MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA2

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017773	GA	3	6	106	111	50 %	0 %	50 %	0 %	386844998
2	NC_017773	AG	3	6	358	363	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017773	GC	3	6	3758	3763	0 %	0 %	50 %	50 %	386845001
4	NC_017773	TA	3	6	4126	4131	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017773	TA	3	6	4491	4496	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017773	TG	3	6	5725	5730	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017773	AT	3	6	6860	6865	50 %	50 %	0 %	0 %	386845005
8	NC_017773	TC	3	6	7695	7700	0 %	50 %	0 %	50 %	386845006
9	NC_017773	CG	3	6	8065	8070	0 %	0 %	50 %	50 %	386845006
10	NC_017773	GC	3	6	8283	8288	0 %	0 %	50 %	50 %	386845006
11	NC_017773	AG	3	6	8386	8391	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017773	GC	3	6	9606	9611	0 %	0 %	50 %	50 %	386845008
13	NC_017773	GA	3	6	9766	9771	50 %	0 %	50 %	0 %	386845008
14	NC_017773	TG	3	6	10037	10042	0 %	50 %	50 %	0 %	386845009
15	NC_017773	GA	3	6	10493	10498	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017773	TG	3	6	10659	10664	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017773	CT	3	6	12089	12094	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_017773	CA	3	6	12166	12171	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_017773	CT	3	6	12269	12274	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_017773	AT	3	6	12299	12304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017773	GA	3	6	12369	12374	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017773	CA	3	6	12588	12593	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017773	CG	3	6	12598	12603	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
24	NC_017773	TG	3	6	12652	12657	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017773	CT	3	6	12717	12722	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017773	TA	5	10	12907	12916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017773	CT	3	6	12982	12987	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017773	TA	3	6	14495	14500	50 %	50 %	0 %	0 %	386845013
29	NC_017773	GA	3	6	14831	14836	50 %	0 %	50 %	0 %	386845013
30	NC_017773	GT	3	6	14970	14975	0 %	50 %	50 %	0 %	386845013
31	NC_017773	GT	3	6	15123	15128	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017773	CG	3	6	15857	15862	0 %	0 %	50 %	50 %	386845014
33	NC_017773	AC	3	6	17395	17400	50 %	0 %	0 %	50 %	386845015
34	NC_017773	CT	3	6	17436	17441	0 %	50 %	0 %	50 %	386845015
35	NC_017773	GA	3	6	17735	17740	50 %	0 %	50 %	0 %	386845015
36	NC_017773	AC	3	6	17984	17989	50 %	0 %	0 %	50 %	386845015
37	NC_017773	AC	3	6	18215	18220	50 %	0 %	0 %	50 %	386845015
38	NC_017773	AG	3	6	20470	20475	50 %	0 %	50 %	0 %	386845016
39	NC_017773	GC	3	6	21599	21604	0 %	0 %	50 %	50 %	386845017
40	NC_017773	AG	3	6	21853	21858	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017773	CG	3	6	24039	24044	0 %	0 %	50 %	50 %	386845020
42	NC_017773	AC	3	6	27362	27367	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017773	GA	3	6	27550	27555	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017773	CA	3	6	28745	28750	50 %	0 %	0 %	50 %	386845026
45	NC_017773	GT	3	6	29072	29077	0 %	50 %	50 %	0 %	386845026
46	NC_017773	GA	3	6	30006	30011	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017773	CG	3	6	30096	30101	0 %	0 %	50 %	50 %	386845027
48	NC_017773	GC	3	6	30244	30249	0 %	0 %	50 %	50 %	386845027
49	NC_017773	TG	3	6	30294	30299	0 %	50 %	50 %	0 %	386845027
50	NC_017773	GC	3	6	30427	30432	0 %	0 %	50 %	50 %	386845027
51	NC_017773	GT	3	6	31114	31119	0 %	50 %	50 %	0 %	386845027
52	NC_017773	TC	3	6	32195	32200	0 %	50 %	0 %	50 %	386845029
53	NC_017773	GC	3	6	32513	32518	0 %	0 %	50 %	50 %	386845029
54	NC_017773	GC	3	6	32856	32861	0 %	0 %	50 %	50 %	386845030
55	NC_017773	GT	3	6	33140	33145	0 %	50 %	50 %	0 %	386845030
56	NC_017773	GC	3	6	33626	33631	0 %	0 %	50 %	50 %	386845030
57	NC_017773	GC	3	6	34276	34281	0 %	0 %	50 %	50 %	386845031
58	NC_017773	GC	3	6	34597	34602	0 %	0 %	50 %	50 %	386845031
59	NC_017773	GC	3	6	35451	35456	0 %	0 %	50 %	50 %	386845031
60	NC_017773	TG	3	6	36039	36044	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017773	GC	3	6	36902	36907	0 %	0 %	50 %	50 %	386845034
62	NC_017773	CG	3	6	36949	36954	0 %	0 %	50 %	50 %	386845034
63	NC_017773	GC	3	6	37755	37760	0 %	0 %	50 %	50 %	386845035
64	NC_017773	AT	3	6	38278	38283	50 %	50 %	0 %	0 %	386845035
65	NC_017773	GC	3	6	38383	38388	0 %	0 %	50 %	50 %	386845035
66	NC_017773	GC	3	6	39624	39629	0 %	0 %	50 %	50 %	386845036
67	NC_017773	CG	3	6	40218	40223	0 %	0 %	50 %	50 %	386845038
68	NC_017773	TG	3	6	40590	40595	0 %	50 %	50 %	0 %	386845039
69	NC_017773	GC	3	6	41041	41046	0 %	0 %	50 %	50 %	386845039
70	NC_017773	GC	3	6	42744	42749	0 %	0 %	50 %	50 %	386845040
71	NC_017773	TC	3	6	43084	43089	0 %	50 %	0 %	50 %	386845040
72	NC_017773	GC	4	8	43272	43279	0 %	0 %	50 %	50 %	386845041
73	NC_017773	GT	3	6	43333	43338	0 %	50 %	50 %	0 %	386845041
74	NC_017773	GC	3	6	45867	45872	0 %	0 %	50 %	50 %	386845042
75	NC_017773	GC	3	6	46312	46317	0 %	0 %	50 %	50 %	386845043
76	NC_017773	TC	3	6	47103	47108	0 %	50 %	0 %	50 %	386845044
77	NC_017773	CT	3	6	47359	47364	0 %	50 %	0 %	50 %	386845044
78	NC_017773	GC	3	6	47590	47595	0 %	0 %	50 %	50 %	386845044
79	NC_017773	GT	3	6	47721	47726	0 %	50 %	50 %	0 %	386845044
80	NC_017773	GA	3	6	48269	48274	50 %	0 %	50 %	0 %	386845044
81	NC_017773	GC	3	6	48800	48805	0 %	0 %	50 %	50 %	386845045
82	NC_017773	AT	3	6	48928	48933	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017773	TC	3	6	48977	48982	0 %	50 %	0 %	50 %	386845046
84	NC_017773	GC	3	6	49222	49227	0 %	0 %	50 %	50 %	386845046
85	NC_017773	TG	3	6	49834	49839	0 %	50 %	50 %	0 %	386845046
86	NC_017773	CT	3	6	50362	50367	0 %	50 %	0 %	50 %	386845046
87	NC_017773	CA	3	6	50452	50457	50 %	0 %	0 %	50 %	386845046
88	NC_017773	TG	3	6	50612	50617	0 %	50 %	50 %	0 %	386845046
89	NC_017773	CG	3	6	51344	51349	0 %	0 %	50 %	50 %	386845046
90	NC_017773	TC	3	6	51620	51625	0 %	50 %	0 %	50 %	386845046
91	NC_017773	CA	3	6	51665	51670	50 %	0 %	0 %	50 %	386845046
92	NC_017773	CA	3	6	52658	52663	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017773	GC	3	6	53559	53564	0 %	0 %	50 %	50 %	386845048
94	NC_017773	CT	3	6	54558	54563	0 %	50 %	0 %	50 %	386845048
95	NC_017773	CA	3	6	55433	55438	50 %	0 %	0 %	50 %	386845049
96	NC_017773	TA	3	6	55563	55568	50 %	50 %	0 %	0 %	386845049
97	NC_017773	GC	3	6	55920	55925	0 %	0 %	50 %	50 %	386845050
98	NC_017773	GC	3	6	56159	56164	0 %	0 %	50 %	50 %	386845051
99	NC_017773	GT	3	6	56620	56625	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017773	CT	3	6	57449	57454	0 %	50 %	0 %	50 %	386845052
101	NC_017773	TA	3	6	57838	57843	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017773	TA	3	6	57852	57857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017773	AT	4	8	57969	57976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017773	AG	3	6	58254	58259	50 %	0 %	50 %	0 %	386845054
105	NC_017773	AT	4	8	58933	58940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017773	TG	3	6	59174	59179	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017773	CT	3	6	59285	59290	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_017773	AC	3	6	60002	60007	50 %	0 %	0 %	50 %	386845056
109	NC_017773	AT	3	6	61219	61224	50 %	50 %	0 %	0 %	386845057
110	NC_017773	TG	3	6	62583	62588	0 %	50 %	50 %	0 %	386845059
111	NC_017773	TG	3	6	62829	62834	0 %	50 %	50 %	0 %	386845059
112	NC_017773	CT	3	6	64601	64606	0 %	50 %	0 %	50 %	386845060
113	NC_017773	AG	3	6	65728	65733	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017773	GC	3	6	68837	68842	0 %	0 %	50 %	50 %	386845062
115	NC_017773	AG	3	6	69604	69609	50 %	0 %	50 %	0 %	386845063
116	NC_017773	TC	3	6	69994	69999	0 %	50 %	0 %	50 %	386845063
117	NC_017773	GC	3	6	70662	70667	0 %	0 %	50 %	50 %	386845063
118	NC_017773	CA	3	6	71180	71185	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_017773	TA	3	6	71946	71951	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017773	TA	3	6	72026	72031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017773	TA	3	6	72118	72123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017773	TG	3	6	73977	73982	0 %	50 %	50 %	0 %	386845066
123	NC_017773	AT	3	6	74151	74156	50 %	50 %	0 %	0 %	386845067
124	NC_017773	GA	3	6	74201	74206	50 %	0 %	50 %	0 %	386845067
125	NC_017773	GA	3	6	74246	74251	50 %	0 %	50 %	0 %	386845067
126	NC_017773	AT	3	6	74631	74636	50 %	50 %	0 %	0 %	386845068
127	NC_017773	GA	3	6	74965	74970	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017773	TG	3	6	75105	75110	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017773	GT	3	6	75138	75143	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.