MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Pseudomonas fluorescens F113 chromosome

Total Repeats: 200

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016830	CATGCC	2	12	3234	3245	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_016830	CGTTTC	2	12	41601	41612	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016830	CCAAAT	2	12	47418	47429	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_016830	CTTTTT	2	12	81342	81353	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016830	AGATAG	2	12	92029	92040	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016830	CTATCG	2	12	120890	120901	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_016830	GGTTCA	2	12	161608	161619	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016830	TGAAAT	2	12	169941	169952	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016830	CGGCCA	2	12	227352	227363	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016830	CAAAAG	2	12	231283	231294	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_016830	AATTAT	2	12	389474	389485	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016830	GATGAA	2	12	394544	394555	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016830	GCACGG	2	12	397425	397436	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_016830	CGTCGG	2	12	427919	427930	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016830	CGAAAA	2	12	428015	428026	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_016830	CGTATG	2	12	450970	450981	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_016830	CTATTT	2	12	519196	519207	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016830	CGGTTG	2	12	590015	590026	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_016830	AACTGC	2	12	593959	593970	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_016830	GTTTTC	2	12	623409	623420	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_016830	CCGGTT	2	12	642903	642914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_016830	TGTTTT	2	12	682568	682579	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016830	TGCGCT	2	12	697773	697784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_016830	TTGCGG	2	12	722694	722705	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_016830	ACCCGA	2	12	800517	800528	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_016830	GAACTC	2	12	830291	830302	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016830	TGAAAT	2	12	849067	849078	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016830	CGTCAG	2	12	921408	921419	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_016830	CGTTTT	2	12	1007835	1007846	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_016830	AGTCGT	2	12	1044204	1044215	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_016830	GCCAGC	2	12	1186562	1186573	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_016830	AAACAA	2	12	1241843	1241854	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016830	CCGGGG	2	12	1302330	1302341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_016830	TGGCGC	2	12	1309617	1309628	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_016830	TATCTA	2	12	1345680	1345691	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_016830	ATCGTC	2	12	1373256	1373267	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_016830	GCTTGA	2	12	1380484	1380495	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016830	GGTTTG	3	18	1381629	1381646	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016830	GCGACG	2	12	1413312	1413323	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_016830	TGGCCT	2	12	1529337	1529348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_016830	AATAAA	2	12	1560642	1560653	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016830	AGCAAG	2	12	1572407	1572418	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_016830	TTTCTT	2	12	1657455	1657466	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016830	AGATCA	2	12	1664394	1664405	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016830	GAGGGA	2	12	1689733	1689744	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016830	AGCGTT	2	12	1716916	1716927	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_016830	TCTTGA	2	12	1733432	1733443	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016830	GGGCGC	2	12	1926737	1926748	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_016830	GCTCTT	4	24	1954691	1954714	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_016830	TATTGG	2	12	1962172	1962183	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016830	ATCTAA	2	12	1981922	1981933	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016830	AGCAAG	11	66	1983057	1983122	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016830	ATTCAC	2	12	1999402	1999413	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_016830	TAATGA	2	12	2027886	2027897	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016830	TCCAGG	2	12	2052790	2052801	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016830	TGAAAT	2	12	2111438	2111449	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016830	CAACTG	2	12	2198041	2198052	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_016830	TTCAGT	2	12	2208576	2208587	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016830	GCTCCT	2	12	2261771	2261782	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_016830	CAGGAT	2	12	2265040	2265051	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016830	GAAACC	2	12	2271096	2271107	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_016830	CAGCTC	2	12	2271453	2271464	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_016830	TAAAGG	2	12	2291842	2291853	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016830	AGCAAG	2	12	2312489	2312500	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016830	CAAAGC	2	12	2312503	2312514	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_016830	ATGTTG	2	12	2349394	2349405	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016830	TTTTTA	2	12	2368112	2368123	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016830	GAGACT	2	12	2371324	2371335	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016830	GATTGG	2	12	2373929	2373940	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016830	GCCCGA	2	12	2400472	2400483	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_016830	TGGCAC	2	12	2415437	2415448	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_016830	AGCAAG	3	18	2442557	2442574	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_016830	GGCACC	2	12	2488442	2488453	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_016830	GCGAAT	2	12	2492248	2492259	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016830	TCCTGC	2	12	2532856	2532867	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_016830	AGATCA	4	24	2540016	2540039	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_016830	CAGGGG	2	12	2581768	2581779	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016830	GCCCAA	2	12	2632067	2632078	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_016830	GGGCTC	2	12	2651988	2651999	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_016830	ATCCTT	2	12	2739063	2739074	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_016830	AAACAA	2	12	2771779	2771790	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016830	TTATGG	2	12	2778863	2778874	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016830	GCGTGA	2	12	2846732	2846743	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_016830	CTTGAT	2	12	2846815	2846826	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_016830	CGTCCG	2	12	2868149	2868160	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_016830	TGGCAG	2	12	2961548	2961559	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_016830	AAACCC	2	12	3026911	3026922	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_016830	CGCAAG	2	12	3165650	3165661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016830	CTTGTT	2	12	3173493	3173504	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016830	GCTCCG	2	12	3208927	3208938	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_016830	CGGTGA	2	12	3228285	3228296	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016830	TGGCAG	2	12	3232684	3232695	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_016830	GGTGCG	2	12	3256631	3256642	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016830	CACCGG	2	12	3345460	3345471	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_016830	GGGACA	2	12	3470503	3470514	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_016830	GTTATT	2	12	3482142	3482153	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016830	TTTTGA	2	12	3497914	3497925	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016830	ACCAAC	2	12	3498207	3498218	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_016830	CTGTTC	2	12	3575909	3575920	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016830	TTTTGA	2	12	3581555	3581566	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016830	AAAATC	2	12	3633367	3633378	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_016830	CGTTCG	2	12	3698374	3698385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_016830	TTAGGG	2	12	3704271	3704282	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016830	GCCGTC	2	12	3740366	3740377	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
105	NC_016830	GGGAGT	2	12	3755775	3755786	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016830	TACCGG	2	12	3757317	3757328	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_016830	CCCTCA	2	12	3813518	3813529	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_016830	ATTGTT	2	12	3856741	3856752	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016830	GCAGCC	2	12	3868589	3868600	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_016830	ACATTG	2	12	3892469	3892480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_016830	CATAAA	2	12	3899460	3899471	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_016830	CCCTTA	2	12	3935485	3935496	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_016830	TGCGCG	2	12	3945776	3945787	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_016830	AAAAAC	2	12	3945902	3945913	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016830	CCTCCC	2	12	3952628	3952639	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
116	NC_016830	AAAATA	2	12	3966255	3966266	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016830	AATTTA	2	12	4001915	4001926	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016830	TTCGTG	2	12	4033991	4034002	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_016830	AGCACG	2	12	4039559	4039570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_016830	ATGTGT	2	12	4100051	4100062	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016830	GCTCTT	7	42	4119354	4119395	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_016830	CACGGT	2	12	4203128	4203139	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_016830	AAAATA	2	12	4216622	4216633	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016830	CAGGAG	2	12	4261144	4261155	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_016830	GCCCAC	2	12	4294158	4294169	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_016830	TCATAT	2	12	4309679	4309690	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_016830	CCATCG	2	12	4370998	4371009	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
128	NC_016830	ATCCAA	2	12	4391351	4391362	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_016830	GATCTT	2	12	4425370	4425381	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_016830	TTCGAT	2	12	4435645	4435656	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_016830	GTTGGG	2	12	4448453	4448464	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016830	GCGGCA	2	12	4564723	4564734	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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134	NC_016830	ACCCAA	2	12	4610903	4610914	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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138	NC_016830	CTGAAG	2	12	4641059	4641070	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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140	NC_016830	AAAAAC	2	12	4692340	4692351	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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144	NC_016830	CAGGGC	2	12	4823323	4823334	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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146	NC_016830	ATCGCC	2	12	4847906	4847917	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
147	NC_016830	CGGTTT	2	12	5014215	5014226	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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152	NC_016830	AAAAAT	2	12	5278130	5278141	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_016830	TGATCT	3	18	5441926	5441943	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_016830	CAGACC	2	12	5442238	5442249	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
156	NC_016830	GAGCTC	2	12	5470480	5470491	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_016830	CTGGCG	2	12	5477782	5477793	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_016830	TGATCT	4	24	5482883	5482906	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_016830	CAAGGC	2	12	5528723	5528734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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165	NC_016830	CGCCAG	2	12	5749210	5749221	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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169	NC_016830	AGCAAG	5	30	5830679	5830708	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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200	NC_016830	GTTTGG	2	12	6821902	6821913	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.