MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hauke chromosome

Total Repeats: 586

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016911	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723379
2	NC_016911	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378723382
3	NC_016911	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378723382
4	NC_016911	ACCGTA	2	12	7302	7313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378723385
5	NC_016911	AAAGAC	2	12	10780	10791	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016911	AGAAAA	2	12	14041	14052	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378723394
7	NC_016911	ATTAAA	2	12	15218	15229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723396
8	NC_016911	TTTAAA	2	12	16814	16825	50 %	50 %	0 %	0 %	378723398
9	NC_016911	CTAATT	2	12	16863	16874	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378723398
10	NC_016911	CTATAT	2	12	17478	17489	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378723398
11	NC_016911	AGAACA	2	12	18061	18072	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016911	ATTTAG	2	12	22413	22424	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378723403
13	NC_016911	ATTTAG	2	12	23565	23576	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378723403
14	NC_016911	GCATTA	2	12	24596	24607	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378723403
15	NC_016911	TCCGAT	2	12	24713	24724	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378723403
16	NC_016911	AAATGC	2	12	24789	24800	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723403
17	NC_016911	ATTTAA	2	12	25102	25113	50 %	50 %	0 %	0 %	378723403
18	NC_016911	AGAAAA	2	12	26106	26117	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378723404
19	NC_016911	CAAATA	2	12	26884	26895	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016911	TAAAGT	2	12	27047	27058	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016911	TTTAGG	2	12	28425	28436	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016911	CATATA	2	12	33486	33497	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723416
23	NC_016911	AATACA	2	12	37054	37065	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378723420
24	NC_016911	TTTTTG	2	12	37625	37636	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	378723422
25	NC_016911	AAGAAA	2	12	38556	38567	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016911	ATCTTT	2	12	40972	40983	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_016911	ATATTA	2	12	45085	45096	50 %	50 %	0 %	0 %	378723429
28	NC_016911	AAAGCT	2	12	45269	45280	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723429
29	NC_016911	ATTAAT	2	12	45832	45843	50 %	50 %	0 %	0 %	378723430
30	NC_016911	TTTTTA	2	12	46816	46827	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723432
31	NC_016911	AGTATT	2	12	51439	51450	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016911	ATTGCT	2	12	55842	55853	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723440
33	NC_016911	ATTTAT	2	12	56429	56440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723441
34	NC_016911	ATAAGG	2	12	56628	56639	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	378723441
35	NC_016911	AACACC	2	12	57150	57161	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_016911	TCTTGG	2	12	58078	58089	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378723442
37	NC_016911	ATCAGA	2	12	60468	60479	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723446
38	NC_016911	AAAACA	2	12	64250	64261	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	378723448
39	NC_016911	ATAAAA	2	12	68610	68621	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378723455
40	NC_016911	TAATAT	2	12	69461	69472	50 %	50 %	0 %	0 %	378723456
41	NC_016911	CAGCAA	2	12	70130	70141	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	378723457
42	NC_016911	ATAGTG	2	12	70461	70472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723457
43	NC_016911	AAAAAG	2	12	71289	71300	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378723457
44	NC_016911	TATAGT	2	12	74495	74506	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378723461
45	NC_016911	GAAAGA	2	12	74576	74587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723461
46	NC_016911	TACCCT	2	12	76138	76149	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	378723464
47	NC_016911	ATCCTG	2	12	76160	76171	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378723464
48	NC_016911	AAAGCT	2	12	76579	76590	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723464
49	NC_016911	GTAATA	2	12	77218	77229	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378723464
50	NC_016911	AGTAAA	2	12	85891	85902	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723473
51	NC_016911	ATATAA	2	12	86629	86640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016911	TCAAAA	2	12	87326	87337	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378723475
53	NC_016911	AAGGAC	2	12	87646	87657	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_016911	CGTGAT	2	12	88597	88608	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378723478
55	NC_016911	TTGATT	2	12	91057	91068	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723479
56	NC_016911	GAAGCA	2	12	92149	92160	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378723480
57	NC_016911	TTTTAA	2	12	92412	92423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016911	TAAAAA	2	12	95144	95155	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016911	TTTTTA	2	12	97504	97515	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723485
60	NC_016911	CCTATA	2	12	102347	102358	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723491
61	NC_016911	ACCTAT	2	12	102580	102591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723491
62	NC_016911	ACCGCT	2	12	103928	103939	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378723492
63	NC_016911	TCAAGA	2	12	113308	113319	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723498
64	NC_016911	TAGCGG	2	12	118789	118800	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378723503
65	NC_016911	CTCAAT	2	12	122054	122065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_016911	TTTATT	2	12	124253	124264	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723509
67	NC_016911	TAAAAT	2	12	128251	128262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723515
68	NC_016911	CTTTGT	2	12	135445	135456	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378723527
69	NC_016911	TTGCTA	2	12	137535	137546	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723528
70	NC_016911	AAGATA	2	12	137700	137711	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723528
71	NC_016911	CTTTAG	2	12	137862	137873	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723528
72	NC_016911	TTTAGT	2	12	138521	138532	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723528
73	NC_016911	TAATGC	2	12	142220	142231	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378723530
74	NC_016911	AAAGAT	2	12	143043	143054	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723530
75	NC_016911	TAAAGA	2	12	143267	143278	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723530
76	NC_016911	TTTATC	2	12	156074	156085	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	378723537
77	NC_016911	GATTTT	2	12	156368	156379	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723538
78	NC_016911	TTTTGG	2	12	156823	156834	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378723538
79	NC_016911	CTTTTG	2	12	158927	158938	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378723540
80	NC_016911	GTAAAA	2	12	160251	160262	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723541
81	NC_016911	CAATAT	2	12	163129	163140	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723546
82	NC_016911	ATTGAG	2	12	163481	163492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723547
83	NC_016911	CTTCAT	2	12	163707	163718	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378723547
84	NC_016911	TCAATT	2	12	165483	165494	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378723549
85	NC_016911	AAAGAA	2	12	166123	166134	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378723549
86	NC_016911	TCAAGC	2	12	166140	166151	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378723549
87	NC_016911	GTTGAG	2	12	166707	166718	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	378723550
88	NC_016911	AAGTAA	2	12	168500	168511	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723551
89	NC_016911	TTTTAA	2	12	169884	169895	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016911	TAGAGC	2	12	171312	171323	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378723555
91	NC_016911	AATTTA	2	12	173637	173648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016911	GAACAA	2	12	174833	174844	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378723559
93	NC_016911	TGCAGT	2	12	174976	174987	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378723559
94	NC_016911	ATAAAA	2	12	176250	176261	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378723559
95	NC_016911	TTTTTA	2	12	177309	177320	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723560
96	NC_016911	CTGTAG	2	12	180341	180352	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378723565
97	NC_016911	TTAAAA	2	12	182595	182606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723566
98	NC_016911	GCTATT	2	12	184442	184453	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723566
99	NC_016911	TCCATG	2	12	191425	191436	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378723569
100	NC_016911	GATGTT	2	12	192450	192461	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	378723570
101	NC_016911	AAAAAT	2	12	194927	194938	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378723573
102	NC_016911	AAGAAT	2	12	196738	196749	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723573
103	NC_016911	AAGCCC	2	12	203980	203991	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378723579
104	NC_016911	CCCTAA	2	12	209245	209256	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	378723586
105	NC_016911	TATTTA	2	12	210393	210404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016911	CTTTAG	2	12	213670	213681	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723590
107	NC_016911	ATATTT	2	12	214659	214670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723590
108	NC_016911	GTTTCA	2	12	217945	217956	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723594
109	NC_016911	AAAAGC	2	12	219121	219132	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378723595
110	NC_016911	TTTCTT	2	12	220571	220582	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378723597
111	NC_016911	TTTTCT	2	12	220591	220602	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378723597
112	NC_016911	AAATTA	2	12	221750	221761	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723599
113	NC_016911	AGTTAA	2	12	223692	223703	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378723600
114	NC_016911	TCATAA	2	12	225684	225695	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723601
115	NC_016911	TAATAT	2	12	225789	225800	50 %	50 %	0 %	0 %	378723601
116	NC_016911	TAAATT	2	12	227385	227396	50 %	50 %	0 %	0 %	378723603
117	NC_016911	CACTAC	2	12	228890	228901	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_016911	TCTGTC	2	12	233243	233254	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_016911	AAAGCA	2	12	234935	234946	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378723613
120	NC_016911	GTACGA	2	12	238977	238988	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378723618
121	NC_016911	CTTCTA	2	12	239974	239985	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378723618
122	NC_016911	ATCTCA	2	12	242741	242752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723620
123	NC_016911	TTCTTT	2	12	244134	244145	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378723621
124	NC_016911	TACTTC	2	12	246457	246468	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378723624
125	NC_016911	TTTTAT	2	12	251345	251356	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723627
126	NC_016911	TATTTT	2	12	255678	255689	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016911	CAATAT	2	12	256002	256013	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723634
128	NC_016911	TAATTA	2	12	256603	256614	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016911	GCACCG	2	12	263766	263777	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378723642
130	NC_016911	CTTTAA	2	12	264092	264103	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_016911	AAATAA	2	12	264238	264249	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016911	AAAATG	2	12	264304	264315	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016911	GCACCG	2	12	265566	265577	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_016911	TTACTC	2	12	266480	266491	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378723643
135	NC_016911	CATTAT	2	12	270952	270963	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378723648
136	NC_016911	ATGACG	2	12	273025	273036	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_016911	ATTGCA	2	12	277066	277077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_016911	TTAAAG	2	12	279907	279918	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378723656
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140	NC_016911	GCGGTA	2	12	280843	280854	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378723656
141	NC_016911	ATTAAA	2	12	283759	283770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016911	TAAAAT	2	12	285879	285890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723666
143	NC_016911	CCTGAA	2	12	287506	287517	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_016911	TAAAAA	2	12	291005	291016	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378723668
145	NC_016911	GTCGTT	2	12	292198	292209	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378723669
146	NC_016911	CCTGAA	2	12	294656	294667	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378723673
147	NC_016911	TATTGT	2	12	296369	296380	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016911	TTTTGC	2	12	300261	300272	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378723679
149	NC_016911	TACTAA	2	12	303244	303255	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723682
150	NC_016911	TATTGA	2	12	303967	303978	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378723682
151	NC_016911	GGGATA	2	12	304863	304874	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	378723683
152	NC_016911	GGCAAT	2	12	305871	305882	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378723683
153	NC_016911	ATCTTT	2	12	308282	308293	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_016911	TTGTTC	2	12	308741	308752	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378723689
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164	NC_016911	CGGTAT	2	12	319377	319388	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378723699
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175	NC_016911	AATTTA	2	12	345652	345663	50 %	50 %	0 %	0 %	378723732
176	NC_016911	TTAATT	2	12	345915	345926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723732
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233	NC_016911	AATATC	2	12	486787	486798	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
234	NC_016911	ATTTTG	2	12	489908	489919	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723885
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236	NC_016911	TTGGCG	2	12	495708	495719	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
237	NC_016911	AAATTT	2	12	495757	495768	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
238	NC_016911	ATCAAA	2	12	501663	501674	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378723899
239	NC_016911	GTTGCT	2	12	504753	504764	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378723901
240	NC_016911	AGGAAG	2	12	506755	506766	50 %	0 %	50 %	0 %	378723903
241	NC_016911	ATCAGT	2	12	510501	510512	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378723910
242	NC_016911	TTGTTA	2	12	511209	511220	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723911
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261	NC_016911	ATTTTA	3	18	555296	555313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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269	NC_016911	TTGTTA	2	12	569318	569329	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723973
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343	NC_016911	CTCTAG	2	12	719404	719415	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378724134
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350	NC_016911	TTATCC	2	12	742187	742198	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
351	NC_016911	TTTACT	2	12	743832	743843	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	378724164
352	NC_016911	TATATT	2	12	749437	749448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
353	NC_016911	TTCATT	2	12	751774	751785	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	378724174
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357	NC_016911	ATATTT	2	12	755900	755911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
358	NC_016911	TGCTAC	2	12	755935	755946	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378724180
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470	NC_016911	AATCAA	2	12	1030919	1030930	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378724462
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474	NC_016911	TACACC	2	12	1036156	1036167	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
475	NC_016911	CTTTAT	2	12	1036251	1036262	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
476	NC_016911	ATTTTG	2	12	1040212	1040223	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378724470
477	NC_016911	CCGGTA	2	12	1042081	1042092	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378724473
478	NC_016911	AAAAAT	2	12	1044725	1044736	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378724474
479	NC_016911	TTAAAT	2	12	1044878	1044889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
480	NC_016911	TTATAT	2	12	1045086	1045097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
481	NC_016911	TACTAG	2	12	1045574	1045585	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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500	NC_016911	ATGCAT	2	12	1084964	1084975	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

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