MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB1

Total Repeats: 259

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008386	CATC	2	8	51	58	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008386	GTTT	2	8	484	491	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008386	TGCC	2	8	980	987	0 %	25 %	25 %	50 %	115345531
4	NC_008386	TGGG	2	8	1775	1782	0 %	25 %	75 %	0 %	115345531
5	NC_008386	TTGG	2	8	1830	1837	0 %	50 %	50 %	0 %	115345531
6	NC_008386	TCAA	2	8	1951	1958	50 %	25 %	0 %	25 %	115345531
7	NC_008386	GAAT	2	8	2323	2330	50 %	25 %	25 %	0 %	115345532
8	NC_008386	GCCC	2	8	2374	2381	0 %	0 %	25 %	75 %	115345532
9	NC_008386	ACAA	2	8	2550	2557	75 %	0 %	0 %	25 %	115345532
10	NC_008386	CGCA	2	8	2636	2643	25 %	0 %	25 %	50 %	115345532
11	NC_008386	TCAA	2	8	2739	2746	50 %	25 %	0 %	25 %	115345532
12	NC_008386	AGTA	2	8	3081	3088	50 %	25 %	25 %	0 %	115345532
13	NC_008386	CATC	2	8	3097	3104	25 %	25 %	0 %	50 %	115345532
14	NC_008386	AACC	2	8	3135	3142	50 %	0 %	0 %	50 %	115345532
15	NC_008386	GGTC	2	8	4714	4721	0 %	25 %	50 %	25 %	115345534
16	NC_008386	GGAT	2	8	4913	4920	25 %	25 %	50 %	0 %	115345534
17	NC_008386	GAAA	2	8	5026	5033	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008386	TTTC	2	8	5166	5173	0 %	75 %	0 %	25 %	115345535
19	NC_008386	TGCG	2	8	5225	5232	0 %	25 %	50 %	25 %	115345535
20	NC_008386	AGAT	2	8	5844	5851	50 %	25 %	25 %	0 %	115345535
21	NC_008386	TGGT	2	8	6193	6200	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008386	AAGC	2	8	7214	7221	50 %	0 %	25 %	25 %	115345536
23	NC_008386	ATGG	2	8	7923	7930	25 %	25 %	50 %	0 %	115345537
24	NC_008386	ATTG	2	8	7956	7963	25 %	50 %	25 %	0 %	115345537
25	NC_008386	GGCG	2	8	8052	8059	0 %	0 %	75 %	25 %	115345537
26	NC_008386	CGAC	2	8	9163	9170	25 %	0 %	25 %	50 %	115345538
27	NC_008386	GGCG	2	8	9595	9602	0 %	0 %	75 %	25 %	115345538
28	NC_008386	TCTG	2	8	9786	9793	0 %	50 %	25 %	25 %	115345538
29	NC_008386	GCAG	2	8	10782	10789	25 %	0 %	50 %	25 %	115345539
30	NC_008386	CTCA	2	8	11244	11251	25 %	25 %	0 %	50 %	115345540
31	NC_008386	TCGC	2	8	11673	11680	0 %	25 %	25 %	50 %	115345541
32	NC_008386	ACCA	2	8	12045	12052	50 %	0 %	0 %	50 %	115345541
33	NC_008386	GCGA	2	8	12196	12203	25 %	0 %	50 %	25 %	115345541
34	NC_008386	TAGT	2	8	12278	12285	25 %	50 %	25 %	0 %	115345541
35	NC_008386	ATTG	2	8	12393	12400	25 %	50 %	25 %	0 %	115345541
36	NC_008386	CCAT	2	8	14055	14062	25 %	25 %	0 %	50 %	115345544
37	NC_008386	AGCC	2	8	14611	14618	25 %	0 %	25 %	50 %	115345544
38	NC_008386	CGGT	2	8	14870	14877	0 %	25 %	50 %	25 %	115345544
39	NC_008386	CAGC	2	8	15725	15732	25 %	0 %	25 %	50 %	115345544
40	NC_008386	TTCA	2	8	15873	15880	25 %	50 %	0 %	25 %	115345544
41	NC_008386	ACGA	2	8	16526	16533	50 %	0 %	25 %	25 %	115345545
42	NC_008386	TCTT	2	8	16907	16914	0 %	75 %	0 %	25 %	115345546
43	NC_008386	TGGG	2	8	17187	17194	0 %	25 %	75 %	0 %	115345547
44	NC_008386	CGAC	2	8	17437	17444	25 %	0 %	25 %	50 %	115345547
45	NC_008386	TCCC	2	8	17483	17490	0 %	25 %	0 %	75 %	115345547
46	NC_008386	GTAG	2	8	17569	17576	25 %	25 %	50 %	0 %	115345547
47	NC_008386	AGCG	2	8	17851	17858	25 %	0 %	50 %	25 %	115345548
48	NC_008386	GCTC	2	8	19070	19077	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008386	TCAA	2	8	19212	19219	50 %	25 %	0 %	25 %	115345549
50	NC_008386	AGCA	2	8	19949	19956	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008386	ATCT	2	8	19994	20001	25 %	50 %	0 %	25 %	115345550
52	NC_008386	GCCA	2	8	20299	20306	25 %	0 %	25 %	50 %	115345550
53	NC_008386	CCGA	2	8	20455	20462	25 %	0 %	25 %	50 %	115345550
54	NC_008386	TGAA	2	8	20783	20790	50 %	25 %	25 %	0 %	115345550
55	NC_008386	CCAG	2	8	20817	20824	25 %	0 %	25 %	50 %	115345550
56	NC_008386	AACG	2	8	20962	20969	50 %	0 %	25 %	25 %	115345550
57	NC_008386	TGGA	2	8	21274	21281	25 %	25 %	50 %	0 %	115345550
58	NC_008386	AGCC	2	8	21355	21362	25 %	0 %	25 %	50 %	115345551
59	NC_008386	CAAA	2	8	21426	21433	75 %	0 %	0 %	25 %	115345551
60	NC_008386	GATA	2	8	21521	21528	50 %	25 %	25 %	0 %	115345551
61	NC_008386	TGGA	2	8	21606	21613	25 %	25 %	50 %	0 %	115345551
62	NC_008386	GAAT	2	8	22255	22262	50 %	25 %	25 %	0 %	115345551
63	NC_008386	AAGC	2	8	22269	22276	50 %	0 %	25 %	25 %	115345551
64	NC_008386	TTCA	2	8	22546	22553	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008386	ACTA	2	8	23393	23400	50 %	25 %	0 %	25 %	115345552
66	NC_008386	AACG	2	8	23542	23549	50 %	0 %	25 %	25 %	115345552
67	NC_008386	CAGA	2	8	24178	24185	50 %	0 %	25 %	25 %	115345553
68	NC_008386	TTAC	2	8	24315	24322	25 %	50 %	0 %	25 %	115345554
69	NC_008386	CTGG	2	8	24595	24602	0 %	25 %	50 %	25 %	115345554
70	NC_008386	CTTC	2	8	26221	26228	0 %	50 %	0 %	50 %	115345557
71	NC_008386	TTAT	2	8	26373	26380	25 %	75 %	0 %	0 %	115345557
72	NC_008386	GCTG	2	8	26982	26989	0 %	25 %	50 %	25 %	115345558
73	NC_008386	GACC	2	8	27377	27384	25 %	0 %	25 %	50 %	115345558
74	NC_008386	ATGG	2	8	27589	27596	25 %	25 %	50 %	0 %	115345559
75	NC_008386	TGGT	2	8	27714	27721	0 %	50 %	50 %	0 %	115345559
76	NC_008386	ATGC	2	8	28467	28474	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_008386	GCGA	2	8	28487	28494	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_008386	GGGA	2	8	30089	30096	25 %	0 %	75 %	0 %	115345562
79	NC_008386	TGGC	2	8	30157	30164	0 %	25 %	50 %	25 %	115345562
80	NC_008386	GCAC	2	8	30834	30841	25 %	0 %	25 %	50 %	115345562
81	NC_008386	CTTG	2	8	31896	31903	0 %	50 %	25 %	25 %	115345562
82	NC_008386	GCGG	2	8	32026	32033	0 %	0 %	75 %	25 %	115345563
83	NC_008386	GGTT	2	8	32196	32203	0 %	50 %	50 %	0 %	115345563
84	NC_008386	TGTT	2	8	32973	32980	0 %	75 %	25 %	0 %	115345563
85	NC_008386	CTTC	2	8	35238	35245	0 %	50 %	0 %	50 %	115345564
86	NC_008386	AAAG	2	8	35936	35943	75 %	0 %	25 %	0 %	115345565
87	NC_008386	GATG	2	8	36352	36359	25 %	25 %	50 %	0 %	115345566
88	NC_008386	CCAG	2	8	37052	37059	25 %	0 %	25 %	50 %	115345566
89	NC_008386	GTTC	2	8	37540	37547	0 %	50 %	25 %	25 %	115345567
90	NC_008386	GAAA	2	8	38475	38482	75 %	0 %	25 %	0 %	115345568
91	NC_008386	TGAT	2	8	38927	38934	25 %	50 %	25 %	0 %	115345568
92	NC_008386	AATG	2	8	38941	38948	50 %	25 %	25 %	0 %	115345568
93	NC_008386	GCCG	2	8	39179	39186	0 %	0 %	50 %	50 %	115345568
94	NC_008386	CAGA	2	8	39208	39215	50 %	0 %	25 %	25 %	115345568
95	NC_008386	GCTT	2	8	39618	39625	0 %	50 %	25 %	25 %	115345569
96	NC_008386	CAAG	2	8	40256	40263	50 %	0 %	25 %	25 %	115345569
97	NC_008386	GATC	2	8	41291	41298	25 %	25 %	25 %	25 %	115345571
98	NC_008386	ACGT	2	8	41487	41494	25 %	25 %	25 %	25 %	115345571
99	NC_008386	TTTC	2	8	41538	41545	0 %	75 %	0 %	25 %	115345571
100	NC_008386	GCCC	2	8	41578	41585	0 %	0 %	25 %	75 %	115345571
101	NC_008386	ATCT	2	8	41827	41834	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_008386	CGAG	2	8	42218	42225	25 %	0 %	50 %	25 %	115345572
103	NC_008386	GTCG	2	8	42464	42471	0 %	25 %	50 %	25 %	115345572
104	NC_008386	GCCG	2	8	42809	42816	0 %	0 %	50 %	50 %	115345572
105	NC_008386	GCCG	2	8	42891	42898	0 %	0 %	50 %	50 %	115345572
106	NC_008386	TTCG	2	8	43740	43747	0 %	50 %	25 %	25 %	115345573
107	NC_008386	CGGA	2	8	44093	44100	25 %	0 %	50 %	25 %	115345573
108	NC_008386	CGAA	2	8	44261	44268	50 %	0 %	25 %	25 %	115345573
109	NC_008386	TCAC	2	8	44279	44286	25 %	25 %	0 %	50 %	115345573
110	NC_008386	GCAG	2	8	44422	44429	25 %	0 %	50 %	25 %	115345573
111	NC_008386	CACC	2	8	44470	44477	25 %	0 %	0 %	75 %	115345573
112	NC_008386	CGAA	2	8	45357	45364	50 %	0 %	25 %	25 %	115345573
113	NC_008386	CGGT	2	8	45977	45984	0 %	25 %	50 %	25 %	115345573
114	NC_008386	GCCT	2	8	46222	46229	0 %	25 %	25 %	50 %	115345574
115	NC_008386	TGCA	2	8	46486	46493	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_008386	GATT	2	8	46675	46682	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008386	GCAG	2	8	47781	47788	25 %	0 %	50 %	25 %	115345576
118	NC_008386	TCTT	2	8	47913	47920	0 %	75 %	0 %	25 %	115345576
119	NC_008386	TCCG	2	8	48138	48145	0 %	25 %	25 %	50 %	115345576
120	NC_008386	AAAG	2	8	48426	48433	75 %	0 %	25 %	0 %	115345576
121	NC_008386	CTGC	2	8	49271	49278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008386	CACG	2	8	49673	49680	25 %	0 %	25 %	50 %	115345577
123	NC_008386	AGGC	2	8	49988	49995	25 %	0 %	50 %	25 %	115345577
124	NC_008386	GGCA	2	8	50153	50160	25 %	0 %	50 %	25 %	115345577
125	NC_008386	TGCA	2	8	50466	50473	25 %	25 %	25 %	25 %	115345578
126	NC_008386	CGGT	2	8	50596	50603	0 %	25 %	50 %	25 %	115345578
127	NC_008386	GAGG	2	8	51004	51011	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008386	GTCT	2	8	51214	51221	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_008386	CAAA	2	8	51322	51329	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_008386	ATTG	2	8	51813	51820	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008386	TCAA	2	8	52590	52597	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_008386	TCAA	2	8	53160	53167	50 %	25 %	0 %	25 %	115345580
133	NC_008386	TACG	2	8	53468	53475	25 %	25 %	25 %	25 %	115345580
134	NC_008386	GTCA	2	8	54282	54289	25 %	25 %	25 %	25 %	115345580
135	NC_008386	ATCA	2	8	54329	54336	50 %	25 %	0 %	25 %	115345580
136	NC_008386	GGAT	2	8	54728	54735	25 %	25 %	50 %	0 %	115345580
137	NC_008386	ACTT	2	8	55135	55142	25 %	50 %	0 %	25 %	115345580
138	NC_008386	GCTT	2	8	55550	55557	0 %	50 %	25 %	25 %	115345580
139	NC_008386	CGGG	2	8	56541	56548	0 %	0 %	75 %	25 %	115345580
140	NC_008386	GGAG	2	8	57098	57105	25 %	0 %	75 %	0 %	115345580
141	NC_008386	CTTT	2	8	57334	57341	0 %	75 %	0 %	25 %	115345580
142	NC_008386	AACG	2	8	57398	57405	50 %	0 %	25 %	25 %	115345580
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255	NC_008386	ATTT	2	8	105054	105061	25 %	75 %	0 %	0 %	115345635
256	NC_008386	CCTC	2	8	105199	105206	0 %	25 %	0 %	75 %	115345635
257	NC_008386	GCCA	2	8	105788	105795	25 %	0 %	25 %	50 %	115345635
258	NC_008386	AGCG	2	8	106084	106091	25 %	0 %	50 %	25 %	115345635
259	NC_008386	TCTG	2	8	106227	106234	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.