MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Oscillatoria nigro-viridis PCC 7112 plasmid pOSC7112.04

Total Repeats: 246

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019764	CAA	2	6	55	60	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_019764	TCG	2	6	470	475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_019764	TTTC	2	8	515	522	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_019764	TC	3	6	626	631	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_019764	CTT	2	6	639	644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_019764	TC	3	6	744	749	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_019764	T	6	6	784	789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019764	ACTC	2	8	808	815	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_019764	A	6	6	822	827	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019764	TGG	2	6	830	835	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019764	AGC	2	6	1123	1128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_019764	ATT	2	6	1198	1203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019764	GAA	2	6	1236	1241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019764	GCT	2	6	1244	1249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_019764	GGA	2	6	1253	1258	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019764	T	6	6	1264	1269	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019764	CG	3	6	1313	1318	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_019764	T	6	6	1377	1382	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019764	CAA	2	6	1469	1474	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_019764	CCT	2	6	4575	4580	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_019764	TCA	2	6	4661	4666	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_019764	GCA	2	6	5089	5094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_019764	CGAT	2	8	5838	5845	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_019764	CTG	3	9	5888	5896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_019764	ATG	2	6	7385	7390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019764	CTT	2	6	7475	7480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_019764	CTG	3	9	7499	7507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019764	CGG	3	9	7521	7529	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_019764	GTT	2	6	7543	7548	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019764	TGC	2	6	7591	7596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_019764	TACC	2	8	7612	7619	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_019764	CTG	3	9	7639	7647	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_019764	TTG	2	6	7680	7685	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019764	CTA	2	6	7756	7761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_019764	TC	3	6	7778	7783	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_019764	GCT	2	6	7902	7907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_019764	CAG	2	6	7934	7939	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_019764	GCT	2	6	7991	7996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_019764	TGA	2	6	7997	8002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019764	ATT	2	6	8034	8039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019764	GGC	2	6	8097	8102	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_019764	CAAG	2	8	8168	8175	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_019764	TTTG	2	8	8222	8229	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019764	ACTCA	2	10	8295	8304	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_019764	TGC	2	6	8327	8332	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_019764	CTG	2	6	8385	8390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_019764	AGAT	2	8	8522	8529	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019764	AGCAA	2	10	8583	8592	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_019764	TGA	2	6	8627	8632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019764	CGC	2	6	8657	8662	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_019764	CTT	2	6	9995	10000	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_019764	T	6	6	11288	11293	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019764	A	7	7	11298	11304	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019764	TTA	2	6	11338	11343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019764	TAA	2	6	11390	11395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019764	A	6	6	11568	11573	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019764	CCA	2	6	11594	11599	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_019764	ACTA	2	8	11641	11648	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_019764	GCT	2	6	13100	13105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_019764	GCA	2	6	13109	13114	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_019764	CTGA	2	8	13135	13142	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_019764	CTG	2	6	14979	14984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_019764	TCTT	2	8	15053	15060	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_019764	TGT	2	6	15187	15192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019764	T	6	6	15360	15365	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019764	TACC	2	8	15458	15465	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_019764	GTTC	2	8	15551	15558	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_019764	CTCC	2	8	15559	15566	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
69	NC_019764	A	7	7	15688	15694	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019764	CAA	2	6	15733	15738	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_019764	CTG	2	6	15789	15794	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_019764	A	6	6	15824	15829	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019764	TTGT	2	8	15860	15867	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019764	AAC	2	6	16596	16601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019764	GTT	2	6	16605	16610	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019764	TGG	2	6	19917	19922	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019764	TTA	2	6	19991	19996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019764	ATGAT	2	10	20014	20023	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019764	TAGC	2	8	20027	20034	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_019764	GTT	2	6	20070	20075	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019764	A	6	6	20164	20169	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019764	A	7	7	20269	20275	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019764	AGA	2	6	20297	20302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019764	TTCAT	2	10	20373	20382	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_019764	TTTCCT	2	12	20400	20411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_019764	T	9	9	20474	20482	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019764	AAC	2	6	20507	20512	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_019764	TCAT	2	8	20516	20523	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_019764	AGCC	2	8	21589	21596	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_019764	TGG	2	6	21604	21609	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019764	TTCT	2	8	21679	21686	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_019764	CT	3	6	21685	21690	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_019764	CCT	2	6	22657	22662	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_019764	ATT	2	6	22694	22699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019764	ATT	2	6	22719	22724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019764	C	7	7	25040	25046	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
97	NC_019764	G	6	6	25062	25067	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019764	TGG	2	6	25155	25160	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019764	AGT	2	6	25161	25166	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019764	AC	3	6	25173	25178	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_019764	GCA	2	6	25196	25201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_019764	TTCC	2	8	25215	25222	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_019764	GAA	2	6	25246	25251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019764	CT	3	6	25324	25329	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_019764	GCA	2	6	25625	25630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_019764	GATC	2	8	25654	25661	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_019764	AAGG	2	8	25736	25743	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019764	TTC	2	6	28497	28502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_019764	TGG	2	6	28514	28519	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019764	CGT	2	6	28536	28541	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_019764	TCC	2	6	28543	28548	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_019764	CAT	2	6	28590	28595	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_019764	TGT	2	6	29642	29647	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019764	CGCAC	2	10	32864	32873	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_019764	C	6	6	32928	32933	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
116	NC_019764	AAC	2	6	32963	32968	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_019764	T	6	6	38918	38923	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019764	TTG	2	6	38966	38971	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019764	GTAA	2	8	39006	39013	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019764	TCAA	2	8	40924	40931	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_019764	AAC	2	6	40951	40956	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_019764	GTT	2	6	41047	41052	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019764	AGT	2	6	41094	41099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019764	TAC	2	6	41116	41121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_019764	GCT	2	6	41133	41138	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_019764	AATA	2	8	41154	41161	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019764	ACT	2	6	41178	41183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_019764	CCA	2	6	41363	41368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_019764	GATT	2	8	42167	42174	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019764	TAGC	2	8	42193	42200	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_019764	TTA	2	6	42300	42305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019764	CTGTTG	2	12	42322	42333	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_019764	TCTG	2	8	43187	43194	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_019764	TAGT	2	8	44582	44589	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019764	AAG	2	6	44625	44630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019764	AGG	2	6	44652	44657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019764	TCCT	2	8	44689	44696	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_019764	CAC	2	6	48410	48415	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_019764	ACA	2	6	48456	48461	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_019764	AACC	2	8	48504	48511	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_019764	AAC	2	6	48514	48519	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_019764	ATA	2	6	48554	48559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019764	TTG	2	6	48584	48589	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019764	ACG	2	6	48623	48628	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_019764	TGAT	2	8	48654	48661	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019764	CCA	2	6	48704	48709	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_019764	AAGT	2	8	48716	48723	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019764	GAA	2	6	48758	48763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019764	TTGA	2	8	48814	48821	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_019764	ACC	2	6	48866	48871	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_019764	TTA	2	6	48936	48941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_019764	GCT	2	6	48945	48950	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_019764	GTT	2	6	48967	48972	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019764	T	6	6	48997	49002	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_019764	TCT	3	9	49054	49062	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_019764	TTC	2	6	49084	49089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_019764	TAAT	2	8	49110	49117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_019764	GAC	2	6	49119	49124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_019764	TA	3	6	49149	49154	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_019764	TGA	2	6	49784	49789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
161	NC_019764	TAT	2	6	50675	50680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_019764	C	6	6	51247	51252	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
164	NC_019764	CAT	2	6	51254	51259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_019764	GCA	2	6	53388	53393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_019764	ATG	2	6	53481	53486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_019764	TAT	2	6	58428	58433	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_019764	TCGA	2	8	59285	59292	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
169	NC_019764	T	6	6	59335	59340	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_019764	CGAT	2	8	59388	59395	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
171	NC_019764	T	6	6	59395	59400	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_019764	TCA	2	6	59930	59935	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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175	NC_019764	ATT	2	6	60926	60931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_019764	A	6	6	60950	60955	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_019764	A	6	6	60971	60976	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_019764	CAT	2	6	61000	61005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_019764	TAT	2	6	62366	62371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_019764	GTGA	2	8	62486	62493	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
185	NC_019764	CGCTT	2	10	62525	62534	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
186	NC_019764	TTTG	2	8	62567	62574	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
187	NC_019764	T	7	7	62612	62618	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_019764	TAC	2	6	62626	62631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
189	NC_019764	T	6	6	62636	62641	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_019764	TAT	2	6	65319	65324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_019764	TGAG	2	8	65490	65497	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_019764	TCG	2	6	67259	67264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
196	NC_019764	GCG	2	6	67265	67270	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_019764	ATCG	2	8	67318	67325	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
198	NC_019764	GTT	2	6	67327	67332	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
199	NC_019764	TTG	2	6	67374	67379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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236	NC_019764	AGA	3	9	73296	73304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_019764	AG	3	6	73523	73528	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.