MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Natrinema sp. J7-2 chromosome

Total Repeats: 155

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018224	TCGCGA	2	12	30917	30928	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018224	CGTAGC	2	12	53368	53379	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018224	CGCACC	2	12	56217	56228	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_018224	CCGAAG	2	12	63422	63433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_018224	CGGACA	2	12	75449	75460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_018224	TCAATA	2	12	78568	78579	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_018224	CGACCG	2	12	126475	126486	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_018224	CGATCG	2	12	150780	150791	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018224	GCCGCT	2	12	173399	173410	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_018224	GGCGAC	2	12	176414	176425	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_018224	CGCGGC	2	12	189775	189786	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_018224	TTCGGT	2	12	247792	247803	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_018224	CGATCG	2	12	275113	275124	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_018224	GCGTCT	2	12	288681	288692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018224	GACGGC	2	12	307936	307947	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_018224	AAGTGA	2	12	319129	319140	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018224	CACCAG	2	12	325383	325394	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_018224	GGTTGT	2	12	331535	331546	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018224	CTCGTC	2	12	360515	360526	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_018224	CCGACG	2	12	390750	390761	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
21	NC_018224	CGCCAA	2	12	451705	451716	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_018224	TCGGCC	2	12	482153	482164	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_018224	TCACCG	2	12	489318	489329	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_018224	CCACTC	2	12	508608	508619	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_018224	TCACAC	2	12	512100	512111	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_018224	AACTCG	2	12	515955	515966	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018224	GCGAGC	2	12	555473	555484	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018224	TCCCCG	2	12	579931	579942	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_018224	AGGTCG	2	12	589104	589115	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_018224	CCGAAC	2	12	589178	589189	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
31	NC_018224	TCGCGC	2	12	654480	654491	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_018224	CGAACA	2	12	659896	659907	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_018224	GGGCTG	2	12	683688	683699	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_018224	CCCAGA	2	12	683740	683751	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_018224	CGCGAG	2	12	684996	685007	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_018224	GATCGG	2	12	751594	751605	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_018224	AGTGAA	2	12	761180	761191	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018224	TCGCGC	2	12	768983	768994	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
39	NC_018224	ACGAAC	2	12	781393	781404	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_018224	AACCCA	2	12	816778	816789	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_018224	GATAAA	2	12	829147	829158	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018224	CGCTGG	2	12	843053	843064	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_018224	CAGACA	2	12	844411	844422	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_018224	AGCCGA	2	12	901367	901378	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018224	GACGCG	2	12	908258	908269	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018224	CGACGC	2	12	909736	909747	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_018224	TACTAT	2	12	913132	913143	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_018224	TCGATG	2	12	918321	918332	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_018224	CCGTCG	2	12	928440	928451	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_018224	GAAACC	2	12	977122	977133	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_018224	CCGCAG	2	12	978222	978233	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_018224	TCGCCG	2	12	980784	980795	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
53	NC_018224	CGGTCG	2	12	984709	984720	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_018224	GCGCGG	2	12	987654	987665	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_018224	CAGTAG	2	12	1000500	1000511	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_018224	GTAATA	2	12	1008141	1008152	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018224	CGATTC	2	12	1095456	1095467	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_018224	AGCAGG	2	12	1140787	1140798	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_018224	GCGTCC	2	12	1158945	1158956	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_018224	CCTCTG	2	12	1159825	1159836	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_018224	CGAACC	2	12	1185046	1185057	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_018224	GCCGCG	2	12	1195686	1195697	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_018224	CGGTAC	2	12	1221341	1221352	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_018224	TAACTT	2	12	1221997	1222008	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_018224	CGATCG	2	12	1285769	1285780	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_018224	GGCCGA	2	12	1305932	1305943	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_018224	CGGTTC	2	12	1353778	1353789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_018224	GAGATC	2	12	1371098	1371109	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_018224	AACTCC	2	12	1377681	1377692	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_018224	TCAGTC	2	12	1388760	1388771	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_018224	ATCGCA	2	12	1395455	1395466	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_018224	GGGCGT	2	12	1410391	1410402	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_018224	CGACGG	2	12	1411502	1411513	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_018224	GATCGG	2	12	1417266	1417277	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_018224	ACTCCC	2	12	1419421	1419432	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_018224	TGGACG	2	12	1460751	1460762	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_018224	CCACGC	2	12	1476853	1476864	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_018224	TCAGCC	2	12	1521773	1521784	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_018224	GCGACG	2	12	1529267	1529278	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018224	TCCAAC	2	12	1541974	1541985	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_018224	GCCAAA	2	12	1542291	1542302	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_018224	CCGATC	2	12	1566409	1566420	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_018224	GGGATT	2	12	1580265	1580276	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018224	TCGTCT	2	12	1586687	1586698	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_018224	AACACG	2	12	1587221	1587232	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_018224	TGGCTT	2	12	1588060	1588071	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_018224	CCGGTG	2	12	1605254	1605265	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_018224	CTCTGC	2	12	1624498	1624509	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_018224	CCACCC	2	12	1629641	1629652	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
90	NC_018224	CACCCG	2	12	1634819	1634830	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_018224	TCCCGA	2	12	1720831	1720842	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
92	NC_018224	TCGGAG	2	12	1750206	1750217	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_018224	CGCAGG	2	12	1758853	1758864	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_018224	GAAACC	2	12	1760504	1760515	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_018224	TTGGCG	2	12	1775302	1775313	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_018224	ATGCCG	2	12	1818251	1818262	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_018224	CGACTC	2	12	1872609	1872620	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_018224	GTCGGC	2	12	1932307	1932318	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018224	CTATTA	2	12	1960508	1960519	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_018224	CAGCGT	2	12	1992513	1992524	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018224	ACATAT	2	12	2012096	2012107	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_018224	TCGGAC	2	12	2123329	2123340	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_018224	CCATCG	2	12	2139013	2139024	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_018224	CGTCTC	2	12	2167429	2167440	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_018224	TCGGCG	2	12	2213653	2213664	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_018224	CGTCCG	2	12	2252484	2252495	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_018224	TATATT	2	12	2320905	2320916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018224	GACGCG	2	12	2350019	2350030	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_018224	CGCGAG	2	12	2361798	2361809	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_018224	TCTCGC	2	12	2379136	2379147	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
111	NC_018224	CGAGCG	2	12	2416058	2416069	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_018224	ATCACG	2	12	2447359	2447370	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_018224	GCCCCG	2	12	2477504	2477515	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_018224	GGGGGA	2	12	2478593	2478604	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018224	CGGTGA	2	12	2524078	2524089	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_018224	GCCGGT	2	12	2553930	2553941	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_018224	CCGGTC	2	12	2568336	2568347	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
118	NC_018224	CGGTCG	2	12	2568369	2568380	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_018224	ACCTGG	2	12	2573933	2573944	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_018224	CCGCGA	2	12	2593045	2593056	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_018224	CCGACA	2	12	2597762	2597773	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_018224	CGGGAC	2	12	2621849	2621860	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_018224	CGGTCG	2	12	2625487	2625498	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_018224	CGACGG	2	12	2631066	2631077	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018224	CGCACA	2	12	2638299	2638310	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
126	NC_018224	CCATAC	2	12	2683162	2683173	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_018224	ATATTA	2	12	2764199	2764210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018224	ACTCGA	2	12	2804229	2804240	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_018224	ACGCGA	2	12	2813223	2813234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_018224	TCGGTT	2	12	2830597	2830608	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_018224	CCGAAA	2	12	2833594	2833605	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_018224	ACCTGA	2	12	2856513	2856524	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018224	TTATCT	2	12	2863680	2863691	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_018224	GGCCGA	2	12	2867305	2867316	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_018224	TTGATG	2	12	2894203	2894214	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018224	ATTTTT	2	12	2937380	2937391	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018224	CCGGGA	2	12	2973812	2973823	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_018224	CCCTCG	2	12	2998733	2998744	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_018224	CAACTT	2	12	3026373	3026384	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_018224	GACGGC	2	12	3026442	3026453	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_018224	AGTACG	2	12	3117137	3117148	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_018224	CGACGG	2	12	3149841	3149852	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_018224	ACCCCC	2	12	3151516	3151527	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
144	NC_018224	GTCTCG	2	12	3182405	3182416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_018224	CGGGCG	2	12	3227365	3227376	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_018224	CGAGTC	2	12	3296909	3296920	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_018224	GTCCCG	2	12	3298298	3298309	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
148	NC_018224	AAAGAG	2	12	3326546	3326557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018224	ATCAAG	2	12	3344263	3344274	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_018224	CGGTGA	2	12	3426251	3426262	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_018224	ACGTTT	2	12	3504642	3504653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_018224	CCGACG	2	12	3514319	3514330	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
153	NC_018224	CGCCAA	2	12	3531597	3531608	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
154	NC_018224	CGGACG	2	12	3605402	3605413	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_018224	AGAACA	2	12	3671612	3671623	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.