MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Orientia tsutsugamushi str. Ikeda

Total Repeats: 37334

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010793	AGA	2	6	484	489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189182908
2	NC_010793	AT	3	6	728	733	50 %	50 %	0 %	0 %	189182908
3	NC_010793	TCT	2	6	761	766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182908
4	NC_010793	ATG	2	6	796	801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189182908
5	NC_010793	CCT	2	6	806	811	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189182908
6	NC_010793	TTA	2	6	812	817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
7	NC_010793	AC	3	6	824	829	50 %	0 %	0 %	50 %	189182908
8	NC_010793	T	6	6	926	931	0 %	100 %	0 %	0 %	189182908
9	NC_010793	TAT	3	9	1005	1013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
10	NC_010793	T	6	6	1171	1176	0 %	100 %	0 %	0 %	189182908
11	NC_010793	AT	3	6	1298	1303	50 %	50 %	0 %	0 %	189182908
12	NC_010793	CTTG	2	8	1323	1330	0 %	50 %	25 %	25 %	189182908
13	NC_010793	CAT	2	6	1503	1508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
14	NC_010793	CTT	2	6	1519	1524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182908
15	NC_010793	CATAA	2	10	1542	1551	60 %	20 %	0 %	20 %	189182908
16	NC_010793	TTA	2	6	1569	1574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
17	NC_010793	TCA	2	6	1586	1591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
18	NC_010793	TCA	2	6	1613	1618	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
19	NC_010793	TTA	2	6	1706	1711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
20	NC_010793	T	6	6	1717	1722	0 %	100 %	0 %	0 %	189182908
21	NC_010793	TAT	2	6	1755	1760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
22	NC_010793	TAG	2	6	1839	1844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189182908
23	NC_010793	TAC	2	6	1845	1850	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
24	NC_010793	TGC	2	6	1870	1875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189182908
25	NC_010793	T	8	8	1877	1884	0 %	100 %	0 %	0 %	189182908
26	NC_010793	TAGAAG	2	12	1890	1901	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	189182908
27	NC_010793	CAT	2	6	1902	1907	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
28	NC_010793	AAATT	2	10	2013	2022	60 %	40 %	0 %	0 %	189182908
29	NC_010793	GTT	2	6	2027	2032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189182908
30	NC_010793	GTTA	2	8	2074	2081	25 %	50 %	25 %	0 %	189182908
31	NC_010793	TCA	2	6	2108	2113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
32	NC_010793	AT	3	6	2198	2203	50 %	50 %	0 %	0 %	189182908
33	NC_010793	TC	3	6	2244	2249	0 %	50 %	0 %	50 %	189182908
34	NC_010793	ATTG	2	8	2441	2448	25 %	50 %	25 %	0 %	189182908
35	NC_010793	TAT	3	9	2490	2498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
36	NC_010793	TTG	2	6	2500	2505	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189182908
37	NC_010793	AC	3	6	2546	2551	50 %	0 %	0 %	50 %	189182908
38	NC_010793	TCT	2	6	2553	2558	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182908
39	NC_010793	CCT	2	6	2615	2620	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189182908
40	NC_010793	ATT	2	6	2632	2637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
41	NC_010793	CTT	2	6	2697	2702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182908
42	NC_010793	ATT	3	9	2818	2826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
43	NC_010793	TCA	2	6	2828	2833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
44	NC_010793	CAT	2	6	2841	2846	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
45	NC_010793	TGA	2	6	2858	2863	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189182908
46	NC_010793	TGCTT	2	10	2870	2879	0 %	60 %	20 %	20 %	189182908
47	NC_010793	GTTT	2	8	2902	2909	0 %	75 %	25 %	0 %	189182908
48	NC_010793	ATT	2	6	2956	2961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
49	NC_010793	AGC	2	6	3001	3006	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189182908
50	NC_010793	T	6	6	3032	3037	0 %	100 %	0 %	0 %	189182908
51	NC_010793	TAT	2	6	3039	3044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
52	NC_010793	TA	3	6	3051	3056	50 %	50 %	0 %	0 %	189182908
53	NC_010793	ATC	2	6	3064	3069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
54	NC_010793	AAT	2	6	3085	3090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182908
55	NC_010793	CAT	2	6	3096	3101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
56	NC_010793	AGT	2	6	3154	3159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189182908
57	NC_010793	TTA	2	6	3165	3170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
58	NC_010793	CTTT	2	8	3203	3210	0 %	75 %	0 %	25 %	189182908
59	NC_010793	TAC	2	6	3211	3216	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
60	NC_010793	T	6	6	3221	3226	0 %	100 %	0 %	0 %	189182908
61	NC_010793	TTG	2	6	3244	3249	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189182908
62	NC_010793	ATC	2	6	3265	3270	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
63	NC_010793	TTG	2	6	3298	3303	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189182908
64	NC_010793	CTGG	2	8	3344	3351	0 %	25 %	50 %	25 %	189182908
65	NC_010793	AAT	2	6	3387	3392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182908
66	NC_010793	TAT	2	6	3423	3428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
67	NC_010793	ACT	2	6	3431	3436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
68	NC_010793	CCAG	2	8	3488	3495	25 %	0 %	25 %	50 %	189182908
69	NC_010793	TCA	2	6	3539	3544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
70	NC_010793	CAT	2	6	3573	3578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
71	NC_010793	T	7	7	3583	3589	0 %	100 %	0 %	0 %	189182908
72	NC_010793	T	6	6	3654	3659	0 %	100 %	0 %	0 %	189182908
73	NC_010793	CTT	2	6	3663	3668	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182908
74	NC_010793	ATTACT	2	12	3694	3705	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	189182908
75	NC_010793	TAA	2	6	3723	3728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182908
76	NC_010793	TAT	3	9	3729	3737	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
77	NC_010793	ACT	2	6	3760	3765	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
78	NC_010793	TTC	2	6	3802	3807	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182908
79	NC_010793	AAT	2	6	3823	3828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182908
80	NC_010793	T	6	6	3849	3854	0 %	100 %	0 %	0 %	189182908
81	NC_010793	AGG	2	6	3871	3876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189182908
82	NC_010793	A	6	6	4022	4027	100 %	0 %	0 %	0 %	189182908
83	NC_010793	CTA	2	6	4044	4049	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
84	NC_010793	TAA	2	6	4186	4191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182908
85	NC_010793	GAT	2	6	4193	4198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189182908
86	NC_010793	ATG	2	6	4200	4205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189182908
87	NC_010793	TAT	2	6	4243	4248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
88	NC_010793	ATC	2	6	4264	4269	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
89	NC_010793	TCC	2	6	4300	4305	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189182908
90	NC_010793	ATC	2	6	4342	4347	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
91	NC_010793	ATG	2	6	4422	4427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189182908
92	NC_010793	CAA	2	6	4532	4537	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189182908
93	NC_010793	ATG	2	6	4587	4592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189182908
94	NC_010793	TTC	2	6	4603	4608	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182908
95	NC_010793	ACT	2	6	4667	4672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
96	NC_010793	TTG	2	6	4698	4703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189182908
97	NC_010793	TTC	2	6	4708	4713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182908
98	NC_010793	TTA	2	6	4748	4753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182908
99	NC_010793	TGG	2	6	4756	4761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189182908
100	NC_010793	TCT	2	6	4819	4824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182908
101	NC_010793	ATC	2	6	4843	4848	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182908
102	NC_010793	ATTA	2	8	4930	4937	50 %	50 %	0 %	0 %	189182908
103	NC_010793	CAA	2	6	4941	4946	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189182908
104	NC_010793	TGT	2	6	4964	4969	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189182908
105	NC_010793	CAT	2	6	5030	5035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182909
106	NC_010793	T	6	6	5042	5047	0 %	100 %	0 %	0 %	189182909
107	NC_010793	TCT	3	9	5074	5082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182909
108	NC_010793	ATT	2	6	5145	5150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182909
109	NC_010793	ATAA	2	8	5164	5171	75 %	25 %	0 %	0 %	189182909
110	NC_010793	T	6	6	5199	5204	0 %	100 %	0 %	0 %	189182909
111	NC_010793	GTA	2	6	5264	5269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189182909
112	NC_010793	TAT	2	6	5279	5284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182909
113	NC_010793	TTC	2	6	5299	5304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182909
114	NC_010793	AAT	2	6	5315	5320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182909
115	NC_010793	AAC	2	6	5346	5351	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189182909
116	NC_010793	AGAA	2	8	5352	5359	75 %	0 %	25 %	0 %	189182909
117	NC_010793	ATT	2	6	5367	5372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182909
118	NC_010793	GTT	2	6	5381	5386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189182909
119	NC_010793	TTAA	2	8	5398	5405	50 %	50 %	0 %	0 %	189182909
120	NC_010793	CTA	2	6	5423	5428	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182909
121	NC_010793	CAA	2	6	5447	5452	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189182909
122	NC_010793	T	7	7	5490	5496	0 %	100 %	0 %	0 %	189182909
123	NC_010793	GATT	2	8	5590	5597	25 %	50 %	25 %	0 %	189182909
124	NC_010793	ATT	2	6	5640	5645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182909
125	NC_010793	AGA	2	6	5664	5669	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189182909
126	NC_010793	TAC	2	6	5684	5689	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189182909
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128	NC_010793	TAA	2	6	5702	5707	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182909
129	NC_010793	CTT	2	6	5721	5726	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189182909
130	NC_010793	TTAAAA	2	12	5752	5763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182909
131	NC_010793	ATT	2	6	5859	5864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189182909
132	NC_010793	AAT	2	6	5867	5872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182909
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134	NC_010793	TAA	2	6	5898	5903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189182909
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