MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Orientia tsutsugamushi str. Boryong

Total Repeats: 26571

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009488	TAC	2	6	48	53	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148283998
2	NC_009488	CAT	2	6	109	114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148283998
3	NC_009488	TA	3	6	178	183	50 %	50 %	0 %	0 %	148283998
4	NC_009488	CAA	2	6	343	348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148283998
5	NC_009488	ATA	3	9	356	364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283998
6	NC_009488	AGC	2	6	385	390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148283998
7	NC_009488	AAT	2	6	391	396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283998
8	NC_009488	T	6	6	401	406	0 %	100 %	0 %	0 %	148283998
9	NC_009488	GCA	3	9	475	483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148283998
10	NC_009488	CTG	2	6	506	511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148283998
11	NC_009488	T	7	7	530	536	0 %	100 %	0 %	0 %	148283998
12	NC_009488	ATGC	2	8	571	578	25 %	25 %	25 %	25 %	148283998
13	NC_009488	AGT	2	6	601	606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148283998
14	NC_009488	TGAT	2	8	725	732	25 %	50 %	25 %	0 %	148283998
15	NC_009488	ATTT	2	8	741	748	25 %	75 %	0 %	0 %	148283998
16	NC_009488	T	6	6	775	780	0 %	100 %	0 %	0 %	148283998
17	NC_009488	CA	3	6	781	786	50 %	0 %	0 %	50 %	148283998
18	NC_009488	ATA	2	6	803	808	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283998
19	NC_009488	GATC	2	8	832	839	25 %	25 %	25 %	25 %	148283998
20	NC_009488	GAA	2	6	862	867	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148283998
21	NC_009488	CAG	2	6	971	976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148283998
22	NC_009488	GCT	2	6	1003	1008	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148283998
23	NC_009488	A	8	8	1166	1173	100 %	0 %	0 %	0 %	148283998
24	NC_009488	TAG	2	6	1215	1220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148283998
25	NC_009488	AAGATC	2	12	1221	1232	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	148283998
26	NC_009488	TAG	2	6	1292	1297	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148283998
27	NC_009488	A	6	6	1318	1323	100 %	0 %	0 %	0 %	148283998
28	NC_009488	CATG	2	8	1338	1345	25 %	25 %	25 %	25 %	148283998
29	NC_009488	AGA	2	6	1359	1364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148283998
30	NC_009488	A	10	10	1565	1574	100 %	0 %	0 %	0 %	148283999
31	NC_009488	TTTA	2	8	1666	1673	25 %	75 %	0 %	0 %	148283999
32	NC_009488	A	7	7	1750	1756	100 %	0 %	0 %	0 %	148283999
33	NC_009488	ATG	2	6	1763	1768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148283999
34	NC_009488	CTAT	2	8	1775	1782	25 %	50 %	0 %	25 %	148283999
35	NC_009488	ATA	2	6	1793	1798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283999
36	NC_009488	AGG	2	6	1815	1820	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148283999
37	NC_009488	GAA	2	6	1876	1881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148283999
38	NC_009488	TAT	2	6	1899	1904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148283999
39	NC_009488	GAT	2	6	1932	1937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148283999
40	NC_009488	AGA	2	6	1965	1970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148283999
41	NC_009488	AT	3	6	2093	2098	50 %	50 %	0 %	0 %	148283999
42	NC_009488	TAA	2	6	2100	2105	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283999
43	NC_009488	TA	3	6	2150	2155	50 %	50 %	0 %	0 %	148283999
44	NC_009488	TAA	2	6	2211	2216	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283999
45	NC_009488	TAT	2	6	2244	2249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148283999
46	NC_009488	TATT	2	8	2288	2295	25 %	75 %	0 %	0 %	148283999
47	NC_009488	TAA	2	6	2301	2306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283999
48	NC_009488	A	8	8	2310	2317	100 %	0 %	0 %	0 %	148283999
49	NC_009488	CTA	2	6	2363	2368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148283999
50	NC_009488	ATC	2	6	2408	2413	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148283999
51	NC_009488	ATT	2	6	2463	2468	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148283999
52	NC_009488	ATA	2	6	2483	2488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283999
53	NC_009488	TCT	2	6	2509	2514	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148283999
54	NC_009488	AT	3	6	2538	2543	50 %	50 %	0 %	0 %	148283999
55	NC_009488	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148283999
56	NC_009488	TAA	2	6	2607	2612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283999
57	NC_009488	GAA	2	6	2668	2673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148283999
58	NC_009488	A	7	7	2672	2678	100 %	0 %	0 %	0 %	148283999
59	NC_009488	TAA	2	6	2696	2701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148283999
60	NC_009488	T	7	7	3001	3007	0 %	100 %	0 %	0 %	148284000
61	NC_009488	AAAG	2	8	3018	3025	75 %	0 %	25 %	0 %	148284000
62	NC_009488	AGCAAA	2	12	3032	3043	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	148284000
63	NC_009488	AGT	2	6	3153	3158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284000
64	NC_009488	TGA	2	6	3164	3169	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284000
65	NC_009488	GAA	2	6	3214	3219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148284000
66	NC_009488	A	6	6	3218	3223	100 %	0 %	0 %	0 %	148284000
67	NC_009488	GTT	2	6	3238	3243	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148284000
68	NC_009488	TTA	2	6	3296	3301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148284000
69	NC_009488	TA	3	6	3305	3310	50 %	50 %	0 %	0 %	148284000
70	NC_009488	ATT	2	6	3372	3377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148284000
71	NC_009488	TAA	2	6	3381	3386	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284000
72	NC_009488	TTA	2	6	3413	3418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148284000
73	NC_009488	AT	3	6	3445	3450	50 %	50 %	0 %	0 %	148284000
74	NC_009488	ACA	2	6	3466	3471	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148284000
75	NC_009488	TAA	2	6	3558	3563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284000
76	NC_009488	TTG	2	6	3566	3571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148284000
77	NC_009488	GAA	2	6	3610	3615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148284000
78	NC_009488	ATAGA	2	10	3653	3662	60 %	20 %	20 %	0 %	148284000
79	NC_009488	TGA	2	6	3663	3668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284000
80	NC_009488	AGT	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284001
81	NC_009488	TAG	2	6	3721	3726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284001
82	NC_009488	GAA	2	6	3737	3742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148284001
83	NC_009488	CTA	2	6	3747	3752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148284001
84	NC_009488	TGA	2	6	3757	3762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284001
85	NC_009488	AT	3	6	3779	3784	50 %	50 %	0 %	0 %	148284001
86	NC_009488	TCAA	2	8	3826	3833	50 %	25 %	0 %	25 %	148284001
87	NC_009488	GAG	2	6	3854	3859	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148284001
88	NC_009488	TTA	2	6	3927	3932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148284001
89	NC_009488	TAT	2	6	3967	3972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148284001
90	NC_009488	TTTA	2	8	4044	4051	25 %	75 %	0 %	0 %	148284001
91	NC_009488	TAT	2	6	4061	4066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148284001
92	NC_009488	AAAG	2	8	4072	4079	75 %	0 %	25 %	0 %	148284001
93	NC_009488	TAA	2	6	4110	4115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284002
94	NC_009488	AGT	2	6	4167	4172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284002
95	NC_009488	TTA	2	6	4231	4236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148284002
96	NC_009488	ATAGTA	2	12	4240	4251	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	148284002
97	NC_009488	TTAA	2	8	4537	4544	50 %	50 %	0 %	0 %	148284002
98	NC_009488	CCA	2	6	4546	4551	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	148284002
99	NC_009488	TAA	2	6	4581	4586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284002
100	NC_009488	GCT	2	6	4645	4650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148284002
101	NC_009488	A	6	6	4661	4666	100 %	0 %	0 %	0 %	148284002
102	NC_009488	CTA	2	6	4673	4678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148284002
103	NC_009488	TAAT	2	8	4688	4695	50 %	50 %	0 %	0 %	148284002
104	NC_009488	TCC	2	6	4701	4706	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	148284002
105	NC_009488	CAA	2	6	4712	4717	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148284002
106	NC_009488	GAA	2	6	4720	4725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148284002
107	NC_009488	GA	3	6	4835	4840	50 %	0 %	50 %	0 %	148284002
108	NC_009488	TAG	2	6	4841	4846	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284002
109	NC_009488	GTAA	2	8	4852	4859	50 %	25 %	25 %	0 %	148284002
110	NC_009488	AAG	2	6	4874	4879	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148284002
111	NC_009488	ATG	2	6	4957	4962	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284002
112	NC_009488	TAA	3	9	5064	5072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284002
113	NC_009488	ATGC	2	8	5089	5096	25 %	25 %	25 %	25 %	148284002
114	NC_009488	GCA	2	6	5125	5130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148284002
115	NC_009488	AGT	2	6	5145	5150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284002
116	NC_009488	TTAA	2	8	5200	5207	50 %	50 %	0 %	0 %	148284002
117	NC_009488	ATC	3	9	5301	5309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148284002
118	NC_009488	TA	3	6	5312	5317	50 %	50 %	0 %	0 %	148284002
119	NC_009488	CTA	2	6	5318	5323	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148284002
120	NC_009488	A	6	6	5329	5334	100 %	0 %	0 %	0 %	148284002
121	NC_009488	AAT	2	6	5355	5360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284002
122	NC_009488	ATC	2	6	5388	5393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148284002
123	NC_009488	TAA	2	6	5396	5401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284002
124	NC_009488	ATT	2	6	5407	5412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148284002
125	NC_009488	TAA	2	6	5433	5438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284002
126	NC_009488	A	8	8	5499	5506	100 %	0 %	0 %	0 %	148284002
127	NC_009488	AT	3	6	5566	5571	50 %	50 %	0 %	0 %	148284002
128	NC_009488	ATT	2	6	5582	5587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148284002
129	NC_009488	CAA	2	6	5594	5599	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148284002
130	NC_009488	GAA	2	6	5630	5635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148284003
131	NC_009488	TGA	2	6	5681	5686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284003
132	NC_009488	TGA	2	6	5704	5709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284003
133	NC_009488	A	7	7	5737	5743	100 %	0 %	0 %	0 %	148284003
134	NC_009488	GCT	2	6	5793	5798	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148284003
135	NC_009488	GAA	2	6	5841	5846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148284003
136	NC_009488	TCT	2	6	5949	5954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148284003
137	NC_009488	AGA	2	6	5969	5974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148284003
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140	NC_009488	TGA	2	6	6023	6028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284003
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157	NC_009488	TAC	2	6	6434	6439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148284003
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249	NC_009488	A	9	9	11957	11965	100 %	0 %	0 %	0 %	148284005
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259	NC_009488	TTAC	2	8	16146	16153	25 %	50 %	0 %	25 %	148284006
260	NC_009488	AG	3	6	16169	16174	50 %	0 %	50 %	0 %	148284006
261	NC_009488	TAA	2	6	16179	16184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284006
262	NC_009488	AATA	2	8	16187	16194	75 %	25 %	0 %	0 %	148284006
263	NC_009488	AAT	2	6	16199	16204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284006
264	NC_009488	TGA	2	6	16222	16227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148284006
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482	NC_009488	AT	3	6	31773	31778	50 %	50 %	0 %	0 %	148284014
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490	NC_009488	TAA	2	6	31963	31968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148284014
491	NC_009488	CGA	2	6	31969	31974	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148284014
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