MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Onion yellows phytoplasma OY-M

Total Repeats: 8445

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005303	ATA	2	6	1537	1542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005303	TGAAT	2	10	1545	1554	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005303	TAA	2	6	1561	1566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005303	TTAAA	2	10	1570	1579	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005303	TAA	2	6	1587	1592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_005303	ATT	2	6	1593	1598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005303	A	6	6	1607	1612	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005303	ATT	2	6	1623	1628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_005303	GAT	2	6	1630	1635	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_005303	ATT	2	6	1676	1681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_005303	AAGT	2	8	1684	1691	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005303	TA	3	6	1734	1739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_005303	TAA	3	9	1746	1754	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_005303	TAA	2	6	1758	1763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_005303	ATAAA	2	10	1768	1777	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_005303	TAA	2	6	1778	1783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005303	TAC	2	6	1798	1803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_005303	TAA	2	6	1825	1830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005303	TA	3	6	2974	2979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_005303	ATA	2	6	2988	2993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_005303	TAAA	2	8	3021	3028	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005303	TAAT	2	8	3041	3048	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_005303	TAC	2	6	3049	3054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_005303	AT	3	6	3077	3082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_005303	T	6	6	3107	3112	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005303	AT	3	6	3136	3141	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_005303	TTG	2	6	3152	3157	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_005303	CT	3	6	3218	3223	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_005303	T	7	7	3243	3249	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005303	CAA	2	6	3319	3324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_005303	TGTATT	2	12	3380	3391	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005303	TTGTT	2	10	3392	3401	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_005303	GTT	2	6	3426	3431	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005303	AGA	2	6	3443	3448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005303	ATTT	2	8	3454	3461	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005303	T	7	7	3459	3465	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_005303	T	6	6	3475	3480	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005303	TGGTT	2	10	3498	3507	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005303	GTT	4	12	3505	3516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005303	TTTG	2	8	3534	3541	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005303	T	6	6	3543	3548	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005303	AGC	2	6	3587	3592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_005303	AATA	2	8	3593	3600	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005303	T	8	8	3614	3621	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005303	ATT	2	6	3636	3641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005303	T	6	6	3674	3679	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005303	A	6	6	3680	3685	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005303	T	8	8	3715	3722	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005303	TTA	2	6	3751	3756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_005303	ATTT	2	8	3762	3769	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_005303	TAA	2	6	3786	3791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005303	A	6	6	3790	3795	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_005303	TTTTTA	2	12	3828	3839	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005303	A	6	6	3856	3861	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005303	TAAAT	2	10	3886	3895	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_005303	AT	3	6	3907	3912	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005303	ATT	2	6	3965	3970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_005303	T	7	7	3969	3975	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_005303	ACAAA	2	10	3998	4007	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_005303	TAT	2	6	4050	4055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005303	A	7	7	4062	4068	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_005303	A	6	6	4106	4111	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005303	TAG	2	6	4121	4126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005303	ATT	2	6	4133	4138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005303	ATG	2	6	4177	4182	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_005303	ATA	2	6	4193	4198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005303	TAA	3	9	4211	4219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005303	AT	3	6	4236	4241	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_005303	AT	3	6	4243	4248	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005303	ATT	2	6	4267	4272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005303	TAAAGA	2	12	4326	4337	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_005303	TAAAA	2	10	4352	4361	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_005303	A	6	6	4358	4363	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005303	A	7	7	4368	4374	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005303	TCTT	2	8	4410	4417	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_005303	CAA	2	6	4882	4887	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_005303	AAG	2	6	4892	4897	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005303	TGA	2	6	4911	4916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005303	TA	3	6	5229	5234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005303	T	6	6	5250	5255	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005303	TAA	2	6	5274	5279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_005303	CCAAAA	2	12	5295	5306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_005303	TTA	2	6	5331	5336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_005303	T	7	7	5355	5361	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005303	A	6	6	5364	5369	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005303	ATTT	2	8	5387	5394	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_005303	TTA	2	6	5404	5409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_005303	A	7	7	5426	5432	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005303	T	6	6	5453	5458	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005303	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_005303	TTAT	2	8	6253	6260	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_005303	TTA	2	6	6285	6290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005303	A	7	7	6297	6303	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_005303	A	7	7	6310	6316	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_005303	TAA	2	6	6317	6322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005303	AAAT	2	8	6323	6330	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005303	A	7	7	6354	6360	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_005303	A	6	6	6379	6384	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005303	ACC	2	6	6389	6394	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_005303	T	6	6	6402	6407	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005303	A	6	6	7064	7069	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_005303	T	6	6	7085	7090	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_005303	ATAA	2	8	7100	7107	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_005303	T	6	6	7141	7146	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_005303	T	6	6	7152	7157	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005303	TAA	2	6	7163	7168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005303	T	7	7	7169	7175	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005303	TGT	2	6	7193	7198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005303	A	6	6	7203	7208	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_005303	ATT	2	6	7232	7237	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005303	T	7	7	7287	7293	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_005303	TATTT	2	10	7320	7329	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005303	ATT	2	6	7346	7351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005303	T	8	8	7350	7357	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_005303	TAA	2	6	7378	7383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005303	T	6	6	7423	7428	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_005303	TAA	2	6	7435	7440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_005303	TAT	2	6	7463	7468	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_005303	TAA	2	6	7485	7490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_005303	A	6	6	7489	7494	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005303	TAA	2	6	7496	7501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_005303	A	7	7	7532	7538	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_005303	A	6	6	7550	7555	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_005303	A	6	6	7596	7601	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_005303	TAA	2	6	7604	7609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005303	TAAATA	2	12	7624	7635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005303	ATTTA	2	10	9004	9013	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_005303	A	6	6	9023	9028	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005303	T	7	7	9058	9064	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_005303	ATAC	2	8	9069	9076	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_005303	ATT	2	6	9083	9088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_005303	TA	3	6	9152	9157	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_005303	CTC	2	6	9162	9167	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_005303	GAA	2	6	9185	9190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_005303	AAT	2	6	9202	9207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_005303	AATACC	2	12	9220	9231	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_005303	A	6	6	9272	9277	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_005303	T	7	7	9415	9421	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_005303	ATT	2	6	9457	9462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_005303	T	6	6	9461	9466	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_005303	A	7	7	9490	9496	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_005303	TTA	2	6	9548	9553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_005303	TGT	2	6	9586	9591	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_005303	AGA	2	6	9640	9645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_005303	ATTTA	2	10	9667	9676	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_005303	TTTG	2	8	9686	9693	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_005303	GTAG	2	8	9701	9708	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_005303	CTT	2	6	9753	9758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_005303	ATC	2	6	9768	9773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_005303	TTG	2	6	9792	9797	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_005303	A	8	8	9810	9817	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_005303	A	7	7	9835	9841	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_005303	TGTTT	2	10	9859	9868	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
154	NC_005303	TAT	2	6	9902	9907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_005303	T	6	6	9922	9927	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_005303	CTT	2	6	9933	9938	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_005303	TCT	2	6	9980	9985	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_005303	T	8	8	10050	10057	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_005303	ATC	2	6	10058	10063	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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454	NC_005303	GTA	2	6	42417	42422	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
455	NC_005303	ATC	2	6	42459	42464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
456	NC_005303	TAA	2	6	42468	42473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
457	NC_005303	ATT	2	6	42479	42484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
458	NC_005303	TAT	2	6	42485	42490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
459	NC_005303	ATTTT	2	10	42501	42510	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
460	NC_005303	ATC	2	6	42513	42518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
461	NC_005303	A	6	6	42520	42525	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
462	NC_005303	TAT	2	6	42529	42534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
463	NC_005303	ATA	2	6	42540	42545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
464	NC_005303	T	6	6	42566	42571	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
465	NC_005303	T	6	6	42593	42598	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
466	NC_005303	A	6	6	42613	42618	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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468	NC_005303	T	7	7	43770	43776	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
469	NC_005303	ATTT	2	8	43790	43797	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
470	NC_005303	ATT	2	6	43826	43831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
471	NC_005303	AAT	2	6	43833	43838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
472	NC_005303	TAAATC	2	12	43857	43868	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
473	NC_005303	T	6	6	43881	43886	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
474	NC_005303	T	7	7	43895	43901	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
475	NC_005303	T	13	13	43961	43973	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
476	NC_005303	T	6	6	43998	44003	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
477	NC_005303	AGT	2	6	44050	44055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
478	NC_005303	ATTT	2	8	44065	44072	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
479	NC_005303	AATTA	2	10	44075	44084	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
480	NC_005303	ATT	2	6	44138	44143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
481	NC_005303	ATT	2	6	44163	44168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
482	NC_005303	ATTT	2	8	44206	44213	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
483	NC_005303	TAT	2	6	44243	44248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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485	NC_005303	TAT	2	6	44272	44277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
486	NC_005303	T	8	8	44277	44284	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
487	NC_005303	TAAAA	2	10	44330	44339	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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489	NC_005303	TGTT	2	8	44369	44376	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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492	NC_005303	ATA	2	6	44470	44475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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496	NC_005303	TTA	2	6	44634	44639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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