MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Arizona chromosome

Total Repeats: 574

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016909	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378722021
2	NC_016909	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378722024
3	NC_016909	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378722024
4	NC_016909	ACCGTA	2	12	7304	7315	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378722027
5	NC_016909	AAAGAC	2	12	10782	10793	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016909	AGAAAA	2	12	14043	14054	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378722036
7	NC_016909	ATTAAA	2	12	15220	15231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378722038
8	NC_016909	TTTAAA	2	12	16817	16828	50 %	50 %	0 %	0 %	378722040
9	NC_016909	CTAATT	2	12	16866	16877	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378722040
10	NC_016909	CTATAT	2	12	17481	17492	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378722040
11	NC_016909	AGAACA	2	12	18064	18075	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016909	ATTTAG	2	12	22416	22427	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378722044
13	NC_016909	ATTTAG	2	12	23568	23579	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378722044
14	NC_016909	GCATTA	2	12	24599	24610	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378722044
15	NC_016909	TCCGAT	2	12	24716	24727	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378722044
16	NC_016909	AAATGC	2	12	24792	24803	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378722044
17	NC_016909	ATTTAA	2	12	25105	25116	50 %	50 %	0 %	0 %	378722044
18	NC_016909	AGAAAA	2	12	26109	26120	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378722045
19	NC_016909	CAAATA	2	12	26887	26898	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016909	TAAAGT	2	12	27050	27061	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016909	TTTAGG	2	12	28428	28439	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016909	CATATA	2	12	33489	33500	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378722057
23	NC_016909	AATACA	2	12	37057	37068	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378722061
24	NC_016909	TTTTTG	2	12	37628	37639	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	378722063
25	NC_016909	AAGAAA	2	12	38559	38570	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016909	ATCTTT	2	12	40975	40986	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_016909	ATATTA	2	12	45088	45099	50 %	50 %	0 %	0 %	378722070
28	NC_016909	AAAGCT	2	12	45272	45283	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378722070
29	NC_016909	ATTAAT	2	12	45835	45846	50 %	50 %	0 %	0 %	378722071
30	NC_016909	TTTTTA	2	12	46819	46830	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378722073
31	NC_016909	AGTATT	2	12	51442	51453	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016909	ATTGCT	2	12	55845	55856	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378722081
33	NC_016909	ATTTAT	2	12	56432	56443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378722082
34	NC_016909	ATAAGG	2	12	56631	56642	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	378722082
35	NC_016909	AACACC	2	12	57153	57164	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_016909	TCTTGG	2	12	58081	58092	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378722083
37	NC_016909	ATCAGA	2	12	60472	60483	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378722087
38	NC_016909	AAAACA	2	12	64254	64265	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	378722089
39	NC_016909	ATAAAA	2	12	68614	68625	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378722096
40	NC_016909	TAATAT	2	12	69465	69476	50 %	50 %	0 %	0 %	378722097
41	NC_016909	CAGCAA	2	12	70134	70145	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	378722098
42	NC_016909	ATAGTG	2	12	70465	70476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378722098
43	NC_016909	AAAAAG	2	12	71293	71304	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378722098
44	NC_016909	TATAGT	2	12	74499	74510	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378722102
45	NC_016909	GAAAGA	2	12	74580	74591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378722102
46	NC_016909	TACCCT	2	12	76142	76153	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	378722105
47	NC_016909	ATCCTG	2	12	76164	76175	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378722105
48	NC_016909	AAAGCT	2	12	76583	76594	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378722105
49	NC_016909	GTAATA	2	12	77222	77233	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378722105
50	NC_016909	AGTAAA	2	12	85971	85982	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378722114
51	NC_016909	ATATAA	2	12	86709	86720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016909	TCAAAA	2	12	87407	87418	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378722115
53	NC_016909	AAGGAC	2	12	87727	87738	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_016909	CGTGAT	2	12	88678	88689	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378722118
55	NC_016909	TTGATT	2	12	91138	91149	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378722119
56	NC_016909	GAAGCA	2	12	92230	92241	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378722120
57	NC_016909	TTTTAA	2	12	92493	92504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016909	TAAAAA	2	12	95225	95236	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016909	TTTTTA	2	12	97585	97596	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378722125
60	NC_016909	CCTATA	2	12	102428	102439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378722131
61	NC_016909	ACCTAT	2	12	102661	102672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378722131
62	NC_016909	ACCGCT	2	12	104009	104020	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378722132
63	NC_016909	TCAAGA	2	12	113317	113328	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378722139
64	NC_016909	TAGCGG	2	12	118798	118809	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378722144
65	NC_016909	CTCAAT	2	12	122063	122074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378722147
66	NC_016909	TTTATT	2	12	124262	124273	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378722151
67	NC_016909	TAAAAT	2	12	128260	128271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378722157
68	NC_016909	CTTTGT	2	12	135454	135465	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378722169
69	NC_016909	TTGCTA	2	12	137544	137555	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378722170
70	NC_016909	AAGATA	2	12	137709	137720	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378722170
71	NC_016909	CTTTAG	2	12	137871	137882	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378722170
72	NC_016909	TTTAGT	2	12	138530	138541	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378722170
73	NC_016909	TAATGC	2	12	142229	142240	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378722172
74	NC_016909	AAAGAT	2	12	143052	143063	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378722172
75	NC_016909	TAAAGA	2	12	143276	143287	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378722172
76	NC_016909	TTTATC	2	12	156083	156094	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	378722179
77	NC_016909	GATTTT	2	12	156377	156388	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378722180
78	NC_016909	TTTTGG	2	12	156832	156843	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378722180
79	NC_016909	CTTTTG	2	12	158936	158947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378722182
80	NC_016909	GTAAAA	2	12	160260	160271	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378722183
81	NC_016909	CAATAT	2	12	163136	163147	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016909	ATTGAG	2	12	163488	163499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378722188
83	NC_016909	CTTCAT	2	12	163714	163725	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378722188
84	NC_016909	TCAATT	2	12	165490	165501	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378722190
85	NC_016909	AAAGAA	2	12	166130	166141	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378722190
86	NC_016909	TCAAGC	2	12	166147	166158	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378722190
87	NC_016909	GTTGAG	2	12	166714	166725	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	378722191
88	NC_016909	AAGTAA	2	12	168507	168518	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378722192
89	NC_016909	TTTTAA	2	12	169891	169902	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016909	TAGAGC	2	12	171319	171330	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378722196
91	NC_016909	AATTTA	2	12	173644	173655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016909	GAACAA	2	12	174840	174851	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378722200
93	NC_016909	TGCAGT	2	12	174983	174994	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378722200
94	NC_016909	ATAAAA	2	12	176257	176268	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378722200
95	NC_016909	TTTTTA	2	12	177316	177327	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378722201
96	NC_016909	CTGTAG	2	12	180348	180359	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378722206
97	NC_016909	TTAAAA	2	12	182602	182613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378722207
98	NC_016909	GCTATT	2	12	184449	184460	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378722207
99	NC_016909	TCCATG	2	12	191432	191443	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378722210
100	NC_016909	GATGTT	2	12	192457	192468	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	378722211
101	NC_016909	AAAAAT	2	12	194934	194945	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378722214
102	NC_016909	AAGAAT	2	12	196745	196756	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378722214
103	NC_016909	AAGCCC	2	12	203987	203998	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378722220
104	NC_016909	CCCTAA	2	12	209252	209263	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	378722227
105	NC_016909	TATTTA	2	12	210400	210411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016909	CTTTAG	2	12	213677	213688	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378722231
107	NC_016909	ATATTT	2	12	214666	214677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378722231
108	NC_016909	GTTTCA	2	12	217857	217868	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378722235
109	NC_016909	AAAAGC	2	12	219033	219044	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378722236
110	NC_016909	TTTCTT	2	12	220483	220494	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378722238
111	NC_016909	TTTTCT	2	12	220503	220514	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378722238
112	NC_016909	AAATTA	2	12	221662	221673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378722240
113	NC_016909	AGTTAA	2	12	223604	223615	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378722241
114	NC_016909	TCATAA	2	12	225596	225607	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378722242
115	NC_016909	TAATAT	2	12	225701	225712	50 %	50 %	0 %	0 %	378722242
116	NC_016909	TAAATT	2	12	227297	227308	50 %	50 %	0 %	0 %	378722244
117	NC_016909	CACTAC	2	12	228802	228813	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_016909	TCTGTC	2	12	233155	233166	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_016909	AAAGCA	2	12	234847	234858	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378722254
120	NC_016909	GTACGA	2	12	238889	238900	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378722259
121	NC_016909	CTTCTA	2	12	239886	239897	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378722259
122	NC_016909	ATCTCA	2	12	242653	242664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378722261
123	NC_016909	TTCTTT	2	12	244046	244057	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378722262
124	NC_016909	TACTTC	2	12	246369	246380	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378722265
125	NC_016909	TTTTAT	2	12	251257	251268	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378722268
126	NC_016909	TATTTT	2	12	255590	255601	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016909	CAATAT	2	12	255914	255925	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378722275
128	NC_016909	TAATTA	2	12	256515	256526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016909	GCACCG	2	12	263678	263689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378722284
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131	NC_016909	AAATAA	2	12	264150	264161	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016909	AAAATG	2	12	264216	264227	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016909	GCACCG	2	12	265478	265489	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_016909	TTACTC	2	12	266392	266403	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378722286
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137	NC_016909	ATTGCA	2	12	276978	276989	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_016909	TTAAAG	2	12	279819	279830	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378722299
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142	NC_016909	TAAAAT	2	12	285791	285802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378722309
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145	NC_016909	GTCGTT	2	12	292110	292121	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378722312
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154	NC_016909	TTGTTC	2	12	308653	308664	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378722332
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175	NC_016909	AATTTA	2	12	345564	345575	50 %	50 %	0 %	0 %	378722375
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228	NC_016909	TGTAGG	2	12	467684	467695	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
229	NC_016909	TTATTT	2	12	472070	472081	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378722511
230	NC_016909	ATTTGC	2	12	473004	473015	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378722511
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233	NC_016909	AATATC	2	12	486699	486710	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
234	NC_016909	ATTTTG	2	12	489821	489832	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378722529
235	NC_016909	CTAAAT	2	12	493288	493299	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378722531
236	NC_016909	TTGGCG	2	12	495620	495631	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
237	NC_016909	AAATTT	2	12	495669	495680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
238	NC_016909	ATCAAA	2	12	501575	501586	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378722543
239	NC_016909	GTTGCT	2	12	504665	504676	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378722545
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350	NC_016909	TTATCC	2	12	741814	741825	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
351	NC_016909	TTTACT	2	12	743459	743470	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	378722810
352	NC_016909	TATATT	2	12	749064	749075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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357	NC_016909	ATATTT	2	12	755527	755538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
358	NC_016909	TGCTAC	2	12	755562	755573	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378722826
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470	NC_016909	AATCAA	2	12	1030548	1030559	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378723109
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475	NC_016909	CTTTAT	2	12	1035880	1035891	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
476	NC_016909	ATTTTG	2	12	1039841	1039852	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723116
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478	NC_016909	AAAAAT	2	12	1044354	1044365	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378723120
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480	NC_016909	TTATAT	2	12	1044715	1044726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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