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122	NC_019678	TTTAGT	2	12	292278	292289	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	427733843
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239	NC_019678	TATCAG	2	12	594839	594850	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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354	NC_019678	AATATA	2	12	875655	875666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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458	NC_019678	AAATTG	2	12	1155482	1155493	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	427734485
459	NC_019678	CAGTTA	2	12	1157360	1157371	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	427734486
460	NC_019678	TACTAT	2	12	1157522	1157533	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427734486
461	NC_019678	TCAGCA	2	12	1158634	1158645	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	427734486
462	NC_019678	CCACCT	2	12	1162254	1162265	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
463	NC_019678	AAAAAT	2	12	1164489	1164500	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
464	NC_019678	TAGATT	2	12	1165497	1165508	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
465	NC_019678	CTAATT	2	12	1167990	1168001	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	427734492
466	NC_019678	GATAAA	2	12	1169221	1169232	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	427734493
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468	NC_019678	GTATTT	2	12	1170178	1170189	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
469	NC_019678	AAAGTT	2	12	1175466	1175477	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
470	NC_019678	TAATTT	2	12	1175720	1175731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427734500
471	NC_019678	ACAATA	2	12	1177144	1177155	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
472	NC_019678	CTTTGG	2	12	1179059	1179070	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	427734502
473	NC_019678	TAATAT	2	12	1179697	1179708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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499	NC_019678	AAAATT	2	12	1252639	1252650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427734561
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