MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hino chromosome

Total Repeats: 32298

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_016914	T	6	6	40319	40324	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1002	NC_016914	TAA	2	6	40345	40350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1003	NC_016914	CTT	2	6	40362	40367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1004	NC_016914	AT	3	6	40377	40382	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1005	NC_016914	AGT	2	6	40384	40389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1006	NC_016914	AGC	2	6	40480	40485	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1007	NC_016914	TTG	2	6	40521	40526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1008	NC_016914	TTG	2	6	40552	40557	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1009	NC_016914	TA	3	6	40584	40589	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1010	NC_016914	TAA	2	6	40648	40653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1011	NC_016914	AT	3	6	40708	40713	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1012	NC_016914	CTTG	2	8	40788	40795	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1013	NC_016914	CTGA	2	8	40796	40803	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1014	NC_016914	TAT	2	6	40833	40838	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1015	NC_016914	AAT	2	6	40889	40894	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1016	NC_016914	T	6	6	40952	40957	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1017	NC_016914	TA	5	10	40962	40971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1018	NC_016914	ATTG	2	8	40974	40981	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1019	NC_016914	ATCTTT	2	12	41060	41071	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1020	NC_016914	TAA	2	6	41096	41101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1021	NC_016914	CTTTT	2	10	41102	41111	0 %	80 %	0 %	20 %	379017214
1022	NC_016914	TAAA	2	8	41130	41137	75 %	25 %	0 %	0 %	379017214
1023	NC_016914	T	6	6	41179	41184	0 %	100 %	0 %	0 %	379017214
1024	NC_016914	AGA	2	6	41222	41227	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017214
1025	NC_016914	ATTT	2	8	41235	41242	25 %	75 %	0 %	0 %	379017214
1026	NC_016914	T	6	6	41275	41280	0 %	100 %	0 %	0 %	379017214
1027	NC_016914	TCT	2	6	41318	41323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017214
1028	NC_016914	TAA	2	6	41333	41338	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017214
1029	NC_016914	ATTA	2	8	41401	41408	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1030	NC_016914	TA	3	6	41414	41419	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1031	NC_016914	CTT	2	6	41451	41456	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1032	NC_016914	ATTA	2	8	41458	41465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1033	NC_016914	AT	3	6	41483	41488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1034	NC_016914	TTATT	2	10	41511	41520	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
1035	NC_016914	ATC	2	6	41545	41550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1036	NC_016914	TGCT	3	12	41581	41592	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1037	NC_016914	TTTTA	2	10	41615	41624	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_016914	TCA	2	6	41673	41678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1039	NC_016914	ATT	2	6	41702	41707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1040	NC_016914	GCTT	2	8	41708	41715	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1041	NC_016914	ACT	2	6	41728	41733	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1042	NC_016914	TTTA	2	8	41748	41755	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1043	NC_016914	T	6	6	41849	41854	0 %	100 %	0 %	0 %	379017215
1044	NC_016914	TAG	2	6	41871	41876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017215
1045	NC_016914	T	6	6	41892	41897	0 %	100 %	0 %	0 %	379017215
1046	NC_016914	TAG	2	6	41916	41921	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017215
1047	NC_016914	AGC	2	6	41938	41943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017215
1048	NC_016914	T	6	6	41981	41986	0 %	100 %	0 %	0 %	379017215
1049	NC_016914	T	7	7	42027	42033	0 %	100 %	0 %	0 %	379017215
1050	NC_016914	TCT	2	6	42112	42117	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1051	NC_016914	TTA	2	6	42145	42150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1052	NC_016914	AAT	2	6	42159	42164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1053	NC_016914	ATTA	2	8	42189	42196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1054	NC_016914	TCT	2	6	42261	42266	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1055	NC_016914	T	6	6	42266	42271	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1056	NC_016914	CAT	2	6	42275	42280	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1057	NC_016914	ATT	2	6	42317	42322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1058	NC_016914	AGTTG	2	10	42363	42372	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
1059	NC_016914	TTG	3	9	42375	42383	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1060	NC_016914	CTA	2	6	42410	42415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1061	NC_016914	T	6	6	42432	42437	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1062	NC_016914	TAAT	2	8	42482	42489	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1063	NC_016914	GTT	2	6	42500	42505	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1064	NC_016914	T	6	6	42504	42509	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1065	NC_016914	TAA	2	6	42513	42518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1066	NC_016914	A	6	6	42528	42533	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1067	NC_016914	TAA	2	6	42546	42551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1068	NC_016914	ATTA	2	8	42552	42559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1069	NC_016914	GAT	2	6	42613	42618	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1070	NC_016914	AT	3	6	42628	42633	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1071	NC_016914	TAT	2	6	42649	42654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1072	NC_016914	AAAT	2	8	42655	42662	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1073	NC_016914	TAA	2	6	42665	42670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1074	NC_016914	ATA	2	6	42689	42694	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017216
1075	NC_016914	TAT	2	6	42708	42713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017216
1076	NC_016914	ATA	2	6	42748	42753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017216
1077	NC_016914	TTC	2	6	42771	42776	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017216
1078	NC_016914	TAG	2	6	42813	42818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017216
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1081	NC_016914	ATTT	2	8	42910	42917	25 %	75 %	0 %	0 %	379017216
1082	NC_016914	TAC	2	6	42921	42926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017216
1083	NC_016914	AGA	2	6	42963	42968	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017216
1084	NC_016914	TAT	2	6	42969	42974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017216
1085	NC_016914	GAA	2	6	42984	42989	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017216
1086	NC_016914	AGT	2	6	43008	43013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017216
1087	NC_016914	TTA	2	6	43016	43021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017216
1088	NC_016914	A	7	7	43056	43062	100 %	0 %	0 %	0 %	379017216
1089	NC_016914	A	6	6	43070	43075	100 %	0 %	0 %	0 %	379017216
1090	NC_016914	GAT	2	6	43078	43083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017216
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1093	NC_016914	ACA	2	6	43194	43199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017216
1094	NC_016914	ATT	2	6	43247	43252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017216
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1100	NC_016914	TCT	2	6	43512	43517	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017217
1101	NC_016914	TAT	2	6	43576	43581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017217
1102	NC_016914	GAA	2	6	43594	43599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017217
1103	NC_016914	A	6	6	43598	43603	100 %	0 %	0 %	0 %	379017217
1104	NC_016914	AT	3	6	43634	43639	50 %	50 %	0 %	0 %	379017217
1105	NC_016914	GTT	2	6	43656	43661	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017217
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1107	NC_016914	A	6	6	43682	43687	100 %	0 %	0 %	0 %	379017217
1108	NC_016914	CTT	2	6	43741	43746	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017217
1109	NC_016914	GT	3	6	43749	43754	0 %	50 %	50 %	0 %	379017217
1110	NC_016914	TA	3	6	43874	43879	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1111	NC_016914	AT	3	6	43880	43885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1112	NC_016914	ATT	2	6	43900	43905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1115	NC_016914	TAT	2	6	43956	43961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017218
1116	NC_016914	TTA	2	6	44027	44032	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017218
1117	NC_016914	T	6	6	44052	44057	0 %	100 %	0 %	0 %	379017218
1118	NC_016914	AT	3	6	44064	44069	50 %	50 %	0 %	0 %	379017218
1119	NC_016914	AT	3	6	44088	44093	50 %	50 %	0 %	0 %	379017218
1120	NC_016914	ATT	2	6	44116	44121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017218
1121	NC_016914	TTA	2	6	44233	44238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017218
1122	NC_016914	TAC	2	6	44256	44261	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017218
1123	NC_016914	T	6	6	44278	44283	0 %	100 %	0 %	0 %	379017218
1124	NC_016914	GTA	2	6	44341	44346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017218
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1128	NC_016914	CT	3	6	44502	44507	0 %	50 %	0 %	50 %	379017218
1129	NC_016914	GAT	2	6	44530	44535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017218
1130	NC_016914	GAT	2	6	44581	44586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017218
1131	NC_016914	ATT	2	6	44629	44634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1132	NC_016914	GAC	2	6	44683	44688	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1133	NC_016914	TACC	2	8	44735	44742	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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1135	NC_016914	TAAT	2	8	44819	44826	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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