MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Ruegeria pomeroyi DSS-3 megaplasmid

Total Repeats: 413

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006569	CGCTG	2	10	428	437	0 %	20 %	40 %	40 %	56709230
2	NC_006569	CTGCC	2	10	6137	6146	0 %	20 %	20 %	60 %	56708798
3	NC_006569	AGCGC	2	10	6963	6972	20 %	0 %	40 %	40 %	56708800
4	NC_006569	AGACA	2	10	7010	7019	60 %	0 %	20 %	20 %	56708800
5	NC_006569	GGGCC	2	10	8897	8906	0 %	0 %	60 %	40 %	56708801
6	NC_006569	TGGCG	2	10	9392	9401	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_006569	GCCAT	2	10	9874	9883	20 %	20 %	20 %	40 %	56708802
8	NC_006569	GCCCG	2	10	12183	12192	0 %	0 %	40 %	60 %	56708805
9	NC_006569	GACCT	2	10	13788	13797	20 %	20 %	20 %	40 %	56708806
10	NC_006569	GCCGG	2	10	14565	14574	0 %	0 %	60 %	40 %	56708807
11	NC_006569	GTGCT	2	10	14577	14586	0 %	40 %	40 %	20 %	56708807
12	NC_006569	TGCTG	2	10	14797	14806	0 %	40 %	40 %	20 %	56708807
13	NC_006569	GCAGC	2	10	15382	15391	20 %	0 %	40 %	40 %	56708808
14	NC_006569	GCGCA	2	10	15675	15684	20 %	0 %	40 %	40 %	56708809
15	NC_006569	CGCGG	2	10	20120	20129	0 %	0 %	60 %	40 %	56708813
16	NC_006569	CTCTC	2	10	20364	20373	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_006569	CCGCG	2	10	21493	21502	0 %	0 %	40 %	60 %	56708815
18	NC_006569	CTTGC	2	10	21568	21577	0 %	40 %	20 %	40 %	56708815
19	NC_006569	CGCGG	2	10	22470	22479	0 %	0 %	60 %	40 %	56708816
20	NC_006569	TCGCC	2	10	22481	22490	0 %	20 %	20 %	60 %	56708816
21	NC_006569	CTGCG	2	10	24610	24619	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_006569	CCCGG	2	10	24967	24976	0 %	0 %	40 %	60 %	56708818
23	NC_006569	GCGAT	2	10	25484	25493	20 %	20 %	40 %	20 %	56708818
24	NC_006569	TGGCC	2	10	27226	27235	0 %	20 %	40 %	40 %	56708819
25	NC_006569	GGGCC	2	10	28588	28597	0 %	0 %	60 %	40 %	56708821
26	NC_006569	GACCT	2	10	29134	29143	20 %	20 %	20 %	40 %	56708822
27	NC_006569	CCTGT	2	10	29841	29850	0 %	40 %	20 %	40 %	56708823
28	NC_006569	TCGCC	2	10	30206	30215	0 %	20 %	20 %	60 %	56708823
29	NC_006569	CGCGC	2	10	31595	31604	0 %	0 %	40 %	60 %	56708825
30	NC_006569	ATCAC	2	10	31849	31858	40 %	20 %	0 %	40 %	56708826
31	NC_006569	GATCC	2	10	32130	32139	20 %	20 %	20 %	40 %	56708826
32	NC_006569	GCTGG	2	10	34940	34949	0 %	20 %	60 %	20 %	56708829
33	NC_006569	CGCGC	2	10	35489	35498	0 %	0 %	40 %	60 %	56708829
34	NC_006569	GTCCG	2	10	36950	36959	0 %	20 %	40 %	40 %	56708830
35	NC_006569	CCGCG	2	10	37544	37553	0 %	0 %	40 %	60 %	56708832
36	NC_006569	CCGGG	2	10	38667	38676	0 %	0 %	60 %	40 %	56708833
37	NC_006569	CCCAG	2	10	38904	38913	20 %	0 %	20 %	60 %	56708833
38	NC_006569	GCGTT	2	10	40411	40420	0 %	40 %	40 %	20 %	56708836
39	NC_006569	CGGCG	2	10	42456	42465	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
40	NC_006569	CCAAC	2	10	42521	42530	40 %	0 %	0 %	60 %	56708838
41	NC_006569	CAAGA	2	10	42885	42894	60 %	0 %	20 %	20 %	56708838
42	NC_006569	GCGGT	2	10	43835	43844	0 %	20 %	60 %	20 %	56708839
43	NC_006569	GGGGC	2	10	44431	44440	0 %	0 %	80 %	20 %	56708839
44	NC_006569	CCCCG	2	10	49086	49095	0 %	0 %	20 %	80 %	56708842
45	NC_006569	CGGGC	2	10	50252	50261	0 %	0 %	60 %	40 %	56708844
46	NC_006569	GTCTG	2	10	50751	50760	0 %	40 %	40 %	20 %	56708845
47	NC_006569	GCCCC	2	10	51753	51762	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
48	NC_006569	GGCGA	2	10	52516	52525	20 %	0 %	60 %	20 %	56708847
49	NC_006569	GCCGG	2	10	54446	54455	0 %	0 %	60 %	40 %	56708849
50	NC_006569	CCCAT	2	10	54961	54970	20 %	20 %	0 %	60 %	56708849
51	NC_006569	CGCGC	2	10	56495	56504	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
52	NC_006569	GCGCC	2	10	56765	56774	0 %	0 %	40 %	60 %	56708850
53	NC_006569	ACGAA	2	10	57434	57443	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_006569	TCAGG	2	10	57490	57499	20 %	20 %	40 %	20 %	56708851
55	NC_006569	TCTGC	2	10	57975	57984	0 %	40 %	20 %	40 %	56708851
56	NC_006569	GGATC	2	10	58365	58374	20 %	20 %	40 %	20 %	56708851
57	NC_006569	TGGTC	2	10	61343	61352	0 %	40 %	40 %	20 %	56708853
58	NC_006569	CGGTC	2	10	63602	63611	0 %	20 %	40 %	40 %	56708854
59	NC_006569	GGTCG	2	10	64002	64011	0 %	20 %	60 %	20 %	56708854
60	NC_006569	GATCA	2	10	71691	71700	40 %	20 %	20 %	20 %	56708863
61	NC_006569	GGCGC	2	10	72168	72177	0 %	0 %	60 %	40 %	56708864
62	NC_006569	CGGTG	2	10	72641	72650	0 %	20 %	60 %	20 %	56708864
63	NC_006569	GGGCC	2	10	73241	73250	0 %	0 %	60 %	40 %	56708865
64	NC_006569	CCGGC	2	10	73493	73502	0 %	0 %	40 %	60 %	56708865
65	NC_006569	GGCCG	2	10	74119	74128	0 %	0 %	60 %	40 %	56708867
66	NC_006569	CTGGC	2	10	75097	75106	0 %	20 %	40 %	40 %	56708868
67	NC_006569	GCTGC	2	10	77547	77556	0 %	20 %	40 %	40 %	56708870
68	NC_006569	ATTGA	2	10	81158	81167	40 %	40 %	20 %	0 %	56708873
69	NC_006569	CGAGG	2	10	81327	81336	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_006569	CGTCT	2	10	83243	83252	0 %	40 %	20 %	40 %	56708874
71	NC_006569	AAGCG	2	10	83323	83332	40 %	0 %	40 %	20 %	56708874
72	NC_006569	CCGTC	2	10	86672	86681	0 %	20 %	20 %	60 %	56708875
73	NC_006569	AGAGT	2	10	88198	88207	40 %	20 %	40 %	0 %	56708876
74	NC_006569	GGCTT	2	10	89112	89121	0 %	40 %	40 %	20 %	56708876
75	NC_006569	CGCGT	2	10	91254	91263	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_006569	CGGCC	2	10	91327	91336	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_006569	TCGCC	2	10	92098	92107	0 %	20 %	20 %	60 %	56708879
78	NC_006569	GTGGC	2	10	93235	93244	0 %	20 %	60 %	20 %	56708880
79	NC_006569	CCAGT	2	10	97224	97233	20 %	20 %	20 %	40 %	56708883
80	NC_006569	TGCCA	2	10	98065	98074	20 %	20 %	20 %	40 %	56708884
81	NC_006569	GACCC	2	10	100759	100768	20 %	0 %	20 %	60 %	56708887
82	NC_006569	CCTGC	2	10	101484	101493	0 %	20 %	20 %	60 %	56708888
83	NC_006569	TGCAA	2	10	103425	103434	40 %	20 %	20 %	20 %	56708890
84	NC_006569	GACCT	2	10	103776	103785	20 %	20 %	20 %	40 %	56708890
85	NC_006569	CGCAG	2	10	104014	104023	20 %	0 %	40 %	40 %	56708891
86	NC_006569	CCGCA	2	10	107230	107239	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_006569	CGCAG	2	10	107378	107387	20 %	0 %	40 %	40 %	56708894
88	NC_006569	ACCCA	2	10	107801	107810	40 %	0 %	0 %	60 %	56708894
89	NC_006569	CAGGT	2	10	109924	109933	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_006569	GGATT	2	10	112096	112105	20 %	40 %	40 %	0 %	56708897
91	NC_006569	GAGCG	2	10	112149	112158	20 %	0 %	60 %	20 %	56708897
92	NC_006569	CGCCC	2	10	115467	115476	0 %	0 %	20 %	80 %	56708898
93	NC_006569	CACCG	2	10	115548	115557	20 %	0 %	20 %	60 %	56708898
94	NC_006569	CCTCG	2	10	115760	115769	0 %	20 %	20 %	60 %	56708898
95	NC_006569	TCGCT	2	10	116575	116584	0 %	40 %	20 %	40 %	56708899
96	NC_006569	CGCGC	2	10	117406	117415	0 %	0 %	40 %	60 %	56708899
97	NC_006569	GGGTG	2	10	118311	118320	0 %	20 %	80 %	0 %	56708900
98	NC_006569	AGGTG	2	10	118604	118613	20 %	20 %	60 %	0 %	56708900
99	NC_006569	TTCCA	2	10	122108	122117	20 %	40 %	0 %	40 %	56708904
100	NC_006569	TTGCT	2	10	123390	123399	0 %	60 %	20 %	20 %	56708906
101	NC_006569	ATAAA	2	10	124918	124927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006569	CATTC	2	10	125107	125116	20 %	40 %	0 %	40 %	56708907
103	NC_006569	CGCGC	2	10	126629	126638	0 %	0 %	40 %	60 %	56708908
104	NC_006569	GCGGG	2	10	128389	128398	0 %	0 %	80 %	20 %	56708909
105	NC_006569	GCCCG	2	10	129940	129949	0 %	0 %	40 %	60 %	56708910
106	NC_006569	CCGAG	2	10	130744	130753	20 %	0 %	40 %	40 %	56708910
107	NC_006569	AGCGC	2	10	134483	134492	20 %	0 %	40 %	40 %	56708911
108	NC_006569	GAATG	2	10	137276	137285	40 %	20 %	40 %	0 %	56708914
109	NC_006569	GGCCG	2	10	137733	137742	0 %	0 %	60 %	40 %	56708914
110	NC_006569	GCACG	2	10	140019	140028	20 %	0 %	40 %	40 %	56708916
111	NC_006569	GCAAA	2	10	140153	140162	60 %	0 %	20 %	20 %	56708916
112	NC_006569	CGGCG	2	10	143166	143175	0 %	0 %	60 %	40 %	56708919
113	NC_006569	AGGCT	2	10	145691	145700	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_006569	CGCGT	2	10	145849	145858	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_006569	CGGCC	2	10	145922	145931	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
116	NC_006569	AAACG	2	10	147444	147453	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_006569	GATTC	2	10	147669	147678	20 %	40 %	20 %	20 %	56708923
118	NC_006569	TGACC	2	10	147899	147908	20 %	20 %	20 %	40 %	56708923
119	NC_006569	GAAGA	2	10	148644	148653	60 %	0 %	40 %	0 %	56708923
120	NC_006569	ACCGC	2	10	149112	149121	20 %	0 %	20 %	60 %	56708924
121	NC_006569	TGCGC	2	10	150222	150231	0 %	20 %	40 %	40 %	56708926
122	NC_006569	CGAGG	2	10	154306	154315	20 %	0 %	60 %	20 %	56708929
123	NC_006569	GGGTG	2	10	159645	159654	0 %	20 %	80 %	0 %	56708934
124	NC_006569	CAAGC	2	10	159668	159677	40 %	0 %	20 %	40 %	56708934
125	NC_006569	CTTGC	2	10	160936	160945	0 %	40 %	20 %	40 %	56708935
126	NC_006569	CGCGA	2	10	162214	162223	20 %	0 %	40 %	40 %	56708936
127	NC_006569	CGCAC	2	10	164276	164285	20 %	0 %	20 %	60 %	56708938
128	NC_006569	CCGCG	2	10	164773	164782	0 %	0 %	40 %	60 %	56708939
129	NC_006569	GCCTG	2	10	166257	166266	0 %	20 %	40 %	40 %	56708940
130	NC_006569	GTGAT	2	10	168038	168047	20 %	40 %	40 %	0 %	56708941
131	NC_006569	CGCCT	2	10	168310	168319	0 %	20 %	20 %	60 %	56708941
132	NC_006569	CGACC	2	10	171408	171417	20 %	0 %	20 %	60 %	56708941
133	NC_006569	ACGCA	2	10	171712	171721	40 %	0 %	20 %	40 %	56708942
134	NC_006569	CGCGC	2	10	172267	172276	0 %	0 %	40 %	60 %	56708942
135	NC_006569	CAGGG	2	10	173181	173190	20 %	0 %	60 %	20 %	56708943
136	NC_006569	CCGGT	2	10	174679	174688	0 %	20 %	40 %	40 %	56708944
137	NC_006569	ACTGG	2	10	175100	175109	20 %	20 %	40 %	20 %	56708945
138	NC_006569	CGGCG	2	10	175223	175232	0 %	0 %	60 %	40 %	56708945
139	NC_006569	CGCGC	2	10	175712	175721	0 %	0 %	40 %	60 %	56708945
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272	NC_006569	GACAA	2	10	330916	330925	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
273	NC_006569	CAGCT	2	10	331287	331296	20 %	20 %	20 %	40 %	56709086
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383	NC_006569	GACCG	2	10	459502	459511	20 %	0 %	40 %	40 %	56709193
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387	NC_006569	TCCAG	2	10	467749	467758	20 %	20 %	20 %	40 %	56709202
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391	NC_006569	CTGGC	2	10	473505	473514	0 %	20 %	40 %	40 %	56709207
392	NC_006569	GCAGT	2	10	473621	473630	20 %	20 %	40 %	20 %	56709207
393	NC_006569	GTCAG	2	10	475820	475829	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
394	NC_006569	CGATG	2	10	476872	476881	20 %	20 %	40 %	20 %	56709210
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396	NC_006569	ACCAG	2	10	478571	478580	40 %	0 %	20 %	40 %	56709212
397	NC_006569	CGGGG	2	10	479988	479997	0 %	0 %	80 %	20 %	56709213
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399	NC_006569	CCGCC	2	10	482881	482890	0 %	0 %	20 %	80 %	56709216
400	NC_006569	AGCGC	2	10	483999	484008	20 %	0 %	40 %	40 %	56709217
401	NC_006569	AACCG	2	10	484737	484746	40 %	0 %	20 %	40 %	56709218
402	NC_006569	GCGTT	2	10	486021	486030	0 %	40 %	40 %	20 %	56709220
403	NC_006569	CGGGC	2	10	486112	486121	0 %	0 %	60 %	40 %	56709220
404	NC_006569	GTCCA	2	10	487340	487349	20 %	20 %	20 %	40 %	56709221
405	NC_006569	ATGCA	2	10	487418	487427	40 %	20 %	20 %	20 %	56709221
406	NC_006569	TGGGC	2	10	487968	487977	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
407	NC_006569	GCGCC	2	10	488115	488124	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
408	NC_006569	ATGAC	2	10	488133	488142	40 %	20 %	20 %	20 %	56709222
409	NC_006569	CGGCG	2	10	488206	488215	0 %	0 %	60 %	40 %	56709222
410	NC_006569	TCCGG	2	10	488623	488632	0 %	20 %	40 %	40 %	56709222
411	NC_006569	AACGG	2	10	490189	490198	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
412	NC_006569	GTGCC	2	10	490691	490700	0 %	20 %	40 %	40 %	56709227
413	NC_006569	GCGCA	2	10	491173	491182	20 %	0 %	40 %	40 %	56709227

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.