MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 chromosome

Total Repeats: 2536

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013501	CCGCC	2	10	538	547	0 %	0 %	20 %	80 %	268315579
2	NC_013501	CGGCC	2	10	3459	3468	0 %	0 %	40 %	60 %	268315581
3	NC_013501	AGCGG	2	10	6679	6688	20 %	0 %	60 %	20 %	268315585
4	NC_013501	AACCC	2	10	8543	8552	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_013501	GCTTC	2	10	10321	10330	0 %	40 %	20 %	40 %	268315590
6	NC_013501	TCGCT	2	10	10829	10838	0 %	40 %	20 %	40 %	268315591
7	NC_013501	TCCGG	2	10	11442	11451	0 %	20 %	40 %	40 %	268315591
8	NC_013501	GCCGT	2	10	14135	14144	0 %	20 %	40 %	40 %	268315593
9	NC_013501	CCCCG	2	10	17346	17355	0 %	0 %	20 %	80 %	268315594
10	NC_013501	GTCGA	2	10	17540	17549	20 %	20 %	40 %	20 %	268315594
11	NC_013501	TGCGC	2	10	18858	18867	0 %	20 %	40 %	40 %	268315595
12	NC_013501	GGGCC	2	10	19219	19228	0 %	0 %	60 %	40 %	268315596
13	NC_013501	GCCGG	2	10	19896	19905	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
14	NC_013501	CCCCA	2	10	21484	21493	20 %	0 %	0 %	80 %	268315600
15	NC_013501	CGCGC	2	10	22510	22519	0 %	0 %	40 %	60 %	268315601
16	NC_013501	GCCGG	2	10	23193	23202	0 %	0 %	60 %	40 %	268315602
17	NC_013501	GACCT	2	10	24557	24566	20 %	20 %	20 %	40 %	268315603
18	NC_013501	GCTGG	2	10	25576	25585	0 %	20 %	60 %	20 %	268315604
19	NC_013501	GAAAC	2	10	25890	25899	60 %	0 %	20 %	20 %	268315604
20	NC_013501	CCGGC	2	10	26905	26914	0 %	0 %	40 %	60 %	268315605
21	NC_013501	TTCGG	2	10	27335	27344	0 %	40 %	40 %	20 %	268315606
22	NC_013501	CGGGC	2	10	27572	27581	0 %	0 %	60 %	40 %	268315606
23	NC_013501	GATCA	2	10	27597	27606	40 %	20 %	20 %	20 %	268315606
24	NC_013501	ACCGG	2	10	28834	28843	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_013501	CGCAC	2	10	28927	28936	20 %	0 %	20 %	60 %	268315609
26	NC_013501	CGACA	2	10	29181	29190	40 %	0 %	20 %	40 %	268315609
27	NC_013501	ACCGC	2	10	29420	29429	20 %	0 %	20 %	60 %	268315609
28	NC_013501	ATGGA	2	10	29776	29785	40 %	20 %	40 %	0 %	268315609
29	NC_013501	GCCAG	2	10	32032	32041	20 %	0 %	40 %	40 %	268315610
30	NC_013501	AGGCC	2	10	32885	32894	20 %	0 %	40 %	40 %	268315611
31	NC_013501	TGCGG	2	10	34175	34184	0 %	20 %	60 %	20 %	268315612
32	NC_013501	CGCGC	2	10	34686	34695	0 %	0 %	40 %	60 %	268315612
33	NC_013501	GCAGC	2	10	39418	39427	20 %	0 %	40 %	40 %	268315618
34	NC_013501	GTCGG	2	10	40495	40504	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_013501	GCCGC	2	10	41372	41381	0 %	0 %	40 %	60 %	268315620
36	NC_013501	GACCG	2	10	42447	42456	20 %	0 %	40 %	40 %	268315622
37	NC_013501	CCGGC	2	10	42812	42821	0 %	0 %	40 %	60 %	268315622
38	NC_013501	GCGCT	2	10	43389	43398	0 %	20 %	40 %	40 %	268315622
39	NC_013501	GCCAG	2	10	44374	44383	20 %	0 %	40 %	40 %	268315623
40	NC_013501	AGCGC	2	10	44707	44716	20 %	0 %	40 %	40 %	268315623
41	NC_013501	CGAAG	2	10	45173	45182	40 %	0 %	40 %	20 %	268315624
42	NC_013501	GCCCA	2	10	45336	45345	20 %	0 %	20 %	60 %	268315624
43	NC_013501	CGGCC	2	10	46741	46750	0 %	0 %	40 %	60 %	268315624
44	NC_013501	CTGGC	2	10	50332	50341	0 %	20 %	40 %	40 %	268315627
45	NC_013501	CAGGT	2	10	50899	50908	20 %	20 %	40 %	20 %	268315628
46	NC_013501	GCTAC	2	10	51944	51953	20 %	20 %	20 %	40 %	268315628
47	NC_013501	GAAGC	2	10	53580	53589	40 %	0 %	40 %	20 %	268315629
48	NC_013501	CGCGA	2	10	54853	54862	20 %	0 %	40 %	40 %	268315631
49	NC_013501	GCCGA	2	10	56091	56100	20 %	0 %	40 %	40 %	268315632
50	NC_013501	GCCAG	2	10	56518	56527	20 %	0 %	40 %	40 %	268315633
51	NC_013501	GTCCA	2	10	56931	56940	20 %	20 %	20 %	40 %	268315633
52	NC_013501	CGGCC	2	10	57000	57009	0 %	0 %	40 %	60 %	268315634
53	NC_013501	GCCCG	2	10	58081	58090	0 %	0 %	40 %	60 %	268315635
54	NC_013501	ACGGC	2	10	59306	59315	20 %	0 %	40 %	40 %	268315636
55	NC_013501	CCGCA	2	10	60591	60600	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_013501	GCACC	2	10	60782	60791	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_013501	CGAAG	2	10	62746	62755	40 %	0 %	40 %	20 %	268315638
58	NC_013501	CATAG	2	10	63753	63762	40 %	20 %	20 %	20 %	268315638
59	NC_013501	CGGCG	2	10	65474	65483	0 %	0 %	60 %	40 %	268315641
60	NC_013501	GAACG	2	10	66587	66596	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_013501	CTCGA	2	10	71796	71805	20 %	20 %	20 %	40 %	268315646
62	NC_013501	CGGCG	2	10	72103	72112	0 %	0 %	60 %	40 %	268315647
63	NC_013501	GGAGC	2	10	72724	72733	20 %	0 %	60 %	20 %	268315648
64	NC_013501	GTTCG	2	10	73110	73119	0 %	40 %	40 %	20 %	268315648
65	NC_013501	CGGGC	2	10	74363	74372	0 %	0 %	60 %	40 %	268315649
66	NC_013501	GCTGG	2	10	75439	75448	0 %	20 %	60 %	20 %	268315649
67	NC_013501	CACGG	2	10	80765	80774	20 %	0 %	40 %	40 %	268315653
68	NC_013501	AGAAA	2	10	88065	88074	80 %	0 %	20 %	0 %	268315658
69	NC_013501	AATGA	2	10	88233	88242	60 %	20 %	20 %	0 %	268315658
70	NC_013501	TTTTC	2	10	88570	88579	0 %	80 %	0 %	20 %	268315658
71	NC_013501	CGAGC	2	10	90226	90235	20 %	0 %	40 %	40 %	268315659
72	NC_013501	AGCCG	2	10	90330	90339	20 %	0 %	40 %	40 %	268315659
73	NC_013501	GGCCA	2	10	93566	93575	20 %	0 %	40 %	40 %	268315662
74	NC_013501	CAGCG	2	10	98684	98693	20 %	0 %	40 %	40 %	268315665
75	NC_013501	TCGGC	2	10	98833	98842	0 %	20 %	40 %	40 %	268315665
76	NC_013501	TCTGC	2	10	99469	99478	0 %	40 %	20 %	40 %	268315667
77	NC_013501	TCGCC	2	10	104278	104287	0 %	20 %	20 %	60 %	268315670
78	NC_013501	GCCCG	2	10	105979	105988	0 %	0 %	40 %	60 %	268315673
79	NC_013501	CTGGC	2	10	106062	106071	0 %	20 %	40 %	40 %	268315673
80	NC_013501	GATCA	2	10	106296	106305	40 %	20 %	20 %	20 %	268315673
81	NC_013501	CCGCG	2	10	107278	107287	0 %	0 %	40 %	60 %	268315674
82	NC_013501	GCAAT	2	10	107463	107472	40 %	20 %	20 %	20 %	268315675
83	NC_013501	GCCGC	2	10	107892	107901	0 %	0 %	40 %	60 %	268315675
84	NC_013501	CACGG	2	10	108090	108099	20 %	0 %	40 %	40 %	268315676
85	NC_013501	TTCCG	2	10	108362	108371	0 %	40 %	20 %	40 %	268315676
86	NC_013501	TCCGA	2	10	109491	109500	20 %	20 %	20 %	40 %	268315677
87	NC_013501	TGGTC	2	10	111250	111259	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_013501	GGCCG	2	10	111479	111488	0 %	0 %	60 %	40 %	268315678
89	NC_013501	AGGTC	2	10	111967	111976	20 %	20 %	40 %	20 %	268315678
90	NC_013501	GCTTC	2	10	113340	113349	0 %	40 %	20 %	40 %	268315679
91	NC_013501	GTGGC	2	10	114202	114211	0 %	20 %	60 %	20 %	268315680
92	NC_013501	GCAGA	2	10	115932	115941	40 %	0 %	40 %	20 %	268315682
93	NC_013501	CCGAT	2	10	116925	116934	20 %	20 %	20 %	40 %	268315683
94	NC_013501	GCTCG	2	10	117710	117719	0 %	20 %	40 %	40 %	268315683
95	NC_013501	GCGCC	2	10	117733	117742	0 %	0 %	40 %	60 %	268315683
96	NC_013501	CTGGT	2	10	121165	121174	0 %	40 %	40 %	20 %	268315687
97	NC_013501	GGCCG	2	10	123579	123588	0 %	0 %	60 %	40 %	268315689
98	NC_013501	GGGCC	2	10	125452	125461	0 %	0 %	60 %	40 %	268315691
99	NC_013501	CGTTG	2	10	125831	125840	0 %	40 %	40 %	20 %	268315692
100	NC_013501	GGCGC	2	10	130262	130271	0 %	0 %	60 %	40 %	268315696
101	NC_013501	TCACG	2	10	131319	131328	20 %	20 %	20 %	40 %	268315697
102	NC_013501	CAACG	2	10	131368	131377	40 %	0 %	20 %	40 %	268315697
103	NC_013501	CCCGG	2	10	131481	131490	0 %	0 %	40 %	60 %	268315698
104	NC_013501	AAAAG	2	10	133513	133522	80 %	0 %	20 %	0 %	268315700
105	NC_013501	GTTGC	2	10	135265	135274	0 %	40 %	40 %	20 %	268315701
106	NC_013501	TTCGT	2	10	138756	138765	0 %	60 %	20 %	20 %	268315706
107	NC_013501	GATGG	2	10	138881	138890	20 %	20 %	60 %	0 %	268315706
108	NC_013501	TCGCC	2	10	141944	141953	0 %	20 %	20 %	60 %	268315709
109	NC_013501	CGGCG	2	10	141956	141965	0 %	0 %	60 %	40 %	268315709
110	NC_013501	GCCCA	2	10	142444	142453	20 %	0 %	20 %	60 %	268315710
111	NC_013501	CGCCA	2	10	142746	142755	20 %	0 %	20 %	60 %	268315710
112	NC_013501	CAGCG	2	10	143377	143386	20 %	0 %	40 %	40 %	268315710
113	NC_013501	CGGCG	2	10	143688	143697	0 %	0 %	60 %	40 %	268315711
114	NC_013501	GATCG	2	10	143802	143811	20 %	20 %	40 %	20 %	268315711
115	NC_013501	GCCTG	2	10	146023	146032	0 %	20 %	40 %	40 %	268315712
116	NC_013501	CCTGG	2	10	146595	146604	0 %	20 %	40 %	40 %	268315713
117	NC_013501	CGAAA	2	10	147616	147625	60 %	0 %	20 %	20 %	268315714
118	NC_013501	GCCGC	2	10	149143	149152	0 %	0 %	40 %	60 %	268315715
119	NC_013501	GGCGC	2	10	149258	149267	0 %	0 %	60 %	40 %	268315715
120	NC_013501	GGGCT	2	10	149401	149410	0 %	20 %	60 %	20 %	268315715
121	NC_013501	GTGGG	2	10	149524	149533	0 %	20 %	80 %	0 %	268315715
122	NC_013501	ATCGC	2	10	150271	150280	20 %	20 %	20 %	40 %	268315716
123	NC_013501	CGGTG	2	10	152127	152136	0 %	20 %	60 %	20 %	268315717
124	NC_013501	GGGAG	2	10	152908	152917	20 %	0 %	80 %	0 %	268315717
125	NC_013501	TACGG	2	10	154064	154073	20 %	20 %	40 %	20 %	268315718
126	NC_013501	CCTGA	2	10	156085	156094	20 %	20 %	20 %	40 %	268315719
127	NC_013501	CGCTG	2	10	157677	157686	0 %	20 %	40 %	40 %	268315719
128	NC_013501	GCCAC	2	10	159851	159860	20 %	0 %	20 %	60 %	268315721
129	NC_013501	GCCGC	2	10	160375	160384	0 %	0 %	40 %	60 %	268315721
130	NC_013501	CGGCC	2	10	160796	160805	0 %	0 %	40 %	60 %	268315722
131	NC_013501	GGCGT	2	10	163417	163426	0 %	20 %	60 %	20 %	268315725
132	NC_013501	CGTGC	2	10	167590	167599	0 %	20 %	40 %	40 %	268315731
133	NC_013501	CGCTG	2	10	170452	170461	0 %	20 %	40 %	40 %	268315733
134	NC_013501	CAGGC	2	10	171551	171560	20 %	0 %	40 %	40 %	268315734
135	NC_013501	CTGGC	2	10	172671	172680	0 %	20 %	40 %	40 %	268315735
136	NC_013501	CAGGT	2	10	174910	174919	20 %	20 %	40 %	20 %	268315738
137	NC_013501	GCGCC	2	10	175202	175211	0 %	0 %	40 %	60 %	268315738
138	NC_013501	CACAC	2	10	176521	176530	40 %	0 %	0 %	60 %	268315739
139	NC_013501	GGGCG	2	10	178340	178349	0 %	0 %	80 %	20 %	268315742
140	NC_013501	GCCGG	2	10	178931	178940	0 %	0 %	60 %	40 %	268315742
141	NC_013501	GGGCT	2	10	179974	179983	0 %	20 %	60 %	20 %	268315744
142	NC_013501	CTGGC	2	10	180721	180730	0 %	20 %	40 %	40 %	268315744
143	NC_013501	AGCAA	2	10	181723	181732	60 %	0 %	20 %	20 %	268315746
144	NC_013501	GACGG	2	10	185327	185336	20 %	0 %	60 %	20 %	268315751
145	NC_013501	AGCAA	2	10	189152	189161	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_013501	GAAAA	2	10	190511	190520	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013501	GCGAG	2	10	190902	190911	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
148	NC_013501	GAGCC	2	10	192124	192133	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
149	NC_013501	TTTTA	2	10	192441	192450	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_013501	GGCCC	2	10	192739	192748	0 %	0 %	40 %	60 %	268315754
151	NC_013501	TCGCT	2	10	192937	192946	0 %	40 %	20 %	40 %	268315754
152	NC_013501	GGTGA	2	10	193576	193585	20 %	20 %	60 %	0 %	268315754
153	NC_013501	TACGA	2	10	193834	193843	40 %	20 %	20 %	20 %	268315754
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156	NC_013501	GACCG	2	10	195340	195349	20 %	0 %	40 %	40 %	268315756
157	NC_013501	GGCCG	2	10	197379	197388	0 %	0 %	60 %	40 %	268315758
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162	NC_013501	GCTTC	2	10	203655	203664	0 %	40 %	20 %	40 %	268315764
163	NC_013501	AGCCG	2	10	204103	204112	20 %	0 %	40 %	40 %	268315765
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167	NC_013501	CAGCG	2	10	208874	208883	20 %	0 %	40 %	40 %	268315770
168	NC_013501	CCGAT	2	10	210213	210222	20 %	20 %	20 %	40 %	268315771
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172	NC_013501	TCGGG	2	10	214995	215004	0 %	20 %	60 %	20 %	268315775
173	NC_013501	AGCCC	2	10	216409	216418	20 %	0 %	20 %	60 %	268315777
174	NC_013501	GGGCG	2	10	218616	218625	0 %	0 %	80 %	20 %	268315780
175	NC_013501	CGCGT	2	10	219434	219443	0 %	20 %	40 %	40 %	268315782
176	NC_013501	CCTCG	2	10	221481	221490	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
177	NC_013501	CTGGC	2	10	221694	221703	0 %	20 %	40 %	40 %	268315783
178	NC_013501	CGGCG	2	10	222741	222750	0 %	0 %	60 %	40 %	268315785
179	NC_013501	GACCG	2	10	222997	223006	20 %	0 %	40 %	40 %	268315785
180	NC_013501	GCCGG	2	10	223805	223814	0 %	0 %	60 %	40 %	268315785
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192	NC_013501	TCTGG	2	10	235526	235535	0 %	40 %	40 %	20 %	268315796
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197	NC_013501	CGATC	2	10	237917	237926	20 %	20 %	20 %	40 %	268315797
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199	NC_013501	GTCGT	2	10	240025	240034	0 %	40 %	40 %	20 %	268315798
200	NC_013501	ATCCT	2	10	242500	242509	20 %	40 %	0 %	40 %	268315801
201	NC_013501	AGCGG	2	10	243887	243896	20 %	0 %	60 %	20 %	268315803
202	NC_013501	TTCTG	2	10	244592	244601	0 %	60 %	20 %	20 %	268315803
203	NC_013501	CGAAG	2	10	244653	244662	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
204	NC_013501	GCCGC	2	10	247001	247010	0 %	0 %	40 %	60 %	268315805
205	NC_013501	ACCTG	2	10	249478	249487	20 %	20 %	20 %	40 %	268315809
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221	NC_013501	GCTGG	2	10	274290	274299	0 %	20 %	60 %	20 %	268315833
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228	NC_013501	CAGGC	2	10	279039	279048	20 %	0 %	40 %	40 %	268315839
229	NC_013501	TTTGG	2	10	279835	279844	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
230	NC_013501	AGGGC	2	10	280490	280499	20 %	0 %	60 %	20 %	268315841
231	NC_013501	CCCCG	2	10	280719	280728	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
232	NC_013501	GCGGG	2	10	280734	280743	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
233	NC_013501	AGCGT	2	10	281023	281032	20 %	20 %	40 %	20 %	268315842
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237	NC_013501	GATTG	2	10	286895	286904	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
238	NC_013501	ATCGG	2	10	287059	287068	20 %	20 %	40 %	20 %	268315847
239	NC_013501	GCGCC	2	10	287931	287940	0 %	0 %	40 %	60 %	268315847
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241	NC_013501	CCATG	2	10	288382	288391	20 %	20 %	20 %	40 %	268315847
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243	NC_013501	TGCGC	2	10	289102	289111	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
244	NC_013501	CAGGG	2	10	290127	290136	20 %	0 %	60 %	20 %	268315848
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247	NC_013501	TCTGG	2	10	294802	294811	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
248	NC_013501	CCGCG	2	10	295460	295469	0 %	0 %	40 %	60 %	268315852
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253	NC_013501	CGGGA	2	10	305899	305908	20 %	0 %	60 %	20 %	268315857
254	NC_013501	CGGGG	2	10	306251	306260	0 %	0 %	80 %	20 %	268315857
255	NC_013501	TCGGT	2	10	307469	307478	0 %	40 %	40 %	20 %	268315858
256	NC_013501	GCGCA	2	10	307692	307701	20 %	0 %	40 %	40 %	268315859
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259	NC_013501	GGGCA	2	10	315970	315979	20 %	0 %	60 %	20 %	268315863
260	NC_013501	CAACG	2	10	317652	317661	40 %	0 %	20 %	40 %	268315865
261	NC_013501	CGCGG	2	10	317685	317694	0 %	0 %	60 %	40 %	268315865
262	NC_013501	CTGCG	2	10	318545	318554	0 %	20 %	40 %	40 %	268315865
263	NC_013501	CGCGA	2	10	320234	320243	20 %	0 %	40 %	40 %	268315868
264	NC_013501	ACGAG	2	10	320464	320473	40 %	0 %	40 %	20 %	268315868
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389	NC_013501	CTGAT	2	10	458649	458658	20 %	40 %	20 %	20 %	268315989
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393	NC_013501	GACCG	2	10	465617	465626	20 %	0 %	40 %	40 %	268315997
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