MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rahnella aquatilis HX2 chromosome

Total Repeats: 3125

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017047	CTTTT	2	10	18	27	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017047	GTTGC	2	10	4546	4555	0 %	40 %	40 %	20 %	384255909
3	NC_017047	GGCGT	2	10	7119	7128	0 %	20 %	60 %	20 %	384255910
4	NC_017047	CGATG	2	10	10889	10898	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017047	CCTTT	2	10	14094	14103	0 %	60 %	0 %	40 %	384255917
6	NC_017047	CATTC	2	10	14881	14890	20 %	40 %	0 %	40 %	384255918
7	NC_017047	CGTGC	2	10	17866	17875	0 %	20 %	40 %	40 %	384255921
8	NC_017047	GAACA	2	10	19096	19105	60 %	0 %	20 %	20 %	384255922
9	NC_017047	TGCTG	2	10	20508	20517	0 %	40 %	40 %	20 %	384255923
10	NC_017047	TGGCA	2	10	20526	20535	20 %	20 %	40 %	20 %	384255923
11	NC_017047	GCGCG	2	10	21117	21126	0 %	0 %	60 %	40 %	384255923
12	NC_017047	GTGCG	2	10	21629	21638	0 %	20 %	60 %	20 %	384255923
13	NC_017047	TTGAA	2	10	27717	27726	40 %	40 %	20 %	0 %	384255929
14	NC_017047	ATCGA	2	10	30025	30034	40 %	20 %	20 %	20 %	384255932
15	NC_017047	TAAGT	2	10	31174	31183	40 %	40 %	20 %	0 %	384255932
16	NC_017047	CAGCG	2	10	31714	31723	20 %	0 %	40 %	40 %	384255933
17	NC_017047	TCATT	2	10	33548	33557	20 %	60 %	0 %	20 %	384255936
18	NC_017047	ATCAA	2	10	33564	33573	60 %	20 %	0 %	20 %	384255936
19	NC_017047	TTTCC	2	10	35142	35151	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017047	GCACA	2	10	36887	36896	40 %	0 %	20 %	40 %	384255937
21	NC_017047	TTCCA	2	10	39661	39670	20 %	40 %	0 %	40 %	384255940
22	NC_017047	CAGCG	2	10	45799	45808	20 %	0 %	40 %	40 %	384255945
23	NC_017047	GCTGG	2	10	48352	48361	0 %	20 %	60 %	20 %	384255947
24	NC_017047	GCAAT	2	10	50189	50198	40 %	20 %	20 %	20 %	384255948
25	NC_017047	GTTTT	2	10	51159	51168	0 %	80 %	20 %	0 %	384255949
26	NC_017047	GCGCC	2	10	51845	51854	0 %	0 %	40 %	60 %	384255950
27	NC_017047	CTGCA	2	10	52362	52371	20 %	20 %	20 %	40 %	384255950
28	NC_017047	ACCCC	2	10	55035	55044	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
29	NC_017047	TTATT	2	10	57681	57690	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017047	CCACA	2	10	63699	63708	40 %	0 %	0 %	60 %	384255960
31	NC_017047	GCCAG	2	10	67039	67048	20 %	0 %	40 %	40 %	384255966
32	NC_017047	CAGAC	2	10	67137	67146	40 %	0 %	20 %	40 %	384255966
33	NC_017047	CTTCC	2	10	67932	67941	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
34	NC_017047	AATCA	2	10	69070	69079	60 %	20 %	0 %	20 %	384255970
35	NC_017047	CACCG	2	10	69719	69728	20 %	0 %	20 %	60 %	384255972
36	NC_017047	GCCAC	2	10	72378	72387	20 %	0 %	20 %	60 %	384255975
37	NC_017047	TGCCA	2	10	72764	72773	20 %	20 %	20 %	40 %	384255975
38	NC_017047	CGAGC	2	10	72974	72983	20 %	0 %	40 %	40 %	384255975
39	NC_017047	ACCCC	2	10	73785	73794	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
40	NC_017047	CGCGG	2	10	74047	74056	0 %	0 %	60 %	40 %	384255976
41	NC_017047	TTCAG	2	10	75524	75533	20 %	40 %	20 %	20 %	384255977
42	NC_017047	AAAAT	2	10	78689	78698	80 %	20 %	0 %	0 %	384255978
43	NC_017047	GCAGG	2	10	81093	81102	20 %	0 %	60 %	20 %	384255979
44	NC_017047	TGAAG	2	10	82647	82656	40 %	20 %	40 %	0 %	384255982
45	NC_017047	CAACA	2	10	83970	83979	60 %	0 %	0 %	40 %	384255983
46	NC_017047	CTTCA	2	10	86224	86233	20 %	40 %	0 %	40 %	384255985
47	NC_017047	ATTCG	2	10	86815	86824	20 %	40 %	20 %	20 %	384255985
48	NC_017047	GTGCC	2	10	89334	89343	0 %	20 %	40 %	40 %	384255989
49	NC_017047	GCCGT	2	10	89541	89550	0 %	20 %	40 %	40 %	384255989
50	NC_017047	GCACG	2	10	89641	89650	20 %	0 %	40 %	40 %	384255989
51	NC_017047	GCCGC	2	10	89851	89860	0 %	0 %	40 %	60 %	384255990
52	NC_017047	TGCCA	2	10	93815	93824	20 %	20 %	20 %	40 %	384255994
53	NC_017047	TGGGG	2	10	95208	95217	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017047	GCGCC	2	10	95906	95915	0 %	0 %	40 %	60 %	384255995
55	NC_017047	AAGGA	2	10	98441	98450	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017047	ACACA	2	10	98630	98639	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017047	GCCTG	2	10	99537	99546	0 %	20 %	40 %	40 %	384255997
58	NC_017047	CTGCG	2	10	103380	103389	0 %	20 %	40 %	40 %	384256000
59	NC_017047	CTTGT	2	10	106543	106552	0 %	60 %	20 %	20 %	384256004
60	NC_017047	TTTCA	2	10	106900	106909	20 %	60 %	0 %	20 %	384256004
61	NC_017047	CAGCG	2	10	108225	108234	20 %	0 %	40 %	40 %	384256006
62	NC_017047	GTGTG	2	10	108589	108598	0 %	40 %	60 %	0 %	384256006
63	NC_017047	AACGG	2	10	109126	109135	40 %	0 %	40 %	20 %	384256007
64	NC_017047	TGACC	2	10	109276	109285	20 %	20 %	20 %	40 %	384256007
65	NC_017047	CAGCG	2	10	109481	109490	20 %	0 %	40 %	40 %	384256007
66	NC_017047	TCGGT	2	10	110095	110104	0 %	40 %	40 %	20 %	384256007
67	NC_017047	CTGAT	2	10	110138	110147	20 %	40 %	20 %	20 %	384256007
68	NC_017047	CGCTG	2	10	111769	111778	0 %	20 %	40 %	40 %	384256007
69	NC_017047	GCGCG	2	10	114063	114072	0 %	0 %	60 %	40 %	384256008
70	NC_017047	GCGGT	2	10	116188	116197	0 %	20 %	60 %	20 %	384256009
71	NC_017047	CGGCG	2	10	118390	118399	0 %	0 %	60 %	40 %	384256011
72	NC_017047	ACCTG	2	10	122435	122444	20 %	20 %	20 %	40 %	384256013
73	NC_017047	TGGGG	2	10	124934	124943	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017047	GAAAG	2	10	126023	126032	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017047	GAATT	2	10	126851	126860	40 %	40 %	20 %	0 %	384256017
76	NC_017047	TTTCA	2	10	127556	127565	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017047	CGTTG	2	10	134643	134652	0 %	40 %	40 %	20 %	384256023
78	NC_017047	CGCTT	2	10	135257	135266	0 %	40 %	20 %	40 %	384256024
79	NC_017047	CGTCA	2	10	138788	138797	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017047	CACCG	2	10	138990	138999	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_017047	TTTTA	2	10	143804	143813	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017047	AAAAT	2	10	144164	144173	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017047	GACCG	2	10	144335	144344	20 %	0 %	40 %	40 %	384256033
84	NC_017047	TTCCC	2	10	145845	145854	0 %	40 %	0 %	60 %	384256034
85	NC_017047	AACAG	2	10	146847	146856	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017047	GATGC	2	10	149545	149554	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017047	CAGCG	2	10	151032	151041	20 %	0 %	40 %	40 %	384256036
88	NC_017047	TGACG	2	10	153820	153829	20 %	20 %	40 %	20 %	384256038
89	NC_017047	TGCGT	2	10	156054	156063	0 %	40 %	40 %	20 %	384256039
90	NC_017047	CTGAT	2	10	158719	158728	20 %	40 %	20 %	20 %	384256041
91	NC_017047	ACGCC	2	10	160919	160928	20 %	0 %	20 %	60 %	384256042
92	NC_017047	CCAGC	2	10	161625	161634	20 %	0 %	20 %	60 %	384256042
93	NC_017047	ATGAC	2	10	164435	164444	40 %	20 %	20 %	20 %	384256044
94	NC_017047	GCTTT	2	10	165052	165061	0 %	60 %	20 %	20 %	384256045
95	NC_017047	GCCAG	2	10	165508	165517	20 %	0 %	40 %	40 %	384256045
96	NC_017047	GCTGT	2	10	166793	166802	0 %	40 %	40 %	20 %	384256046
97	NC_017047	TGTTT	2	10	167156	167165	0 %	80 %	20 %	0 %	384256047
98	NC_017047	TTGAC	2	10	168442	168451	20 %	40 %	20 %	20 %	384256048
99	NC_017047	TCGGT	2	10	170504	170513	0 %	40 %	40 %	20 %	384256050
100	NC_017047	TGGCG	2	10	170787	170796	0 %	20 %	60 %	20 %	384256050
101	NC_017047	ATTCC	2	10	173898	173907	20 %	40 %	0 %	40 %	384256052
102	NC_017047	GTGAG	2	10	174252	174261	20 %	20 %	60 %	0 %	384256052
103	NC_017047	GCACC	2	10	174498	174507	20 %	0 %	20 %	60 %	384256052
104	NC_017047	CAAAA	2	10	176697	176706	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017047	CCGCA	2	10	178668	178677	20 %	0 %	20 %	60 %	384256058
106	NC_017047	CATAT	2	10	179070	179079	40 %	40 %	0 %	20 %	384256059
107	NC_017047	TAAAA	2	10	179261	179270	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017047	AAACC	2	10	179727	179736	60 %	0 %	0 %	40 %	384256060
109	NC_017047	CACCG	2	10	182210	182219	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_017047	ATTTT	2	10	182538	182547	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017047	AATTT	2	10	183147	183156	40 %	60 %	0 %	0 %	384256064
112	NC_017047	AGCGC	2	10	185031	185040	20 %	0 %	40 %	40 %	384256064
113	NC_017047	GTGCG	2	10	186079	186088	0 %	20 %	60 %	20 %	384256065
114	NC_017047	CGGTG	2	10	187629	187638	0 %	20 %	60 %	20 %	384256066
115	NC_017047	GCTGG	2	10	188107	188116	0 %	20 %	60 %	20 %	384256067
116	NC_017047	AGGCG	2	10	189496	189505	20 %	0 %	60 %	20 %	384256068
117	NC_017047	GCGAG	2	10	190271	190280	20 %	0 %	60 %	20 %	384256069
118	NC_017047	CCCCA	2	10	190821	190830	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
119	NC_017047	TAAGT	2	10	192646	192655	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017047	CTTTT	2	10	195089	195098	0 %	80 %	0 %	20 %	384256074
121	NC_017047	ACCTG	2	10	196717	196726	20 %	20 %	20 %	40 %	384256075
122	NC_017047	CGGTC	2	10	196736	196745	0 %	20 %	40 %	40 %	384256075
123	NC_017047	ATGCT	2	10	197398	197407	20 %	40 %	20 %	20 %	384256075
124	NC_017047	CGGCA	2	10	200156	200165	20 %	0 %	40 %	40 %	384256079
125	NC_017047	AGAAC	2	10	200926	200935	60 %	0 %	20 %	20 %	384256079
126	NC_017047	CCGGC	2	10	202019	202028	0 %	0 %	40 %	60 %	384256080
127	NC_017047	CTGTT	2	10	203278	203287	0 %	60 %	20 %	20 %	384256082
128	NC_017047	AATGA	2	10	205050	205059	60 %	20 %	20 %	0 %	384256083
129	NC_017047	TGAAG	2	10	205160	205169	40 %	20 %	40 %	0 %	384256084
130	NC_017047	CTGAT	2	10	211443	211452	20 %	40 %	20 %	20 %	384256088
131	NC_017047	CTGCA	2	10	211652	211661	20 %	20 %	20 %	40 %	384256088
132	NC_017047	TGTTC	2	10	212341	212350	0 %	60 %	20 %	20 %	384256089
133	NC_017047	AATAA	2	10	212351	212360	80 %	20 %	0 %	0 %	384256089
134	NC_017047	GACTA	2	10	214563	214572	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017047	GGGTC	2	10	216344	216353	0 %	20 %	60 %	20 %	384256091
136	NC_017047	CGCTG	2	10	218909	218918	0 %	20 %	40 %	40 %	384256093
137	NC_017047	TGCCG	2	10	220106	220115	0 %	20 %	40 %	40 %	384256093
138	NC_017047	TGCGA	2	10	221919	221928	20 %	20 %	40 %	20 %	384256095
139	NC_017047	TTTCG	2	10	231973	231982	0 %	60 %	20 %	20 %	384256104
140	NC_017047	TGCGC	2	10	232808	232817	0 %	20 %	40 %	40 %	384256104
141	NC_017047	TTCAC	2	10	233136	233145	20 %	40 %	0 %	40 %	384256104
142	NC_017047	ATCAC	2	10	233739	233748	40 %	20 %	0 %	40 %	384256105
143	NC_017047	TTTGT	2	10	235843	235852	0 %	80 %	20 %	0 %	384256106
144	NC_017047	ATGGC	2	10	237269	237278	20 %	20 %	40 %	20 %	384256107
145	NC_017047	TGGGG	2	10	238484	238493	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017047	GCCGG	2	10	238971	238980	0 %	0 %	60 %	40 %	384256108
147	NC_017047	GCCGC	2	10	241246	241255	0 %	0 %	40 %	60 %	384256110
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150	NC_017047	CAGCC	2	10	247504	247513	20 %	0 %	20 %	60 %	384256116
151	NC_017047	GACCT	2	10	250270	250279	20 %	20 %	20 %	40 %	384256119
152	NC_017047	CCCCT	2	10	252562	252571	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
153	NC_017047	CGCTG	2	10	253031	253040	0 %	20 %	40 %	40 %	384256123
154	NC_017047	CGATG	2	10	253136	253145	20 %	20 %	40 %	20 %	384256123
155	NC_017047	CGATC	2	10	254573	254582	20 %	20 %	20 %	40 %	384256123
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157	NC_017047	CTGGC	2	10	255971	255980	0 %	20 %	40 %	40 %	384256124
158	NC_017047	TGGCA	2	10	258121	258130	20 %	20 %	40 %	20 %	384256126
159	NC_017047	CGCAG	2	10	258550	258559	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
160	NC_017047	TCCGT	2	10	260370	260379	0 %	40 %	20 %	40 %	384256129
161	NC_017047	TGAAC	2	10	262975	262984	40 %	20 %	20 %	20 %	384256131
162	NC_017047	TGCAT	2	10	265949	265958	20 %	40 %	20 %	20 %	384256134
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165	NC_017047	CATGA	2	10	270396	270405	40 %	20 %	20 %	20 %	384256141
166	NC_017047	AAAAG	2	10	272211	272220	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017047	GTCGC	2	10	274879	274888	0 %	20 %	40 %	40 %	384256144
168	NC_017047	CAGTT	2	10	275265	275274	20 %	40 %	20 %	20 %	384256144
169	NC_017047	GTGAA	2	10	277193	277202	40 %	20 %	40 %	0 %	384256145
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171	NC_017047	GCGTT	2	10	280322	280331	0 %	40 %	40 %	20 %	384256145
172	NC_017047	GACGC	2	10	280675	280684	20 %	0 %	40 %	40 %	384256145
173	NC_017047	ATCCG	2	10	283067	283076	20 %	20 %	20 %	40 %	384256146
174	NC_017047	GGGAA	2	10	283276	283285	40 %	0 %	60 %	0 %	384256146
175	NC_017047	GCCGC	2	10	283329	283338	0 %	0 %	40 %	60 %	384256146
176	NC_017047	TGAAC	2	10	283981	283990	40 %	20 %	20 %	20 %	384256146
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181	NC_017047	TGGTT	2	10	289276	289285	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017047	AAATA	2	10	289330	289339	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017047	GCTGG	2	10	292692	292701	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
184	NC_017047	GATGA	2	10	299364	299373	40 %	20 %	40 %	0 %	384256160
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191	NC_017047	GGCGG	2	10	306501	306510	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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201	NC_017047	TTTTA	2	10	331715	331724	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
202	NC_017047	ATTCC	2	10	333537	333546	20 %	40 %	0 %	40 %	384256191
203	NC_017047	CCGGT	2	10	333627	333636	0 %	20 %	40 %	40 %	384256191
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205	NC_017047	TGCCG	2	10	334284	334293	0 %	20 %	40 %	40 %	384256191
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224	NC_017047	GAAGA	2	10	381605	381614	60 %	0 %	40 %	0 %	384256238
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234	NC_017047	CAGTG	2	10	403971	403980	20 %	20 %	40 %	20 %	384256278
235	NC_017047	TCGGG	2	10	405982	405991	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
236	NC_017047	ATAAA	2	10	406210	406219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_017047	AGGCT	2	10	409875	409884	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
238	NC_017047	TGACC	2	10	416771	416780	20 %	20 %	20 %	40 %	384256284
239	NC_017047	AGGAA	2	10	419713	419722	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
240	NC_017047	GCTGA	2	10	421323	421332	20 %	20 %	40 %	20 %	384256287
241	NC_017047	AAGGA	2	10	421458	421467	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
242	NC_017047	TCAAT	2	10	424521	424530	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
243	NC_017047	CGGCG	2	10	425434	425443	0 %	0 %	60 %	40 %	384256292
244	NC_017047	AGTGT	2	10	428072	428081	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
245	NC_017047	GTTCA	2	10	428403	428412	20 %	40 %	20 %	20 %	384256295
246	NC_017047	CTGGC	2	10	429478	429487	0 %	20 %	40 %	40 %	384256295
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248	NC_017047	CCCAG	2	10	430543	430552	20 %	0 %	20 %	60 %	384256296
249	NC_017047	TTGTT	2	10	431352	431361	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
250	NC_017047	GTAGG	2	10	432417	432426	20 %	20 %	60 %	0 %	384256297
251	NC_017047	TGAAA	2	10	435452	435461	60 %	20 %	20 %	0 %	384256300
252	NC_017047	TCTGC	2	10	435795	435804	0 %	40 %	20 %	40 %	384256300
253	NC_017047	GCTCG	2	10	436808	436817	0 %	20 %	40 %	40 %	384256302
254	NC_017047	GCTGG	2	10	446994	447003	0 %	20 %	60 %	20 %	384256313
255	NC_017047	CTGAT	2	10	448435	448444	20 %	40 %	20 %	20 %	384256314
256	NC_017047	CAGCG	2	10	448650	448659	20 %	0 %	40 %	40 %	384256314
257	NC_017047	CACAG	2	10	449095	449104	40 %	0 %	20 %	40 %	384256314
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259	NC_017047	GCGCG	2	10	454809	454818	0 %	0 %	60 %	40 %	384256318
260	NC_017047	TCCAT	2	10	455478	455487	20 %	40 %	0 %	40 %	384256318
261	NC_017047	AAACG	2	10	455657	455666	60 %	0 %	20 %	20 %	384256319
262	NC_017047	CTGAT	2	10	456027	456036	20 %	40 %	20 %	20 %	384256319
263	NC_017047	CCGCG	2	10	456069	456078	0 %	0 %	40 %	60 %	384256319
264	NC_017047	CACGC	2	10	456194	456203	20 %	0 %	20 %	60 %	384256319
265	NC_017047	GCAGA	2	10	459779	459788	40 %	0 %	40 %	20 %	384256322
266	NC_017047	AAAGC	2	10	460662	460671	60 %	0 %	20 %	20 %	384256322
267	NC_017047	GCACC	2	10	461541	461550	20 %	0 %	20 %	60 %	384256323
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