MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rickettsia typhi str. TH1527 chromosome

Total Repeats: 1187

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017066	TAACG	2	10	992	1001	40 %	20 %	20 %	20 %	383751991
2	NC_017066	TTAAT	2	10	1883	1892	40 %	60 %	0 %	0 %	383751992
3	NC_017066	TTTTA	2	10	2444	2453	20 %	80 %	0 %	0 %	383751993
4	NC_017066	ATTTA	2	10	2797	2806	40 %	60 %	0 %	0 %	383751993
5	NC_017066	GCAAA	2	10	3254	3263	60 %	0 %	20 %	20 %	383751994
6	NC_017066	TAAAT	2	10	4753	4762	60 %	40 %	0 %	0 %	383751994
7	NC_017066	GTAGT	2	10	5064	5073	20 %	40 %	40 %	0 %	383751994
8	NC_017066	AATAC	2	10	6715	6724	60 %	20 %	0 %	20 %	383751995
9	NC_017066	AAACC	2	10	7874	7883	60 %	0 %	0 %	40 %	383751997
10	NC_017066	TGATT	2	10	8222	8231	20 %	60 %	20 %	0 %	383751997
11	NC_017066	ATTTA	2	10	8936	8945	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017066	CGAGA	2	10	9646	9655	40 %	0 %	40 %	20 %	383751998
13	NC_017066	TACAT	2	10	13912	13921	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017066	AAAGT	2	10	14397	14406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017066	TGACA	2	10	14923	14932	40 %	20 %	20 %	20 %	383752003
16	NC_017066	TCAAT	2	10	15496	15505	40 %	40 %	0 %	20 %	383752003
17	NC_017066	TGAAT	2	10	15550	15559	40 %	40 %	20 %	0 %	383752003
18	NC_017066	AGATA	2	10	17506	17515	60 %	20 %	20 %	0 %	383752003
19	NC_017066	ATTTA	2	10	18372	18381	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017066	TTAAT	2	10	19001	19010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017066	TATTT	2	10	20675	20684	20 %	80 %	0 %	0 %	383752005
22	NC_017066	TCCTC	2	10	22734	22743	0 %	40 %	0 %	60 %	383752008
23	NC_017066	AAACC	2	10	23375	23384	60 %	0 %	0 %	40 %	383752008
24	NC_017066	ATAGC	2	10	24628	24637	40 %	20 %	20 %	20 %	383752009
25	NC_017066	ATGCT	2	10	25341	25350	20 %	40 %	20 %	20 %	383752010
26	NC_017066	AATTA	2	10	26708	26717	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017066	TTTAT	2	10	26942	26951	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017066	TGATA	2	10	27699	27708	40 %	40 %	20 %	0 %	383752013
29	NC_017066	AATGA	2	10	27793	27802	60 %	20 %	20 %	0 %	383752013
30	NC_017066	TTTGT	2	10	28009	28018	0 %	80 %	20 %	0 %	383752013
31	NC_017066	TATTT	2	10	29838	29847	20 %	80 %	0 %	0 %	383752015
32	NC_017066	CTTTG	2	10	31524	31533	0 %	60 %	20 %	20 %	383752015
33	NC_017066	ACCAT	2	10	32850	32859	40 %	20 %	0 %	40 %	383752015
34	NC_017066	GCAAT	2	10	36482	36491	40 %	20 %	20 %	20 %	383752017
35	NC_017066	TATAT	2	10	37707	37716	40 %	60 %	0 %	0 %	383752017
36	NC_017066	AAACT	2	10	38171	38180	60 %	20 %	0 %	20 %	383752017
37	NC_017066	AAAAC	2	10	40812	40821	80 %	0 %	0 %	20 %	383752018
38	NC_017066	TTTCT	2	10	41488	41497	0 %	80 %	0 %	20 %	383752019
39	NC_017066	AAGTA	2	10	43054	43063	60 %	20 %	20 %	0 %	383752019
40	NC_017066	TCTTG	2	10	43472	43481	0 %	60 %	20 %	20 %	383752019
41	NC_017066	ATTAT	2	10	44664	44673	40 %	60 %	0 %	0 %	383752020
42	NC_017066	TAAAA	2	10	45631	45640	80 %	20 %	0 %	0 %	383752020
43	NC_017066	ATATA	2	10	47240	47249	60 %	40 %	0 %	0 %	383752021
44	NC_017066	GATTT	2	10	48635	48644	20 %	60 %	20 %	0 %	383752022
45	NC_017066	ACTAA	2	10	50169	50178	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017066	ATCAT	2	10	51418	51427	40 %	40 %	0 %	20 %	383752026
47	NC_017066	ACAAG	2	10	52338	52347	60 %	0 %	20 %	20 %	383752027
48	NC_017066	AATTC	2	10	54456	54465	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017066	TATTG	2	10	54545	54554	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017066	ATCTT	2	10	54625	54634	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017066	ATTAT	2	10	54760	54769	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017066	TTTCA	2	10	55100	55109	20 %	60 %	0 %	20 %	383752029
53	NC_017066	GTAAT	2	10	55461	55470	40 %	40 %	20 %	0 %	383752029
54	NC_017066	TACTT	2	10	55929	55938	20 %	60 %	0 %	20 %	383752030
55	NC_017066	ATTAA	2	10	56549	56558	60 %	40 %	0 %	0 %	383752031
56	NC_017066	GTTTT	2	10	56626	56635	0 %	80 %	20 %	0 %	383752031
57	NC_017066	TATTT	2	10	57320	57329	20 %	80 %	0 %	0 %	383752031
58	NC_017066	TTTAT	2	10	59585	59594	20 %	80 %	0 %	0 %	383752034
59	NC_017066	TTTGC	2	10	65218	65227	0 %	60 %	20 %	20 %	383752037
60	NC_017066	AAATT	2	10	67671	67680	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017066	ATGGA	2	10	70532	70541	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
62	NC_017066	ATGGA	2	10	70682	70691	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
63	NC_017066	ATGGA	2	10	70832	70841	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
64	NC_017066	ATGGA	2	10	70982	70991	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
65	NC_017066	ATGGA	2	10	71132	71141	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
66	NC_017066	ATGGA	2	10	71282	71291	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
67	NC_017066	AAAGA	2	10	71491	71500	80 %	0 %	20 %	0 %	383752038
68	NC_017066	AAATC	2	10	72268	72277	60 %	20 %	0 %	20 %	383752038
69	NC_017066	TAGTA	2	10	72823	72832	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017066	AATAA	2	10	73192	73201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017066	AAATT	2	10	73615	73624	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017066	ACTAA	2	10	75813	75822	60 %	20 %	0 %	20 %	383752041
73	NC_017066	AATTA	2	10	78703	78712	60 %	40 %	0 %	0 %	383752044
74	NC_017066	ATTTT	2	10	81288	81297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017066	TCTTT	2	10	81893	81902	0 %	80 %	0 %	20 %	383752048
76	NC_017066	TATAC	2	10	84013	84022	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017066	GAATA	2	10	84144	84153	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017066	TGATT	2	10	85157	85166	20 %	60 %	20 %	0 %	383752050
79	NC_017066	TTTGT	2	10	90321	90330	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017066	GTAGC	2	10	90345	90354	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017066	TAATG	2	10	91446	91455	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017066	TAATT	2	10	95320	95329	40 %	60 %	0 %	0 %	383752058
83	NC_017066	ATTTA	2	10	95667	95676	40 %	60 %	0 %	0 %	383752058
84	NC_017066	TTTTA	2	10	96024	96033	20 %	80 %	0 %	0 %	383752058
85	NC_017066	TTTTA	2	10	96072	96081	20 %	80 %	0 %	0 %	383752058
86	NC_017066	CATTG	2	10	96488	96497	20 %	40 %	20 %	20 %	383752059
87	NC_017066	TGTAT	2	10	98400	98409	20 %	60 %	20 %	0 %	383752061
88	NC_017066	ATATA	2	10	98998	99007	60 %	40 %	0 %	0 %	383752061
89	NC_017066	AGAAA	2	10	99379	99388	80 %	0 %	20 %	0 %	383752062
90	NC_017066	AATTT	2	10	99389	99398	40 %	60 %	0 %	0 %	383752062
91	NC_017066	TATTG	2	10	99767	99776	20 %	60 %	20 %	0 %	383752062
92	NC_017066	CAAAA	2	10	100223	100232	80 %	0 %	0 %	20 %	383752063
93	NC_017066	AAATA	2	10	101410	101419	80 %	20 %	0 %	0 %	383752064
94	NC_017066	CAACC	2	10	101787	101796	40 %	0 %	0 %	60 %	383752064
95	NC_017066	TATAA	2	10	104472	104481	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017066	TTAGC	2	10	105978	105987	20 %	40 %	20 %	20 %	383752068
97	NC_017066	TAATA	2	10	106288	106297	60 %	40 %	0 %	0 %	383752068
98	NC_017066	TAATA	2	10	106364	106373	60 %	40 %	0 %	0 %	383752069
99	NC_017066	CATAG	2	10	106980	106989	40 %	20 %	20 %	20 %	383752069
100	NC_017066	ATTAA	2	10	108001	108010	60 %	40 %	0 %	0 %	383752069
101	NC_017066	TTTAA	2	10	108224	108233	40 %	60 %	0 %	0 %	383752070
102	NC_017066	TAACA	2	10	109297	109306	60 %	20 %	0 %	20 %	383752070
103	NC_017066	ATTTT	2	10	109418	109427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017066	TTTTA	2	10	110284	110293	20 %	80 %	0 %	0 %	383752071
105	NC_017066	TTAGT	2	10	110588	110597	20 %	60 %	20 %	0 %	383752072
106	NC_017066	GATAT	2	10	111083	111092	40 %	40 %	20 %	0 %	383752072
107	NC_017066	AGGTA	2	10	114997	115006	40 %	20 %	40 %	0 %	383752075
108	NC_017066	ATATT	2	10	116138	116147	40 %	60 %	0 %	0 %	383752075
109	NC_017066	ATGTT	2	10	118415	118424	20 %	60 %	20 %	0 %	383752079
110	NC_017066	ATAAA	2	10	118613	118622	80 %	20 %	0 %	0 %	383752079
111	NC_017066	GTTAT	2	10	118645	118654	20 %	60 %	20 %	0 %	383752079
112	NC_017066	AATTT	2	10	120578	120587	40 %	60 %	0 %	0 %	383752080
113	NC_017066	CTTTA	2	10	121902	121911	20 %	60 %	0 %	20 %	383752081
114	NC_017066	TCATA	2	10	122735	122744	40 %	40 %	0 %	20 %	383752081
115	NC_017066	CAATT	2	10	122895	122904	40 %	40 %	0 %	20 %	383752081
116	NC_017066	TATTT	2	10	123900	123909	20 %	80 %	0 %	0 %	383752081
117	NC_017066	TTGCT	2	10	129444	129453	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017066	AATTT	2	10	129728	129737	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017066	AATAA	2	10	129802	129811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017066	ATTGC	2	10	130653	130662	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017066	TAAGC	2	10	130739	130748	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017066	TTTTA	2	10	132708	132717	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017066	CATTA	2	10	133898	133907	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017066	GTATG	2	10	134725	134734	20 %	40 %	40 %	0 %	383752087
125	NC_017066	AAACC	2	10	136947	136956	60 %	0 %	0 %	40 %	383752088
126	NC_017066	ATGAT	2	10	137073	137082	40 %	40 %	20 %	0 %	383752088
127	NC_017066	TATAG	2	10	139002	139011	40 %	40 %	20 %	0 %	383752090
128	NC_017066	GTTTG	2	10	139435	139444	0 %	60 %	40 %	0 %	383752092
129	NC_017066	TTTTA	2	10	139657	139666	20 %	80 %	0 %	0 %	383752092
130	NC_017066	TAAAA	2	10	140841	140850	80 %	20 %	0 %	0 %	383752094
131	NC_017066	ATTTA	2	10	140908	140917	40 %	60 %	0 %	0 %	383752095
132	NC_017066	TATTT	2	10	141529	141538	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017066	ATATT	2	10	142426	142435	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017066	TAAAC	2	10	142880	142889	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017066	TATCA	2	10	144070	144079	40 %	40 %	0 %	20 %	383752096
136	NC_017066	ATATT	2	10	144385	144394	40 %	60 %	0 %	0 %	383752097
137	NC_017066	ATTTT	2	10	145817	145826	20 %	80 %	0 %	0 %	383752098
138	NC_017066	TAATA	2	10	149094	149103	60 %	40 %	0 %	0 %	383752101
139	NC_017066	TAAAA	2	10	149943	149952	80 %	20 %	0 %	0 %	383752102
140	NC_017066	TGGTG	2	10	150077	150086	0 %	40 %	60 %	0 %	383752102
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260	NC_017066	GGTAT	2	10	273159	273168	20 %	40 %	40 %	0 %	383752194
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262	NC_017066	TATAA	2	10	275625	275634	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
263	NC_017066	AAATG	2	10	275779	275788	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
264	NC_017066	ATCAA	2	10	276093	276102	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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267	NC_017066	TAAAA	2	10	278211	278220	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
268	NC_017066	ATTAA	2	10	278330	278339	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_017066	AGAAA	2	10	282258	282267	80 %	0 %	20 %	0 %	383752200
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