MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia prowazekii Rp22 chromosome

Total Repeats: 563

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017560	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	386081835
2	NC_017560	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386081836
3	NC_017560	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386081837
4	NC_017560	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386081837
5	NC_017560	CTAATA	2	12	4443	4454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386081839
6	NC_017560	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386081839
7	NC_017560	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386081839
8	NC_017560	ATATCT	2	12	8591	8602	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386081842
9	NC_017560	TTTTAT	2	12	10701	10712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386081844
10	NC_017560	AGAAAA	2	12	10932	10943	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386081844
11	NC_017560	ATTAAA	2	12	11963	11974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081845
12	NC_017560	CTAATT	2	12	13555	13566	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386081847
13	NC_017560	CTATAT	2	12	14170	14181	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386081847
14	NC_017560	GAAGAT	2	12	16362	16373	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017560	AATATA	2	12	17085	17096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017560	ATTTAA	2	12	18328	18339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017560	AATTAT	2	12	18551	18562	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017560	ATCTAA	2	12	19410	19421	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017560	TTTTGA	2	12	21365	21376	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081851
20	NC_017560	TTTGTA	2	12	21504	21515	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081851
21	NC_017560	TATCAA	2	12	22157	22168	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386081852
22	NC_017560	TTAGAA	2	12	23357	23368	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386081855
23	NC_017560	AAAAAT	2	12	24263	24274	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386081856
24	NC_017560	CATATA	2	12	25759	25770	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386081858
25	NC_017560	TACTAG	2	12	29586	29597	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017560	CTACGT	2	12	29775	29786	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017560	AGAAAC	2	12	29827	29838	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017560	AATAAG	2	12	32593	32604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017560	ATTTTT	2	12	35044	35055	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386081866
30	NC_017560	TTTAAT	2	12	37527	37538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017560	GTGAGC	2	12	40047	40058	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386081868
32	NC_017560	ATTCTT	2	12	40186	40197	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386081868
33	NC_017560	ATTTAT	2	12	42124	42135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081869
34	NC_017560	CTTTGT	2	12	44601	44612	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017560	ATAAAA	2	12	52915	52926	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017560	TGCAGC	2	12	53496	53507	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386081880
37	NC_017560	ATAGTG	2	12	54729	54740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386081881
38	NC_017560	AAAAAG	2	12	55557	55568	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386081881
39	NC_017560	CACTTG	2	12	56807	56818	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386081883
40	NC_017560	GAAAAA	2	12	56971	56982	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386081883
41	NC_017560	TAAAAT	2	12	60898	60909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081887
42	NC_017560	GAGTAG	2	12	62046	62057	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386081887
43	NC_017560	ACTACA	2	12	65225	65236	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386081891
44	NC_017560	AGTAAA	2	12	69380	69391	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386081895
45	NC_017560	AATATT	2	12	73442	73453	50 %	50 %	0 %	0 %	386081898
46	NC_017560	TTGATT	2	12	74370	74381	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081898
47	NC_017560	TCTTGC	2	12	74740	74751	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386081898
48	NC_017560	GAAGCA	2	12	75346	75357	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386081899
49	NC_017560	TCAAGC	2	12	75492	75503	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386081899
50	NC_017560	CTATTA	2	12	77197	77208	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386081900
51	NC_017560	TAAAGG	2	12	77384	77395	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386081900
52	NC_017560	TTTTTA	2	12	80290	80301	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386081902
53	NC_017560	ACCTAT	2	12	85165	85176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386081908
54	NC_017560	TATTTA	2	12	88168	88179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081911
55	NC_017560	AAATTA	2	12	98437	98448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081915
56	NC_017560	TAGCGG	2	12	100131	100142	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386081917
57	NC_017560	TCTTTT	2	12	100489	100500	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386081917
58	NC_017560	GGTATT	2	12	101230	101241	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386081918
59	NC_017560	TTTAGT	2	12	102076	102087	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081919
60	NC_017560	TGATTT	2	12	104884	104895	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081921
61	NC_017560	TAAAAT	2	12	108640	108651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081925
62	NC_017560	AACTCT	2	12	109446	109457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386081926
63	NC_017560	GGTGTT	2	12	111338	111349	0 %	50 %	50 %	0 %	386081927
64	NC_017560	TTGCTA	2	12	117001	117012	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081933
65	NC_017560	AGATAG	2	12	117167	117178	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386081933
66	NC_017560	CATCTA	2	12	120092	120103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386081934
67	NC_017560	TAATGC	2	12	122100	122111	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386081935
68	NC_017560	GTATCT	2	12	122461	122472	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081935
69	NC_017560	TAAAAG	2	12	130036	130047	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386081937
70	NC_017560	GTATAG	2	12	130357	130368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386081937
71	NC_017560	GATTTT	2	12	135991	136002	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081943
72	NC_017560	GCTATG	2	12	136381	136392	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386081943
73	NC_017560	TTATAT	2	12	137410	137421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081944
74	NC_017560	CTTTTG	2	12	138538	138549	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386081945
75	NC_017560	AATATT	2	12	142618	142629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017560	AAAGAA	2	12	145531	145542	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386081951
77	NC_017560	GGTGAT	2	12	146646	146657	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386081952
78	NC_017560	TTAGAG	2	12	150724	150735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386081958
79	NC_017560	ATAATT	2	12	153015	153026	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017560	TAGAGA	2	12	153553	153564	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017560	AACTAC	2	12	154137	154148	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386081963
82	NC_017560	ATAAAA	2	12	155645	155656	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386081963
83	NC_017560	TTTTTA	2	12	156649	156660	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386081964
84	NC_017560	AGTTTC	2	12	157253	157264	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081965
85	NC_017560	GCAGAA	2	12	159715	159726	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386081969
86	NC_017560	TTAAAA	2	12	161667	161678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081971
87	NC_017560	CTATTG	2	12	163515	163526	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081971
88	NC_017560	AGTTTA	2	12	166668	166679	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386081972
89	NC_017560	TATGTA	2	12	172977	172988	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017560	ATCTCC	2	12	176291	176302	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017560	TAAAAT	2	12	184446	184457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017560	ATCTTG	2	12	186164	186175	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081987
93	NC_017560	AACATT	2	12	186266	186277	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386081987
94	NC_017560	TGATGG	2	12	190118	190129	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386081990
95	NC_017560	TATATT	2	12	190907	190918	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081990
96	NC_017560	ATATTT	2	12	191517	191528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081990
97	NC_017560	TTTAAT	2	12	191774	191785	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017560	TCACAA	2	12	193194	193205	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017560	TCCTTT	2	12	195430	195441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386081994
100	NC_017560	TTAATA	2	12	196737	196748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017560	TTTCTT	2	12	197286	197297	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386081997
102	NC_017560	TGAAGA	2	12	197364	197375	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386081997
103	NC_017560	AAATTA	2	12	198426	198437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081999
104	NC_017560	TCTTAA	2	12	203534	203545	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017560	CACTAC	2	12	205613	205624	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386082005
106	NC_017560	AAATTC	2	12	208799	208810	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386082006
107	NC_017560	AATTCA	2	12	209638	209649	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386082007
108	NC_017560	ACTATA	2	12	209820	209831	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017560	AAAGCA	2	12	211090	211101	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386082008
110	NC_017560	ATTATA	2	12	211813	211824	50 %	50 %	0 %	0 %	386082009
111	NC_017560	GTATCT	2	12	213706	213717	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386082011
112	NC_017560	TTCTAC	2	12	216183	216194	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386082012
113	NC_017560	TTCTTT	2	12	220399	220410	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386082014
114	NC_017560	CTTCTC	2	12	221831	221842	0 %	50 %	0 %	50 %	386082015
115	NC_017560	TAATTG	2	12	224705	224716	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386082017
116	NC_017560	AATCTT	2	12	226442	226453	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017560	AAAGCA	2	12	227410	227421	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386082018
118	NC_017560	TTATTT	2	12	230722	230733	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386082022
119	NC_017560	TTTCTT	2	12	233312	233323	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017560	GCAATT	2	12	234646	234657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017560	TTAAAT	2	12	236450	236461	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017560	TAAAAA	2	12	237610	237621	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017560	GTAAAG	2	12	238809	238820	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017560	AAATAA	2	12	247653	247664	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017560	ATTGCA	2	12	249185	249196	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386082037
126	NC_017560	CAATTA	2	12	249988	249999	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017560	TTAAAG	2	12	252157	252168	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386082038
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130	NC_017560	TAAAAT	2	12	257628	257639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017560	TGTATC	2	12	261377	261388	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386082043
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164	NC_017560	TTAATA	2	12	304366	304377	50 %	50 %	0 %	0 %	386082079
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232	NC_017560	TTTATA	2	12	424722	424733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386082190
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234	NC_017560	ATATCT	2	12	425421	425432	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386082191
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238	NC_017560	TTACTA	2	12	429546	429557	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386082193
239	NC_017560	AATTTA	2	12	430376	430387	50 %	50 %	0 %	0 %	386082193
240	NC_017560	ATCATG	2	12	430620	430631	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386082193
241	NC_017560	TAAATT	2	12	434156	434167	50 %	50 %	0 %	0 %	386082198
242	NC_017560	CAAATG	2	12	434176	434187	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386082198
243	NC_017560	ATATCT	2	12	437235	437246	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
244	NC_017560	CAAAGC	2	12	438291	438302	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386082203
245	NC_017560	CTAAAT	2	12	445241	445252	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386082208
246	NC_017560	TTAATT	2	12	445854	445865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
247	NC_017560	ATTTTA	2	12	446462	446473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
248	NC_017560	TAAGTA	2	12	448690	448701	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386082211
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250	NC_017560	TTTTTA	2	12	451390	451401	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
251	NC_017560	GTTGCT	2	12	455521	455532	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386082218
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260	NC_017560	TAAATA	2	12	484551	484562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_017560	AGCAGA	2	12	489195	489206	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386082248
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269	NC_017560	ATTTTT	2	12	507815	507826	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_017560	GTTTAA	2	12	508318	508329	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386082263
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331	NC_017560	TGTGCT	2	12	614950	614961	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386082349
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341	NC_017560	ATTGAG	2	12	639696	639707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386082367
342	NC_017560	ATTATC	2	12	640378	640389	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386082368
343	NC_017560	CTGAAA	2	12	640761	640772	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386082368
344	NC_017560	GAAATA	2	12	642035	642046	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
345	NC_017560	TTTACG	2	12	647314	647325	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386082372
346	NC_017560	ATATTA	2	12	650443	650454	50 %	50 %	0 %	0 %	386082375
347	NC_017560	AGGATA	2	12	651477	651488	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386082375
348	NC_017560	TGCTTT	2	12	653713	653724	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386082378
349	NC_017560	GACGCT	2	12	654026	654037	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386082378
350	NC_017560	TAGCAT	2	12	655145	655156	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386082379
351	NC_017560	TAGTGA	2	12	655620	655631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386082379
352	NC_017560	TAATAT	2	12	657725	657736	50 %	50 %	0 %	0 %	386082383
353	NC_017560	AATACC	2	12	657933	657944	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386082383
354	NC_017560	GTTTTA	2	12	658717	658728	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386082384
355	NC_017560	TGCTAC	2	12	664384	664395	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386082388
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357	NC_017560	TATCCA	2	12	666957	666968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386082389
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