MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rhodococcus opacus B4 plasmid pKNR

Total Repeats: 298

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012523	CGGG	2	8	190	197	0 %	0 %	75 %	25 %	226334773
2	NC_012523	GCCG	2	8	1393	1400	0 %	0 %	50 %	50 %	226334774
3	NC_012523	TCAT	2	8	1754	1761	25 %	50 %	0 %	25 %	226334774
4	NC_012523	CTTC	2	8	1769	1776	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_012523	AGCG	2	8	1845	1852	25 %	0 %	50 %	25 %	226334775
6	NC_012523	CGGC	2	8	2078	2085	0 %	0 %	50 %	50 %	226334775
7	NC_012523	GTGC	2	8	2329	2336	0 %	25 %	50 %	25 %	226334776
8	NC_012523	GTCT	2	8	2660	2667	0 %	50 %	25 %	25 %	226334776
9	NC_012523	CGTG	2	8	3157	3164	0 %	25 %	50 %	25 %	226334776
10	NC_012523	TGCT	2	8	3488	3495	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_012523	GCCG	2	8	3518	3525	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_012523	CAGC	2	8	3549	3556	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_012523	AGCT	2	8	4126	4133	25 %	25 %	25 %	25 %	226334777
14	NC_012523	TGCT	2	8	4192	4199	0 %	50 %	25 %	25 %	226334777
15	NC_012523	CGAG	2	8	4385	4392	25 %	0 %	50 %	25 %	226334777
16	NC_012523	CCTT	2	8	4435	4442	0 %	50 %	0 %	50 %	226334777
17	NC_012523	ATTC	2	8	4696	4703	25 %	50 %	0 %	25 %	226334777
18	NC_012523	GCCC	2	8	4856	4863	0 %	0 %	25 %	75 %	226334777
19	NC_012523	TCGG	2	8	4941	4948	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_012523	ATCT	2	8	5209	5216	25 %	50 %	0 %	25 %	226334778
21	NC_012523	GCAC	2	8	5409	5416	25 %	0 %	25 %	50 %	226334778
22	NC_012523	GCAA	2	8	6369	6376	50 %	0 %	25 %	25 %	226334779
23	NC_012523	CCCG	2	8	6532	6539	0 %	0 %	25 %	75 %	226334779
24	NC_012523	GCTG	2	8	6695	6702	0 %	25 %	50 %	25 %	226334779
25	NC_012523	CTGG	2	8	6782	6789	0 %	25 %	50 %	25 %	226334779
26	NC_012523	CCCG	2	8	6963	6970	0 %	0 %	25 %	75 %	226334779
27	NC_012523	GCGA	2	8	7303	7310	25 %	0 %	50 %	25 %	226334779
28	NC_012523	GCTG	2	8	7828	7835	0 %	25 %	50 %	25 %	226334779
29	NC_012523	CGGG	2	8	8531	8538	0 %	0 %	75 %	25 %	226334780
30	NC_012523	GAGT	2	8	8693	8700	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012523	CCTG	2	8	8722	8729	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_012523	GTGC	2	8	9571	9578	0 %	25 %	50 %	25 %	226334781
33	NC_012523	GTCG	2	8	9949	9956	0 %	25 %	50 %	25 %	226334781
34	NC_012523	CAAC	2	8	10741	10748	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_012523	TGAA	2	8	11803	11810	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012523	ATGA	2	8	12479	12486	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012523	CTGG	2	8	12741	12748	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_012523	CCTG	2	8	12749	12756	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_012523	GTCA	2	8	12783	12790	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_012523	GCGG	2	8	12942	12949	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
41	NC_012523	AGCC	2	8	13072	13079	25 %	0 %	25 %	50 %	226334783
42	NC_012523	CCTG	2	8	13119	13126	0 %	25 %	25 %	50 %	226334783
43	NC_012523	GTCG	2	8	13314	13321	0 %	25 %	50 %	25 %	226334783
44	NC_012523	TGCC	2	8	13610	13617	0 %	25 %	25 %	50 %	226334783
45	NC_012523	GCCC	2	8	13845	13852	0 %	0 %	25 %	75 %	226334783
46	NC_012523	CGCC	2	8	14307	14314	0 %	0 %	25 %	75 %	226334784
47	NC_012523	GCGA	2	8	14321	14328	25 %	0 %	50 %	25 %	226334784
48	NC_012523	CCGG	2	8	14510	14517	0 %	0 %	50 %	50 %	226334784
49	NC_012523	GCCC	2	8	14812	14819	0 %	0 %	25 %	75 %	226334784
50	NC_012523	GACC	2	8	14892	14899	25 %	0 %	25 %	50 %	226334784
51	NC_012523	GCGG	2	8	15001	15008	0 %	0 %	75 %	25 %	226334784
52	NC_012523	TCGA	2	8	15158	15165	25 %	25 %	25 %	25 %	226334784
53	NC_012523	GAAG	2	8	15298	15305	50 %	0 %	50 %	0 %	226334784
54	NC_012523	CGGT	2	8	15339	15346	0 %	25 %	50 %	25 %	226334784
55	NC_012523	GTGC	2	8	15530	15537	0 %	25 %	50 %	25 %	226334784
56	NC_012523	GACC	2	8	15783	15790	25 %	0 %	25 %	50 %	226334784
57	NC_012523	CGAG	2	8	17737	17744	25 %	0 %	50 %	25 %	226334787
58	NC_012523	GCTC	2	8	18406	18413	0 %	25 %	25 %	50 %	226334788
59	NC_012523	AAGG	2	8	18750	18757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012523	CCGC	2	8	18904	18911	0 %	0 %	25 %	75 %	226334790
61	NC_012523	GTCG	2	8	19059	19066	0 %	25 %	50 %	25 %	226334790
62	NC_012523	TGGG	2	8	19196	19203	0 %	25 %	75 %	0 %	226334790
63	NC_012523	CGGT	2	8	20462	20469	0 %	25 %	50 %	25 %	226334792
64	NC_012523	CCCG	2	8	21577	21584	0 %	0 %	25 %	75 %	226334792
65	NC_012523	CCAC	2	8	21705	21712	25 %	0 %	0 %	75 %	226334792
66	NC_012523	GCAA	2	8	21788	21795	50 %	0 %	25 %	25 %	226334792
67	NC_012523	CGAA	2	8	22100	22107	50 %	0 %	25 %	25 %	226334794
68	NC_012523	CTCA	2	8	22688	22695	25 %	25 %	0 %	50 %	226334794
69	NC_012523	TCGG	2	8	23819	23826	0 %	25 %	50 %	25 %	226334795
70	NC_012523	TCGT	2	8	24041	24048	0 %	50 %	25 %	25 %	226334795
71	NC_012523	CGGA	2	8	24693	24700	25 %	0 %	50 %	25 %	226334795
72	NC_012523	GATG	2	8	24772	24779	25 %	25 %	50 %	0 %	226334795
73	NC_012523	GCCC	2	8	25099	25106	0 %	0 %	25 %	75 %	226334795
74	NC_012523	GGCG	2	8	25367	25374	0 %	0 %	75 %	25 %	226334796
75	NC_012523	CGGG	2	8	25560	25567	0 %	0 %	75 %	25 %	226334796
76	NC_012523	ACCG	2	8	25730	25737	25 %	0 %	25 %	50 %	226334797
77	NC_012523	CGCC	2	8	26231	26238	0 %	0 %	25 %	75 %	226334797
78	NC_012523	CACC	2	8	27101	27108	25 %	0 %	0 %	75 %	226334797
79	NC_012523	TCCA	2	8	27183	27190	25 %	25 %	0 %	50 %	226334797
80	NC_012523	GGCG	2	8	27397	27404	0 %	0 %	75 %	25 %	226334798
81	NC_012523	CGAC	2	8	30011	30018	25 %	0 %	25 %	50 %	226334800
82	NC_012523	ATCG	2	8	30660	30667	25 %	25 %	25 %	25 %	226334800
83	NC_012523	GTTC	2	8	31148	31155	0 %	50 %	25 %	25 %	226334801
84	NC_012523	CCGA	2	8	31434	31441	25 %	0 %	25 %	50 %	226334801
85	NC_012523	GGTC	2	8	31664	31671	0 %	25 %	50 %	25 %	226334802
86	NC_012523	GTCC	2	8	32315	32322	0 %	25 %	25 %	50 %	226334802
87	NC_012523	GGAA	2	8	32725	32732	50 %	0 %	50 %	0 %	226334803
88	NC_012523	GCGG	2	8	32942	32949	0 %	0 %	75 %	25 %	226334803
89	NC_012523	GAAC	2	8	32969	32976	50 %	0 %	25 %	25 %	226334803
90	NC_012523	ACCA	2	8	33300	33307	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_012523	GCAG	2	8	33751	33758	25 %	0 %	50 %	25 %	226334804
92	NC_012523	TCTT	2	8	33946	33953	0 %	75 %	0 %	25 %	226334804
93	NC_012523	AAGA	2	8	34815	34822	75 %	0 %	25 %	0 %	226334804
94	NC_012523	CGGA	2	8	34982	34989	25 %	0 %	50 %	25 %	226334804
95	NC_012523	CTTC	2	8	35126	35133	0 %	50 %	0 %	50 %	226334804
96	NC_012523	CCTG	2	8	35177	35184	0 %	25 %	25 %	50 %	226334804
97	NC_012523	GCCC	2	8	35256	35263	0 %	0 %	25 %	75 %	226334804
98	NC_012523	GGAT	2	8	36010	36017	25 %	25 %	50 %	0 %	226334805
99	NC_012523	CGGC	2	8	36093	36100	0 %	0 %	50 %	50 %	226334805
100	NC_012523	GCGA	2	8	36398	36405	25 %	0 %	50 %	25 %	226334805
101	NC_012523	ACTC	2	8	36421	36428	25 %	25 %	0 %	50 %	226334805
102	NC_012523	CACG	2	8	36595	36602	25 %	0 %	25 %	50 %	226334805
103	NC_012523	GCGG	2	8	36668	36675	0 %	0 %	75 %	25 %	226334805
104	NC_012523	GACT	2	8	36687	36694	25 %	25 %	25 %	25 %	226334805
105	NC_012523	CGGC	2	8	37842	37849	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_012523	ACCC	2	8	38006	38013	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
107	NC_012523	CGAA	2	8	38453	38460	50 %	0 %	25 %	25 %	226334807
108	NC_012523	GATC	2	8	38966	38973	25 %	25 %	25 %	25 %	226334808
109	NC_012523	CGCA	2	8	39121	39128	25 %	0 %	25 %	50 %	226334808
110	NC_012523	AGCG	2	8	39354	39361	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_012523	CACT	2	8	40086	40093	25 %	25 %	0 %	50 %	226334809
112	NC_012523	GCAC	2	8	40130	40137	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_012523	CCCT	2	8	40191	40198	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
114	NC_012523	GCGG	2	8	42198	42205	0 %	0 %	75 %	25 %	226334811
115	NC_012523	CGGC	2	8	42346	42353	0 %	0 %	50 %	50 %	226334811
116	NC_012523	GTGG	2	8	43079	43086	0 %	25 %	75 %	0 %	226334812
117	NC_012523	AGGT	2	8	43926	43933	25 %	25 %	50 %	0 %	226334812
118	NC_012523	CCGG	2	8	46345	46352	0 %	0 %	50 %	50 %	226334816
119	NC_012523	GGCT	2	8	47043	47050	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_012523	AGTC	2	8	47316	47323	25 %	25 %	25 %	25 %	226334818
121	NC_012523	CGAC	2	8	47961	47968	25 %	0 %	25 %	50 %	226334818
122	NC_012523	CCAG	2	8	48717	48724	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_012523	TGGC	2	8	49068	49075	0 %	25 %	50 %	25 %	226334819
124	NC_012523	GCCC	2	8	49447	49454	0 %	0 %	25 %	75 %	226334819
125	NC_012523	CGCC	2	8	51536	51543	0 %	0 %	25 %	75 %	226334820
126	NC_012523	GGGC	2	8	52659	52666	0 %	0 %	75 %	25 %	226334820
127	NC_012523	ACCG	2	8	52694	52701	25 %	0 %	25 %	50 %	226334820
128	NC_012523	CCTG	2	8	54147	54154	0 %	25 %	25 %	50 %	226334820
129	NC_012523	TCGG	2	8	54224	54231	0 %	25 %	50 %	25 %	226334820
130	NC_012523	CGGG	2	8	55114	55121	0 %	0 %	75 %	25 %	226334820
131	NC_012523	CGGC	2	8	55295	55302	0 %	0 %	50 %	50 %	226334820
132	NC_012523	CCCG	3	12	55776	55787	0 %	0 %	25 %	75 %	226334820
133	NC_012523	GCGG	2	8	55867	55874	0 %	0 %	75 %	25 %	226334820
134	NC_012523	CGGA	2	8	56088	56095	25 %	0 %	50 %	25 %	226334820
135	NC_012523	GTTC	2	8	56190	56197	0 %	50 %	25 %	25 %	226334820
136	NC_012523	TCCG	2	8	56283	56290	0 %	25 %	25 %	50 %	226334820
137	NC_012523	GCGG	2	8	56293	56300	0 %	0 %	75 %	25 %	226334820
138	NC_012523	GCCC	2	8	56732	56739	0 %	0 %	25 %	75 %	226334820
139	NC_012523	GCCC	2	8	56853	56860	0 %	0 %	25 %	75 %	226334820
140	NC_012523	GACA	2	8	57658	57665	50 %	0 %	25 %	25 %	226334820
141	NC_012523	GGGT	2	8	57755	57762	0 %	25 %	75 %	0 %	226334820
142	NC_012523	ACCG	2	8	57880	57887	25 %	0 %	25 %	50 %	226334820
143	NC_012523	TGCC	2	8	58666	58673	0 %	25 %	25 %	50 %	226334820
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284	NC_012523	GACG	2	8	105973	105980	25 %	0 %	50 %	25 %	226334870
285	NC_012523	CGAG	2	8	106052	106059	25 %	0 %	50 %	25 %	226334870
286	NC_012523	ACCC	2	8	106971	106978	25 %	0 %	0 %	75 %	226334871
287	NC_012523	TCCG	2	8	107057	107064	0 %	25 %	25 %	50 %	226334871
288	NC_012523	CGGA	2	8	107531	107538	25 %	0 %	50 %	25 %	226334871
289	NC_012523	ACAA	2	8	108619	108626	75 %	0 %	0 %	25 %	226334872
290	NC_012523	GCTC	2	8	108716	108723	0 %	25 %	25 %	50 %	226334872
291	NC_012523	CACT	2	8	108882	108889	25 %	25 %	0 %	50 %	226334873
292	NC_012523	GGCG	2	8	108908	108915	0 %	0 %	75 %	25 %	226334873
293	NC_012523	GACT	2	8	109354	109361	25 %	25 %	25 %	25 %	226334873
294	NC_012523	GTAG	2	8	110051	110058	25 %	25 %	50 %	0 %	226334873
295	NC_012523	GGAC	2	8	110573	110580	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
296	NC_012523	TCGA	2	8	110627	110634	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
297	NC_012523	GGCC	2	8	110849	110856	0 %	0 %	50 %	50 %	226334874
298	NC_012523	CGCA	2	8	111027	111034	25 %	0 %	25 %	50 %	226334874

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.