MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia slovaca str. D-CWPP chromosome

Total Repeats: 579

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017065	AATTAT	2	12	325	336	50 %	50 %	0 %	0 %	383750642
2	NC_017065	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383750643
3	NC_017065	CAAAAC	2	12	5072	5083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383750646
4	NC_017065	CAAAAT	2	12	5925	5936	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383750646
5	NC_017065	ACCGTA	2	12	7524	7535	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383750650
6	NC_017065	AAAGAC	2	12	11154	11165	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383750653
7	NC_017065	AGAAAA	2	12	14416	14427	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383750656
8	NC_017065	ATTAAA	2	12	15592	15603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383750658
9	NC_017065	TTTAAA	2	12	17189	17200	50 %	50 %	0 %	0 %	383750660
10	NC_017065	CTAATT	2	12	17238	17249	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383750660
11	NC_017065	CTATAT	2	12	17853	17864	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383750660
12	NC_017065	ATTTAG	2	12	22746	22757	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383750665
13	NC_017065	AGATGT	2	12	23494	23505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383750665
14	NC_017065	GAAGCT	2	12	23774	23785	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383750665
15	NC_017065	GAAGCT	2	12	23897	23908	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383750665
16	NC_017065	GCATTA	2	12	25139	25150	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383750665
17	NC_017065	TCCGAT	2	12	25256	25267	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383750665
18	NC_017065	ATTTAA	2	12	25654	25665	50 %	50 %	0 %	0 %	383750665
19	NC_017065	CAAATA	2	12	27365	27376	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017065	TAAAGT	2	12	27528	27539	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017065	TTTAGG	2	12	28921	28932	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017065	CATATA	2	12	34223	34234	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383750679
23	NC_017065	AATACA	2	12	37751	37762	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383750683
24	NC_017065	TTTTTG	2	12	38324	38335	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017065	AAGAAA	2	12	39262	39273	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017065	ATCTTT	2	12	41681	41692	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017065	ATATTA	2	12	45789	45800	50 %	50 %	0 %	0 %	383750693
28	NC_017065	AAAGCT	2	12	45973	45984	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383750693
29	NC_017065	ATTAAT	2	12	46535	46546	50 %	50 %	0 %	0 %	383750693
30	NC_017065	TTTTTA	2	12	47289	47300	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383750694
31	NC_017065	AGTATT	2	12	51892	51903	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017065	GCGGGA	2	12	55727	55738	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017065	ATTGCT	2	12	56305	56316	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383750699
34	NC_017065	ATTTAT	2	12	56892	56903	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383750700
35	NC_017065	ATAAGG	2	12	57091	57102	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383750700
36	NC_017065	ATCAGA	2	12	60942	60953	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383750706
37	NC_017065	AAAACA	2	12	64887	64898	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	383750708
38	NC_017065	ATAAAA	2	12	69363	69374	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383750715
39	NC_017065	ATTTAT	2	12	69393	69404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383750715
40	NC_017065	TAATAT	2	12	70211	70222	50 %	50 %	0 %	0 %	383750716
41	NC_017065	CAGCAA	2	12	70880	70891	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	383750717
42	NC_017065	ATAGTG	2	12	71211	71222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383750717
43	NC_017065	AAAAAG	2	12	72039	72050	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383750717
44	NC_017065	TATAGT	2	12	75751	75762	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017065	TACCCT	2	12	77394	77405	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	383750722
46	NC_017065	ATCCTG	2	12	77416	77427	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383750722
47	NC_017065	AAAGCT	2	12	77835	77846	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383750722
48	NC_017065	GTAATA	2	12	78474	78485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383750722
49	NC_017065	AGTAAA	2	12	87224	87235	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383750731
50	NC_017065	AAGGAC	2	12	89176	89187	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383750734
51	NC_017065	CGTGAT	2	12	90150	90161	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383750736
52	NC_017065	TTGATT	2	12	92646	92657	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383750737
53	NC_017065	GAAGCA	2	12	93738	93749	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383750738
54	NC_017065	TTTTAA	2	12	94011	94022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017065	TAAAAA	2	12	96721	96732	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017065	TTTTTA	2	12	99085	99096	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383750742
57	NC_017065	CCTATA	2	12	103794	103805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383750748
58	NC_017065	ACCTAT	2	12	104027	104038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383750748
59	NC_017065	ACCGCT	2	12	105375	105386	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383750749
60	NC_017065	CGTTAG	2	12	113157	113168	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383750754
61	NC_017065	TAGCGG	2	12	119805	119816	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383750760
62	NC_017065	TTTATT	2	12	125036	125047	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383750766
63	NC_017065	TAAAAT	2	12	129032	129043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383750772
64	NC_017065	TATTTT	2	12	131013	131024	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017065	CTTTGT	2	12	136211	136222	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383750781
66	NC_017065	TTGCTA	2	12	138301	138312	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383750782
67	NC_017065	AAGATA	2	12	138466	138477	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383750782
68	NC_017065	CTTTAG	2	12	138628	138639	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383750782
69	NC_017065	TTTAGT	2	12	139287	139298	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383750782
70	NC_017065	TAATGC	2	12	143373	143384	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383750784
71	NC_017065	AAAGAT	2	12	144196	144207	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383750784
72	NC_017065	TAAAGA	2	12	144420	144431	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383750784
73	NC_017065	TTTATC	2	12	157329	157340	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383750790
74	NC_017065	GATTTT	2	12	157623	157634	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383750791
75	NC_017065	CTTTTG	2	12	160173	160184	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383750793
76	NC_017065	GTAAAA	2	12	161497	161508	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383750794
77	NC_017065	CAATAT	2	12	164424	164435	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017065	ATTGAG	2	12	164776	164787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383750798
79	NC_017065	CTTCAT	2	12	165002	165013	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383750798
80	NC_017065	TCAATT	2	12	166777	166788	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383750800
81	NC_017065	AAAGAA	2	12	167417	167428	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383750800
82	NC_017065	TCAAGC	2	12	167434	167445	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383750800
83	NC_017065	GTTGAG	2	12	168003	168014	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383750801
84	NC_017065	AAGTAA	2	12	169799	169810	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383750802
85	NC_017065	TTTTAA	2	12	171063	171074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017065	TAGAGC	2	12	172494	172505	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383750807
87	NC_017065	GAACAA	2	12	176015	176026	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383750811
88	NC_017065	ATAAAA	2	12	177432	177443	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383750811
89	NC_017065	TTTTTA	2	12	178495	178506	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383750812
90	NC_017065	CTGTAG	2	12	181527	181538	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383750817
91	NC_017065	TTAAAA	2	12	183777	183788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383750818
92	NC_017065	GCTATT	2	12	185624	185635	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383750818
93	NC_017065	TCCATG	2	12	192581	192592	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383750820
94	NC_017065	GATGTT	2	12	193606	193617	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383750821
95	NC_017065	AAAAAT	2	12	196083	196094	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383750824
96	NC_017065	AAGCCC	2	12	205140	205151	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	383750830
97	NC_017065	CCCTAA	2	12	210394	210405	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383750838
98	NC_017065	TATTTA	2	12	211542	211553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017065	AAATGA	2	12	212858	212869	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017065	CTTTAG	2	12	214828	214839	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383750841
101	NC_017065	TGCCGA	2	12	215318	215329	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383750841
102	NC_017065	ATATTT	2	12	215817	215828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383750841
103	NC_017065	GTTTCA	2	12	219008	219019	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383750845
104	NC_017065	AAAAGC	2	12	220184	220195	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383750846
105	NC_017065	TTTCTT	2	12	221642	221653	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383750848
106	NC_017065	TTTTCT	2	12	221662	221673	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383750848
107	NC_017065	AAATTA	2	12	222818	222829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383750850
108	NC_017065	AGTTAA	2	12	224760	224771	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383750851
109	NC_017065	TCATAA	2	12	226752	226763	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383750852
110	NC_017065	TAATAT	2	12	226857	226868	50 %	50 %	0 %	0 %	383750852
111	NC_017065	TAAATT	2	12	228454	228465	50 %	50 %	0 %	0 %	383750854
112	NC_017065	TCTGTC	2	12	234313	234324	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017065	AAAGCA	2	12	236005	236016	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383750868
114	NC_017065	GTACGA	2	12	240049	240060	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383750872
115	NC_017065	CTTCTA	2	12	241046	241057	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383750872
116	NC_017065	ATCTCA	2	12	243810	243821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383750874
117	NC_017065	TTCTTT	2	12	245203	245214	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383750875
118	NC_017065	TACTTC	2	12	247528	247539	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383750879
119	NC_017065	ATAAAT	2	12	252565	252576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017065	TATTTT	2	12	256760	256771	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017065	CAATAT	2	12	257084	257095	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383750888
122	NC_017065	TAATTA	2	12	257685	257696	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017065	GCACCG	2	12	264848	264859	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	383750896
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126	NC_017065	AAAATG	2	12	265387	265398	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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130	NC_017065	ATTGCA	2	12	278176	278187	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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231	NC_017065	ATCAGT	2	12	512866	512877	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
232	NC_017065	ATTTGA	2	12	513142	513153	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383751170
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235	NC_017065	ATATTA	2	12	519877	519888	50 %	50 %	0 %	0 %	383751177
236	NC_017065	ATACCG	3	18	522474	522491	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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475	NC_017065	CCATAC	2	12	1057062	1057073	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383751766
476	NC_017065	CTCTTG	2	12	1060622	1060633	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383751768
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479	NC_017065	GTTTTT	2	12	1063248	1063259	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	383751772
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497	NC_017065	TACCTG	2	12	1100900	1100911	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383751813
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499	NC_017065	ACCTAA	2	12	1105566	1105577	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383751818
500	NC_017065	TGTTCT	2	12	1107192	1107203	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383751820

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