MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 plasmid pRMAR01

Total Repeats: 51

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013502	TCGTAG	2	12	10602	10613	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	268318353
2	NC_013502	CGGTGT	2	12	10622	10633	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	268318353
3	NC_013502	CCACGG	2	12	11670	11681	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	268318354
4	NC_013502	CCCCCA	2	12	12066	12077	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	268318354
5	NC_013502	TCGTAG	2	12	12873	12884	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	268318355
6	NC_013502	CCTTCG	2	12	14367	14378	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	268318355
7	NC_013502	ACCTCG	2	12	14781	14792	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	268318355
8	NC_013502	TACAGG	2	12	15878	15889	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	268318356
9	NC_013502	CAGCTC	2	12	26935	26946	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	268318360
10	NC_013502	AGCGTG	2	12	32000	32011	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	268318364
11	NC_013502	GGCGCT	2	12	35403	35414	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	268318367
12	NC_013502	GGTTCT	2	12	36570	36581	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	268318368
13	NC_013502	GTGCTG	2	12	37097	37108	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	268318368
14	NC_013502	GCTGGC	2	12	37798	37809	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	268318369
15	NC_013502	GGGCTG	2	12	40651	40662	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	268318373
16	NC_013502	AACCTG	2	12	41941	41952	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	268318374
17	NC_013502	CGCGCA	2	12	42693	42704	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	268318375
18	NC_013502	CCAGCG	2	12	43077	43088	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	268318375
19	NC_013502	TAGCAA	2	12	46611	46622	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	268318379
20	NC_013502	GCTACG	2	12	51878	51889	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	268318386
21	NC_013502	CCAGAT	2	12	56938	56949	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	268318389
22	NC_013502	AAATTC	2	12	57122	57133	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	268318389
23	NC_013502	GCATGC	2	12	60289	60300	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	268318390
24	NC_013502	CTCGGC	2	12	64231	64242	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	268318393
25	NC_013502	GACGCA	2	12	64329	64340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318393
26	NC_013502	GACAGC	2	12	67675	67686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318395
27	NC_013502	GATGCA	2	12	69241	69252	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	268318396
28	NC_013502	ATGGGA	2	12	70593	70604	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	268318397
29	NC_013502	GACGCT	2	12	71272	71283	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	268318398
30	NC_013502	TCAATT	2	12	75395	75406	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	268318403
31	NC_013502	CACCAG	2	12	76071	76082	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
32	NC_013502	CGCCAC	2	12	77758	77769	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	268318405
33	NC_013502	TCGGGC	2	12	81445	81456	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_013502	CCTGGG	2	12	81911	81922	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_013502	CGGGTG	2	12	83473	83484	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	268318411
36	NC_013502	CCCGTG	2	12	85556	85567	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	268318412
37	NC_013502	CACCTG	2	12	86519	86530	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_013502	GCTTCG	2	12	90594	90605	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318415
39	NC_013502	CTCCCG	2	12	91530	91541	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	268318417
40	NC_013502	GCTGGA	2	12	92597	92608	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	268318418
41	NC_013502	GTGCGG	2	12	92922	92933	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	268318418
42	NC_013502	GCCGGA	2	12	93050	93061	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	268318418
43	NC_013502	TGGACG	2	12	93184	93195	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	268318418
44	NC_013502	GGTGCT	2	12	93242	93253	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	268318418
45	NC_013502	TTTTCT	2	12	95815	95826	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	268318422
46	NC_013502	ACGGGG	2	12	97247	97258	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	268318423
47	NC_013502	AGCTTG	2	12	99586	99597	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	268318425
48	NC_013502	CCAGAT	2	12	105475	105486	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_013502	CCAGCA	2	12	106809	106820	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	268318431
50	NC_013502	GGCCAG	2	12	107377	107388	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	268318431
51	NC_013502	TTCCAT	2	12	120146	120157	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.