MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia prowazekii str. RpGvF24 chromosome

Total Repeats: 565

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017057	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383500101
2	NC_017057	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383500102
3	NC_017057	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383500103
4	NC_017057	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500103
5	NC_017057	CTAATA	2	12	4443	4454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500105
6	NC_017057	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500105
7	NC_017057	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383500105
8	NC_017057	ATATCT	2	12	8591	8602	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500108
9	NC_017057	TTTTAT	2	12	10701	10712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017057	AGAAAA	2	12	10932	10943	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383500110
11	NC_017057	ATTAAA	2	12	11949	11960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500111
12	NC_017057	CTAATT	2	12	13541	13552	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500113
13	NC_017057	CTATAT	2	12	14156	14167	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500113
14	NC_017057	GAAGAT	2	12	16346	16357	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017057	AATATA	2	12	17069	17080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017057	ATTTAA	2	12	18314	18325	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017057	AATTAT	2	12	18537	18548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017057	ATCTAA	2	12	19397	19408	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017057	TTTTGA	2	12	21350	21361	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500115
20	NC_017057	TTTGTA	2	12	21489	21500	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500115
21	NC_017057	TATCAA	2	12	22142	22153	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500116
22	NC_017057	TTAGAA	2	12	23342	23353	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383500119
23	NC_017057	AAAAAT	2	12	24248	24259	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383500120
24	NC_017057	CATATA	2	12	25744	25755	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500122
25	NC_017057	TACTAG	2	12	29571	29582	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017057	CTACGT	2	12	29760	29771	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017057	AGAAAC	2	12	29812	29823	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017057	AATAAG	2	12	32578	32589	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017057	ATTTTT	2	12	35029	35040	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383500128
30	NC_017057	TTTAAT	2	12	37512	37523	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017057	GTGAGC	2	12	40038	40049	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383500130
32	NC_017057	ATTCTT	2	12	40177	40188	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383500130
33	NC_017057	ATTTAT	2	12	42115	42126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500131
34	NC_017057	CTTTGT	2	12	44592	44603	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017057	ATAAAA	2	12	52906	52917	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017057	TGCAGC	2	12	53487	53498	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383500141
37	NC_017057	ATAGTG	2	12	54720	54731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383500142
38	NC_017057	AAAAAG	2	12	55548	55559	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383500142
39	NC_017057	CACTTG	2	12	56799	56810	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017057	GAAAAA	2	12	56963	56974	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017057	TAAAAT	2	12	60890	60901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500147
42	NC_017057	GAGTAG	2	12	62038	62049	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383500147
43	NC_017057	ACTACA	2	12	65217	65228	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383500151
44	NC_017057	AGTAAA	2	12	69372	69383	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383500155
45	NC_017057	AATATT	2	12	73434	73445	50 %	50 %	0 %	0 %	383500158
46	NC_017057	TTGATT	2	12	74362	74373	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500158
47	NC_017057	TCTTGC	2	12	74732	74743	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383500158
48	NC_017057	GAAGCA	2	12	75338	75349	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383500159
49	NC_017057	TCAAGC	2	12	75484	75495	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383500159
50	NC_017057	CTATTA	2	12	77189	77200	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500160
51	NC_017057	TAAAGG	2	12	77376	77387	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383500160
52	NC_017057	TTTTTA	2	12	80282	80293	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383500162
53	NC_017057	ACCTAT	2	12	85157	85168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383500168
54	NC_017057	TATTTA	2	12	88160	88171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500171
55	NC_017057	GCATTT	2	12	92116	92127	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017057	AAATTA	2	12	98549	98560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500174
57	NC_017057	TAGCGG	2	12	100243	100254	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383500176
58	NC_017057	TCTTTT	2	12	100601	100612	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383500176
59	NC_017057	GGTATT	2	12	101342	101353	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383500177
60	NC_017057	TTTAGT	2	12	102188	102199	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500178
61	NC_017057	TGATTT	2	12	104996	105007	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500180
62	NC_017057	TAAAAT	2	12	108752	108763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500184
63	NC_017057	AACTCT	2	12	109558	109569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383500185
64	NC_017057	GGTGTT	2	12	111450	111461	0 %	50 %	50 %	0 %	383500186
65	NC_017057	TTGCTA	2	12	117113	117124	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500191
66	NC_017057	AGATAG	2	12	117279	117290	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383500191
67	NC_017057	CATCTA	2	12	120327	120338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383500192
68	NC_017057	TAATGC	2	12	122335	122346	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500193
69	NC_017057	GTATCT	2	12	122696	122707	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500193
70	NC_017057	TAAAAG	2	12	130271	130282	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383500195
71	NC_017057	GTATAG	2	12	130592	130603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383500195
72	NC_017057	GATTTT	2	12	136235	136246	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500201
73	NC_017057	GCTATG	2	12	136625	136636	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383500201
74	NC_017057	TTATAT	2	12	137650	137661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500202
75	NC_017057	CTTTTG	2	12	138778	138789	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383500203
76	NC_017057	AAAGAA	2	12	145771	145782	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383500209
77	NC_017057	GGTGAT	2	12	146886	146897	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383500210
78	NC_017057	TTAGAG	2	12	150964	150975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383500215
79	NC_017057	ATAATT	2	12	153255	153266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017057	TAGAGA	2	12	153793	153804	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017057	AACTAC	2	12	154377	154388	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383500219
82	NC_017057	ATAAAA	2	12	155885	155896	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383500219
83	NC_017057	TTTTTA	2	12	156889	156900	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383500220
84	NC_017057	AGTTTC	2	12	157493	157504	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500221
85	NC_017057	GCAGAA	2	12	159955	159966	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383500225
86	NC_017057	TTAAAA	2	12	161907	161918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500226
87	NC_017057	CTATTG	2	12	163755	163766	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500226
88	NC_017057	AGTTTA	2	12	166908	166919	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383500227
89	NC_017057	TATGTA	2	12	173217	173228	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017057	ATCTCC	2	12	176530	176541	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	383500232
91	NC_017057	TAAAAT	2	12	184685	184696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017057	ATCTTG	2	12	186403	186414	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500242
93	NC_017057	AACATT	2	12	186505	186516	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500242
94	NC_017057	TGATGG	2	12	190357	190368	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383500245
95	NC_017057	TATATT	2	12	191146	191157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500245
96	NC_017057	ATATTT	2	12	191756	191767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500245
97	NC_017057	TTTAAT	2	12	192013	192024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017057	TCACAA	2	12	193433	193444	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017057	TCCTTT	2	12	195669	195680	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383500249
100	NC_017057	TTAATA	2	12	196976	196987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017057	TTTCTT	2	12	197525	197536	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383500252
102	NC_017057	TGAAGA	2	12	197603	197614	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017057	AAATTA	2	12	198665	198676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500254
104	NC_017057	TCTTAA	2	12	203774	203785	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017057	CACTAC	2	12	205854	205865	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383500259
106	NC_017057	AAATTC	2	12	209040	209051	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500260
107	NC_017057	AATTCA	2	12	209881	209892	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017057	ACTATA	2	12	210063	210074	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017057	AAAGCA	2	12	211333	211344	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383500261
110	NC_017057	ATTATA	2	12	212056	212067	50 %	50 %	0 %	0 %	383500262
111	NC_017057	GTATCT	2	12	213949	213960	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500264
112	NC_017057	TTCTAC	2	12	216426	216437	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383500265
113	NC_017057	TTCTTT	2	12	220640	220651	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383500268
114	NC_017057	CTTCTC	2	12	222072	222083	0 %	50 %	0 %	50 %	383500269
115	NC_017057	TAATTG	2	12	224946	224957	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383500271
116	NC_017057	AATCTT	2	12	226681	226692	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017057	AAAGCA	2	12	227648	227659	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383500272
118	NC_017057	TTATTT	2	12	230958	230969	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383500275
119	NC_017057	TTTCTT	2	12	233548	233559	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017057	GCAATT	2	12	234882	234893	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017057	TTAAAT	2	12	236686	236697	50 %	50 %	0 %	0 %	383500279
122	NC_017057	TAAAAA	2	12	237846	237857	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017057	GTAAAG	2	12	239045	239056	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017057	AAATAA	2	12	247889	247900	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017057	ATTGCA	2	12	249421	249432	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500290
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242	NC_017057	AATTTA	2	12	430630	430641	50 %	50 %	0 %	0 %	383500426
243	NC_017057	ATCATG	2	12	430874	430885	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500426
244	NC_017057	TAAATT	2	12	434410	434421	50 %	50 %	0 %	0 %	383500430
245	NC_017057	CAAATG	2	12	434430	434441	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383500430
246	NC_017057	ATATCT	2	12	437489	437500	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
247	NC_017057	CAAAGC	2	12	438545	438556	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	383500435
248	NC_017057	AATTTT	2	12	443194	443205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
249	NC_017057	GGTAAT	2	12	444745	444756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383500442
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252	NC_017057	ATTTTA	2	12	446717	446728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
253	NC_017057	TAAGTA	2	12	448945	448956	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383500444
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255	NC_017057	TTTTTA	2	12	451631	451642	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_017057	GTTGCT	2	12	455761	455772	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	383500449
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265	NC_017057	TAAATA	2	12	484783	484794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_017057	TTTATG	2	12	491066	491077	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500477
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269	NC_017057	TAGGTT	2	12	494189	494200	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383500478
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273	NC_017057	ATTTTT	2	12	508049	508060	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_017057	GTTTAA	2	12	508607	508618	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383500488
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289	NC_017057	AATCTT	2	12	538490	538501	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500515
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341	NC_017057	ATTTAG	2	12	630685	630696	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383500578
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346	NC_017057	GAAATA	2	12	642331	642342	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
347	NC_017057	TTTACG	2	12	647610	647621	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500588
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349	NC_017057	AGGATA	2	12	651808	651819	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383500591
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351	NC_017057	GACGCT	2	12	654357	654368	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383500593
352	NC_017057	TAGCAT	2	12	655476	655487	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500594
353	NC_017057	TAGTGA	2	12	655951	655962	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383500594
354	NC_017057	TAATAT	2	12	658062	658073	50 %	50 %	0 %	0 %	383500598
355	NC_017057	AATACC	2	12	658270	658281	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383500598
356	NC_017057	GTTTTA	2	12	659054	659065	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500599
357	NC_017057	TGCTAC	2	12	664721	664732	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383500602
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