MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Pseudomonas putida S16 chromosome

Total Repeats: 216

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015733	TGAAAT	2	12	135370	135381	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015733	GGCTCG	2	12	224924	224935	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015733	GTGATC	2	12	255583	255594	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_015733	TTTTTA	2	12	268437	268448	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015733	ATAAAT	2	12	373880	373891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015733	CGTTGG	2	12	497147	497158	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015733	TGAAAT	2	12	516520	516531	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015733	TATGCG	2	12	577998	578009	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015733	GCCTCG	2	12	675201	675212	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_015733	TGAAAT	2	12	688334	688345	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015733	TCGGCA	2	12	726295	726306	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015733	GGCTGT	2	12	727452	727463	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015733	CTCTTC	2	12	736159	736170	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_015733	CCCACC	2	12	769557	769568	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
15	NC_015733	CGGGGC	2	12	777591	777602	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_015733	AGCCAA	2	12	837146	837157	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015733	TCGGCT	2	12	838992	839003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015733	CCCCAG	2	12	855705	855716	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_015733	GCACGA	2	12	871037	871048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015733	GCAAGC	2	12	874924	874935	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015733	GCGGCA	2	12	885970	885981	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015733	CAGCGC	2	12	888666	888677	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015733	AAGATC	2	12	895203	895214	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015733	TGCGCC	2	12	990342	990353	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015733	GCCATG	2	12	1083398	1083409	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_015733	GTACGG	2	12	1194769	1194780	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015733	TGGTTG	2	12	1203500	1203511	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015733	GTTCTC	2	12	1235912	1235923	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015733	GGGGCG	2	12	1243878	1243889	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015733	CGGCCC	2	12	1253819	1253830	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_015733	GTACGC	2	12	1305929	1305940	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015733	TGATCC	2	12	1306479	1306490	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_015733	TGCCGT	2	12	1451162	1451173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015733	CAAGAG	36	216	1451301	1451516	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015733	ACGGCC	2	12	1453362	1453373	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
36	NC_015733	TCTTGC	2	12	1466003	1466014	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015733	AAGATC	11	66	1467430	1467495	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015733	AAGAGC	3	18	1467496	1467513	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015733	GTAGCT	2	12	1484018	1484029	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015733	TCTTGG	2	12	1582637	1582648	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015733	CTGGGC	2	12	1628494	1628505	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015733	CCGCAC	2	12	1643095	1643106	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_015733	CAAATG	2	12	1651084	1651095	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015733	TTTTTG	2	12	1651313	1651324	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015733	TGCTCT	2	12	1660446	1660457	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_015733	GCGCTC	2	12	1700910	1700921	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015733	CAGTGC	2	12	1725776	1725787	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015733	AACGAA	2	12	1739122	1739133	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015733	GCTTTC	2	12	1755009	1755020	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015733	AAGATC	2	12	1755408	1755419	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015733	CAAGAG	3	18	1755431	1755448	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015733	CTGGGC	2	12	1799939	1799950	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015733	AGTACG	2	12	1801600	1801611	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015733	CTGTAT	2	12	1802031	1802042	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015733	AGCTAT	2	12	1803626	1803637	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015733	TGAATT	2	12	1804480	1804491	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015733	CGCCAG	2	12	1821558	1821569	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_015733	TGCTCT	3	18	1882126	1882143	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015733	CTGCTC	13	78	1882255	1882332	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015733	TGATTT	2	12	1882334	1882345	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015733	TGATCT	24	144	1882346	1882489	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015733	AAGATC	24	144	1882549	1882692	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015733	AAAATC	2	12	1882693	1882704	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015733	AGGAGC	13	78	1882705	1882782	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015733	TCGGCG	2	12	1923759	1923770	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015733	GTAGGC	2	12	1923800	1923811	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015733	GCTCGC	2	12	1923991	1924002	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015733	GCCGAT	2	12	1924016	1924027	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_015733	CCGCCA	2	12	1924235	1924246	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_015733	GGTGAG	2	12	1924275	1924286	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015733	CGGCGC	2	12	1925164	1925175	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015733	CAGGCG	2	12	1926111	1926122	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015733	CCGGTG	2	12	1953890	1953901	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015733	CGCGCA	2	12	1958873	1958884	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_015733	AAGGCT	2	12	1984904	1984915	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015733	TGAGCA	2	12	1985663	1985674	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_015733	TATCCC	2	12	1987695	1987706	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015733	ATGCCC	2	12	1987810	1987821	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_015733	GTCGGT	2	12	1998737	1998748	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015733	CTCGTC	2	12	2012615	2012626	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_015733	TTGCCG	3	18	2048682	2048699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_015733	TTGCTT	3	18	2048700	2048717	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015733	AAGATC	7	42	2048804	2048845	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015733	AGAGCC	12	72	2048847	2048918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015733	CTTGAC	2	12	2060575	2060586	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015733	TGAAAT	2	12	2070809	2070820	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015733	TTTTTG	2	12	2106733	2106744	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015733	TTCAGC	2	12	2121536	2121547	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015733	TCAAGA	2	12	2176794	2176805	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_015733	TGCCGA	2	12	2177406	2177417	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_015733	CCAGGG	2	12	2238924	2238935	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015733	ACCTTC	2	12	2251735	2251746	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_015733	ACAAGA	2	12	2332878	2332889	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015733	CCGGCA	2	12	2351153	2351164	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015733	AGGCCC	2	12	2351786	2351797	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015733	GTGACC	2	12	2353174	2353185	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015733	ACCAGA	2	12	2356199	2356210	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_015733	AGGCCC	2	12	2356382	2356393	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
99	NC_015733	CCGATG	2	12	2356418	2356429	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015733	CGTTGC	2	12	2446249	2446260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015733	TACTAA	2	12	2460394	2460405	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015733	TCCTGT	2	12	2537877	2537888	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015733	TCTGCT	2	12	2622790	2622801	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015733	CAGGGC	2	12	2649590	2649601	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_015733	TGCTGA	2	12	2668859	2668870	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_015733	GTTTGC	5	30	2669066	2669095	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_015733	TTGGCT	2	12	2686406	2686417	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015733	GTGAAG	2	12	2686918	2686929	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015733	ATTGTT	2	12	2731643	2731654	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015733	TGGCCA	2	12	2744440	2744451	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015733	ATGGCT	2	12	2787746	2787757	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_015733	GCTGCG	2	12	2862988	2862999	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015733	CGCAGG	2	12	2875354	2875365	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015733	CCAGGC	2	12	2926199	2926210	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
115	NC_015733	CCGCAA	2	12	2942561	2942572	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
116	NC_015733	TCGGCA	2	12	2974574	2974585	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_015733	GCGTTG	2	12	3130724	3130735	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_015733	CTGGCA	2	12	3130937	3130948	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_015733	TCAAGG	2	12	3188730	3188741	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_015733	CGCCAT	2	12	3189938	3189949	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
121	NC_015733	GTACGG	2	12	3216220	3216231	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_015733	CGTGAG	2	12	3221746	3221757	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015733	GCAGCC	2	12	3233939	3233950	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_015733	ACACTC	2	12	3238322	3238333	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_015733	GGTACA	2	12	3280532	3280543	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_015733	TGGAGC	2	12	3324884	3324895	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_015733	ATTTTT	2	12	3368405	3368416	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015733	GCCCCC	2	12	3381421	3381432	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
129	NC_015733	ACAAAA	2	12	3402230	3402241	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_015733	TGTTGG	2	12	3452843	3452854	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015733	GAATGG	2	12	3457384	3457395	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015733	CAGGCG	2	12	3488732	3488743	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_015733	GTTGCG	2	12	3490254	3490265	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_015733	GCCCGC	2	12	3514818	3514829	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_015733	GAGAAT	2	12	3516356	3516367	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015733	GTTGCG	2	12	3532628	3532639	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_015733	GGCAGA	2	12	3549724	3549735	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_015733	AAGCAA	2	12	3556715	3556726	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_015733	GCAAAG	3	18	3556730	3556747	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_015733	TCTTGT	2	12	3573317	3573328	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_015733	ACGAAA	2	12	3606209	3606220	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_015733	AAATAG	2	12	3608739	3608750	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015733	ACCGCC	2	12	3615191	3615202	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_015733	GGAGCC	2	12	3652193	3652204	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_015733	AGTTCA	2	12	3696217	3696228	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_015733	ACCCTT	2	12	3727014	3727025	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_015733	ATGCTG	2	12	3744322	3744333	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_015733	GCGCCG	2	12	3790831	3790842	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_015733	GCGGGC	2	12	3826521	3826532	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_015733	TTTACG	2	12	3908330	3908341	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_015733	CAAGAA	2	12	3908564	3908575	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_015733	ACGCTC	2	12	3940010	3940021	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
153	NC_015733	CCCTTC	2	12	3954262	3954273	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
154	NC_015733	CTTTTG	2	12	4032912	4032923	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_015733	ATCATT	2	12	4108807	4108818	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_015733	CTTGTA	2	12	4122537	4122548	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_015733	GCCGGG	2	12	4127637	4127648	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_015733	TCGGCA	2	12	4143428	4143439	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_015733	TCAACA	2	12	4145404	4145415	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_015733	CTTGAT	3	18	4200842	4200859	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_015733	GCTCTG	10	60	4200912	4200971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_015733	TCTGGC	2	12	4200974	4200985	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_015733	TCTTGA	7	42	4200986	4201027	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
164	NC_015733	AAGATC	7	42	4201040	4201081	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
165	NC_015733	AGAGCC	12	72	4201083	4201154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_015733	GCAACG	3	18	4201323	4201340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_015733	ACATCC	2	12	4266315	4266326	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
168	NC_015733	GGCCGA	2	12	4295388	4295399	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_015733	CACGGC	2	12	4307334	4307345	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
170	NC_015733	ACCGTT	2	12	4327697	4327708	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_015733	CGAAAA	2	12	4512203	4512214	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
172	NC_015733	TGATAC	2	12	4540207	4540218	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
173	NC_015733	CTGCTC	2	12	4593550	4593561	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
174	NC_015733	TGGAGC	2	12	4594475	4594486	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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178	NC_015733	GCCCTG	2	12	4632731	4632742	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
179	NC_015733	ATGGTC	2	12	4644060	4644071	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
180	NC_015733	ATTTCA	2	12	4647108	4647119	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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200	NC_015733	TGCCAT	2	12	5395787	5395798	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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213	NC_015733	ATCATG	2	12	5924513	5924524	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
214	NC_015733	GAGCTT	2	12	5934970	5934981	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
215	NC_015733	TCAAAT	2	12	5939829	5939840	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
216	NC_015733	TCCAGT	2	12	5945407	5945418	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.