MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 30188

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_000963	TAAT	2	8	148221	148228	50 %	50 %	0 %	0 %	15604001
4002	NC_000963	TGA	2	6	148231	148236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604001
4003	NC_000963	AGA	2	6	148237	148242	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604001
4004	NC_000963	TAA	2	6	148266	148271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604001
4005	NC_000963	GAT	2	6	148295	148300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604001
4006	NC_000963	TAT	2	6	148317	148322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604001
4007	NC_000963	A	6	6	148334	148339	100 %	0 %	0 %	0 %	15604001
4008	NC_000963	GT	3	6	148386	148391	0 %	50 %	50 %	0 %	15604001
4009	NC_000963	ACTT	2	8	148432	148439	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4010	NC_000963	TAAGC	2	10	148481	148490	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4011	NC_000963	TAAAT	2	10	148502	148511	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4012	NC_000963	ATGA	2	8	148519	148526	50 %	25 %	25 %	0 %	15604002
4013	NC_000963	ATA	2	6	148564	148569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604002
4014	NC_000963	A	9	9	148609	148617	100 %	0 %	0 %	0 %	15604002
4015	NC_000963	GCTA	2	8	148638	148645	25 %	25 %	25 %	25 %	15604002
4016	NC_000963	GTA	2	6	148724	148729	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604002
4017	NC_000963	AAAT	2	8	148745	148752	75 %	25 %	0 %	0 %	15604002
4018	NC_000963	AG	4	8	148796	148803	50 %	0 %	50 %	0 %	15604002
4019	NC_000963	TA	3	6	148855	148860	50 %	50 %	0 %	0 %	15604002
4020	NC_000963	ACAAA	2	10	148888	148897	80 %	0 %	0 %	20 %	15604002
4021	NC_000963	ACT	2	6	149019	149024	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604002
4022	NC_000963	AAG	2	6	149032	149037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604002
4023	NC_000963	AGA	2	6	149148	149153	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604002
4024	NC_000963	AC	3	6	149155	149160	50 %	0 %	0 %	50 %	15604002
4025	NC_000963	AAT	2	6	149167	149172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604002
4026	NC_000963	TGA	2	6	149199	149204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604002
4027	NC_000963	GAT	2	6	149221	149226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604002
4028	NC_000963	ATAG	2	8	149255	149262	50 %	25 %	25 %	0 %	15604002
4029	NC_000963	ATC	2	6	149267	149272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4030	NC_000963	ATA	2	6	149307	149312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4031	NC_000963	T	6	6	149331	149336	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4032	NC_000963	TAT	2	6	149377	149382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4033	NC_000963	TAAAA	2	10	149405	149414	80 %	20 %	0 %	0 %	15604003
4034	NC_000963	TAA	2	6	149426	149431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604003
4035	NC_000963	CAC	2	6	149443	149448	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15604003
4036	NC_000963	TA	4	8	149456	149463	50 %	50 %	0 %	0 %	15604003
4037	NC_000963	T	6	6	149520	149525	0 %	100 %	0 %	0 %	15604003
4038	NC_000963	TGGTG	2	10	149539	149548	0 %	40 %	60 %	0 %	15604003
4039	NC_000963	AAT	2	6	149571	149576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604003
4040	NC_000963	TAT	2	6	149600	149605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604003
4041	NC_000963	TAG	2	6	149617	149622	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604003
4042	NC_000963	GT	3	6	149726	149731	0 %	50 %	50 %	0 %	15604003
4043	NC_000963	AGT	2	6	149732	149737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604003
4044	NC_000963	TAT	2	6	149746	149751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604003
4045	NC_000963	TTA	2	6	149760	149765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604003
4046	NC_000963	T	6	6	149818	149823	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4047	NC_000963	TGAAA	2	10	149855	149864	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4048	NC_000963	TAA	2	6	149876	149881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4049	NC_000963	AAT	2	6	149886	149891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4050	NC_000963	AT	3	6	149936	149941	50 %	50 %	0 %	0 %	15604004
4051	NC_000963	CAT	2	6	149999	150004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604004
4052	NC_000963	AT	3	6	150059	150064	50 %	50 %	0 %	0 %	15604004
4053	NC_000963	CAA	2	6	150076	150081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15604004
4054	NC_000963	AAT	2	6	150083	150088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604004
4055	NC_000963	ATT	2	6	150098	150103	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604004
4056	NC_000963	ATTA	2	8	150142	150149	50 %	50 %	0 %	0 %	15604004
4057	NC_000963	GTA	2	6	150191	150196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604004
4058	NC_000963	TA	3	6	150206	150211	50 %	50 %	0 %	0 %	15604004
4059	NC_000963	ATT	2	6	150253	150258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604004
4060	NC_000963	GTA	2	6	150284	150289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604004
4061	NC_000963	CAG	2	6	150324	150329	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4062	NC_000963	ATT	2	6	150359	150364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4063	NC_000963	TAA	2	6	150380	150385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4064	NC_000963	TTAAG	2	10	150391	150400	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4065	NC_000963	A	6	6	150430	150435	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4066	NC_000963	TATAA	2	10	150456	150465	60 %	40 %	0 %	0 %	15604005
4067	NC_000963	TCA	2	6	150467	150472	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604005
4068	NC_000963	GTA	2	6	150483	150488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604005
4069	NC_000963	AAG	2	6	150538	150543	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604005
4070	NC_000963	GCT	2	6	150597	150602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604005
4071	NC_000963	GGT	2	6	150606	150611	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604005
4072	NC_000963	TGC	2	6	150617	150622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604005
4073	NC_000963	GAT	2	6	150642	150647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604005
4074	NC_000963	TTAGAG	2	12	150744	150755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604005
4075	NC_000963	TGG	2	6	150812	150817	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604005
4076	NC_000963	GCT	2	6	150846	150851	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604005
4077	NC_000963	TGC	2	6	150863	150868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604005
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4079	NC_000963	TTA	2	6	150963	150968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604005
4080	NC_000963	GAT	2	6	151011	151016	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604005
4081	NC_000963	GGT	2	6	151122	151127	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604005
4082	NC_000963	TTA	2	6	151132	151137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604005
4083	NC_000963	TA	3	6	151190	151195	50 %	50 %	0 %	0 %	15604005
4084	NC_000963	TTA	2	6	151210	151215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604005
4085	NC_000963	G	6	6	151236	151241	0 %	0 %	100 %	0 %	15604005
4086	NC_000963	CTG	2	6	151288	151293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604005
4087	NC_000963	AG	3	6	151347	151352	50 %	0 %	50 %	0 %	15604005
4088	NC_000963	CTA	2	6	151534	151539	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604005
4089	NC_000963	ATA	2	6	151579	151584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604005
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4091	NC_000963	TAG	2	6	151675	151680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604005
4092	NC_000963	GCT	2	6	151707	151712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604005
4093	NC_000963	TAG	2	6	151981	151986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604005
4094	NC_000963	CAG	2	6	152038	152043	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604005
4095	NC_000963	AAGAA	2	10	152048	152057	80 %	0 %	20 %	0 %	15604005
4096	NC_000963	TGA	2	6	152135	152140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604005
4097	NC_000963	CCA	2	6	152211	152216	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15604005
4098	NC_000963	ATTA	3	12	152230	152241	50 %	50 %	0 %	0 %	15604005
4099	NC_000963	TA	3	6	152240	152245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4100	NC_000963	TAT	2	6	152247	152252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4101	NC_000963	TTTA	2	8	152253	152260	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4102	NC_000963	AAC	2	6	152274	152279	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4103	NC_000963	T	6	6	152298	152303	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4104	NC_000963	GCT	2	6	152305	152310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4105	NC_000963	GAA	2	6	152331	152336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4106	NC_000963	A	6	6	152335	152340	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4107	NC_000963	TA	3	6	152341	152346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4108	NC_000963	TATT	2	8	152363	152370	25 %	75 %	0 %	0 %	15604006
4109	NC_000963	TAT	2	6	152395	152400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604006
4110	NC_000963	CTT	2	6	152468	152473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604006
4111	NC_000963	TAT	2	6	152569	152574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604006
4112	NC_000963	TGC	2	6	152581	152586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604006
4113	NC_000963	GCT	2	6	152717	152722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604006
4114	NC_000963	TAA	2	6	152748	152753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604006
4115	NC_000963	ATT	2	6	152840	152845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604006
4116	NC_000963	ATT	2	6	152907	152912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604006
4117	NC_000963	T	7	7	152911	152917	0 %	100 %	0 %	0 %	15604006
4118	NC_000963	GTT	2	6	152937	152942	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604006
4119	NC_000963	AAT	2	6	152980	152985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604006
4120	NC_000963	A	7	7	152990	152996	100 %	0 %	0 %	0 %	15604006
4121	NC_000963	TTAA	2	8	153003	153010	50 %	50 %	0 %	0 %	15604006
4122	NC_000963	ATAATT	2	12	153035	153046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4123	NC_000963	AG	3	6	153100	153105	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4124	NC_000963	TAAG	2	8	153145	153152	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4125	NC_000963	T	6	6	153153	153158	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4126	NC_000963	T	6	6	153165	153170	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4128	NC_000963	AT	3	6	153366	153371	50 %	50 %	0 %	0 %	15604007
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4380	NC_000963	GTA	2	6	162681	162686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604016
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4382	NC_000963	ATG	3	9	162721	162729	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604016
4383	NC_000963	TTAA	2	8	162777	162784	50 %	50 %	0 %	0 %	15604016
4384	NC_000963	ATG	2	6	162862	162867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604016
4385	NC_000963	TTG	2	6	162871	162876	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604016
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4472	NC_000963	AT	3	6	166723	166728	50 %	50 %	0 %	0 %	15604017
4473	NC_000963	TGCT	2	8	166817	166824	0 %	50 %	25 %	25 %	15604017
4474	NC_000963	GAT	2	6	166848	166853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604017
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4497	NC_000963	GTT	2	6	167805	167810	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604017
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4499	NC_000963	ATT	3	9	167855	167863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604017
4500	NC_000963	ATA	2	6	167869	167874	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604017

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