MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Pyrococcus yayanosii CH1 chromosome

Total Repeats: 24628

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015680	GTA	2	6	84	89	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	337283512
2	NC_015680	TCA	2	6	101	106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283512
3	NC_015680	CAC	2	6	194	199	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	337283512
4	NC_015680	TCA	3	9	284	292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283512
5	NC_015680	CGT	2	6	389	394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283512
6	NC_015680	TCG	2	6	412	417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283512
7	NC_015680	AGA	2	6	443	448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283512
8	NC_015680	CCT	2	6	497	502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283512
9	NC_015680	CCG	2	6	544	549	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283512
10	NC_015680	GAC	2	6	558	563	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283512
11	NC_015680	CTC	2	6	630	635	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283512
12	NC_015680	GGT	2	6	654	659	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	337283512
13	NC_015680	CGA	2	6	677	682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283512
14	NC_015680	GAT	2	6	759	764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	337283512
15	NC_015680	TTC	2	6	1058	1063	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283513
16	NC_015680	AAG	2	6	1073	1078	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283513
17	NC_015680	GAT	2	6	1145	1150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	337283513
18	NC_015680	TTC	2	6	1193	1198	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283513
19	NC_015680	GAG	2	6	1244	1249	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283513
20	NC_015680	CCG	2	6	1340	1345	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283513
21	NC_015680	CGA	2	6	1405	1410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283513
22	NC_015680	GTC	2	6	1526	1531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283513
23	NC_015680	GAG	2	6	1553	1558	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283513
24	NC_015680	GAA	2	6	1684	1689	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283513
25	NC_015680	CGT	2	6	1726	1731	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283513
26	NC_015680	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283513
27	NC_015680	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	337283513
28	NC_015680	TGA	2	6	1951	1956	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	337283513
29	NC_015680	CGA	2	6	1993	1998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283513
30	NC_015680	ACG	2	6	2035	2040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283514
31	NC_015680	GAG	2	6	2115	2120	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283514
32	NC_015680	CGA	2	6	2203	2208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283514
33	NC_015680	AGA	2	6	2326	2331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283514
34	NC_015680	CGG	2	6	2360	2365	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283514
35	NC_015680	CCT	2	6	2492	2497	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283514
36	NC_015680	CGT	2	6	2603	2608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283514
37	NC_015680	GAG	2	6	2628	2633	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283514
38	NC_015680	CCG	2	6	2670	2675	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283514
39	NC_015680	ACT	2	6	2845	2850	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283514
40	NC_015680	ATG	2	6	2879	2884	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	337283514
41	NC_015680	TGG	2	6	2923	2928	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	337283515
42	NC_015680	TTC	2	6	2963	2968	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283515
43	NC_015680	CCT	2	6	3085	3090	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283515
44	NC_015680	AGG	2	6	3300	3305	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283515
45	NC_015680	GAC	2	6	3563	3568	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283515
46	NC_015680	GAG	2	6	3569	3574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283515
47	NC_015680	GGA	2	6	3675	3680	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283516
48	NC_015680	ATA	2	6	3709	3714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	337283516
49	NC_015680	TTC	2	6	3727	3732	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283516
50	NC_015680	GCC	2	6	3749	3754	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283516
51	NC_015680	CCT	2	6	3936	3941	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283516
52	NC_015680	GGC	2	6	4096	4101	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283516
53	NC_015680	AGG	2	6	4174	4179	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283516
54	NC_015680	GAG	2	6	4309	4314	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283516
55	NC_015680	CTT	2	6	4365	4370	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283516
56	NC_015680	ATC	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283516
57	NC_015680	GAG	2	6	4438	4443	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283516
58	NC_015680	CTC	2	6	4546	4551	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283516
59	NC_015680	CCA	2	6	4641	4646	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	337283516
60	NC_015680	ATA	2	6	4687	4692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	337283516
61	NC_015680	GAG	2	6	4738	4743	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283516
62	NC_015680	CGT	2	6	4842	4847	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283516
63	NC_015680	TCA	2	6	4915	4920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283517
64	NC_015680	CGA	2	6	4946	4951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283517
65	NC_015680	TAC	2	6	5040	5045	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283517
66	NC_015680	GAA	2	6	5052	5057	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283517
67	NC_015680	CGA	2	6	5087	5092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283517
68	NC_015680	GAG	2	6	5127	5132	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283517
69	NC_015680	CGA	2	6	5213	5218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283517
70	NC_015680	GAG	2	6	5261	5266	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283517
71	NC_015680	GGC	2	6	5303	5308	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283517
72	NC_015680	TCC	2	6	5391	5396	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283518
73	NC_015680	CCT	2	6	5404	5409	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283518
74	NC_015680	GCC	3	9	5531	5539	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283518
75	NC_015680	AGG	2	6	5588	5593	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283518
76	NC_015680	CGC	2	6	5646	5651	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283519
77	NC_015680	GGA	2	6	5818	5823	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283519
78	NC_015680	CTG	2	6	5941	5946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283519
79	NC_015680	CTT	2	6	5949	5954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283519
80	NC_015680	CTC	2	6	6106	6111	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283519
81	NC_015680	CTC	2	6	6163	6168	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283519
82	NC_015680	TAC	2	6	6310	6315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283520
83	NC_015680	GGA	2	6	6339	6344	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283520
84	NC_015680	GCC	2	6	6346	6351	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283520
85	NC_015680	GAC	2	6	6387	6392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283520
86	NC_015680	GAG	2	6	6502	6507	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283520
87	NC_015680	CTC	2	6	6580	6585	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283520
88	NC_015680	AGA	2	6	6669	6674	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283520
89	NC_015680	TGA	2	6	6723	6728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	337283520
90	NC_015680	CCT	2	6	6771	6776	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283520
91	NC_015680	GAC	2	6	6781	6786	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283520
92	NC_015680	GAG	2	6	6820	6825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283520
93	NC_015680	TCG	2	6	6941	6946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283520
94	NC_015680	GGC	2	6	6955	6960	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283520
95	NC_015680	TCG	3	9	6980	6988	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283520
96	NC_015680	GGC	2	6	7122	7127	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283520
97	NC_015680	TGG	2	6	7133	7138	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	337283520
98	NC_015680	CCG	2	6	7163	7168	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283520
99	NC_015680	GAG	2	6	7192	7197	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283520
100	NC_015680	TCC	2	6	7217	7222	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283520
101	NC_015680	GCG	2	6	7265	7270	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283520
102	NC_015680	GCG	2	6	7340	7345	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283520
103	NC_015680	GGA	2	6	7428	7433	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283520
104	NC_015680	CTT	2	6	7526	7531	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_015680	CGA	2	6	7561	7566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283521
106	NC_015680	TCA	2	6	7569	7574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283521
107	NC_015680	GAA	2	6	7615	7620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283521
108	NC_015680	CGA	2	6	7642	7647	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283521
109	NC_015680	GAG	2	6	7658	7663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283521
110	NC_015680	CTT	2	6	7672	7677	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283521
111	NC_015680	GAA	2	6	7699	7704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283521
112	NC_015680	CTA	2	6	7797	7802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015680	CTC	2	6	7880	7885	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283522
114	NC_015680	TCC	2	6	7966	7971	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283522
115	NC_015680	CGA	3	9	8071	8079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283522
116	NC_015680	CTC	2	6	8103	8108	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283522
117	NC_015680	CTT	2	6	8113	8118	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283522
118	NC_015680	TTA	2	6	8194	8199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	337283522
119	NC_015680	CTC	2	6	8325	8330	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283522
120	NC_015680	ACC	2	6	8565	8570	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	337283522
121	NC_015680	TCC	2	6	8653	8658	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283522
122	NC_015680	TTC	2	6	8673	8678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283522
123	NC_015680	GAA	2	6	8720	8725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283522
124	NC_015680	CGC	2	6	8743	8748	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283522
125	NC_015680	CCT	3	9	8923	8931	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283522
126	NC_015680	TCG	2	6	8964	8969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283522
127	NC_015680	CTC	2	6	9008	9013	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283522
128	NC_015680	AGG	2	6	9116	9121	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283523
129	NC_015680	CGG	2	6	9167	9172	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283523
130	NC_015680	CCA	2	6	9277	9282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	337283523
131	NC_015680	AGG	2	6	9317	9322	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283523
132	NC_015680	CGC	2	6	9388	9393	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283523
133	NC_015680	GAA	2	6	9499	9504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283523
134	NC_015680	CTG	2	6	9587	9592	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283523
135	NC_015680	ACG	2	6	9743	9748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283523
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137	NC_015680	GAA	2	6	9802	9807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283523
138	NC_015680	TCA	2	6	9890	9895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283523
139	NC_015680	CAA	2	6	9900	9905	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	337283523
140	NC_015680	GAG	2	6	9988	9993	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283523
141	NC_015680	TGA	2	6	10065	10070	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	337283523
142	NC_015680	CTC	2	6	10150	10155	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283523
143	NC_015680	CTC	2	6	10165	10170	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283523
144	NC_015680	CAC	2	6	10279	10284	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	337283523
145	NC_015680	TAA	2	6	10316	10321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015680	GAA	2	6	10394	10399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283524
147	NC_015680	TCC	2	6	10478	10483	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283524
148	NC_015680	CAA	2	6	10585	10590	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	337283524
149	NC_015680	TCG	2	6	10680	10685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283524
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151	NC_015680	TCG	2	6	10764	10769	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283524
152	NC_015680	AGG	2	6	10800	10805	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283524
153	NC_015680	GCC	2	6	10883	10888	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283524
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155	NC_015680	GCC	2	6	11038	11043	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	337283524
156	NC_015680	GCG	2	6	11100	11105	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283524
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160	NC_015680	TCT	2	6	11175	11180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283524
161	NC_015680	CCT	2	6	11197	11202	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283524
162	NC_015680	TCT	2	6	11260	11265	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283524
163	NC_015680	GAG	2	6	11315	11320	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283524
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168	NC_015680	CAC	2	6	11557	11562	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
169	NC_015680	TAA	2	6	11589	11594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_015680	TAC	2	6	11697	11702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283525
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199	NC_015680	CGA	2	6	13350	13355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283526
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219	NC_015680	TTG	2	6	14728	14733	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	337283526
220	NC_015680	GAG	2	6	14755	14760	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283526
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232	NC_015680	AGT	2	6	15618	15623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	337283527
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237	NC_015680	GAC	2	6	16329	16334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283528
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239	NC_015680	CTC	2	6	16456	16461	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283528
240	NC_015680	TCG	2	6	16474	16479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283528
241	NC_015680	CGA	2	6	16499	16504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	337283528
242	NC_015680	CTC	2	6	16593	16598	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283528
243	NC_015680	CTG	2	6	16630	16635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283528
244	NC_015680	CTT	2	6	16700	16705	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283528
245	NC_015680	CCT	2	6	16706	16711	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283528
246	NC_015680	TCA	2	6	16956	16961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
247	NC_015680	AGG	2	6	17009	17014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283529
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249	NC_015680	CTC	2	6	17113	17118	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	337283529
250	NC_015680	ACC	2	6	17329	17334	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
251	NC_015680	GAT	2	6	17396	17401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
252	NC_015680	TCG	2	6	17461	17466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	337283530
253	NC_015680	TGG	2	6	17510	17515	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	337283530
254	NC_015680	CTA	2	6	17522	17527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283530
255	NC_015680	GAG	2	6	17736	17741	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283530
256	NC_015680	TTC	2	6	17814	17819	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283530
257	NC_015680	GAG	2	6	17937	17942	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	337283530
258	NC_015680	GAA	2	6	17954	17959	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	337283530
259	NC_015680	TGT	2	6	18014	18019	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	337283530
260	NC_015680	CAT	2	6	18035	18040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283530
261	NC_015680	TAC	2	6	18068	18073	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	337283530
262	NC_015680	CTT	2	6	18098	18103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	337283530
263	NC_015680	CGG	2	6	18163	18168	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	337283530
264	NC_015680	GAT	3	9	18186	18194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	337283530
265	NC_015680	GAT	2	6	18213	18218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
266	NC_015680	GGT	2	6	18239	18244	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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