MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Colombia chromosome

Total Repeats: 1164

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016908	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	378720672
2	NC_016908	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	378720672
3	NC_016908	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	378720673
4	NC_016908	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	378720673
5	NC_016908	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	378720673
6	NC_016908	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	378720673
7	NC_016908	ACTTT	2	10	6610	6619	20 %	60 %	0 %	20 %	378720675
8	NC_016908	AATAC	2	10	7151	7160	60 %	20 %	0 %	20 %	378720675
9	NC_016908	ATCCA	2	10	7647	7656	40 %	20 %	0 %	40 %	378720676
10	NC_016908	AATTA	2	10	9218	9227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016908	AGAAT	2	10	10835	10844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016908	GAATT	2	10	11191	11200	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016908	TAACG	2	10	12435	12444	40 %	20 %	20 %	20 %	378720683
14	NC_016908	CGCTC	2	10	12612	12621	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_016908	GGCTC	2	10	13149	13158	0 %	20 %	40 %	40 %	378720684
16	NC_016908	AGCAG	2	10	13574	13583	40 %	0 %	40 %	20 %	378720684
17	NC_016908	TTAAT	2	10	13717	13726	40 %	60 %	0 %	0 %	378720684
18	NC_016908	TAACT	2	10	15001	15010	40 %	40 %	0 %	20 %	378720687
19	NC_016908	ATTTA	2	10	16655	16664	40 %	60 %	0 %	0 %	378720689
20	NC_016908	TTTTA	2	10	17423	17432	20 %	80 %	0 %	0 %	378720689
21	NC_016908	TTTAA	2	10	20172	20181	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016908	TCAAG	2	10	21200	21209	40 %	20 %	20 %	20 %	378720694
23	NC_016908	ATAAA	2	10	21254	21263	80 %	20 %	0 %	0 %	378720694
24	NC_016908	AGAAA	2	10	21516	21525	80 %	0 %	20 %	0 %	378720694
25	NC_016908	AAAGC	2	10	21772	21781	60 %	0 %	20 %	20 %	378720694
26	NC_016908	GAATA	2	10	21978	21987	60 %	20 %	20 %	0 %	378720694
27	NC_016908	TAATA	2	10	22719	22728	60 %	40 %	0 %	0 %	378720694
28	NC_016908	CAAAG	2	10	22811	22820	60 %	0 %	20 %	20 %	378720694
29	NC_016908	TTAGT	2	10	22994	23003	20 %	60 %	20 %	0 %	378720694
30	NC_016908	AGCAG	2	10	23137	23146	40 %	0 %	40 %	20 %	378720694
31	NC_016908	TACCT	2	10	24429	24438	20 %	40 %	0 %	40 %	378720694
32	NC_016908	TACCT	2	10	24516	24525	20 %	40 %	0 %	40 %	378720694
33	NC_016908	TATAA	2	10	25995	26004	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016908	ATATT	2	10	27545	27554	40 %	60 %	0 %	0 %	378720697
35	NC_016908	ATATT	2	10	27583	27592	40 %	60 %	0 %	0 %	378720697
36	NC_016908	AAATA	2	10	28031	28040	80 %	20 %	0 %	0 %	378720698
37	NC_016908	TTTGT	2	10	29454	29463	0 %	80 %	20 %	0 %	378720701
38	NC_016908	TCATT	2	10	31231	31240	20 %	60 %	0 %	20 %	378720705
39	NC_016908	TAGTA	2	10	32033	32042	40 %	40 %	20 %	0 %	378720705
40	NC_016908	AAGTG	2	10	34693	34702	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016908	ATTTT	2	10	34705	34714	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016908	TTAAT	2	10	36408	36417	40 %	60 %	0 %	0 %	378720710
43	NC_016908	TGAGT	2	10	36435	36444	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016908	TTAGT	2	10	38968	38977	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016908	CTTTT	2	10	41023	41032	0 %	80 %	0 %	20 %	378720714
46	NC_016908	TTATT	2	10	41432	41441	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016908	TTTTA	2	10	41536	41545	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016908	AGTTG	2	10	42284	42293	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016908	TAAGT	2	10	44818	44827	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016908	AGAGG	2	10	45501	45510	40 %	0 %	60 %	0 %	378720719
51	NC_016908	ACGTA	2	10	45723	45732	40 %	20 %	20 %	20 %	378720720
52	NC_016908	TAACT	2	10	45996	46005	40 %	40 %	0 %	20 %	378720721
53	NC_016908	AGAAA	2	10	46608	46617	80 %	0 %	20 %	0 %	378720722
54	NC_016908	GTTTC	2	10	47048	47057	0 %	60 %	20 %	20 %	378720722
55	NC_016908	ATTTT	2	10	47597	47606	20 %	80 %	0 %	0 %	378720722
56	NC_016908	ATGTG	2	10	48531	48540	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016908	AAGAG	2	10	49029	49038	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016908	AGTAC	2	10	49486	49495	40 %	20 %	20 %	20 %	378720725
59	NC_016908	TTTAA	2	10	49704	49713	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016908	TTTCT	2	10	50785	50794	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016908	CATTA	2	10	51836	51845	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016908	TTTAT	2	10	52165	52174	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016908	TTGAT	2	10	53745	53754	20 %	60 %	20 %	0 %	378720729
64	NC_016908	TAAAG	2	10	54772	54781	60 %	20 %	20 %	0 %	378720729
65	NC_016908	ATTAT	2	10	54845	54854	40 %	60 %	0 %	0 %	378720729
66	NC_016908	TTTGC	2	10	57327	57336	0 %	60 %	20 %	20 %	378720732
67	NC_016908	ATTAT	2	10	58460	58469	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016908	TCGGT	2	10	60305	60314	0 %	40 %	40 %	20 %	378720736
69	NC_016908	GCTTT	2	10	61731	61740	0 %	60 %	20 %	20 %	378720737
70	NC_016908	TAAAA	2	10	65862	65871	80 %	20 %	0 %	0 %	378720741
71	NC_016908	ACTTT	2	10	68894	68903	20 %	60 %	0 %	20 %	378720746
72	NC_016908	GCTTA	2	10	69083	69092	20 %	40 %	20 %	20 %	378720746
73	NC_016908	CATTT	2	10	69786	69795	20 %	60 %	0 %	20 %	378720746
74	NC_016908	TTAAA	2	10	69811	69820	60 %	40 %	0 %	0 %	378720746
75	NC_016908	TAAAT	2	10	69889	69898	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016908	ACATA	2	10	72617	72626	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_016908	TTTCT	2	10	75387	75396	0 %	80 %	0 %	20 %	378720753
78	NC_016908	ATTTA	2	10	75801	75810	40 %	60 %	0 %	0 %	378720754
79	NC_016908	AAAAG	2	10	76577	76586	80 %	0 %	20 %	0 %	378720754
80	NC_016908	GGGTT	2	10	76787	76796	0 %	40 %	60 %	0 %	378720754
81	NC_016908	TTTAT	2	10	77163	77172	20 %	80 %	0 %	0 %	378720754
82	NC_016908	GCTTA	2	10	78495	78504	20 %	40 %	20 %	20 %	378720755
83	NC_016908	ACAAT	2	10	78859	78868	60 %	20 %	0 %	20 %	378720756
84	NC_016908	GTTAT	2	10	79484	79493	20 %	60 %	20 %	0 %	378720757
85	NC_016908	GTAGA	2	10	79790	79799	40 %	20 %	40 %	0 %	378720757
86	NC_016908	CAATG	2	10	82142	82151	40 %	20 %	20 %	20 %	378720759
87	NC_016908	ATAAA	2	10	82605	82614	80 %	20 %	0 %	0 %	378720760
88	NC_016908	ATTAT	2	10	83040	83049	40 %	60 %	0 %	0 %	378720760
89	NC_016908	ATTAA	2	10	83311	83320	60 %	40 %	0 %	0 %	378720760
90	NC_016908	ATACA	2	10	83511	83520	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_016908	GAAAA	2	10	83839	83848	80 %	0 %	20 %	0 %	378720761
92	NC_016908	AATTA	2	10	84281	84290	60 %	40 %	0 %	0 %	378720761
93	NC_016908	TTAAA	2	10	87126	87135	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016908	CGCAT	3	15	91388	91402	20 %	20 %	20 %	40 %	378720768
95	NC_016908	TGAAA	2	10	94608	94617	60 %	20 %	20 %	0 %	378720770
96	NC_016908	TTGAT	2	10	96286	96295	20 %	60 %	20 %	0 %	378720772
97	NC_016908	TAATA	2	10	96923	96932	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016908	TTGTA	2	10	97061	97070	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016908	ATTTA	2	10	98000	98009	40 %	60 %	0 %	0 %	378720774
100	NC_016908	CATTT	2	10	98216	98225	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_016908	AATTA	2	10	98366	98375	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016908	TCAAA	2	10	99654	99663	60 %	20 %	0 %	20 %	378720776
103	NC_016908	TTAAT	2	10	100436	100445	40 %	60 %	0 %	0 %	378720777
104	NC_016908	AAACT	2	10	103007	103016	60 %	20 %	0 %	20 %	378720779
105	NC_016908	TTAGT	2	10	103358	103367	20 %	60 %	20 %	0 %	378720780
106	NC_016908	CCAAA	2	10	105797	105806	60 %	0 %	0 %	40 %	378720783
107	NC_016908	TTTAT	2	10	106188	106197	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016908	CGGAT	2	10	106345	106354	20 %	20 %	40 %	20 %	378720784
109	NC_016908	TAATA	2	10	107102	107111	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016908	TTGAT	2	10	107785	107794	20 %	60 %	20 %	0 %	378720785
111	NC_016908	ATTAT	2	10	107966	107975	40 %	60 %	0 %	0 %	378720785
112	NC_016908	TTTGA	2	10	111870	111879	20 %	60 %	20 %	0 %	378720785
113	NC_016908	TGCTT	2	10	111965	111974	0 %	60 %	20 %	20 %	378720785
114	NC_016908	GCAAA	2	10	113845	113854	60 %	0 %	20 %	20 %	378720786
115	NC_016908	TGGAT	2	10	115794	115803	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016908	TTAGT	2	10	118545	118554	20 %	60 %	20 %	0 %	378720792
117	NC_016908	AAGTA	2	10	120368	120377	60 %	20 %	20 %	0 %	378720793
118	NC_016908	ATTCG	2	10	122148	122157	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_016908	AGATT	2	10	122166	122175	40 %	40 %	20 %	0 %	378720796
120	NC_016908	TAAAA	2	10	122483	122492	80 %	20 %	0 %	0 %	378720797
121	NC_016908	AAAAC	2	10	123179	123188	80 %	0 %	0 %	20 %	378720797
122	NC_016908	TTTAA	2	10	123255	123264	40 %	60 %	0 %	0 %	378720797
123	NC_016908	GTTAC	2	10	124344	124353	20 %	40 %	20 %	20 %	378720799
124	NC_016908	TGAAA	2	10	124705	124714	60 %	20 %	20 %	0 %	378720799
125	NC_016908	AGCTA	2	10	125130	125139	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_016908	GCAAG	2	10	125363	125372	40 %	0 %	40 %	20 %	378720800
127	NC_016908	TTAAA	2	10	127305	127314	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016908	CTTGT	2	10	127795	127804	0 %	60 %	20 %	20 %	378720804
129	NC_016908	AGTAT	2	10	128102	128111	40 %	40 %	20 %	0 %	378720804
130	NC_016908	ATGAT	2	10	128858	128867	40 %	40 %	20 %	0 %	378720805
131	NC_016908	CTTGT	2	10	129196	129205	0 %	60 %	20 %	20 %	378720806
132	NC_016908	TATTT	2	10	129614	129623	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016908	TCTTT	2	10	130750	130759	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_016908	TTGCT	2	10	130990	130999	0 %	60 %	20 %	20 %	378720808
135	NC_016908	CGCTC	2	10	131583	131592	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_016908	AACCT	2	10	131779	131788	40 %	20 %	0 %	40 %	378720810
137	NC_016908	AAATC	2	10	132663	132672	60 %	20 %	0 %	20 %	378720812
138	NC_016908	TTAAC	2	10	133800	133809	40 %	40 %	0 %	20 %	378720813
139	NC_016908	TATAA	2	10	133892	133901	60 %	40 %	0 %	0 %	378720813
140	NC_016908	TTATA	2	10	134266	134275	40 %	60 %	0 %	0 %	378720814
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261	NC_016908	AAAAT	2	10	276468	276477	80 %	20 %	0 %	0 %	378720942
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267	NC_016908	ACTTA	2	10	284465	284474	40 %	40 %	0 %	20 %	378720954
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269	NC_016908	CGAAG	2	10	288151	288160	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
270	NC_016908	ATCCC	2	10	289213	289222	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
271	NC_016908	TGCAA	2	10	289298	289307	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
272	NC_016908	TTCAT	2	10	290467	290476	20 %	60 %	0 %	20 %	378720957
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