MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Ruegeria sp. TM1040 mega plasmid

Total Repeats: 633

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008043	CGGAT	2	10	7466	7475	20 %	20 %	40 %	20 %	99078018
2	NC_008043	GACGC	2	10	8508	8517	20 %	0 %	40 %	40 %	99078019
3	NC_008043	GGCCC	2	10	10975	10984	0 %	0 %	40 %	60 %	99078019
4	NC_008043	CGCGC	2	10	11176	11185	0 %	0 %	40 %	60 %	99078019
5	NC_008043	GCCAG	2	10	11578	11587	20 %	0 %	40 %	40 %	99078020
6	NC_008043	CTTGC	2	10	12889	12898	0 %	40 %	20 %	40 %	99078021
7	NC_008043	TTCTG	2	10	13524	13533	0 %	60 %	20 %	20 %	99078022
8	NC_008043	TGGAG	2	10	13693	13702	20 %	20 %	60 %	0 %	99078022
9	NC_008043	CTGGG	2	10	14390	14399	0 %	20 %	60 %	20 %	99078022
10	NC_008043	GACAG	2	10	14617	14626	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_008043	ACGGT	2	10	14817	14826	20 %	20 %	40 %	20 %	99078023
12	NC_008043	TTGCC	2	10	15806	15815	0 %	40 %	20 %	40 %	99078024
13	NC_008043	GCTCT	2	10	16039	16048	0 %	40 %	20 %	40 %	99078025
14	NC_008043	CTGCA	2	10	16409	16418	20 %	20 %	20 %	40 %	99078025
15	NC_008043	ATTGC	2	10	18035	18044	20 %	40 %	20 %	20 %	99078027
16	NC_008043	CCCCG	2	10	22507	22516	0 %	0 %	20 %	80 %	99078030
17	NC_008043	GATCA	2	10	23252	23261	40 %	20 %	20 %	20 %	99078031
18	NC_008043	CCCAT	2	10	25039	25048	20 %	20 %	0 %	60 %	99078034
19	NC_008043	TCGCC	2	10	26736	26745	0 %	20 %	20 %	60 %	99078036
20	NC_008043	GCGCC	2	10	27263	27272	0 %	0 %	40 %	60 %	99078037
21	NC_008043	CTTGC	2	10	28558	28567	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_008043	GGCCC	2	10	29002	29011	0 %	0 %	40 %	60 %	99078038
23	NC_008043	GCGCC	2	10	29651	29660	0 %	0 %	40 %	60 %	99078038
24	NC_008043	GGGCC	2	10	30122	30131	0 %	0 %	60 %	40 %	99078039
25	NC_008043	CGCCC	2	10	32550	32559	0 %	0 %	20 %	80 %	99078043
26	NC_008043	GTGGG	2	10	32936	32945	0 %	20 %	80 %	0 %	99078043
27	NC_008043	GCACC	2	10	34005	34014	20 %	0 %	20 %	60 %	99078044
28	NC_008043	AGCGC	2	10	37923	37932	20 %	0 %	40 %	40 %	99078046
29	NC_008043	CGGGC	2	10	39411	39420	0 %	0 %	60 %	40 %	99078047
30	NC_008043	GCATC	2	10	39567	39576	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_008043	GGCGC	2	10	39612	39621	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
32	NC_008043	CATGG	2	10	40954	40963	20 %	20 %	40 %	20 %	99078049
33	NC_008043	GATCA	2	10	42074	42083	40 %	20 %	20 %	20 %	99078050
34	NC_008043	TGGGC	2	10	42765	42774	0 %	20 %	60 %	20 %	99078051
35	NC_008043	ATCGG	2	10	42787	42796	20 %	20 %	40 %	20 %	99078051
36	NC_008043	GCCCC	2	10	43295	43304	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
37	NC_008043	CGTCG	2	10	47227	47236	0 %	20 %	40 %	40 %	99078056
38	NC_008043	GATCC	2	10	47330	47339	20 %	20 %	20 %	40 %	99078056
39	NC_008043	TGCCC	2	10	48141	48150	0 %	20 %	20 %	60 %	99078057
40	NC_008043	GCGCG	2	10	48451	48460	0 %	0 %	60 %	40 %	99078058
41	NC_008043	ACGGC	2	10	48881	48890	20 %	0 %	40 %	40 %	99078058
42	NC_008043	CGCCC	2	10	49546	49555	0 %	0 %	20 %	80 %	99078059
43	NC_008043	CAAAG	2	10	52110	52119	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008043	GCAGT	2	10	52958	52967	20 %	20 %	40 %	20 %	99078063
45	NC_008043	TCCCC	2	10	53259	53268	0 %	20 %	0 %	80 %	99078063
46	NC_008043	TGGGC	2	10	53370	53379	0 %	20 %	60 %	20 %	99078063
47	NC_008043	ATCGC	2	10	54237	54246	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_008043	CTCGC	2	10	54789	54798	0 %	20 %	20 %	60 %	99078065
49	NC_008043	CTCCA	2	10	54872	54881	20 %	20 %	0 %	60 %	99078065
50	NC_008043	TCTGG	2	10	55058	55067	0 %	40 %	40 %	20 %	99078065
51	NC_008043	GGTGA	2	10	55266	55275	20 %	20 %	60 %	0 %	99078065
52	NC_008043	CCGAG	2	10	55868	55877	20 %	0 %	40 %	40 %	99078065
53	NC_008043	TTTTC	2	10	56199	56208	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_008043	GGCGC	2	10	56210	56219	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
55	NC_008043	GGCGC	2	10	56346	56355	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
56	NC_008043	GGTCT	2	10	56543	56552	0 %	40 %	40 %	20 %	99078066
57	NC_008043	AAGCA	2	10	58889	58898	60 %	0 %	20 %	20 %	99078067
58	NC_008043	CAAAG	2	10	63608	63617	60 %	0 %	20 %	20 %	99078072
59	NC_008043	TCCCG	2	10	63790	63799	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
60	NC_008043	GATGA	2	10	63853	63862	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008043	CAAGG	2	10	65235	65244	40 %	0 %	40 %	20 %	99078073
62	NC_008043	TTCCC	2	10	65710	65719	0 %	40 %	0 %	60 %	99078074
63	NC_008043	CATTC	2	10	67007	67016	20 %	40 %	0 %	40 %	99078075
64	NC_008043	TGCCC	2	10	67408	67417	0 %	20 %	20 %	60 %	99078075
65	NC_008043	GGCAA	2	10	67454	67463	40 %	0 %	40 %	20 %	99078075
66	NC_008043	ATCCG	2	10	69011	69020	20 %	20 %	20 %	40 %	99078077
67	NC_008043	CCGCG	2	10	69400	69409	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
68	NC_008043	CCCCG	2	10	69479	69488	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
69	NC_008043	TGCGC	2	10	69659	69668	0 %	20 %	40 %	40 %	99078078
70	NC_008043	CCAGA	2	10	70859	70868	40 %	0 %	20 %	40 %	99078079
71	NC_008043	CGATG	2	10	72336	72345	20 %	20 %	40 %	20 %	99078080
72	NC_008043	GCTCT	2	10	72653	72662	0 %	40 %	20 %	40 %	99078081
73	NC_008043	GCCGC	2	10	75482	75491	0 %	0 %	40 %	60 %	99078083
74	NC_008043	GCGCC	2	10	75552	75561	0 %	0 %	40 %	60 %	99078083
75	NC_008043	GCGCC	2	10	75663	75672	0 %	0 %	40 %	60 %	99078083
76	NC_008043	GCGCA	2	10	75919	75928	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_008043	TTTCT	2	10	81698	81707	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008043	TGAGC	2	10	84528	84537	20 %	20 %	40 %	20 %	99078090
79	NC_008043	TGCGC	2	10	85281	85290	0 %	20 %	40 %	40 %	99078091
80	NC_008043	CAGAT	2	10	86102	86111	40 %	20 %	20 %	20 %	99078092
81	NC_008043	TGATC	2	10	89749	89758	20 %	40 %	20 %	20 %	99078095
82	NC_008043	GATGC	2	10	89763	89772	20 %	20 %	40 %	20 %	99078095
83	NC_008043	CTTCC	2	10	90715	90724	0 %	40 %	0 %	60 %	99078095
84	NC_008043	GCAGC	2	10	91256	91265	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_008043	GTCTG	2	10	91563	91572	0 %	40 %	40 %	20 %	99078096
86	NC_008043	GATTT	2	10	93293	93302	20 %	60 %	20 %	0 %	99078098
87	NC_008043	CCTTC	2	10	98662	98671	0 %	40 %	0 %	60 %	99078102
88	NC_008043	ACCAG	2	10	100071	100080	40 %	0 %	20 %	40 %	99078103
89	NC_008043	CAAAG	2	10	101899	101908	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_008043	CCGTG	2	10	103679	103688	0 %	20 %	40 %	40 %	99078107
91	NC_008043	TCCGA	2	10	106454	106463	20 %	20 %	20 %	40 %	99078110
92	NC_008043	TGCCG	2	10	106898	106907	0 %	20 %	40 %	40 %	99078110
93	NC_008043	GTCGC	2	10	109518	109527	0 %	20 %	40 %	40 %	99078111
94	NC_008043	CCTGG	2	10	109735	109744	0 %	20 %	40 %	40 %	99078111
95	NC_008043	GGCGC	2	10	110124	110133	0 %	0 %	60 %	40 %	99078111
96	NC_008043	CCGTC	2	10	110842	110851	0 %	20 %	20 %	60 %	99078112
97	NC_008043	CGCCC	2	10	113062	113071	0 %	0 %	20 %	80 %	99078114
98	NC_008043	CGCGC	2	10	115655	115664	0 %	0 %	40 %	60 %	99078115
99	NC_008043	GATCC	2	10	115939	115948	20 %	20 %	20 %	40 %	99078115
100	NC_008043	TGCGG	2	10	116168	116177	0 %	20 %	60 %	20 %	99078115
101	NC_008043	ACGCG	2	10	118908	118917	20 %	0 %	40 %	40 %	99078118
102	NC_008043	GAAGA	2	10	119786	119795	60 %	0 %	40 %	0 %	99078119
103	NC_008043	GCATC	2	10	122061	122070	20 %	20 %	20 %	40 %	99078121
104	NC_008043	CAGGC	2	10	122662	122671	20 %	0 %	40 %	40 %	99078121
105	NC_008043	GCCGC	2	10	123070	123079	0 %	0 %	40 %	60 %	99078121
106	NC_008043	TTTCC	2	10	123266	123275	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_008043	CCCAG	2	10	123676	123685	20 %	0 %	20 %	60 %	99078122
108	NC_008043	CCCGC	2	10	125399	125408	0 %	0 %	20 %	80 %	99078123
109	NC_008043	GCGCG	2	10	125592	125601	0 %	0 %	60 %	40 %	99078123
110	NC_008043	GGCAG	2	10	125648	125657	20 %	0 %	60 %	20 %	99078123
111	NC_008043	CCCAA	2	10	126196	126205	40 %	0 %	0 %	60 %	99078124
112	NC_008043	CGTTG	2	10	127166	127175	0 %	40 %	40 %	20 %	99078124
113	NC_008043	TCACC	2	10	128465	128474	20 %	20 %	0 %	60 %	99078125
114	NC_008043	CGGCG	2	10	128842	128851	0 %	0 %	60 %	40 %	99078126
115	NC_008043	GCCGC	2	10	129163	129172	0 %	0 %	40 %	60 %	99078126
116	NC_008043	ACGAT	2	10	130058	130067	40 %	20 %	20 %	20 %	99078127
117	NC_008043	ATCGG	2	10	130075	130084	20 %	20 %	40 %	20 %	99078127
118	NC_008043	GTGAC	2	10	130523	130532	20 %	20 %	40 %	20 %	99078127
119	NC_008043	CTCAG	2	10	130555	130564	20 %	20 %	20 %	40 %	99078127
120	NC_008043	CGCGA	2	10	131141	131150	20 %	0 %	40 %	40 %	99078128
121	NC_008043	GGCGC	2	10	133000	133009	0 %	0 %	60 %	40 %	99078130
122	NC_008043	TGATC	2	10	134064	134073	20 %	40 %	20 %	20 %	99078131
123	NC_008043	TGGCG	2	10	134893	134902	0 %	20 %	60 %	20 %	99078131
124	NC_008043	TCAGG	2	10	137108	137117	20 %	20 %	40 %	20 %	99078134
125	NC_008043	AGCAA	2	10	137448	137457	60 %	0 %	20 %	20 %	99078134
126	NC_008043	GGCGC	2	10	139039	139048	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
127	NC_008043	GCGCC	2	10	139205	139214	0 %	0 %	40 %	60 %	99078136
128	NC_008043	CCGGG	2	10	140224	140233	0 %	0 %	60 %	40 %	99078137
129	NC_008043	GCTGC	2	10	141820	141829	0 %	20 %	40 %	40 %	99078138
130	NC_008043	GCCTT	2	10	141906	141915	0 %	40 %	20 %	40 %	99078138
131	NC_008043	GAAAT	2	10	143761	143770	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008043	CCGTA	2	10	148726	148735	20 %	20 %	20 %	40 %	99078146
133	NC_008043	GGTCT	2	10	148979	148988	0 %	40 %	40 %	20 %	99078146
134	NC_008043	CCGAA	2	10	149650	149659	40 %	0 %	20 %	40 %	99078147
135	NC_008043	GCGCT	2	10	151526	151535	0 %	20 %	40 %	40 %	99078149
136	NC_008043	CGCGC	3	15	154651	154665	0 %	0 %	40 %	60 %	99078151
137	NC_008043	CGGCC	2	10	156103	156112	0 %	0 %	40 %	60 %	99078152
138	NC_008043	CGTGG	2	10	156689	156698	0 %	20 %	60 %	20 %	99078153
139	NC_008043	CGACC	2	10	158937	158946	20 %	0 %	20 %	60 %	99078155
140	NC_008043	ACGCG	2	10	161184	161193	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_008043	GACCT	2	10	164453	164462	20 %	20 %	20 %	40 %	99078157
142	NC_008043	GGAAG	2	10	168109	168118	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008043	CAGAG	2	10	169561	169570	40 %	0 %	40 %	20 %	99078162
144	NC_008043	CTCCG	2	10	171876	171885	0 %	20 %	20 %	60 %	99078164
145	NC_008043	CACGT	2	10	172981	172990	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_008043	ATTTG	2	10	173056	173065	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008043	TGTTT	2	10	173146	173155	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008043	GTTTT	2	10	173507	173516	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008043	GATCA	2	10	173547	173556	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_008043	GATGA	2	10	173916	173925	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008043	CAATT	2	10	174413	174422	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_008043	TGATC	2	10	176378	176387	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_008043	GAAGA	2	10	176578	176587	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008043	ACTTG	2	10	176624	176633	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
155	NC_008043	TGATG	2	10	177206	177215	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
156	NC_008043	CACGA	2	10	177731	177740	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_008043	AATCC	2	10	178815	178824	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
158	NC_008043	CCCCA	2	10	182042	182051	20 %	0 %	0 %	80 %	99078168
159	NC_008043	AAATC	2	10	187489	187498	60 %	20 %	0 %	20 %	99078172
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161	NC_008043	GTGCT	2	10	188017	188026	0 %	40 %	40 %	20 %	99078172
162	NC_008043	CGTCT	2	10	188465	188474	0 %	40 %	20 %	40 %	99078172
163	NC_008043	GGTGG	2	10	189299	189308	0 %	20 %	80 %	0 %	99078172
164	NC_008043	CGAAT	2	10	189613	189622	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
165	NC_008043	CCGGC	2	10	192428	192437	0 %	0 %	40 %	60 %	99078175
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167	NC_008043	ACCGC	2	10	192901	192910	20 %	0 %	20 %	60 %	99078175
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171	NC_008043	GCCGG	2	10	198780	198789	0 %	0 %	60 %	40 %	99078182
172	NC_008043	GTTGG	2	10	198865	198874	0 %	40 %	60 %	0 %	99078182
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174	NC_008043	ATTGC	2	10	200061	200070	20 %	40 %	20 %	20 %	99078183
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181	NC_008043	TCGCT	2	10	211580	211589	0 %	40 %	20 %	40 %	99078194
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194	NC_008043	GATGC	2	10	228437	228446	20 %	20 %	40 %	20 %	99078208
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201	NC_008043	GCCGT	2	10	234593	234602	0 %	20 %	40 %	40 %	99078211
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205	NC_008043	CGACC	2	10	244369	244378	20 %	0 %	20 %	60 %	99078220
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225	NC_008043	CGTTG	2	10	283956	283965	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
226	NC_008043	CTTGG	2	10	284248	284257	0 %	40 %	40 %	20 %	99078261
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231	NC_008043	TGCCG	2	10	288388	288397	0 %	20 %	40 %	40 %	99078263
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235	NC_008043	CAAGT	2	10	298545	298554	40 %	20 %	20 %	20 %	99078272
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246	NC_008043	CCTTT	2	10	321704	321713	0 %	60 %	0 %	40 %	99078288
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258	NC_008043	TTCTG	2	10	344745	344754	0 %	60 %	20 %	20 %	99078310
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268	NC_008043	TGGTT	2	10	356449	356458	0 %	60 %	40 %	0 %	99078321
269	NC_008043	GGGTC	2	10	357371	357380	0 %	20 %	60 %	20 %	99078322
270	NC_008043	TGCCC	2	10	357482	357491	0 %	20 %	20 %	60 %	99078322
271	NC_008043	ATCGA	2	10	357871	357880	40 %	20 %	20 %	20 %	99078322
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