MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Riemerella anatipestifer RA-CH-1 chromosome

Total Repeats: 2172

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018609	AATTC	2	10	471	480	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_018609	TACGC	2	10	566	575	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_018609	AACCC	2	10	1192	1201	40 %	0 %	0 %	60 %	407450787
4	NC_018609	AGAAA	2	10	1763	1772	80 %	0 %	20 %	0 %	407450787
5	NC_018609	ATTCT	2	10	2371	2380	20 %	60 %	0 %	20 %	407450788
6	NC_018609	ATTCC	2	10	2451	2460	20 %	40 %	0 %	40 %	407450788
7	NC_018609	TTTTA	2	10	2904	2913	20 %	80 %	0 %	0 %	407450789
8	NC_018609	ATTTG	2	10	3987	3996	20 %	60 %	20 %	0 %	407450789
9	NC_018609	TTCTT	2	10	3999	4008	0 %	80 %	0 %	20 %	407450789
10	NC_018609	AGTTT	2	10	4326	4335	20 %	60 %	20 %	0 %	407450790
11	NC_018609	CTCAA	2	10	4743	4752	40 %	20 %	0 %	40 %	407450790
12	NC_018609	AAATT	2	10	5428	5437	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018609	ACTTC	2	10	5872	5881	20 %	40 %	0 %	40 %	407450792
14	NC_018609	TGTAT	2	10	6522	6531	20 %	60 %	20 %	0 %	407450793
15	NC_018609	TTCAA	2	10	6859	6868	40 %	40 %	0 %	20 %	407450794
16	NC_018609	TTTCA	2	10	8434	8443	20 %	60 %	0 %	20 %	407450795
17	NC_018609	AAGTA	2	10	9733	9742	60 %	20 %	20 %	0 %	407450797
18	NC_018609	GCGTT	2	10	10927	10936	0 %	40 %	40 %	20 %	407450798
19	NC_018609	TCATT	2	10	11888	11897	20 %	60 %	0 %	20 %	407450799
20	NC_018609	CATTT	2	10	12601	12610	20 %	60 %	0 %	20 %	407450801
21	NC_018609	CAATC	2	10	13079	13088	40 %	20 %	0 %	40 %	407450802
22	NC_018609	TAAAA	2	10	13173	13182	80 %	20 %	0 %	0 %	407450802
23	NC_018609	AAATT	2	10	13778	13787	60 %	40 %	0 %	0 %	407450802
24	NC_018609	GTTTG	2	10	14279	14288	0 %	60 %	40 %	0 %	407450802
25	NC_018609	TCTTT	2	10	16333	16342	0 %	80 %	0 %	20 %	407450804
26	NC_018609	TTAAA	2	10	16721	16730	60 %	40 %	0 %	0 %	407450804
27	NC_018609	TCATT	2	10	17580	17589	20 %	60 %	0 %	20 %	407450805
28	NC_018609	TTTGC	2	10	17798	17807	0 %	60 %	20 %	20 %	407450807
29	NC_018609	GTTTG	2	10	18374	18383	0 %	60 %	40 %	0 %	407450807
30	NC_018609	TCATT	2	10	18530	18539	20 %	60 %	0 %	20 %	407450807
31	NC_018609	CTTTT	2	10	19225	19234	0 %	80 %	0 %	20 %	407450808
32	NC_018609	CTTTT	2	10	19237	19246	0 %	80 %	0 %	20 %	407450808
33	NC_018609	TTGGA	2	10	19608	19617	20 %	40 %	40 %	0 %	407450808
34	NC_018609	AAATA	2	10	19696	19705	80 %	20 %	0 %	0 %	407450808
35	NC_018609	CTTTA	2	10	21431	21440	20 %	60 %	0 %	20 %	407450811
36	NC_018609	GCTTT	2	10	22750	22759	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_018609	TTGTC	2	10	22884	22893	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_018609	CGAAA	2	10	23142	23151	60 %	0 %	20 %	20 %	407450814
39	NC_018609	ATGCA	2	10	24344	24353	40 %	20 %	20 %	20 %	407450815
40	NC_018609	CCTGA	2	10	24841	24850	20 %	20 %	20 %	40 %	407450815
41	NC_018609	TTTTA	2	10	25197	25206	20 %	80 %	0 %	0 %	407450816
42	NC_018609	TAATT	2	10	25578	25587	40 %	60 %	0 %	0 %	407450816
43	NC_018609	CCATT	2	10	25719	25728	20 %	40 %	0 %	40 %	407450816
44	NC_018609	GTTTT	2	10	25851	25860	0 %	80 %	20 %	0 %	407450816
45	NC_018609	TGAAC	2	10	27227	27236	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_018609	GTCAG	2	10	28096	28105	20 %	20 %	40 %	20 %	407450818
47	NC_018609	ATGCA	2	10	29933	29942	40 %	20 %	20 %	20 %	407450820
48	NC_018609	TTGAA	2	10	30754	30763	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018609	GATGA	2	10	31618	31627	40 %	20 %	40 %	0 %	407450821
50	NC_018609	TAATG	2	10	32737	32746	40 %	40 %	20 %	0 %	407450822
51	NC_018609	CTCTA	2	10	32792	32801	20 %	40 %	0 %	40 %	407450822
52	NC_018609	AAAGA	2	10	34389	34398	80 %	0 %	20 %	0 %	407450823
53	NC_018609	TGCAA	2	10	36503	36512	40 %	20 %	20 %	20 %	407450824
54	NC_018609	AAAAG	2	10	39225	39234	80 %	0 %	20 %	0 %	407450826
55	NC_018609	TTGGT	2	10	40622	40631	0 %	60 %	40 %	0 %	407450827
56	NC_018609	AACAA	2	10	40658	40667	80 %	0 %	0 %	20 %	407450827
57	NC_018609	ATTTT	2	10	41213	41222	20 %	80 %	0 %	0 %	407450827
58	NC_018609	TAATC	2	10	41822	41831	40 %	40 %	0 %	20 %	407450827
59	NC_018609	TAAAA	2	10	42769	42778	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018609	TCTAA	2	10	43222	43231	40 %	40 %	0 %	20 %	407450828
61	NC_018609	ACTGT	2	10	45209	45218	20 %	40 %	20 %	20 %	407450830
62	NC_018609	CTTCT	2	10	45323	45332	0 %	60 %	0 %	40 %	407450830
63	NC_018609	TTTTG	2	10	46612	46621	0 %	80 %	20 %	0 %	407450831
64	NC_018609	CATCT	2	10	47226	47235	20 %	40 %	0 %	40 %	407450831
65	NC_018609	CTTTA	2	10	47880	47889	20 %	60 %	0 %	20 %	407450831
66	NC_018609	ATAGT	2	10	48338	48347	40 %	40 %	20 %	0 %	407450832
67	NC_018609	GATAT	2	10	49040	49049	40 %	40 %	20 %	0 %	407450832
68	NC_018609	TTTAT	2	10	51042	51051	20 %	80 %	0 %	0 %	407450833
69	NC_018609	GTTCT	2	10	52138	52147	0 %	60 %	20 %	20 %	407450833
70	NC_018609	TATTT	2	10	55530	55539	20 %	80 %	0 %	0 %	407450836
71	NC_018609	ACCAA	2	10	55946	55955	60 %	0 %	0 %	40 %	407450836
72	NC_018609	AAAAC	2	10	56096	56105	80 %	0 %	0 %	20 %	407450836
73	NC_018609	TGCCC	2	10	56603	56612	0 %	20 %	20 %	60 %	407450836
74	NC_018609	CTACC	2	10	61477	61486	20 %	20 %	0 %	60 %	407450842
75	NC_018609	AATAA	2	10	62253	62262	80 %	20 %	0 %	0 %	407450843
76	NC_018609	CAAAG	2	10	62509	62518	60 %	0 %	20 %	20 %	407450843
77	NC_018609	CTGTA	2	10	63510	63519	20 %	40 %	20 %	20 %	407450844
78	NC_018609	CCTTG	2	10	63923	63932	0 %	40 %	20 %	40 %	407450844
79	NC_018609	TTACA	2	10	64030	64039	40 %	40 %	0 %	20 %	407450844
80	NC_018609	GGTAA	2	10	65683	65692	40 %	20 %	40 %	0 %	407450846
81	NC_018609	TCTTG	2	10	66443	66452	0 %	60 %	20 %	20 %	407450846
82	NC_018609	CATAG	2	10	68917	68926	40 %	20 %	20 %	20 %	407450848
83	NC_018609	ATTGA	2	10	71756	71765	40 %	40 %	20 %	0 %	407450851
84	NC_018609	ATTTC	2	10	72882	72891	20 %	60 %	0 %	20 %	407450852
85	NC_018609	CTGTT	2	10	73423	73432	0 %	60 %	20 %	20 %	407450852
86	NC_018609	GTTTT	2	10	74724	74733	0 %	80 %	20 %	0 %	407450853
87	NC_018609	TGTAA	2	10	74929	74938	40 %	40 %	20 %	0 %	407450853
88	NC_018609	TTTTG	2	10	76588	76597	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018609	TGGAT	2	10	78597	78606	20 %	40 %	40 %	0 %	407450855
90	NC_018609	TAGCT	2	10	79795	79804	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018609	TCTGT	2	10	79833	79842	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_018609	AGCCA	2	10	80290	80299	40 %	0 %	20 %	40 %	407450857
93	NC_018609	ATTTT	2	10	81317	81326	20 %	80 %	0 %	0 %	407450858
94	NC_018609	TAAAA	2	10	82995	83004	80 %	20 %	0 %	0 %	407450860
95	NC_018609	CTGAC	2	10	83194	83203	20 %	20 %	20 %	40 %	407450860
96	NC_018609	TAGAC	2	10	84916	84925	40 %	20 %	20 %	20 %	407450862
97	NC_018609	ACATT	2	10	85380	85389	40 %	40 %	0 %	20 %	407450862
98	NC_018609	TTAAT	2	10	85684	85693	40 %	60 %	0 %	0 %	407450863
99	NC_018609	CTTTT	2	10	86580	86589	0 %	80 %	0 %	20 %	407450863
100	NC_018609	AAATA	2	10	88447	88456	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018609	TTAAA	2	10	89550	89559	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018609	GAACA	2	10	91542	91551	60 %	0 %	20 %	20 %	407450869
103	NC_018609	TTGGT	2	10	93951	93960	0 %	60 %	40 %	0 %	407450871
104	NC_018609	GACAG	2	10	95138	95147	40 %	0 %	40 %	20 %	407450872
105	NC_018609	CTATC	2	10	99216	99225	20 %	40 %	0 %	40 %	407450876
106	NC_018609	CCAAC	2	10	99373	99382	40 %	0 %	0 %	60 %	407450876
107	NC_018609	ATAAC	2	10	99572	99581	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_018609	TAACT	2	10	100616	100625	40 %	40 %	0 %	20 %	407450877
109	NC_018609	ACCCA	2	10	101858	101867	40 %	0 %	0 %	60 %	407450878
110	NC_018609	TAAAA	2	10	103458	103467	80 %	20 %	0 %	0 %	407450879
111	NC_018609	TACTG	2	10	104955	104964	20 %	40 %	20 %	20 %	407450880
112	NC_018609	TCCGT	2	10	105408	105417	0 %	40 %	20 %	40 %	407450880
113	NC_018609	GGTAG	2	10	105421	105430	20 %	20 %	60 %	0 %	407450880
114	NC_018609	ATTTT	2	10	107738	107747	20 %	80 %	0 %	0 %	407450882
115	NC_018609	TCAAA	2	10	108086	108095	60 %	20 %	0 %	20 %	407450883
116	NC_018609	AAAGG	2	10	108115	108124	60 %	0 %	40 %	0 %	407450883
117	NC_018609	GAAAA	2	10	108346	108355	80 %	0 %	20 %	0 %	407450883
118	NC_018609	AAACA	2	10	108665	108674	80 %	0 %	0 %	20 %	407450884
119	NC_018609	TTTTA	2	10	109326	109335	20 %	80 %	0 %	0 %	407450885
120	NC_018609	TGCTC	2	10	110009	110018	0 %	40 %	20 %	40 %	407450885
121	NC_018609	TTCTT	2	10	110815	110824	0 %	80 %	0 %	20 %	407450886
122	NC_018609	TTATT	2	10	112160	112169	20 %	80 %	0 %	0 %	407450887
123	NC_018609	AAGCC	2	10	112932	112941	40 %	0 %	20 %	40 %	407450887
124	NC_018609	AAAAC	2	10	115090	115099	80 %	0 %	0 %	20 %	407450888
125	NC_018609	TACTG	2	10	115312	115321	20 %	40 %	20 %	20 %	407450889
126	NC_018609	AAAAT	2	10	115992	116001	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018609	GCTAT	2	10	116329	116338	20 %	40 %	20 %	20 %	407450890
128	NC_018609	TCTGT	2	10	117143	117152	0 %	60 %	20 %	20 %	407450890
129	NC_018609	TGATA	2	10	117982	117991	40 %	40 %	20 %	0 %	407450891
130	NC_018609	TAGGT	2	10	119871	119880	20 %	40 %	40 %	0 %	407450892
131	NC_018609	AAGGT	2	10	121343	121352	40 %	20 %	40 %	0 %	407450894
132	NC_018609	AACAG	2	10	122154	122163	60 %	0 %	20 %	20 %	407450894
133	NC_018609	CTAAA	2	10	122897	122906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_018609	ATGCG	2	10	124721	124730	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_018609	AAACA	2	10	124816	124825	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_018609	AAAAC	2	10	124837	124846	80 %	0 %	0 %	20 %	407450897
137	NC_018609	TCTAC	2	10	125203	125212	20 %	40 %	0 %	40 %	407450897
138	NC_018609	TTTAG	2	10	125398	125407	20 %	60 %	20 %	0 %	407450897
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