MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Ruegeria pomeroyi DSS-3 megaplasmid

Total Repeats: 10605

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006569	GAT	2	6	27	32	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56709230
2	NC_006569	GCC	2	6	112	117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56709230
3	NC_006569	GGC	2	6	123	128	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56709230
4	NC_006569	AGG	2	6	158	163	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	56709230
5	NC_006569	GAC	2	6	184	189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56709230
6	NC_006569	CGCC	2	8	239	246	0 %	0 %	25 %	75 %	56709230
7	NC_006569	GCC	2	6	256	261	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56709230
8	NC_006569	CGC	2	6	401	406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56709230
9	NC_006569	CGCTG	2	10	428	437	0 %	20 %	40 %	40 %	56709230
10	NC_006569	TG	3	6	436	441	0 %	50 %	50 %	0 %	56709230
11	NC_006569	AGG	2	6	464	469	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	56709230
12	NC_006569	AGG	2	6	494	499	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	56709230
13	NC_006569	CCGAGG	2	12	542	553	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	56709230
14	NC_006569	TCG	2	6	563	568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56709230
15	NC_006569	GC	4	8	623	630	0 %	0 %	50 %	50 %	56709230
16	NC_006569	GCT	2	6	672	677	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56709230
17	NC_006569	CGA	2	6	681	686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56709230
18	NC_006569	GC	3	6	688	693	0 %	0 %	50 %	50 %	56709230
19	NC_006569	CTG	2	6	784	789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56709230
20	NC_006569	G	6	6	800	805	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006569	GC	3	6	823	828	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_006569	AGC	2	6	909	914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708792
23	NC_006569	GGCA	2	8	1051	1058	25 %	0 %	50 %	25 %	56708792
24	NC_006569	TCG	2	6	1077	1082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708792
25	NC_006569	CGC	2	6	1189	1194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708792
26	NC_006569	GAA	2	6	1196	1201	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56708792
27	NC_006569	CG	3	6	1216	1221	0 %	0 %	50 %	50 %	56708792
28	NC_006569	CGAG	2	8	1288	1295	25 %	0 %	50 %	25 %	56708792
29	NC_006569	TCG	2	6	1320	1325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708792
30	NC_006569	CGC	2	6	1362	1367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708792
31	NC_006569	TGC	2	6	1399	1404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708792
32	NC_006569	GCC	2	6	1470	1475	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708792
33	NC_006569	GAT	2	6	1478	1483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56708792
34	NC_006569	G	6	6	1559	1564	0 %	0 %	100 %	0 %	56708792
35	NC_006569	TGG	2	6	1620	1625	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56708792
36	NC_006569	TGG	3	9	1630	1638	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56708792
37	NC_006569	CAT	2	6	1648	1653	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56708792
38	NC_006569	ATC	2	6	1665	1670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56708792
39	NC_006569	GCG	2	6	1692	1697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708792
40	NC_006569	CCG	2	6	1698	1703	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708792
41	NC_006569	GCCT	2	8	1748	1755	0 %	25 %	25 %	50 %	56708792
42	NC_006569	GCG	2	6	1815	1820	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708793
43	NC_006569	GCC	2	6	1837	1842	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708793
44	NC_006569	AAG	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56708793
45	NC_006569	AGCG	2	8	1933	1940	25 %	0 %	50 %	25 %	56708793
46	NC_006569	GGC	2	6	2037	2042	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708793
47	NC_006569	GCC	2	6	2086	2091	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708793
48	NC_006569	GCC	2	6	2156	2161	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708793
49	NC_006569	TGG	2	6	2177	2182	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56708793
50	NC_006569	CG	3	6	2228	2233	0 %	0 %	50 %	50 %	56708793
51	NC_006569	GCC	2	6	2294	2299	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708793
52	NC_006569	GTG	2	6	2371	2376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56708793
53	NC_006569	GCC	2	6	2402	2407	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708793
54	NC_006569	CCG	2	6	2408	2413	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708793
55	NC_006569	CTG	2	6	2470	2475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708793
56	NC_006569	ACC	2	6	2584	2589	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56708793
57	NC_006569	ACCTGC	2	12	2657	2668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	56708793
58	NC_006569	CCG	2	6	2720	2725	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708793
59	NC_006569	CGC	2	6	2757	2762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708793
60	NC_006569	TCG	2	6	2795	2800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708793
61	NC_006569	GCTATG	2	12	2861	2872	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	56708793
62	NC_006569	CCCG	2	8	2894	2901	0 %	0 %	25 %	75 %	56708793
63	NC_006569	CGG	2	6	2909	2914	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708793
64	NC_006569	GC	4	8	2919	2926	0 %	0 %	50 %	50 %	56708793
65	NC_006569	CGA	2	6	2946	2951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708793
66	NC_006569	CCA	2	6	2985	2990	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56708793
67	NC_006569	GCC	2	6	3050	3055	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708793
68	NC_006569	GCTG	2	8	3171	3178	0 %	25 %	50 %	25 %	56708793
69	NC_006569	CGG	2	6	3214	3219	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708794
70	NC_006569	CGA	2	6	3228	3233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708794
71	NC_006569	CTG	2	6	3386	3391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708794
72	NC_006569	AGC	2	6	3405	3410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708794
73	NC_006569	GC	3	6	3509	3514	0 %	0 %	50 %	50 %	56708794
74	NC_006569	ACC	2	6	3561	3566	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56708794
75	NC_006569	CA	3	6	3569	3574	50 %	0 %	0 %	50 %	56708794
76	NC_006569	GAT	2	6	3614	3619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56708794
77	NC_006569	GCC	2	6	3647	3652	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708794
78	NC_006569	G	6	6	3659	3664	0 %	0 %	100 %	0 %	56708794
79	NC_006569	GCAAGC	2	12	3765	3776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708794
80	NC_006569	CAC	2	6	3870	3875	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_006569	AT	3	6	3877	3882	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006569	AGT	2	6	3927	3932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006569	TGG	2	6	3941	3946	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_006569	CCG	2	6	3958	3963	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_006569	GGAT	2	8	4145	4152	25 %	25 %	50 %	0 %	56708795
86	NC_006569	C	6	6	4195	4200	0 %	0 %	0 %	100 %	56708795
87	NC_006569	CCG	2	6	4205	4210	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708795
88	NC_006569	GCC	2	6	4228	4233	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708795
89	NC_006569	TTC	2	6	4326	4331	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56708795
90	NC_006569	ATC	2	6	4356	4361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56708795
91	NC_006569	TCG	2	6	4465	4470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708795
92	NC_006569	CG	3	6	4498	4503	0 %	0 %	50 %	50 %	56708795
93	NC_006569	GCC	2	6	4518	4523	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708795
94	NC_006569	CCG	2	6	4538	4543	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708795
95	NC_006569	ATC	2	6	4551	4556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56708795
96	NC_006569	GAG	2	6	4567	4572	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	56708795
97	NC_006569	GGGC	2	8	4617	4624	0 %	0 %	75 %	25 %	56708796
98	NC_006569	GCC	2	6	4627	4632	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708796
99	NC_006569	ATC	2	6	4735	4740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56708796
100	NC_006569	GAC	2	6	4741	4746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708796
101	NC_006569	CGA	2	6	4800	4805	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708796
102	NC_006569	TCG	2	6	4856	4861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708796
103	NC_006569	GCC	2	6	4893	4898	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_006569	T	6	6	4912	4917	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_006569	ACCG	2	8	4954	4961	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_006569	CAC	2	6	5029	5034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56708797
107	NC_006569	CAG	2	6	5042	5047	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708797
108	NC_006569	GCG	2	6	5104	5109	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708797
109	NC_006569	GCG	2	6	5162	5167	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708797
110	NC_006569	CTG	2	6	5175	5180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708797
111	NC_006569	GC	3	6	5200	5205	0 %	0 %	50 %	50 %	56708797
112	NC_006569	CGC	2	6	5213	5218	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708797
113	NC_006569	GCC	2	6	5257	5262	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708797
114	NC_006569	CGG	2	6	5329	5334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708797
115	NC_006569	GGC	2	6	5358	5363	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708797
116	NC_006569	AAG	2	6	5385	5390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56708797
117	NC_006569	GAAC	2	8	5444	5451	50 %	0 %	25 %	25 %	56708797
118	NC_006569	CGG	2	6	5470	5475	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708797
119	NC_006569	TGGCGG	2	12	5494	5505	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	56708797
120	NC_006569	TCA	2	6	5521	5526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56708797
121	NC_006569	AGA	2	6	5698	5703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56708797
122	NC_006569	CGC	2	6	5713	5718	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708797
123	NC_006569	CCA	3	9	5782	5790	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56708797
124	NC_006569	CG	3	6	5872	5877	0 %	0 %	50 %	50 %	56708797
125	NC_006569	ACT	2	6	5941	5946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56708797
126	NC_006569	ATC	2	6	5988	5993	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56708797
127	NC_006569	GCG	2	6	6058	6063	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708798
128	NC_006569	TGCA	2	8	6089	6096	25 %	25 %	25 %	25 %	56708798
129	NC_006569	CGG	2	6	6102	6107	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708798
130	NC_006569	GCT	2	6	6126	6131	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708798
131	NC_006569	CTGCC	2	10	6137	6146	0 %	20 %	20 %	60 %	56708798
132	NC_006569	GGCT	2	8	6166	6173	0 %	25 %	50 %	25 %	56708798
133	NC_006569	CG	4	8	6235	6242	0 %	0 %	50 %	50 %	56708798
134	NC_006569	GCT	2	6	6252	6257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708798
135	NC_006569	GGC	2	6	6276	6281	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708798
136	NC_006569	GCT	2	6	6372	6377	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708798
137	NC_006569	GTG	2	6	6382	6387	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56708798
138	NC_006569	GCC	2	6	6452	6457	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708799
139	NC_006569	CTG	2	6	6528	6533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708799
140	NC_006569	CGA	2	6	6539	6544	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708799
141	NC_006569	GGCC	2	8	6610	6617	0 %	0 %	50 %	50 %	56708799
142	NC_006569	GCC	2	6	6627	6632	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708799
143	NC_006569	CGC	2	6	6649	6654	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708799
144	NC_006569	CATTGC	2	12	6698	6709	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	56708799
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146	NC_006569	CTG	2	6	6798	6803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708799
147	NC_006569	TGA	2	6	6881	6886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56708799
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151	NC_006569	AGACA	2	10	7010	7019	60 %	0 %	20 %	20 %	56708800
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163	NC_006569	GCT	2	6	7475	7480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708800
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165	NC_006569	CGA	2	6	7538	7543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708800
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169	NC_006569	CGA	2	6	7655	7660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708800
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172	NC_006569	TGAT	2	8	7762	7769	25 %	50 %	25 %	0 %	56708800
173	NC_006569	TGA	2	6	7801	7806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56708800
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178	NC_006569	GGC	2	6	7987	7992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708801
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180	NC_006569	TGG	2	6	8061	8066	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56708801
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209	NC_006569	GAT	2	6	9142	9147	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56708801
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241	NC_006569	CGG	2	6	10700	10705	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708803
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243	NC_006569	GGT	2	6	10763	10768	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56708803
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248	NC_006569	GC	3	6	11087	11092	0 %	0 %	50 %	50 %	56708803
249	NC_006569	TCG	2	6	11101	11106	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708803
250	NC_006569	CGAC	2	8	11117	11124	25 %	0 %	25 %	50 %	56708803
251	NC_006569	CGG	2	6	11148	11153	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708803
252	NC_006569	CGA	2	6	11236	11241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
253	NC_006569	GGT	2	6	11253	11258	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
254	NC_006569	CGC	2	6	11373	11378	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708804
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257	NC_006569	CTG	2	6	11524	11529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708804
258	NC_006569	CGG	2	6	11580	11585	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708804
259	NC_006569	TGCG	2	8	11671	11678	0 %	25 %	50 %	25 %	56708804
260	NC_006569	GGCCGG	2	12	11688	11699	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708804
261	NC_006569	GCG	2	6	11700	11705	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708804
262	NC_006569	TGC	2	6	11708	11713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708804
263	NC_006569	ACC	2	6	11740	11745	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56708804
264	NC_006569	GTCG	2	8	11757	11764	0 %	25 %	50 %	25 %	56708804
265	NC_006569	GAC	2	6	11860	11865	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708804
266	NC_006569	GC	3	6	11925	11930	0 %	0 %	50 %	50 %	56708804
267	NC_006569	GAC	2	6	11932	11937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708804
268	NC_006569	CG	3	6	11966	11971	0 %	0 %	50 %	50 %	56708804
269	NC_006569	TGC	2	6	11978	11983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708804
270	NC_006569	GC	3	6	12043	12048	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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273	NC_006569	CGC	2	6	12173	12178	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708805
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402	NC_006569	GCC	2	6	17284	17289	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708810
403	NC_006569	CGC	2	6	17292	17297	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708810
404	NC_006569	CG	4	8	17304	17311	0 %	0 %	50 %	50 %	56708810
405	NC_006569	GGCG	2	8	17336	17343	0 %	0 %	75 %	25 %	56708810
406	NC_006569	TCG	2	6	17389	17394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708810
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432	NC_006569	ACC	2	6	18239	18244	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56708812
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434	NC_006569	GGT	2	6	18279	18284	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56708812
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443	NC_006569	CCG	2	6	18528	18533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708812
444	NC_006569	GCA	2	6	18549	18554	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708812
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455	NC_006569	CTG	2	6	19135	19140	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708812
456	NC_006569	GGC	2	6	19182	19187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708812
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458	NC_006569	G	6	6	19199	19204	0 %	0 %	100 %	0 %	56708812
459	NC_006569	GC	3	6	19287	19292	0 %	0 %	50 %	50 %	56708812
460	NC_006569	CAG	2	6	19300	19305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708812
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473	NC_006569	CGG	2	6	19843	19848	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708813
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476	NC_006569	CCA	2	6	19921	19926	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56708813
477	NC_006569	GTC	3	9	19937	19945	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708813
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479	NC_006569	TAA	2	6	19998	20003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56708813
480	NC_006569	GCA	2	6	20053	20058	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708813
481	NC_006569	GGC	2	6	20081	20086	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708813
482	NC_006569	CGCGG	2	10	20120	20129	0 %	0 %	60 %	40 %	56708813
483	NC_006569	CAG	2	6	20144	20149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56708813
484	NC_006569	CCCG	2	8	20196	20203	0 %	0 %	25 %	75 %	56708813
485	NC_006569	CGG	2	6	20234	20239	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708813
486	NC_006569	GC	4	8	20291	20298	0 %	0 %	50 %	50 %	56708813
487	NC_006569	CG	3	6	20315	20320	0 %	0 %	50 %	50 %	56708813
488	NC_006569	CTCTC	2	10	20364	20373	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
489	NC_006569	CTT	2	6	20410	20415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
490	NC_006569	CG	3	6	20438	20443	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
491	NC_006569	CGGG	2	8	20503	20510	0 %	0 %	75 %	25 %	56708814
492	NC_006569	GCG	2	6	20585	20590	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708814
493	NC_006569	GCT	2	6	20719	20724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708814
494	NC_006569	CAC	2	6	20732	20737	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56708814
495	NC_006569	GGC	2	6	20747	20752	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56708814
496	NC_006569	GC	3	6	20780	20785	0 %	0 %	50 %	50 %	56708814
497	NC_006569	GCC	2	6	20859	20864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56708814
498	NC_006569	GC	3	6	20874	20879	0 %	0 %	50 %	50 %	56708814
499	NC_006569	TCA	2	6	20908	20913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56708814
500	NC_006569	GTC	2	6	20990	20995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56708814

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