MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Ruegeria sp. TM1040 plasmid unnamed

Total Repeats: 300

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008042	CGAC	2	8	88	95	25 %	0 %	25 %	50 %	99077903
2	NC_008042	GAGG	2	8	99	106	25 %	0 %	75 %	0 %	99077903
3	NC_008042	CTCA	2	8	176	183	25 %	25 %	0 %	50 %	99077903
4	NC_008042	TATC	2	8	513	520	25 %	50 %	0 %	25 %	99077903
5	NC_008042	GCCG	2	8	584	591	0 %	0 %	50 %	50 %	99077903
6	NC_008042	CGAC	2	8	838	845	25 %	0 %	25 %	50 %	99077903
7	NC_008042	CTGC	2	8	966	973	0 %	25 %	25 %	50 %	99077903
8	NC_008042	GCGG	2	8	1560	1567	0 %	0 %	75 %	25 %	99077903
9	NC_008042	TCGA	2	8	1995	2002	25 %	25 %	25 %	25 %	99077903
10	NC_008042	GCAA	2	8	2256	2263	50 %	0 %	25 %	25 %	99077903
11	NC_008042	CCAG	2	8	2341	2348	25 %	0 %	25 %	50 %	99077903
12	NC_008042	TCGA	2	8	2415	2422	25 %	25 %	25 %	25 %	99077903
13	NC_008042	ACAA	2	8	2940	2947	75 %	0 %	0 %	25 %	99077903
14	NC_008042	CAGC	2	8	2956	2963	25 %	0 %	25 %	50 %	99077903
15	NC_008042	TGGC	2	8	3073	3080	0 %	25 %	50 %	25 %	99077903
16	NC_008042	GCCG	2	8	4007	4014	0 %	0 %	50 %	50 %	99077903
17	NC_008042	GACA	2	8	5492	5499	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008042	GCTG	2	8	5767	5774	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008042	ACCC	2	8	5796	5803	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
20	NC_008042	ATCG	2	8	5815	5822	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_008042	GGCA	2	8	5924	5931	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_008042	CAGA	2	8	6182	6189	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_008042	GTTC	2	8	6195	6202	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_008042	CTTA	2	8	6210	6217	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_008042	TTCC	2	8	6458	6465	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008042	GAAG	2	8	6676	6683	50 %	0 %	50 %	0 %	99077904
27	NC_008042	ACCA	2	8	6768	6775	50 %	0 %	0 %	50 %	99077904
28	NC_008042	GGCA	2	8	7489	7496	25 %	0 %	50 %	25 %	99077904
29	NC_008042	ATTT	2	8	8379	8386	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008042	ATGT	2	8	8621	8628	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008042	CAGG	2	8	9299	9306	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_008042	GCCC	2	8	10055	10062	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
33	NC_008042	TCGC	2	8	11293	11300	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_008042	CAGG	2	8	11803	11810	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008042	TGAC	2	8	12207	12214	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_008042	CAGA	2	8	12301	12308	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_008042	TTTG	2	8	12371	12378	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008042	CGTT	2	8	13868	13875	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_008042	CTGT	2	8	14039	14046	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_008042	ACCG	2	8	14836	14843	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_008042	CGGT	2	8	15712	15719	0 %	25 %	50 %	25 %	99077907
42	NC_008042	TCCG	2	8	15806	15813	0 %	25 %	25 %	50 %	99077907
43	NC_008042	GGCT	2	8	16401	16408	0 %	25 %	50 %	25 %	99077908
44	NC_008042	CGCC	2	8	16656	16663	0 %	0 %	25 %	75 %	99077908
45	NC_008042	TGCC	2	8	17172	17179	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008042	AAAT	2	8	17336	17343	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008042	TCCT	2	8	17435	17442	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008042	CCCT	2	8	17463	17470	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_008042	AGGC	2	8	17658	17665	25 %	0 %	50 %	25 %	99077909
50	NC_008042	CCGA	2	8	17726	17733	25 %	0 %	25 %	50 %	99077909
51	NC_008042	CTGC	2	8	18047	18054	0 %	25 %	25 %	50 %	99077909
52	NC_008042	CCCA	2	8	18368	18375	25 %	0 %	0 %	75 %	99077909
53	NC_008042	ACCG	2	8	18485	18492	25 %	0 %	25 %	50 %	99077909
54	NC_008042	AGGA	2	8	19103	19110	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008042	ACCT	2	8	19347	19354	25 %	25 %	0 %	50 %	99077910
56	NC_008042	CCTG	2	8	20385	20392	0 %	25 %	25 %	50 %	99077911
57	NC_008042	ATTC	2	8	20485	20492	25 %	50 %	0 %	25 %	99077911
58	NC_008042	CAGG	2	8	20563	20570	25 %	0 %	50 %	25 %	99077911
59	NC_008042	TGCA	2	8	20894	20901	25 %	25 %	25 %	25 %	99077911
60	NC_008042	ATCG	2	8	22858	22865	25 %	25 %	25 %	25 %	99077912
61	NC_008042	TGGT	2	8	22956	22963	0 %	50 %	50 %	0 %	99077912
62	NC_008042	GCCT	2	8	23002	23009	0 %	25 %	25 %	50 %	99077912
63	NC_008042	AGCC	2	8	23448	23455	25 %	0 %	25 %	50 %	99077912
64	NC_008042	TGTT	2	8	24205	24212	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008042	CTTC	2	8	24366	24373	0 %	50 %	0 %	50 %	99077913
66	NC_008042	TTTG	2	8	24786	24793	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008042	TTGG	2	8	25002	25009	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008042	ACTG	2	8	25334	25341	25 %	25 %	25 %	25 %	99077914
69	NC_008042	GACA	2	8	25934	25941	50 %	0 %	25 %	25 %	99077914
70	NC_008042	TCAA	2	8	26355	26362	50 %	25 %	0 %	25 %	99077914
71	NC_008042	GCAG	2	8	26766	26773	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_008042	CTTT	2	8	27017	27024	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_008042	TCCC	2	8	27669	27676	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
74	NC_008042	GAAG	2	8	27783	27790	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008042	GCCC	2	8	27791	27798	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
76	NC_008042	CTTT	2	8	28306	28313	0 %	75 %	0 %	25 %	99077915
77	NC_008042	GACC	2	8	28373	28380	25 %	0 %	25 %	50 %	99077915
78	NC_008042	GAAG	2	8	28631	28638	50 %	0 %	50 %	0 %	99077915
79	NC_008042	CCGC	2	8	29460	29467	0 %	0 %	25 %	75 %	99077916
80	NC_008042	CAAC	2	8	29785	29792	50 %	0 %	0 %	50 %	99077916
81	NC_008042	GACC	2	8	31732	31739	25 %	0 %	25 %	50 %	99077919
82	NC_008042	GGCT	2	8	31816	31823	0 %	25 %	50 %	25 %	99077919
83	NC_008042	ATCT	2	8	32066	32073	25 %	50 %	0 %	25 %	99077920
84	NC_008042	GAAA	2	8	32400	32407	75 %	0 %	25 %	0 %	99077920
85	NC_008042	CAGC	2	8	32995	33002	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_008042	AGCG	2	8	33335	33342	25 %	0 %	50 %	25 %	99077921
87	NC_008042	CCAG	2	8	33592	33599	25 %	0 %	25 %	50 %	99077921
88	NC_008042	CGAT	2	8	33927	33934	25 %	25 %	25 %	25 %	99077921
89	NC_008042	GAAT	2	8	34069	34076	50 %	25 %	25 %	0 %	99077921
90	NC_008042	CCAA	2	8	34389	34396	50 %	0 %	0 %	50 %	99077921
91	NC_008042	CCCA	2	8	35028	35035	25 %	0 %	0 %	75 %	99077921
92	NC_008042	CCGG	2	8	36232	36239	0 %	0 %	50 %	50 %	99077922
93	NC_008042	CGTG	2	8	36675	36682	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_008042	ATTG	2	8	36688	36695	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008042	TGGC	2	8	36991	36998	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_008042	TCAG	2	8	37477	37484	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_008042	TGGT	2	8	37552	37559	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008042	GGGC	2	8	39040	39047	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
99	NC_008042	GATC	2	8	39398	39405	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_008042	ACCA	2	8	39885	39892	50 %	0 %	0 %	50 %	99077926
101	NC_008042	CCTG	2	8	40361	40368	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008042	GCCC	2	8	40392	40399	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
103	NC_008042	TCCG	2	8	40405	40412	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008042	TCTT	2	8	40638	40645	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_008042	GCTG	2	8	40730	40737	0 %	25 %	50 %	25 %	99077927
106	NC_008042	GATG	2	8	40799	40806	25 %	25 %	50 %	0 %	99077927
107	NC_008042	GTTC	2	8	40943	40950	0 %	50 %	25 %	25 %	99077927
108	NC_008042	GATC	2	8	41156	41163	25 %	25 %	25 %	25 %	99077927
109	NC_008042	GCAC	2	8	41396	41403	25 %	0 %	25 %	50 %	99077928
110	NC_008042	CCCG	2	8	41896	41903	0 %	0 %	25 %	75 %	99077928
111	NC_008042	GCCA	2	8	42364	42371	25 %	0 %	25 %	50 %	99077928
112	NC_008042	GCGA	2	8	42374	42381	25 %	0 %	50 %	25 %	99077928
113	NC_008042	TGAT	2	8	42656	42663	25 %	50 %	25 %	0 %	99077928
114	NC_008042	AGCG	2	8	42745	42752	25 %	0 %	50 %	25 %	99077928
115	NC_008042	GCTG	2	8	42900	42907	0 %	25 %	50 %	25 %	99077928
116	NC_008042	CGCC	2	8	43062	43069	0 %	0 %	25 %	75 %	99077928
117	NC_008042	GCGG	2	8	43131	43138	0 %	0 %	75 %	25 %	99077928
118	NC_008042	CGGG	2	8	44260	44267	0 %	0 %	75 %	25 %	99077929
119	NC_008042	CGAT	2	8	44422	44429	25 %	25 %	25 %	25 %	99077929
120	NC_008042	TGGT	2	8	45430	45437	0 %	50 %	50 %	0 %	99077929
121	NC_008042	AGGT	2	8	46907	46914	25 %	25 %	50 %	0 %	99077930
122	NC_008042	GTCT	2	8	47170	47177	0 %	50 %	25 %	25 %	99077930
123	NC_008042	TCGA	2	8	47495	47502	25 %	25 %	25 %	25 %	99077930
124	NC_008042	GCTT	2	8	48553	48560	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_008042	TTGC	2	8	49314	49321	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_008042	TTCG	2	8	49468	49475	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_008042	CCGG	2	8	49937	49944	0 %	0 %	50 %	50 %	99077932
128	NC_008042	TCTA	2	8	51217	51224	25 %	50 %	0 %	25 %	99077932
129	NC_008042	TGGC	2	8	51295	51302	0 %	25 %	50 %	25 %	99077932
130	NC_008042	CTAA	2	8	51809	51816	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_008042	GACG	2	8	52342	52349	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_008042	TGAA	2	8	52482	52489	50 %	25 %	25 %	0 %	99077934
133	NC_008042	AAGC	2	8	52766	52773	50 %	0 %	25 %	25 %	99077934
134	NC_008042	TACC	2	8	52828	52835	25 %	25 %	0 %	50 %	99077934
135	NC_008042	CTGG	2	8	52942	52949	0 %	25 %	50 %	25 %	99077934
136	NC_008042	GTCG	2	8	53248	53255	0 %	25 %	50 %	25 %	99077935
137	NC_008042	GCCA	2	8	53500	53507	25 %	0 %	25 %	50 %	99077935
138	NC_008042	GGAT	2	8	54047	54054	25 %	25 %	50 %	0 %	99077935
139	NC_008042	GGGT	2	8	56104	56111	0 %	25 %	75 %	0 %	99077938
140	NC_008042	TGCC	2	8	56263	56270	0 %	25 %	25 %	50 %	99077939
141	NC_008042	GGGC	2	8	56459	56466	0 %	0 %	75 %	25 %	99077939
142	NC_008042	GGGT	2	8	56876	56883	0 %	25 %	75 %	0 %	99077940
143	NC_008042	TTTC	2	8	56905	56912	0 %	75 %	0 %	25 %	99077940
144	NC_008042	GGGC	2	8	56921	56928	0 %	0 %	75 %	25 %	99077940
145	NC_008042	TGCA	2	8	57036	57043	25 %	25 %	25 %	25 %	99077940
146	NC_008042	TTCC	2	8	57295	57302	0 %	50 %	0 %	50 %	99077940
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148	NC_008042	TATG	2	8	59717	59724	25 %	50 %	25 %	0 %	99077943
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288	NC_008042	GATC	2	8	125158	125165	25 %	25 %	25 %	25 %	99078003
289	NC_008042	CCGT	2	8	125819	125826	0 %	25 %	25 %	50 %	99078004
290	NC_008042	TGTT	2	8	125841	125848	0 %	75 %	25 %	0 %	99078004
291	NC_008042	ACCA	2	8	126981	126988	50 %	0 %	0 %	50 %	99078004
292	NC_008042	ATCT	2	8	127210	127217	25 %	50 %	0 %	25 %	99078005
293	NC_008042	ATCC	2	8	128503	128510	25 %	25 %	0 %	50 %	99078006
294	NC_008042	GCGT	2	8	128636	128643	0 %	25 %	50 %	25 %	99078006
295	NC_008042	ACCC	2	8	129515	129522	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
296	NC_008042	TTTC	2	8	130006	130013	0 %	75 %	0 %	25 %	99078007
297	NC_008042	TAGA	2	8	130304	130311	50 %	25 %	25 %	0 %	99078007
298	NC_008042	TTGT	2	8	130345	130352	0 %	75 %	25 %	0 %	99078007
299	NC_008042	AGGC	2	8	130545	130552	25 %	0 %	50 %	25 %	99078008
300	NC_008042	TCGG	2	8	130941	130948	0 %	25 %	50 %	25 %	99078008

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.