MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 30188

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_000963	ACA	2	6	18394	18399	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603898
502	NC_000963	AGATA	2	10	18448	18457	60 %	20 %	20 %	0 %	15603898
503	NC_000963	ATT	2	6	18459	18464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603898
504	NC_000963	TCAAA	2	10	18478	18487	60 %	20 %	0 %	20 %	15603898
505	NC_000963	CAT	2	6	18500	18505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603898
506	NC_000963	AATTAT	2	12	18536	18547	50 %	50 %	0 %	0 %	15603898
507	NC_000963	TAT	3	9	18562	18570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603898
508	NC_000963	TA	3	6	18615	18620	50 %	50 %	0 %	0 %	15603898
509	NC_000963	AAT	2	6	18668	18673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603898
510	NC_000963	AT	3	6	18672	18677	50 %	50 %	0 %	0 %	15603898
511	NC_000963	TAA	2	6	18733	18738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603898
512	NC_000963	TTA	2	6	18807	18812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603898
513	NC_000963	ATA	2	6	18822	18827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603898
514	NC_000963	TAT	2	6	18889	18894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603898
515	NC_000963	AAT	2	6	18905	18910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603898
516	NC_000963	ATT	2	6	18933	18938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603898
517	NC_000963	TAAA	2	8	18942	18949	75 %	25 %	0 %	0 %	15603898
518	NC_000963	TCA	2	6	18961	18966	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603898
519	NC_000963	ATA	2	6	19082	19087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
520	NC_000963	ACC	2	6	19132	19137	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
521	NC_000963	ATA	2	6	19229	19234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
522	NC_000963	TAA	2	6	19242	19247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
523	NC_000963	AAG	2	6	19264	19269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
524	NC_000963	TTA	2	6	19306	19311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
525	NC_000963	ATTTA	2	10	19316	19325	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
526	NC_000963	CTT	2	6	19380	19385	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
527	NC_000963	TATT	2	8	19386	19393	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
528	NC_000963	ATCTAA	2	12	19395	19406	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
529	NC_000963	ATT	2	6	19407	19412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
530	NC_000963	TAG	2	6	19443	19448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
531	NC_000963	AGTTT	2	10	19514	19523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
532	NC_000963	A	6	6	19546	19551	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
533	NC_000963	GTAA	2	8	19560	19567	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
534	NC_000963	AAT	2	6	19572	19577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
535	NC_000963	TTAT	2	8	19638	19645	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
536	NC_000963	TCAA	2	8	19670	19677	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
537	NC_000963	AT	3	6	19679	19684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
538	NC_000963	CAT	2	6	19730	19735	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
539	NC_000963	TATAA	2	10	19747	19756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
540	NC_000963	GTAA	2	8	19839	19846	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
541	NC_000963	TA	3	6	19866	19871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
542	NC_000963	AT	3	6	19879	19884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
543	NC_000963	TAG	2	6	19899	19904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
544	NC_000963	GTA	2	6	20023	20028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
545	NC_000963	TAA	2	6	20029	20034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
546	NC_000963	ATAG	2	8	20074	20081	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
547	NC_000963	AAT	2	6	20106	20111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
548	NC_000963	A	8	8	20119	20126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
549	NC_000963	A	8	8	20142	20149	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
550	NC_000963	ATTA	2	8	20178	20185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
551	NC_000963	GAA	2	6	20206	20211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
552	NC_000963	TAA	2	6	20224	20229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
553	NC_000963	A	9	9	20235	20243	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
554	NC_000963	TAG	2	6	20244	20249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
555	NC_000963	AGT	2	6	20337	20342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
556	NC_000963	TAT	2	6	20398	20403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
557	NC_000963	A	6	6	20414	20419	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
558	NC_000963	AAT	2	6	20425	20430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
559	NC_000963	TA	3	6	20435	20440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
560	NC_000963	AT	3	6	20531	20536	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
561	NC_000963	AATCT	2	10	20557	20566	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
562	NC_000963	ATT	2	6	20584	20589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
563	NC_000963	AAG	2	6	20643	20648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
564	NC_000963	GTT	2	6	20673	20678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
565	NC_000963	AAT	2	6	20710	20715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
566	NC_000963	ATCA	2	8	20740	20747	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
567	NC_000963	ATA	2	6	20770	20775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
568	NC_000963	TA	3	6	20856	20861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
569	NC_000963	TCT	2	6	20903	20908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
570	NC_000963	TAAAA	2	10	20918	20927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
571	NC_000963	ATC	2	6	20933	20938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
572	NC_000963	A	6	6	21017	21022	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
573	NC_000963	T	6	6	21029	21034	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
574	NC_000963	A	8	8	21036	21043	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
575	NC_000963	A	6	6	21080	21085	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
576	NC_000963	TGA	2	6	21092	21097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
577	NC_000963	AACA	2	8	21101	21108	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
578	NC_000963	GTAT	2	8	21140	21147	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
579	NC_000963	T	6	6	21253	21258	0 %	100 %	0 %	0 %	15603899
580	NC_000963	TCA	2	6	21306	21311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603899
581	NC_000963	TTTTGA	2	12	21348	21359	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15603899
582	NC_000963	T	6	6	21380	21385	0 %	100 %	0 %	0 %	15603899
583	NC_000963	TTC	2	6	21398	21403	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603899
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585	NC_000963	TCT	2	6	21453	21458	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603899
586	NC_000963	TTTGTA	2	12	21487	21498	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15603899
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589	NC_000963	T	6	6	21539	21544	0 %	100 %	0 %	0 %	15603899
590	NC_000963	T	7	7	21605	21611	0 %	100 %	0 %	0 %	15603899
591	NC_000963	TAAAT	2	10	21621	21630	60 %	40 %	0 %	0 %	15603899
592	NC_000963	ATT	2	6	21684	21689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603899
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594	NC_000963	GTA	2	6	21708	21713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603900
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597	NC_000963	ATC	2	6	21770	21775	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603900
598	NC_000963	TTA	2	6	21785	21790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603900
599	NC_000963	TGAT	2	8	21833	21840	25 %	50 %	25 %	0 %	15603900
600	NC_000963	T	8	8	21869	21876	0 %	100 %	0 %	0 %	15603900
601	NC_000963	T	6	6	21906	21911	0 %	100 %	0 %	0 %	15603900
602	NC_000963	T	7	7	21913	21919	0 %	100 %	0 %	0 %	15603900
603	NC_000963	TTTGT	2	10	21938	21947	0 %	80 %	20 %	0 %	15603900
604	NC_000963	TCT	2	6	21986	21991	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603900
605	NC_000963	AGC	2	6	21997	22002	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603900
606	NC_000963	TAT	2	6	22038	22043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603900
607	NC_000963	TTC	2	6	22051	22056	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603900
608	NC_000963	A	6	6	22119	22124	100 %	0 %	0 %	0 %	15603900
609	NC_000963	AAT	2	6	22131	22136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603900
610	NC_000963	TATCAA	2	12	22140	22151	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15603900
611	NC_000963	A	6	6	22179	22184	100 %	0 %	0 %	0 %	15603901
612	NC_000963	A	6	6	22209	22214	100 %	0 %	0 %	0 %	15603901
613	NC_000963	AG	3	6	22304	22309	50 %	0 %	50 %	0 %	15603901
614	NC_000963	TAAT	2	8	22413	22420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
615	NC_000963	CAT	2	6	22449	22454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603902
616	NC_000963	ATAC	2	8	22459	22466	50 %	25 %	0 %	25 %	15603902
617	NC_000963	CAT	2	6	22618	22623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603902
618	NC_000963	GCA	2	6	22628	22633	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603902
619	NC_000963	AACT	2	8	22647	22654	50 %	25 %	0 %	25 %	15603902
620	NC_000963	A	7	7	22727	22733	100 %	0 %	0 %	0 %	15603902
621	NC_000963	A	6	6	22739	22744	100 %	0 %	0 %	0 %	15603902
622	NC_000963	TAG	2	6	22827	22832	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603902
623	NC_000963	AATAA	2	10	22871	22880	80 %	20 %	0 %	0 %	15603902
624	NC_000963	AAAT	2	8	22881	22888	75 %	25 %	0 %	0 %	15603902
625	NC_000963	CACT	2	8	22977	22984	25 %	25 %	0 %	50 %	15603902
626	NC_000963	AAGT	2	8	23030	23037	50 %	25 %	25 %	0 %	15603902
627	NC_000963	GTA	2	6	23048	23053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603902
628	NC_000963	T	6	6	23122	23127	0 %	100 %	0 %	0 %	15603902
629	NC_000963	TAT	2	6	23204	23209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603903
630	NC_000963	ATA	2	6	23217	23222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603903
631	NC_000963	T	6	6	23326	23331	0 %	100 %	0 %	0 %	15603903
632	NC_000963	TTAGAA	2	12	23340	23351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15603903
633	NC_000963	ATTA	2	8	23412	23419	50 %	50 %	0 %	0 %	15603903
634	NC_000963	TTA	3	9	23459	23467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603904
635	NC_000963	ATTT	2	8	23471	23478	25 %	75 %	0 %	0 %	15603904
636	NC_000963	T	6	6	23481	23486	0 %	100 %	0 %	0 %	15603904
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