MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 plasmid pRahaq203

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017092	GCC	2	6	52	57	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017092	TGCGCA	2	12	73	84	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017092	GAG	2	6	100	105	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017092	GTT	2	6	138	143	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017092	AC	3	6	252	257	50 %	0 %	0 %	50 %	383192419
6	NC_017092	TCT	2	6	262	267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383192419
7	NC_017092	GGA	2	6	268	273	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383192419
8	NC_017092	GC	3	6	374	379	0 %	0 %	50 %	50 %	383192419
9	NC_017092	ATC	2	6	467	472	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192419
10	NC_017092	AC	3	6	515	520	50 %	0 %	0 %	50 %	383192419
11	NC_017092	CTG	2	6	540	545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383192419
12	NC_017092	GAGC	2	8	639	646	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017092	T	6	6	653	658	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017092	TGG	2	6	675	680	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017092	TGT	2	6	765	770	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017092	GGC	2	6	859	864	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017092	GA	3	6	888	893	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017092	GA	3	6	934	939	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017092	AGC	2	6	1049	1054	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017092	CTGC	2	8	1056	1063	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017092	CCA	2	6	1084	1089	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_017092	CG	3	6	1107	1112	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017092	CG	4	8	1146	1153	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
24	NC_017092	AC	4	8	1209	1216	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_017092	CCG	2	6	1250	1255	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_017092	ATT	2	6	1262	1267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017092	ACGAC	2	10	1285	1294	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017092	GT	3	6	1319	1324	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017092	CGC	2	6	1407	1412	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_017092	TGTC	2	8	1426	1433	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017092	GCC	2	6	1462	1467	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_017092	CCA	2	6	1542	1547	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192420
33	NC_017092	TTTC	2	8	1583	1590	0 %	75 %	0 %	25 %	383192420
34	NC_017092	CCT	2	6	1673	1678	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383192420
35	NC_017092	CTG	2	6	1686	1691	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383192420
36	NC_017092	AAC	2	6	1838	1843	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383192420
37	NC_017092	TAA	2	6	1862	1867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383192420
38	NC_017092	AGT	2	6	1954	1959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017092	TAA	2	6	1965	1970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017092	GAA	2	6	1975	1980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017092	GA	3	6	1982	1987	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017092	GCG	2	6	2073	2078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017092	N	1950	1950	2140	4089	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017092	GTT	3	9	4123	4131	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383192421
45	NC_017092	TCA	2	6	4185	4190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192421
46	NC_017092	AGA	2	6	4325	4330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383192421
47	NC_017092	A	6	6	4404	4409	100 %	0 %	0 %	0 %	383192421
48	NC_017092	ATC	2	6	4454	4459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192421
49	NC_017092	A	6	6	4482	4487	100 %	0 %	0 %	0 %	383192421
50	NC_017092	TCA	2	6	4653	4658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192421
51	NC_017092	ATA	2	6	4713	4718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383192421
52	NC_017092	AGTC	2	8	4732	4739	25 %	25 %	25 %	25 %	383192421
53	NC_017092	ATCT	2	8	4753	4760	25 %	50 %	0 %	25 %	383192421
54	NC_017092	ATA	2	6	4812	4817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383192421
55	NC_017092	TCT	2	6	4934	4939	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383192422
56	NC_017092	TCT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383192422
57	NC_017092	AAC	2	6	5019	5024	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383192422
58	NC_017092	GGA	2	6	5029	5034	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383192422
59	NC_017092	CAT	2	6	5050	5055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192422
60	NC_017092	CTTCTA	2	12	5103	5114	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383192422
61	NC_017092	GTT	2	6	5125	5130	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383192422
62	NC_017092	AAT	2	6	5132	5137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383192422
63	NC_017092	CAT	2	6	5194	5199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192422
64	NC_017092	CTATA	2	10	5215	5224	40 %	40 %	0 %	20 %	383192422
65	NC_017092	ACTCA	2	10	5225	5234	40 %	20 %	0 %	40 %	383192422
66	NC_017092	T	6	6	5307	5312	0 %	100 %	0 %	0 %	383192422
67	NC_017092	ATG	2	6	5338	5343	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192422
68	NC_017092	T	6	6	5366	5371	0 %	100 %	0 %	0 %	383192422
69	NC_017092	AC	3	6	5404	5409	50 %	0 %	0 %	50 %	383192422
70	NC_017092	TCA	2	6	5421	5426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192422
71	NC_017092	GAT	2	6	5427	5432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192422
72	NC_017092	CAT	2	6	5443	5448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192422
73	NC_017092	CCT	2	6	5559	5564	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383192422
74	NC_017092	ACA	2	6	5611	5616	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383192422
75	NC_017092	ACTA	2	8	5691	5698	50 %	25 %	0 %	25 %	383192422
76	NC_017092	TTAT	2	8	5709	5716	25 %	75 %	0 %	0 %	383192423
77	NC_017092	AGA	2	6	5737	5742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383192423
78	NC_017092	CAC	2	6	5782	5787	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192423
79	NC_017092	AT	3	6	5850	5855	50 %	50 %	0 %	0 %	383192423
80	NC_017092	ACC	2	6	6029	6034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192423
81	NC_017092	T	6	6	6050	6055	0 %	100 %	0 %	0 %	383192423
82	NC_017092	T	8	8	6069	6076	0 %	100 %	0 %	0 %	383192423
83	NC_017092	ATT	2	6	6084	6089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383192423
84	NC_017092	A	7	7	6101	6107	100 %	0 %	0 %	0 %	383192423
85	NC_017092	T	6	6	6168	6173	0 %	100 %	0 %	0 %	383192423
86	NC_017092	T	6	6	6175	6180	0 %	100 %	0 %	0 %	383192423
87	NC_017092	A	9	9	6184	6192	100 %	0 %	0 %	0 %	383192423
88	NC_017092	TGA	3	9	6207	6215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192423
89	NC_017092	TATG	2	8	6285	6292	25 %	50 %	25 %	0 %	383192423
90	NC_017092	ACA	2	6	6306	6311	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383192423
91	NC_017092	TTG	2	6	6318	6323	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383192423
92	NC_017092	TGG	2	6	6330	6335	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383192423
93	NC_017092	TAT	2	6	6341	6346	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383192423
94	NC_017092	AATA	2	8	6353	6360	75 %	25 %	0 %	0 %	383192423
95	NC_017092	TAT	2	6	6362	6367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383192423
96	NC_017092	CG	3	6	6389	6394	0 %	0 %	50 %	50 %	383192423
97	NC_017092	TGC	2	6	6406	6411	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383192423
98	NC_017092	TA	3	6	6488	6493	50 %	50 %	0 %	0 %	383192423
99	NC_017092	GAT	2	6	6555	6560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192423
100	NC_017092	T	6	6	6663	6668	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017092	TTG	2	6	6702	6707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017092	ACTAA	2	10	6744	6753	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017092	TTAGT	2	10	6767	6776	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017092	TATC	2	8	6846	6853	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017092	ATA	2	6	6894	6899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017092	ATT	2	6	6940	6945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017092	TTAT	2	8	6970	6977	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017092	TC	3	6	7002	7007	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017092	T	7	7	7058	7064	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017092	AAAC	2	8	7084	7091	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017092	GCAA	2	8	7187	7194	50 %	0 %	25 %	25 %	383192424
112	NC_017092	CGC	2	6	7259	7264	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192424
113	NC_017092	ATC	2	6	7317	7322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192424
114	NC_017092	A	7	7	7395	7401	100 %	0 %	0 %	0 %	383192424
115	NC_017092	GTCG	2	8	7452	7459	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017092	T	6	6	7478	7483	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017092	CAT	2	6	7555	7560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017092	AATC	2	8	7586	7593	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017092	TCA	2	6	7600	7605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017092	TTC	2	6	7625	7630	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017092	CAAT	2	8	7660	7667	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_017092	GCT	2	6	7711	7716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383192425
123	NC_017092	TTTC	2	8	7730	7737	0 %	75 %	0 %	25 %	383192425
124	NC_017092	CGC	2	6	7746	7751	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192425
125	NC_017092	CGC	2	6	7809	7814	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192425
126	NC_017092	GCC	3	9	7819	7827	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192425
127	NC_017092	ATC	2	6	7849	7854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383192425
128	NC_017092	AGCG	2	8	7857	7864	25 %	0 %	50 %	25 %	383192425
129	NC_017092	ACC	2	6	7871	7876	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192425
130	NC_017092	TTG	2	6	7913	7918	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017092	A	6	6	7927	7932	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017092	T	6	6	7952	7957	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017092	CACCG	2	10	7996	8005	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
134	NC_017092	CGC	2	6	8081	8086	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_017092	CGC	2	6	8182	8187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192426
136	NC_017092	CAC	2	6	8240	8245	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383192426
137	NC_017092	CCT	2	6	8265	8270	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383192426
138	NC_017092	TGA	2	6	8283	8288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383192426
139	NC_017092	ACG	2	6	8296	8301	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383192426
140	NC_017092	T	7	7	8315	8321	0 %	100 %	0 %	0 %	383192426
141	NC_017092	TTC	2	6	8328	8333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383192426
142	NC_017092	CCG	2	6	8345	8350	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383192426

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.