MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Polaromonas naphthalenivorans CJ2 plasmid pPNAP03

Total Repeats: 97

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008759	GAAGC	2	10	2520	2529	40 %	0 %	40 %	20 %	121583186
2	NC_008759	TTTTC	2	10	7486	7495	0 %	80 %	0 %	20 %	121583193
3	NC_008759	TTCCA	2	10	7713	7722	20 %	40 %	0 %	40 %	121583193
4	NC_008759	GCCCA	2	10	9778	9787	20 %	0 %	20 %	60 %	121583196
5	NC_008759	GCTCT	2	10	10697	10706	0 %	40 %	20 %	40 %	121583197
6	NC_008759	CGCTG	2	10	11791	11800	0 %	20 %	40 %	40 %	121583198
7	NC_008759	CGATG	2	10	13070	13079	20 %	20 %	40 %	20 %	121583200
8	NC_008759	ACCGG	2	10	13093	13102	20 %	0 %	40 %	40 %	121583200
9	NC_008759	TGGTT	2	10	13793	13802	0 %	60 %	40 %	0 %	121583201
10	NC_008759	AACGC	2	10	14568	14577	40 %	0 %	20 %	40 %	121583201
11	NC_008759	GGCTT	2	10	19946	19955	0 %	40 %	40 %	20 %	121583207
12	NC_008759	TGACA	2	10	20066	20075	40 %	20 %	20 %	20 %	121583208
13	NC_008759	AAAAC	2	10	20889	20898	80 %	0 %	0 %	20 %	121583211
14	NC_008759	TGTCC	2	10	22774	22783	0 %	40 %	20 %	40 %	121583213
15	NC_008759	GAGGG	2	10	25072	25081	20 %	0 %	80 %	0 %	121583217
16	NC_008759	TCAAC	2	10	25186	25195	40 %	20 %	0 %	40 %	121583217
17	NC_008759	TTTTG	2	10	30135	30144	0 %	80 %	20 %	0 %	121583224
18	NC_008759	GCCAT	2	10	30327	30336	20 %	20 %	20 %	40 %	121583224
19	NC_008759	GCACG	2	10	33187	33196	20 %	0 %	40 %	40 %	121583226
20	NC_008759	TGGCC	2	10	33508	33517	0 %	20 %	40 %	40 %	121583226
21	NC_008759	CCACT	2	10	38258	38267	20 %	20 %	0 %	60 %	121583231
22	NC_008759	GCCTT	2	10	38989	38998	0 %	40 %	20 %	40 %	121583232
23	NC_008759	GAAGC	2	10	39477	39486	40 %	0 %	40 %	20 %	121583233
24	NC_008759	GGCGA	2	10	42791	42800	20 %	0 %	60 %	20 %	121583237
25	NC_008759	GCTGT	2	10	42877	42886	0 %	40 %	40 %	20 %	121583237
26	NC_008759	AAGGC	2	10	42908	42917	40 %	0 %	40 %	20 %	121583237
27	NC_008759	CCTGG	2	10	43958	43967	0 %	20 %	40 %	40 %	121583238
28	NC_008759	CGAGG	2	10	44574	44583	20 %	0 %	60 %	20 %	121583238
29	NC_008759	GCGCA	2	10	45353	45362	20 %	0 %	40 %	40 %	121583239
30	NC_008759	CCCGC	2	10	47023	47032	0 %	0 %	20 %	80 %	121583241
31	NC_008759	GAACG	2	10	47257	47266	40 %	0 %	40 %	20 %	121583241
32	NC_008759	CGGAA	2	10	49843	49852	40 %	0 %	40 %	20 %	121583244
33	NC_008759	TTGAG	2	10	52818	52827	20 %	40 %	40 %	0 %	121583247
34	NC_008759	TGGCT	2	10	54980	54989	0 %	40 %	40 %	20 %	121583248
35	NC_008759	GCAAG	2	10	55546	55555	40 %	0 %	40 %	20 %	121583248
36	NC_008759	AATCG	2	10	55822	55831	40 %	20 %	20 %	20 %	121583249
37	NC_008759	TCGAA	2	10	55957	55966	40 %	20 %	20 %	20 %	121583249
38	NC_008759	TGGCT	2	10	56844	56853	0 %	40 %	40 %	20 %	121583251
39	NC_008759	GCAGA	2	10	57497	57506	40 %	0 %	40 %	20 %	121583252
40	NC_008759	GGACG	2	10	60278	60287	20 %	0 %	60 %	20 %	121583256
41	NC_008759	GTCGA	2	10	64682	64691	20 %	20 %	40 %	20 %	121583262
42	NC_008759	CATTT	2	10	65095	65104	20 %	60 %	0 %	20 %	121583263
43	NC_008759	GCTTG	2	10	65256	65265	0 %	40 %	40 %	20 %	121583263
44	NC_008759	CCTGG	2	10	66832	66841	0 %	20 %	40 %	40 %	121583264
45	NC_008759	TGCCT	2	10	68492	68501	0 %	40 %	20 %	40 %	121583266
46	NC_008759	CGGCC	2	10	70332	70341	0 %	0 %	40 %	60 %	121583266
47	NC_008759	CAGGG	2	10	70383	70392	20 %	0 %	60 %	20 %	121583266
48	NC_008759	GCTGC	2	10	70755	70764	0 %	20 %	40 %	40 %	121583266
49	NC_008759	AGGCG	2	10	71189	71198	20 %	0 %	60 %	20 %	121583266
50	NC_008759	ATCTC	2	10	74427	74436	20 %	40 %	0 %	40 %	121583269
51	NC_008759	GGCCT	2	10	81326	81335	0 %	20 %	40 %	40 %	121583275
52	NC_008759	TGCGC	2	10	81657	81666	0 %	20 %	40 %	40 %	121583275
53	NC_008759	GCTGA	2	10	83087	83096	20 %	20 %	40 %	20 %	121583276
54	NC_008759	GAGCT	2	10	84449	84458	20 %	20 %	40 %	20 %	121583276
55	NC_008759	GCCAG	2	10	86595	86604	20 %	0 %	40 %	40 %	121583277
56	NC_008759	ATGAC	2	10	87662	87671	40 %	20 %	20 %	20 %	121583278
57	NC_008759	CACCG	2	10	88863	88872	20 %	0 %	20 %	60 %	121583279
58	NC_008759	CGATA	2	10	89497	89506	40 %	20 %	20 %	20 %	121583280
59	NC_008759	GCGCA	2	10	89873	89882	20 %	0 %	40 %	40 %	121583280
60	NC_008759	AAGCC	2	10	91378	91387	40 %	0 %	20 %	40 %	121583281
61	NC_008759	GTGCC	2	10	91780	91789	0 %	20 %	40 %	40 %	121583281
62	NC_008759	CGGCG	2	10	94213	94222	0 %	0 %	60 %	40 %	121583282
63	NC_008759	GGCCC	2	10	94363	94372	0 %	0 %	40 %	60 %	121583282
64	NC_008759	GCTGC	2	10	96176	96185	0 %	20 %	40 %	40 %	121583282
65	NC_008759	CCCTT	2	10	96354	96363	0 %	40 %	0 %	60 %	121583282
66	NC_008759	CTGGA	2	10	97844	97853	20 %	20 %	40 %	20 %	121583282
67	NC_008759	AGAGC	2	10	99165	99174	40 %	0 %	40 %	20 %	121583283
68	NC_008759	GGGCC	2	10	101278	101287	0 %	0 %	60 %	40 %	121583284
69	NC_008759	GCAAG	2	10	105654	105663	40 %	0 %	40 %	20 %	121583288
70	NC_008759	AAGCG	2	10	107384	107393	40 %	0 %	40 %	20 %	121583290
71	NC_008759	CCCCG	2	10	108910	108919	0 %	0 %	20 %	80 %	121583291
72	NC_008759	GGCAC	2	10	111978	111987	20 %	0 %	40 %	40 %	121583294
73	NC_008759	CTGGT	2	10	112505	112514	0 %	40 %	40 %	20 %	121583294
74	NC_008759	ACGCA	2	10	120379	120388	40 %	0 %	20 %	40 %	121583297
75	NC_008759	CCCCA	2	10	126608	126617	20 %	0 %	0 %	80 %	121583301
76	NC_008759	GCGGG	2	10	128029	128038	0 %	0 %	80 %	20 %	121583301
77	NC_008759	GCCGC	3	15	128140	128154	0 %	0 %	40 %	60 %	121583301
78	NC_008759	TTGAT	2	10	129023	129032	20 %	60 %	20 %	0 %	121583302
79	NC_008759	TTGGT	2	10	130046	130055	0 %	60 %	40 %	0 %	121583303
80	NC_008759	CGCTG	2	10	132226	132235	0 %	20 %	40 %	40 %	121583304
81	NC_008759	CAAGA	2	10	137035	137044	60 %	0 %	20 %	20 %	121583307
82	NC_008759	GCGCC	2	10	142975	142984	0 %	0 %	40 %	60 %	121583313
83	NC_008759	CGCGC	2	10	143428	143437	0 %	0 %	40 %	60 %	121583313
84	NC_008759	TGCCG	2	10	143503	143512	0 %	20 %	40 %	40 %	121583313
85	NC_008759	GCCCA	2	10	147381	147390	20 %	0 %	20 %	60 %	121583320
86	NC_008759	CAACC	2	10	149876	149885	40 %	0 %	0 %	60 %	121583323
87	NC_008759	GGAAG	2	10	149976	149985	40 %	0 %	60 %	0 %	121583323
88	NC_008759	CCGGG	2	10	151788	151797	0 %	0 %	60 %	40 %	121583324
89	NC_008759	GATTG	2	10	153542	153551	20 %	40 %	40 %	0 %	121583326
90	NC_008759	CGGTC	2	10	153666	153675	0 %	20 %	40 %	40 %	121583326
91	NC_008759	TTGCG	2	10	153970	153979	0 %	40 %	40 %	20 %	121583326
92	NC_008759	TGAAA	2	10	155317	155326	60 %	20 %	20 %	0 %	121583327
93	NC_008759	TGAGC	2	10	156461	156470	20 %	20 %	40 %	20 %	121583328
94	NC_008759	AGCCA	2	10	157263	157272	40 %	0 %	20 %	40 %	121583328
95	NC_008759	GTCCA	2	10	157278	157287	20 %	20 %	20 %	40 %	121583328
96	NC_008759	CAATC	2	10	165280	165289	40 %	20 %	0 %	40 %	121583333
97	NC_008759	GGTCG	2	10	169266	169275	0 %	20 %	60 %	20 %	121583337

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.