MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Orientia tsutsugamushi str. Boryong

Total Repeats: 27136

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009488	TAA	2	6	11	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009488	AAT	2	6	1443	1448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009488	TGCTA	2	10	2777	2786	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_009488	TA	3	6	2785	2790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009488	GTT	2	6	2796	2801	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009488	TTAT	2	8	2812	2819	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009488	T	6	6	2826	2831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009488	AAT	2	6	2832	2837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009488	T	6	6	2889	2894	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009488	TTA	2	6	2907	2912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009488	A	6	6	2949	2954	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009488	AAAT	2	8	2966	2973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009488	TTA	2	6	2984	2989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009488	AG	3	6	8401	8406	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009488	TATTT	2	10	8420	8429	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009488	A	6	6	8464	8469	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009488	ATA	2	6	8473	8478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009488	AGA	2	6	8570	8575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009488	TAT	2	6	8609	8614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009488	A	7	7	8649	8655	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009488	A	7	7	8675	8681	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009488	ATA	2	6	8731	8736	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009488	TATAAT	2	12	8737	8748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009488	AT	3	6	8755	8760	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009488	TAA	2	6	8778	8783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009488	TTTA	2	8	8787	8794	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009488	ATA	2	6	8823	8828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009488	TAA	2	6	8836	8841	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009488	CTT	2	6	8877	8882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009488	TAA	2	6	8923	8928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009488	AAGG	2	8	8987	8994	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009488	TGG	2	6	9010	9015	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009488	AT	4	8	9142	9149	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009488	ACT	2	6	9156	9161	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009488	TAC	2	6	9176	9181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009488	TAT	2	6	9224	9229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009488	CTT	2	6	9236	9241	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009488	T	8	8	9245	9252	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009488	CTA	2	6	9256	9261	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009488	AAG	2	6	9277	9282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009488	ATT	2	6	9371	9376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009488	T	7	7	9375	9381	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009488	A	7	7	9390	9396	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009488	TACT	2	8	9423	9430	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_009488	TAA	2	6	9462	9467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009488	AGT	2	6	9531	9536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009488	TTGA	2	8	9538	9545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009488	A	8	8	9574	9581	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009488	TAT	2	6	9591	9596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009488	AGA	2	6	9604	9609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009488	A	6	6	9687	9692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009488	ATT	2	6	9704	9709	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009488	A	6	6	9778	9783	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009488	AAT	2	6	9789	9794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009488	A	7	7	9810	9816	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009488	AAG	2	6	9846	9851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009488	AAT	2	6	9855	9860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009488	A	8	8	9870	9877	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009488	A	7	7	9932	9938	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009488	AT	3	6	9973	9978	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009488	CAA	2	6	9997	10002	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009488	AGCTA	2	10	10006	10015	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009488	A	6	6	10040	10045	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009488	TA	3	6	10108	10113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009488	AT	3	6	10209	10214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009488	TG	3	6	10238	10243	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009488	TA	3	6	10287	10292	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009488	T	7	7	10298	10304	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009488	AT	4	8	10330	10337	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009488	AT	3	6	10344	10349	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009488	TA	3	6	12170	12175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009488	TCA	2	6	12183	12188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009488	ATA	2	6	12256	12261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009488	ATTATG	2	12	12289	12300	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009488	TAA	2	6	12325	12330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009488	TTTA	2	8	12334	12341	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009488	ATA	2	6	12370	12375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009488	TAA	2	6	12383	12388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009488	TAT	2	6	12420	12425	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009488	AATA	2	8	12476	12483	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009488	TTA	2	6	12489	12494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009488	ATA	2	6	12521	12526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009488	TAT	2	6	12545	12550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009488	TAG	2	6	12614	12619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009488	GGA	2	6	12648	12653	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009488	TAA	2	6	12670	12675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009488	CTT	2	6	12706	12711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_009488	A	7	7	12757	12763	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009488	GTA	2	6	12777	12782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009488	TTCTT	2	10	12795	12804	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009488	ATA	2	6	12844	12849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009488	AATTAT	2	12	12876	12887	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009488	AT	3	6	12891	12896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009488	TAAT	2	8	12909	12916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009488	ATTT	2	8	12921	12928	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009488	TGCAAA	2	12	12943	12954	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_009488	ATA	2	6	12982	12987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009488	TTA	2	6	13017	13022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009488	AGTAT	2	10	13023	13032	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009488	TTA	2	6	13075	13080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009488	ATA	2	6	13094	13099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009488	TA	3	6	13098	13103	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009488	T	6	6	13149	13154	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009488	AT	3	6	13239	13244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009488	A	6	6	13259	13264	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009488	A	6	6	13274	13279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009488	TAG	2	6	13333	13338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009488	ATA	2	6	13350	13355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009488	ATT	2	6	13400	13405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009488	AAT	2	6	13408	13413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009488	ATA	2	6	13415	13420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009488	TAA	2	6	13424	13429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009488	TTTTA	2	10	13434	13443	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009488	TAA	2	6	13484	13489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009488	ATTATG	2	12	13556	13567	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009488	TAA	2	6	13592	13597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009488	TTTA	2	8	13601	13608	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009488	ATA	2	6	13637	13642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009488	TAA	2	6	13650	13655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009488	TAT	2	6	13709	13714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009488	TAA	2	6	13749	13754	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009488	GAT	2	6	13784	13789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009488	AGA	2	6	13795	13800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009488	AGAA	2	8	13858	13865	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009488	CCA	2	6	13955	13960	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_009488	TGC	2	6	13975	13980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_009488	AGT	2	6	13994	13999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009488	TAG	2	6	14095	14100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009488	AGA	2	6	14106	14111	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009488	ACC	2	6	14148	14153	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_009488	TAAG	2	8	14227	14234	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009488	TGA	2	6	14250	14255	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009488	TAG	2	6	14300	14305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009488	TGA	2	6	14306	14311	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009488	ATC	2	6	14435	14440	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_009488	TAA	2	6	14462	14467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009488	TAA	2	6	14489	14494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009488	TAA	2	6	14516	14521	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009488	TAA	2	6	14543	14548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009488	AGA	2	6	14579	14584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009488	AAG	2	6	14652	14657	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009488	CTT	2	6	14679	14684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_009488	AGA	2	6	14744	14749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009488	ATA	2	6	14769	14774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009488	AAGAT	2	10	14785	14794	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009488	TAAAT	2	10	14873	14882	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009488	ACG	2	6	14887	14892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_009488	TAG	2	6	14941	14946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009488	AAGA	2	8	15005	15012	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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