MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Pseudomonas sp. VLB120 plasmid pSTY

Total Repeats: 80

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022739	TACGAC	2	12	33047	33058	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557225865
2	NC_022739	GCCTAC	2	12	37196	37207	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557225868
3	NC_022739	GGCGCT	2	12	44407	44418	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	557225872
4	NC_022739	GCCCAG	2	12	45260	45271	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557225873
5	NC_022739	GTCGAG	2	12	55742	55753	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557225885
6	NC_022739	GGTCGA	2	12	68904	68915	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557225899
7	NC_022739	CAAGGC	2	12	68937	68948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557225899
8	NC_022739	ACAGCA	2	12	74291	74302	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557225906
9	NC_022739	CGGCAT	2	12	82961	82972	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557225918
10	NC_022739	AACTGG	2	12	84268	84279	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557225918
11	NC_022739	GCAAGC	2	12	86051	86062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557225921
12	NC_022739	ACAGCA	2	12	86578	86589	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557225922
13	NC_022739	CAGCTG	2	12	87077	87088	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557225922
14	NC_022739	TGCCGG	2	12	88678	88689	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	557225923
15	NC_022739	GCGCCC	2	12	90343	90354	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	557225924
16	NC_022739	GGTCGG	2	12	90520	90531	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	557225924
17	NC_022739	TGAAGT	2	12	108904	108915	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557225941
18	NC_022739	CGGCAG	2	12	111786	111797	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557225945
19	NC_022739	TCGGGG	2	12	112948	112959	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	557225947
20	NC_022739	GTACAG	2	12	113442	113453	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557225947
21	NC_022739	GCCGTA	2	12	116737	116748	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557225949
22	NC_022739	CTGGCC	2	12	121373	121384	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557225953
23	NC_022739	CTGCCG	2	12	122368	122379	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557225954
24	NC_022739	CGGCGC	2	12	122907	122918	0 %	0 %	50 %	50 %	557225955
25	NC_022739	GCCTGC	2	12	123479	123490	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557225955
26	NC_022739	GCATCG	2	12	124010	124021	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557225955
27	NC_022739	TTCGCC	2	12	124583	124594	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	557225956
28	NC_022739	AGCACG	2	12	127243	127254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557225958
29	NC_022739	TGGAGG	2	12	130403	130414	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	557225959
30	NC_022739	ATGGGG	2	12	130489	130500	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	557225959
31	NC_022739	GACGTC	2	12	131505	131516	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557225961
32	NC_022739	CCAGTT	2	12	136230	136241	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557225968
33	NC_022739	GATGCC	2	12	137536	137547	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557225968
34	NC_022739	GCCAGG	2	12	142419	142430	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557225975
35	NC_022739	CGCTGG	2	12	148224	148235	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	557225981
36	NC_022739	AGTCGG	2	12	149530	149541	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557225982
37	NC_022739	CGAGAC	2	12	151882	151893	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557225984
38	NC_022739	GTGGTC	2	12	153332	153343	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557225986
39	NC_022739	AGGGCA	2	12	154080	154091	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	557225986
40	NC_022739	ATCAGC	2	12	154572	154583	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557225987
41	NC_022739	TGACCG	2	12	172257	172268	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557226011
42	NC_022739	TCAAGC	2	12	172662	172673	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557226011
43	NC_022739	GCCACC	2	12	174287	174298	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	557226014
44	NC_022739	GGTTGA	2	12	175413	175424	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557226017
45	NC_022739	CAAGGT	2	12	185194	185205	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557226037
46	NC_022739	GACTCA	2	12	185329	185340	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557226037
47	NC_022739	CAGCGA	2	12	189275	189286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557226045
48	NC_022739	TGGAGC	2	12	189288	189299	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557226045
49	NC_022739	ACCCGC	2	12	194829	194840	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	557226054
50	NC_022739	GAGCGA	2	12	197453	197464	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	557226057
51	NC_022739	TGACGA	2	12	200644	200655	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557226062
52	NC_022739	GCTGAT	2	12	201848	201859	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557226065
53	NC_022739	TTTGCT	2	12	206961	206972	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	557226075
54	NC_022739	AGCAGT	2	12	209467	209478	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557226080
55	NC_022739	GGCTGA	2	12	212708	212719	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557226084
56	NC_022739	CCAATG	2	12	222574	222585	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557226101
57	NC_022739	ACACAA	2	12	224536	224547	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	557226103
58	NC_022739	TCCTCT	2	12	225157	225168	0 %	50 %	0 %	50 %	557226104
59	NC_022739	GCCAGT	2	12	230356	230367	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557226110
60	NC_022739	CAAGCC	2	12	230914	230925	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557226110
61	NC_022739	CAGCAA	2	12	232312	232323	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557226111
62	NC_022739	GTTGAG	2	12	235509	235520	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557226116
63	NC_022739	GCCAAC	2	12	252435	252446	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557226137
64	NC_022739	AATGCA	2	12	252864	252875	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557226137
65	NC_022739	AAGGAA	2	12	257334	257345	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	557226143
66	NC_022739	GCTCAT	2	12	258592	258603	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557226144
67	NC_022739	CCAGCA	2	12	262919	262930	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557226152
68	NC_022739	CCTGGC	2	12	277400	277411	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557226166
69	NC_022739	TATCGG	2	12	278728	278739	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557226169
70	NC_022739	CGTAGC	2	12	282252	282263	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557226173
71	NC_022739	ATGCTC	2	12	283700	283711	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557226174
72	NC_022739	GCAAGC	2	12	285343	285354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557226175
73	NC_022739	ACCAGT	2	12	290009	290020	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557226179
74	NC_022739	CCACAA	2	12	291085	291096	50 %	0 %	0 %	50 %	557226179
75	NC_022739	AGGCAC	2	12	292178	292189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557226179
76	NC_022739	CAGCCC	2	12	305652	305663	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	557226191
77	NC_022739	ACCAGC	11	66	316278	316343	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557226198
78	NC_022739	CCTGAT	2	12	316867	316878	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557226198
79	NC_022739	GAACAC	2	12	320502	320513	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557226201
80	NC_022739	GTCGAC	2	12	320989	321000	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557226202

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.