MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Paenibacillus polymyxa M1 plasmid pPPM1a

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017543	TCACCT	2	12	1142	1153	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386037982
2	NC_017543	TTTGTA	2	12	2849	2860	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386037983
3	NC_017543	TTCGTA	2	12	6330	6341	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386037990
4	NC_017543	CATCAG	2	12	8451	8462	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386037993
5	NC_017543	AGCTCT	2	12	19724	19735	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386038002
6	NC_017543	TTGCCT	2	12	21472	21483	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386038004
7	NC_017543	GTGACG	2	12	41008	41019	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386038017
8	NC_017543	GCTCAC	2	12	44339	44350	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386038020
9	NC_017543	TCAAAC	2	12	55906	55917	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386038027
10	NC_017543	AACCCT	2	12	58629	58640	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386038028
11	NC_017543	TTCGCT	2	12	59531	59542	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386038028
12	NC_017543	GTTAAT	2	12	75794	75805	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386038030
13	NC_017543	TGCGTT	2	12	80543	80554	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386038030
14	NC_017543	TCTCTG	2	12	83786	83797	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386038031
15	NC_017543	AGCATT	2	12	85378	85389	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386038031
16	NC_017543	TCCATT	2	12	87988	87999	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386038031
17	NC_017543	AGCATA	2	12	93435	93446	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386038034
18	NC_017543	GCCTCT	2	12	96585	96596	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386038035
19	NC_017543	CATTCA	2	12	102523	102534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386038042
20	NC_017543	AAACAC	2	12	102602	102613	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386038042
21	NC_017543	ATGTTC	2	12	104868	104879	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386038044
22	NC_017543	AGCATA	2	12	109467	109478	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386038047
23	NC_017543	AATTTC	2	12	111370	111381	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386038048
24	NC_017543	TAGCTT	2	12	116215	116226	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386038051
25	NC_017543	CAAGCT	2	12	123768	123779	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386038056
26	NC_017543	TCAATA	2	12	126947	126958	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386038061
27	NC_017543	TTCTAA	2	12	127014	127025	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386038061
28	NC_017543	AAATGA	2	12	133519	133530	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386038066
29	NC_017543	TTAGTA	2	12	134503	134514	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386038067
30	NC_017543	GATTAA	2	12	138217	138228	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386038073
31	NC_017543	ATAAAA	2	12	140709	140720	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386038075
32	NC_017543	GAAACT	2	12	150302	150313	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386038085
33	NC_017543	TATTAA	2	12	158071	158082	50 %	50 %	0 %	0 %	386038092
34	NC_017543	CTCTTT	2	12	163491	163502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386038098
35	NC_017543	TTTACC	2	12	165676	165687	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386038100
36	NC_017543	GAAAAT	2	12	180969	180980	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386038111
37	NC_017543	CTAAGA	2	12	181224	181235	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386038112
38	NC_017543	TTGAGG	2	12	186035	186046	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386038118
39	NC_017543	TCCTTA	2	12	186810	186821	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386038119
40	NC_017543	TTAAAG	2	12	192110	192121	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386038122
41	NC_017543	AAAAGT	2	12	193108	193119	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386038122
42	NC_017543	GAAAAT	2	12	194638	194649	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386038123
43	NC_017543	TAAAAA	2	12	197209	197220	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386038125
44	NC_017543	CAAAAC	2	12	201887	201898	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386038129
45	NC_017543	ATGGCC	2	12	202889	202900	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386038130
46	NC_017543	ATAATC	2	12	218385	218396	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386038146
47	NC_017543	ATCAGT	2	12	220077	220088	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386038148
48	NC_017543	ATGGAT	2	12	221087	221098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386038149
49	NC_017543	TTTAAT	2	12	227769	227780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386038155
50	NC_017543	AATCTT	2	12	230216	230227	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386038156
51	NC_017543	ACAGTA	2	12	238627	238638	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386038162
52	NC_017543	AATTCT	2	12	238809	238820	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386038162
53	NC_017543	GAAAAA	2	12	244594	244605	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386038167
54	NC_017543	ATAGAA	2	12	245209	245220	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386038167
55	NC_017543	GTTGTC	2	12	247252	247263	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386038168
56	NC_017543	TCATCT	2	12	247507	247518	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386038168
57	NC_017543	CTGTTC	2	12	261419	261430	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386038182
58	NC_017543	CTACTT	2	12	262570	262581	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386038184
59	NC_017543	GCTGGT	2	12	271490	271501	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386038192
60	NC_017543	AGATGC	2	12	272958	272969	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386038193
61	NC_017543	AGATAG	2	12	274803	274814	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386038194
62	NC_017543	TCAAAG	2	12	278102	278113	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386038196
63	NC_017543	AGCGGA	2	12	292924	292935	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386038208
64	NC_017543	GGGATT	2	12	296534	296545	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386038211
65	NC_017543	ATGTGG	2	12	298486	298497	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386038212
66	NC_017543	AAAAGC	3	18	303504	303521	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386038216
67	NC_017543	ACTAAA	2	12	303950	303961	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386038217
68	NC_017543	TGGGAA	2	12	314681	314692	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386038226
69	NC_017543	TGAAGA	2	12	317010	317021	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386038229
70	NC_017543	AAAAAG	2	12	317479	317490	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386038229
71	NC_017543	AAGTGA	2	12	317886	317897	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386038229
72	NC_017543	ACTTAT	2	12	318096	318107	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386038229
73	NC_017543	AACGAC	2	12	321817	321828	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386038232
74	NC_017543	GCTCAT	2	12	326284	326295	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386038239
75	NC_017543	AAAGAT	2	12	331691	331702	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386038243
76	NC_017543	GTAAAC	2	12	346632	346643	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386038257
77	NC_017543	AAGTGT	2	12	348159	348170	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386038258
78	NC_017543	AAAGGA	2	12	348486	348497	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386038258
79	NC_017543	ATATCA	2	12	349601	349612	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386038259
80	NC_017543	ATCGTA	2	12	349796	349807	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386038259
81	NC_017543	TCTTCA	2	12	353251	353262	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386038263
82	NC_017543	TGGTAA	2	12	355631	355642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386038264
83	NC_017543	ATATCT	2	12	365334	365345	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386038275

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.