MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Orientia tsutsugamushi str. Ikeda

Total Repeats: 13416

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010793	GAA	2	6	5	10	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010793	AAT	2	6	13	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010793	ATT	2	6	21	26	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010793	T	6	6	60	65	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010793	TACT	2	8	85	92	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_010793	CT	3	6	100	105	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_010793	GAAA	2	8	159	166	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010793	TCA	2	6	174	179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010793	CTT	2	6	193	198	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010793	A	6	6	245	250	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010793	TCA	2	6	272	277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010793	TC	3	6	314	319	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_010793	ATA	2	6	346	351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010793	T	6	6	385	390	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010793	TTA	2	6	7450	7455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010793	TTAAT	2	10	7466	7475	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010793	TAC	2	6	7484	7489	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010793	TTTCA	2	10	7492	7501	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010793	TAAA	2	8	7507	7514	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010793	A	6	6	7512	7517	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010793	TAC	2	6	7538	7543	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010793	TAC	2	6	7546	7551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_010793	TAT	2	6	7562	7567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010793	AATA	2	8	7608	7615	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010793	ATTAT	2	10	7650	7659	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010793	ATT	2	6	7675	7680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010793	AGA	2	6	7694	7699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010793	ACT	2	6	8737	8742	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_010793	TA	3	6	8768	8773	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010793	CTAA	2	8	11651	11658	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_010793	TTG	2	6	11700	11705	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010793	ATG	2	6	11715	11720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010793	T	6	6	11731	11736	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010793	TTA	2	6	11783	11788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010793	GCTT	2	8	11807	11814	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_010793	A	6	6	11834	11839	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010793	TAA	2	6	13176	13181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010793	TA	6	12	13198	13209	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010793	TAG	2	6	13269	13274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010793	TCA	2	6	13296	13301	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_010793	T	6	6	13311	13316	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010793	CT	3	6	15405	15410	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_010793	CT	3	6	15425	15430	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_010793	T	6	6	15440	15445	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010793	T	6	6	15473	15478	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010793	ATT	2	6	15486	15491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010793	GT	3	6	15509	15514	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010793	T	6	6	15514	15519	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010793	ATTTT	2	10	15530	15539	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010793	AT	3	6	15541	15546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010793	TCT	2	6	16304	16309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_010793	TGCT	2	8	16339	16346	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_010793	TTA	2	6	16369	16374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010793	TGC	3	9	16409	16417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010793	ATTTT	2	10	16433	16442	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010793	T	6	6	16439	16444	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010793	CTT	2	6	16456	16461	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_010793	TC	3	6	16462	16467	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_010793	TGT	2	6	16469	16474	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010793	ATA	2	6	16556	16561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010793	TAA	2	6	16615	16620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010793	TAT	2	6	17819	17824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010793	AAATT	2	10	17829	17838	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010793	AT	3	6	17844	17849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010793	ATA	2	6	17918	17923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010793	TA	4	8	17922	17929	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010793	AGA	2	6	19898	19903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010793	TTATAT	2	12	19928	19939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010793	AT	3	6	19950	19955	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010793	CTT	2	6	20038	20043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_010793	TAT	2	6	20085	20090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010793	TTAA	2	8	20091	20098	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010793	T	7	7	20118	20124	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010793	TAAATA	2	12	20160	20171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010793	TAT	2	6	20241	20246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010793	ATATA	2	10	20648	20657	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010793	AT	3	6	20673	20678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010793	A	8	8	20997	21004	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010793	AAG	2	6	21025	21030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010793	TAGC	2	8	21036	21043	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_010793	TAT	2	6	21072	21077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010793	TTC	2	6	21123	21128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010793	TTA	2	6	21131	21136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010793	A	9	9	21195	21203	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010793	GAA	2	6	21743	21748	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010793	A	6	6	21747	21752	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010793	T	6	6	21756	21761	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010793	AGA	2	6	21771	21776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010793	AT	3	6	21817	21822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010793	AAT	2	6	21858	21863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010793	TTAT	2	8	21889	21896	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010793	TTC	2	6	21902	21907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010793	CAT	2	6	21926	21931	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_010793	AAT	2	6	21943	21948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010793	AGC	2	6	21957	21962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_010793	TA	4	8	22006	22013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010793	ATT	2	6	22090	22095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010793	GAT	2	6	23843	23848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010793	T	6	6	23856	23861	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010793	TTAG	2	8	27890	27897	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010793	TAT	2	6	29244	29249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010793	TGTT	2	8	29260	29267	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010793	ATG	2	6	31395	31400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010793	AT	3	6	31432	31437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010793	ATA	3	9	31460	31468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010793	ATA	2	6	31596	31601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010793	TTA	3	9	31612	31620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010793	TAA	2	6	31631	31636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010793	T	7	7	31644	31650	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010793	AAAT	2	8	31652	31659	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010793	TAATA	2	10	31670	31679	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010793	TAGT	2	8	31680	31687	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010793	T	6	6	31687	31692	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010793	TAA	2	6	31726	31731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010793	GT	3	6	31761	31766	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010793	TTG	2	6	31778	31783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010793	TAA	2	6	31825	31830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010793	TTAG	2	8	31849	31856	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010793	TAT	3	9	31888	31896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010793	TAT	3	9	31899	31907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010793	TGC	2	6	32235	32240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_010793	TA	3	6	32274	32279	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010793	TAT	2	6	32333	32338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010793	TTC	2	6	32373	32378	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_010793	TAAA	2	8	32398	32405	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010793	T	6	6	33303	33308	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010793	TAT	2	6	34242	34247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010793	AAC	3	9	34269	34277	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_010793	CTAA	2	8	34285	34292	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_010793	AT	3	6	35660	35665	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010793	AAT	2	6	35674	35679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010793	A	6	6	36822	36827	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010793	TAAT	2	8	39150	39157	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010793	AT	3	6	39156	39161	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010793	TAA	2	6	39501	39506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010793	TTA	2	6	39507	39512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010793	TAAA	2	8	39569	39576	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010793	A	6	6	39596	39601	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010793	A	6	6	39683	39688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010793	A	7	7	39700	39706	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010793	GCAT	2	8	39739	39746	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_010793	TCT	2	6	39749	39754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_010793	ATTA	2	8	39755	39762	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010793	CTT	2	6	39790	39795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_010793	TTA	2	6	39805	39810	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010793	TCT	2	6	39858	39863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_010793	T	6	6	39866	39871	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010793	T	7	7	39886	39892	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010793	ATA	2	6	39896	39901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010793	ATT	2	6	39935	39940	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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