MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL9

Total Repeats: 232

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008379	CAGGG	2	10	2792	2801	20 %	0 %	60 %	20 %	116249463
2	NC_008379	GAGGG	2	10	3712	3721	20 %	0 %	80 %	0 %	116249463
3	NC_008379	GGGGA	2	10	5893	5902	20 %	0 %	80 %	0 %	116249464
4	NC_008379	GAATC	2	10	5920	5929	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008379	CGCGG	2	10	6044	6053	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_008379	TGGCG	2	10	7848	7857	0 %	20 %	60 %	20 %	116249466
7	NC_008379	GACAT	2	10	9551	9560	40 %	20 %	20 %	20 %	116249467
8	NC_008379	GGCGT	2	10	9760	9769	0 %	20 %	60 %	20 %	116249467
9	NC_008379	ATGAT	2	10	13131	13140	40 %	40 %	20 %	0 %	116249471
10	NC_008379	CTTGA	2	10	15066	15075	20 %	40 %	20 %	20 %	116249473
11	NC_008379	GATCA	2	10	16874	16883	40 %	20 %	20 %	20 %	116249474
12	NC_008379	CCAGG	2	10	19216	19225	20 %	0 %	40 %	40 %	116249477
13	NC_008379	TTTTC	2	10	20174	20183	0 %	80 %	0 %	20 %	116249478
14	NC_008379	GGCGA	2	10	21363	21372	20 %	0 %	60 %	20 %	116249479
15	NC_008379	CGGCA	2	10	22121	22130	20 %	0 %	40 %	40 %	116249479
16	NC_008379	TCCTG	2	10	24094	24103	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_008379	CAGGA	2	10	26625	26634	40 %	0 %	40 %	20 %	116249484
18	NC_008379	CATCC	2	10	32350	32359	20 %	20 %	0 %	60 %	116249489
19	NC_008379	GCAGC	2	10	32780	32789	20 %	0 %	40 %	40 %	116249490
20	NC_008379	CAGCC	2	10	34519	34528	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_008379	CAGTT	2	10	34783	34792	20 %	40 %	20 %	20 %	116249492
22	NC_008379	GCTGG	2	10	35533	35542	0 %	20 %	60 %	20 %	116249492
23	NC_008379	GTCCG	2	10	35867	35876	0 %	20 %	40 %	40 %	116249493
24	NC_008379	GCTGC	2	10	36437	36446	0 %	20 %	40 %	40 %	116249495
25	NC_008379	TCTGC	2	10	40190	40199	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_008379	CTTTT	2	10	40218	40227	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_008379	GGCCG	2	10	40708	40717	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_008379	ACGCG	2	10	40867	40876	20 %	0 %	40 %	40 %	116249497
29	NC_008379	TGAGC	2	10	41479	41488	20 %	20 %	40 %	20 %	116249497
30	NC_008379	CGATG	2	10	42704	42713	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008379	GCGCG	2	10	46461	46470	0 %	0 %	60 %	40 %	116249499
32	NC_008379	GGCGA	2	10	47165	47174	20 %	0 %	60 %	20 %	116249499
33	NC_008379	TGCCG	2	10	48585	48594	0 %	20 %	40 %	40 %	116249500
34	NC_008379	CGGCA	2	10	49385	49394	20 %	0 %	40 %	40 %	116249501
35	NC_008379	CGATC	2	10	49764	49773	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_008379	GGCAC	2	10	50397	50406	20 %	0 %	40 %	40 %	116249502
37	NC_008379	GCAGC	2	10	51112	51121	20 %	0 %	40 %	40 %	116249504
38	NC_008379	AACTC	2	10	51153	51162	40 %	20 %	0 %	40 %	116249504
39	NC_008379	ACGAT	2	10	51375	51384	40 %	20 %	20 %	20 %	116249504
40	NC_008379	GCAAA	2	10	51543	51552	60 %	0 %	20 %	20 %	116249504
41	NC_008379	TGAAG	2	10	51807	51816	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008379	GCTGG	2	10	51919	51928	0 %	20 %	60 %	20 %	116249505
43	NC_008379	GCGTG	2	10	52713	52722	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008379	GCGGG	2	10	53783	53792	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008379	CGCGC	2	10	54756	54765	0 %	0 %	40 %	60 %	116249507
46	NC_008379	TCGCA	2	10	55512	55521	20 %	20 %	20 %	40 %	116249507
47	NC_008379	TCCTG	2	10	55706	55715	0 %	40 %	20 %	40 %	116249507
48	NC_008379	CCCGG	2	10	56095	56104	0 %	0 %	40 %	60 %	116249508
49	NC_008379	TCCAG	2	10	56896	56905	20 %	20 %	20 %	40 %	116249508
50	NC_008379	ACGAA	2	10	59239	59248	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_008379	CGGCA	2	10	63983	63992	20 %	0 %	40 %	40 %	116249515
52	NC_008379	ACCGT	2	10	65023	65032	20 %	20 %	20 %	40 %	116249516
53	NC_008379	GCAGG	2	10	67106	67115	20 %	0 %	60 %	20 %	116249518
54	NC_008379	GCCGC	2	10	67784	67793	0 %	0 %	40 %	60 %	116249519
55	NC_008379	CGGCG	2	10	68136	68145	0 %	0 %	60 %	40 %	116249520
56	NC_008379	GTTCT	2	10	68818	68827	0 %	60 %	20 %	20 %	116249521
57	NC_008379	TTCGG	2	10	69035	69044	0 %	40 %	40 %	20 %	116249522
58	NC_008379	ATGCG	2	10	70044	70053	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008379	CGCAC	2	10	73939	73948	20 %	0 %	20 %	60 %	116249528
60	NC_008379	TGCGA	2	10	74160	74169	20 %	20 %	40 %	20 %	116249529
61	NC_008379	TCGCC	2	10	76032	76041	0 %	20 %	20 %	60 %	116249530
62	NC_008379	CTGGA	2	10	80921	80930	20 %	20 %	40 %	20 %	116249535
63	NC_008379	CGGCG	2	10	83727	83736	0 %	0 %	60 %	40 %	116249537
64	NC_008379	ACCGC	2	10	88605	88614	20 %	0 %	20 %	60 %	116249541
65	NC_008379	CTCGC	2	10	89674	89683	0 %	20 %	20 %	60 %	116249542
66	NC_008379	CGACG	2	10	90788	90797	20 %	0 %	40 %	40 %	116249543
67	NC_008379	GACGC	2	10	91235	91244	20 %	0 %	40 %	40 %	116249544
68	NC_008379	AGCGC	2	10	94452	94461	20 %	0 %	40 %	40 %	116249548
69	NC_008379	GCAGA	2	10	94625	94634	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008379	GCGAG	2	10	97027	97036	20 %	0 %	60 %	20 %	116249552
71	NC_008379	CGATG	2	10	98293	98302	20 %	20 %	40 %	20 %	116249553
72	NC_008379	ACGGA	2	10	100483	100492	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008379	CGATC	2	10	102408	102417	20 %	20 %	20 %	40 %	116249556
74	NC_008379	TCCTT	2	10	102872	102881	0 %	60 %	0 %	40 %	116249556
75	NC_008379	CGGCC	2	10	104296	104305	0 %	0 %	40 %	60 %	116249558
76	NC_008379	GGCGA	2	10	105571	105580	20 %	0 %	60 %	20 %	116249559
77	NC_008379	CGCTG	2	10	114147	114156	0 %	20 %	40 %	40 %	116249567
78	NC_008379	TGCGT	2	10	115779	115788	0 %	40 %	40 %	20 %	116249569
79	NC_008379	TGGCG	2	10	115976	115985	0 %	20 %	60 %	20 %	116249569
80	NC_008379	CGGTG	2	10	116792	116801	0 %	20 %	60 %	20 %	116249570
81	NC_008379	CGGCG	2	10	119908	119917	0 %	0 %	60 %	40 %	116249573
82	NC_008379	CGCCC	2	10	121597	121606	0 %	0 %	20 %	80 %	116249575
83	NC_008379	CGCGG	2	10	122614	122623	0 %	0 %	60 %	40 %	116249576
84	NC_008379	ACGAG	2	10	125541	125550	40 %	0 %	40 %	20 %	116249578
85	NC_008379	AAGAC	2	10	127585	127594	60 %	0 %	20 %	20 %	116249580
86	NC_008379	CTTCG	2	10	130804	130813	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_008379	CCGAC	2	10	137376	137385	20 %	0 %	20 %	60 %	116249587
88	NC_008379	GCGCC	3	15	140196	140210	0 %	0 %	40 %	60 %	116249589
89	NC_008379	TGAAG	2	10	146058	146067	40 %	20 %	40 %	0 %	116249593
90	NC_008379	TCGCG	2	10	148462	148471	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_008379	CCCAT	2	10	149279	149288	20 %	20 %	0 %	60 %	116249595
92	NC_008379	ATGAC	2	10	150602	150611	40 %	20 %	20 %	20 %	116249597
93	NC_008379	CGCAA	2	10	152937	152946	40 %	0 %	20 %	40 %	116249598
94	NC_008379	GCAGG	2	10	154228	154237	20 %	0 %	60 %	20 %	116249599
95	NC_008379	GATGC	2	10	155383	155392	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_008379	CGGCA	2	10	156099	156108	20 %	0 %	40 %	40 %	116249600
97	NC_008379	CCTCG	2	10	158355	158364	0 %	20 %	20 %	60 %	116249603
98	NC_008379	ATCCC	2	10	159209	159218	20 %	20 %	0 %	60 %	116249603
99	NC_008379	GCATG	2	10	161711	161720	20 %	20 %	40 %	20 %	116249606
100	NC_008379	GAAGC	2	10	162113	162122	40 %	0 %	40 %	20 %	116249606
101	NC_008379	GCAGC	2	10	162126	162135	20 %	0 %	40 %	40 %	116249606
102	NC_008379	TGCCA	2	10	162980	162989	20 %	20 %	20 %	40 %	116249607
103	NC_008379	CTTCG	2	10	164569	164578	0 %	40 %	20 %	40 %	116249609
104	NC_008379	CTTCG	2	10	164731	164740	0 %	40 %	20 %	40 %	116249609
105	NC_008379	CGATA	2	10	165708	165717	40 %	20 %	20 %	20 %	116249609
106	NC_008379	GGTGG	2	10	166563	166572	0 %	20 %	80 %	0 %	116249610
107	NC_008379	TACTT	2	10	166983	166992	20 %	60 %	0 %	20 %	116249610
108	NC_008379	CGGCT	2	10	167526	167535	0 %	20 %	40 %	40 %	116249610
109	NC_008379	CAGAC	2	10	167800	167809	40 %	0 %	20 %	40 %	116249610
110	NC_008379	CGGCG	2	10	169172	169181	0 %	0 %	60 %	40 %	116249610
111	NC_008379	GATGT	2	10	169605	169614	20 %	40 %	40 %	0 %	116249610
112	NC_008379	GTGGC	2	10	169681	169690	0 %	20 %	60 %	20 %	116249610
113	NC_008379	ACGGC	2	10	170149	170158	20 %	0 %	40 %	40 %	116249610
114	NC_008379	ACGGC	2	10	170827	170836	20 %	0 %	40 %	40 %	116249610
115	NC_008379	ACCAC	2	10	171280	171289	40 %	0 %	0 %	60 %	116249610
116	NC_008379	GAGCC	2	10	173555	173564	20 %	0 %	40 %	40 %	116249612
117	NC_008379	AACGG	2	10	176870	176879	40 %	0 %	40 %	20 %	116249612
118	NC_008379	CCGCG	2	10	179461	179470	0 %	0 %	40 %	60 %	116249613
119	NC_008379	GGCCG	2	10	182946	182955	0 %	0 %	60 %	40 %	116249616
120	NC_008379	CGGCC	2	10	183670	183679	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
121	NC_008379	CAAGA	2	10	185026	185035	60 %	0 %	20 %	20 %	116249618
122	NC_008379	CAGGG	2	10	185111	185120	20 %	0 %	60 %	20 %	116249618
123	NC_008379	GCCGT	2	10	185150	185159	0 %	20 %	40 %	40 %	116249618
124	NC_008379	GCGCC	2	10	186594	186603	0 %	0 %	40 %	60 %	116249620
125	NC_008379	GGCGT	2	10	187640	187649	0 %	20 %	60 %	20 %	116249621
126	NC_008379	CGAGG	2	10	188277	188286	20 %	0 %	60 %	20 %	116249621
127	NC_008379	CGATG	2	10	188432	188441	20 %	20 %	40 %	20 %	116249621
128	NC_008379	GCGTT	2	10	188910	188919	0 %	40 %	40 %	20 %	116249622
129	NC_008379	TTGCA	2	10	191728	191737	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_008379	GGCGA	2	10	193980	193989	20 %	0 %	60 %	20 %	116249626
131	NC_008379	GCATC	2	10	194614	194623	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_008379	GCACC	2	10	195288	195297	20 %	0 %	20 %	60 %	116249627
133	NC_008379	GCGCC	2	10	195744	195753	0 %	0 %	40 %	60 %	116249627
134	NC_008379	CGTCG	2	10	196951	196960	0 %	20 %	40 %	40 %	116249627
135	NC_008379	GGCCA	2	10	203916	203925	20 %	0 %	40 %	40 %	116249633
136	NC_008379	GTCAC	2	10	204125	204134	20 %	20 %	20 %	40 %	116249633
137	NC_008379	CTGGC	2	10	204170	204179	0 %	20 %	40 %	40 %	116249633
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172	NC_008379	CTGAT	3	15	252870	252884	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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231	NC_008379	GCCCA	2	10	352218	352227	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
232	NC_008379	CCTTC	2	10	352629	352638	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.