MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 plasmid pRMAR01

Total Repeats: 197

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013502	GC	3	6	586	591	0 %	0 %	50 %	50 %	268318346
2	NC_013502	CT	3	6	754	759	0 %	50 %	0 %	50 %	268318346
3	NC_013502	GA	3	6	1298	1303	50 %	0 %	50 %	0 %	268318346
4	NC_013502	GC	3	6	1500	1505	0 %	0 %	50 %	50 %	268318346
5	NC_013502	CG	4	8	1934	1941	0 %	0 %	50 %	50 %	268318346
6	NC_013502	CT	3	6	2534	2539	0 %	50 %	0 %	50 %	268318346
7	NC_013502	GC	3	6	2652	2657	0 %	0 %	50 %	50 %	268318346
8	NC_013502	GC	3	6	3488	3493	0 %	0 %	50 %	50 %	268318347
9	NC_013502	TC	3	6	3761	3766	0 %	50 %	0 %	50 %	268318347
10	NC_013502	TG	3	6	4141	4146	0 %	50 %	50 %	0 %	268318347
11	NC_013502	CT	3	6	4464	4469	0 %	50 %	0 %	50 %	268318348
12	NC_013502	AG	3	6	4567	4572	50 %	0 %	50 %	0 %	268318348
13	NC_013502	CT	3	6	4897	4902	0 %	50 %	0 %	50 %	268318348
14	NC_013502	GC	3	6	5084	5089	0 %	0 %	50 %	50 %	268318348
15	NC_013502	CA	3	6	5336	5341	50 %	0 %	0 %	50 %	268318348
16	NC_013502	GC	3	6	5484	5489	0 %	0 %	50 %	50 %	268318348
17	NC_013502	CG	3	6	6348	6353	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_013502	AC	3	6	6596	6601	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_013502	TG	3	6	6606	6611	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013502	GT	3	6	7912	7917	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013502	CT	3	6	7987	7992	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_013502	TC	3	6	8452	8457	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_013502	CG	3	6	8910	8915	0 %	0 %	50 %	50 %	268318352
24	NC_013502	GT	3	6	9015	9020	0 %	50 %	50 %	0 %	268318352
25	NC_013502	GC	3	6	9773	9778	0 %	0 %	50 %	50 %	268318353
26	NC_013502	TC	3	6	11844	11849	0 %	50 %	0 %	50 %	268318354
27	NC_013502	CG	4	8	12557	12564	0 %	0 %	50 %	50 %	268318355
28	NC_013502	GT	3	6	12963	12968	0 %	50 %	50 %	0 %	268318355
29	NC_013502	TC	3	6	13897	13902	0 %	50 %	0 %	50 %	268318355
30	NC_013502	GC	3	6	15913	15918	0 %	0 %	50 %	50 %	268318356
31	NC_013502	GC	3	6	16356	16361	0 %	0 %	50 %	50 %	268318356
32	NC_013502	CG	3	6	16827	16832	0 %	0 %	50 %	50 %	268318356
33	NC_013502	CG	3	6	18021	18026	0 %	0 %	50 %	50 %	268318356
34	NC_013502	GT	3	6	18435	18440	0 %	50 %	50 %	0 %	268318357
35	NC_013502	GC	3	6	20434	20439	0 %	0 %	50 %	50 %	268318357
36	NC_013502	CG	4	8	20970	20977	0 %	0 %	50 %	50 %	268318357
37	NC_013502	GC	5	10	22638	22647	0 %	0 %	50 %	50 %	268318358
38	NC_013502	AT	3	6	23791	23796	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013502	CT	3	6	24894	24899	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_013502	AT	3	6	25710	25715	50 %	50 %	0 %	0 %	268318359
41	NC_013502	CT	3	6	26038	26043	0 %	50 %	0 %	50 %	268318359
42	NC_013502	CG	3	6	27845	27850	0 %	0 %	50 %	50 %	268318361
43	NC_013502	AC	3	6	28166	28171	50 %	0 %	0 %	50 %	268318361
44	NC_013502	GC	4	8	28247	28254	0 %	0 %	50 %	50 %	268318361
45	NC_013502	GC	3	6	29019	29024	0 %	0 %	50 %	50 %	268318363
46	NC_013502	GC	3	6	29615	29620	0 %	0 %	50 %	50 %	268318363
47	NC_013502	GC	3	6	30564	30569	0 %	0 %	50 %	50 %	268318363
48	NC_013502	GC	3	6	31241	31246	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
49	NC_013502	GC	3	6	31436	31441	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
50	NC_013502	GC	3	6	31805	31810	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
51	NC_013502	GT	3	6	32493	32498	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013502	GT	3	6	32828	32833	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013502	GA	4	8	32895	32902	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013502	GC	4	8	34551	34558	0 %	0 %	50 %	50 %	268318366
55	NC_013502	CG	3	6	34587	34592	0 %	0 %	50 %	50 %	268318366
56	NC_013502	GC	3	6	34773	34778	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
57	NC_013502	TC	3	6	34938	34943	0 %	50 %	0 %	50 %	268318367
58	NC_013502	GC	3	6	35058	35063	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
59	NC_013502	GC	3	6	35435	35440	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
60	NC_013502	CG	3	6	35637	35642	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
61	NC_013502	CT	4	8	36385	36392	0 %	50 %	0 %	50 %	268318367
62	NC_013502	GC	3	6	36854	36859	0 %	0 %	50 %	50 %	268318368
63	NC_013502	GC	3	6	37196	37201	0 %	0 %	50 %	50 %	268318368
64	NC_013502	CG	3	6	38096	38101	0 %	0 %	50 %	50 %	268318369
65	NC_013502	GC	3	6	38239	38244	0 %	0 %	50 %	50 %	268318369
66	NC_013502	CT	3	6	39025	39030	0 %	50 %	0 %	50 %	268318370
67	NC_013502	TG	3	6	40334	40339	0 %	50 %	50 %	0 %	268318373
68	NC_013502	AG	3	6	41281	41286	50 %	0 %	50 %	0 %	268318374
69	NC_013502	CG	3	6	43596	43601	0 %	0 %	50 %	50 %	268318376
70	NC_013502	CA	3	6	44344	44349	50 %	0 %	0 %	50 %	268318376
71	NC_013502	GC	3	6	44996	45001	0 %	0 %	50 %	50 %	268318378
72	NC_013502	GC	3	6	45089	45094	0 %	0 %	50 %	50 %	268318378
73	NC_013502	GC	3	6	45346	45351	0 %	0 %	50 %	50 %	268318378
74	NC_013502	TA	3	6	46709	46714	50 %	50 %	0 %	0 %	268318379
75	NC_013502	CA	3	6	47221	47226	50 %	0 %	0 %	50 %	268318380
76	NC_013502	GC	3	6	48782	48787	0 %	0 %	50 %	50 %	268318382
77	NC_013502	GC	3	6	49305	49310	0 %	0 %	50 %	50 %	268318383
78	NC_013502	CG	3	6	49758	49763	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_013502	GC	3	6	50808	50813	0 %	0 %	50 %	50 %	268318386
80	NC_013502	TC	3	6	51173	51178	0 %	50 %	0 %	50 %	268318386
81	NC_013502	CG	4	8	51478	51485	0 %	0 %	50 %	50 %	268318386
82	NC_013502	GC	3	6	52034	52039	0 %	0 %	50 %	50 %	268318386
83	NC_013502	GC	3	6	52610	52615	0 %	0 %	50 %	50 %	268318386
84	NC_013502	GC	3	6	53045	53050	0 %	0 %	50 %	50 %	268318387
85	NC_013502	GC	3	6	53963	53968	0 %	0 %	50 %	50 %	268318387
86	NC_013502	AT	4	8	54757	54764	50 %	50 %	0 %	0 %	268318388
87	NC_013502	CG	3	6	56578	56583	0 %	0 %	50 %	50 %	268318389
88	NC_013502	CG	3	6	56727	56732	0 %	0 %	50 %	50 %	268318389
89	NC_013502	GC	3	6	57973	57978	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
90	NC_013502	GC	3	6	58051	58056	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
91	NC_013502	GC	3	6	58327	58332	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
92	NC_013502	TG	3	6	58992	58997	0 %	50 %	50 %	0 %	268318390
93	NC_013502	CT	4	8	59348	59355	0 %	50 %	0 %	50 %	268318390
94	NC_013502	GC	3	6	59437	59442	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
95	NC_013502	CA	3	6	60048	60053	50 %	0 %	0 %	50 %	268318390
96	NC_013502	TC	3	6	61381	61386	0 %	50 %	0 %	50 %	268318392
97	NC_013502	GC	3	6	61792	61797	0 %	0 %	50 %	50 %	268318392
98	NC_013502	TC	3	6	62135	62140	0 %	50 %	0 %	50 %	268318393
99	NC_013502	AG	3	6	62326	62331	50 %	0 %	50 %	0 %	268318393
100	NC_013502	CT	3	6	62443	62448	0 %	50 %	0 %	50 %	268318393
101	NC_013502	GC	4	8	66406	66413	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_013502	GT	3	6	66712	66717	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013502	GA	3	6	67046	67051	50 %	0 %	50 %	0 %	268318394
104	NC_013502	GC	3	6	68151	68156	0 %	0 %	50 %	50 %	268318395
105	NC_013502	AG	3	6	70170	70175	50 %	0 %	50 %	0 %	268318397
106	NC_013502	CG	3	6	71438	71443	0 %	0 %	50 %	50 %	268318398
107	NC_013502	CG	3	6	71580	71585	0 %	0 %	50 %	50 %	268318398
108	NC_013502	GC	3	6	71642	71647	0 %	0 %	50 %	50 %	268318398
109	NC_013502	CA	3	6	72852	72857	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_013502	CG	3	6	75002	75007	0 %	0 %	50 %	50 %	268318402
111	NC_013502	CT	3	6	75171	75176	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_013502	CT	3	6	75315	75320	0 %	50 %	0 %	50 %	268318403
113	NC_013502	AT	3	6	75639	75644	50 %	50 %	0 %	0 %	268318404
114	NC_013502	CG	3	6	76549	76554	0 %	0 %	50 %	50 %	268318405
115	NC_013502	GC	3	6	78025	78030	0 %	0 %	50 %	50 %	268318405
116	NC_013502	TG	4	8	78692	78699	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013502	CT	3	6	79115	79120	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_013502	AC	3	6	79221	79226	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_013502	TA	3	6	79293	79298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013502	AT	3	6	79689	79694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013502	CG	3	6	79986	79991	0 %	0 %	50 %	50 %	268318406
122	NC_013502	AG	3	6	80701	80706	50 %	0 %	50 %	0 %	268318407
123	NC_013502	GT	3	6	82417	82422	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013502	GC	3	6	82687	82692	0 %	0 %	50 %	50 %	268318409
125	NC_013502	GC	3	6	83038	83043	0 %	0 %	50 %	50 %	268318410
126	NC_013502	GC	3	6	83119	83124	0 %	0 %	50 %	50 %	268318410
127	NC_013502	CT	4	8	84977	84984	0 %	50 %	0 %	50 %	268318412
128	NC_013502	AT	3	6	85051	85056	50 %	50 %	0 %	0 %	268318412
129	NC_013502	GC	3	6	85388	85393	0 %	0 %	50 %	50 %	268318412
130	NC_013502	CT	3	6	86140	86145	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_013502	AT	3	6	86249	86254	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013502	AG	3	6	87107	87112	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013502	GC	3	6	87731	87736	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_013502	CT	3	6	88662	88667	0 %	50 %	0 %	50 %	268318413
135	NC_013502	TG	3	6	89863	89868	0 %	50 %	50 %	0 %	268318414
136	NC_013502	GC	3	6	89873	89878	0 %	0 %	50 %	50 %	268318414
137	NC_013502	CA	3	6	90838	90843	50 %	0 %	0 %	50 %	268318415
138	NC_013502	CG	3	6	90847	90852	0 %	0 %	50 %	50 %	268318415
139	NC_013502	GC	3	6	91380	91385	0 %	0 %	50 %	50 %	268318417
140	NC_013502	GC	3	6	93340	93345	0 %	0 %	50 %	50 %	268318418
141	NC_013502	GA	3	6	93999	94004	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013502	GC	3	6	94249	94254	0 %	0 %	50 %	50 %	268318420
143	NC_013502	GA	3	6	94507	94512	50 %	0 %	50 %	0 %	268318420
144	NC_013502	AT	3	6	95486	95491	50 %	50 %	0 %	0 %	268318422
145	NC_013502	CA	3	6	95655	95660	50 %	0 %	0 %	50 %	268318422
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.