MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Novosphingobium sp. PP1Y plasmid Mpl

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015583	CGGCG	2	10	30909	30918	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015583	CGAAA	2	10	31329	31338	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015583	CGCAA	2	10	37130	37139	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_015583	CCAGA	2	10	38739	38748	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015583	TAATA	2	10	38854	38863	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015583	GGCAT	2	10	38894	38903	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015583	GGCAT	2	10	49893	49902	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015583	GGCAG	2	10	53257	53266	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015583	CGCGG	2	10	53631	53640	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015583	TGGCA	2	10	53822	53831	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015583	TTTAA	2	10	53832	53841	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015583	GCCCG	2	10	55724	55733	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_015583	AATTT	2	10	79462	79471	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015583	CCGGC	2	10	129048	129057	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_015583	CTGAG	2	10	146062	146071	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015583	TCGGA	2	10	148347	148356	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015583	GATAG	2	10	162680	162689	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015583	CAGGC	2	10	200128	200137	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_015583	CGGCC	2	10	207574	207583	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_015583	TGAGA	2	10	208669	208678	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015583	ACTTA	2	10	263768	263777	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015583	CGCGG	2	10	267696	267705	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015583	CGGCC	2	10	267748	267757	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
24	NC_015583	CCCGG	2	10	289468	289477	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
25	NC_015583	CCGGG	2	10	289647	289656	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015583	TCCTC	2	10	321508	321517	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_015583	GCGCC	2	10	329379	329388	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_015583	ACCGC	2	10	329427	329436	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_015583	CGGAT	2	10	347527	347536	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015583	GGATA	2	10	358175	358184	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015583	GGCCA	2	10	368818	368827	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_015583	CCAAC	2	10	374974	374983	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
33	NC_015583	CCGAC	2	10	375030	375039	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_015583	AGCCC	2	10	375078	375087	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_015583	GCACA	2	10	380567	380576	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_015583	CGCGG	2	10	383354	383363	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
37	NC_015583	ATCGC	2	10	421299	421308	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015583	ACTGT	2	10	426205	426214	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015583	CGAAG	2	10	426791	426800	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015583	GAGAC	2	10	428520	428529	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015583	AGCGA	2	10	438309	438318	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015583	CGCCC	2	10	438324	438333	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
43	NC_015583	GCCCA	2	10	440204	440213	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_015583	CAGCG	2	10	452510	452519	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_015583	ATGTC	2	10	457699	457708	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015583	CTTTG	2	10	473871	473880	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015583	CTCGT	2	10	478886	478895	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015583	CGGAA	2	10	486890	486899	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015583	ACAAG	2	10	487638	487647	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015583	CAGGC	2	10	513166	513175	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_015583	CCCCT	2	10	515349	515358	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
52	NC_015583	CCGGC	2	10	528527	528536	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
53	NC_015583	ACAGA	2	10	542814	542823	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015583	ATGGG	2	10	558306	558315	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015583	GCCAG	2	10	568832	568841	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_015583	GCCGC	2	10	569001	569010	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
57	NC_015583	CCTCT	2	10	569236	569245	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_015583	CGGCG	2	10	573113	573122	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
59	NC_015583	TGGCG	2	10	595955	595964	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015583	CACTG	2	10	596505	596514	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_015583	AAGCC	2	10	598917	598926	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_015583	GCCGC	2	10	605938	605947	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
63	NC_015583	GAGAG	2	10	608535	608544	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015583	TCCAG	2	10	628568	628577	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015583	TCGTG	2	10	628920	628929	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015583	GGCAG	2	10	631458	631467	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015583	CCGCT	2	10	632077	632086	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_015583	GCGCT	2	10	659422	659431	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_015583	TCAAA	2	10	660262	660271	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015583	TTGCA	2	10	660304	660313	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015583	GGCAG	2	10	662840	662849	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015583	CGAGA	2	10	662874	662883	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015583	TCGAA	2	10	664807	664816	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015583	TGCTT	2	10	665813	665822	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015583	TGCCT	2	10	686030	686039	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_015583	CTCTC	2	10	692338	692347	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_015583	TGCCT	2	10	695273	695282	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_015583	TCTGT	2	10	704771	704780	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015583	TAGGT	2	10	720869	720878	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015583	TTGTA	2	10	724228	724237	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015583	GATGC	2	10	731098	731107	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015583	GGTTC	2	10	731873	731882	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015583	GGCAA	2	10	733448	733457	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015583	CGGCA	2	10	734215	734224	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015583	TCGGG	2	10	734839	734848	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_015583	GCCTC	2	10	742078	742087	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_015583	GACGT	2	10	743879	743888	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015583	CCTTG	2	10	745265	745274	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015583	ACCTA	2	10	747722	747731	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_015583	TTTTG	2	10	747857	747866	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015583	CTGGG	2	10	762150	762159	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015583	GAACG	2	10	763811	763820	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015583	TCCTC	2	10	774171	774180	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_015583	TGCTG	2	10	774182	774191	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015583	GCGTC	2	10	784862	784871	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_015583	ATGGA	2	10	793980	793989	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015583	GGCCG	2	10	826919	826928	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
98	NC_015583	CTGCG	2	10	828731	828740	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_015583	GAAAA	2	10	830291	830300	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015583	AGGGC	2	10	831013	831022	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
101	NC_015583	ATTAT	2	10	835380	835389	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015583	ACGCT	2	10	842184	842193	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_015583	GCGCG	2	10	846660	846669	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
104	NC_015583	TGGGC	2	10	858246	858255	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015583	CGGCG	2	10	858585	858594	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
106	NC_015583	CTGCG	2	10	859086	859095	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_015583	TACTC	2	10	861744	861753	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_015583	ATCGG	2	10	862784	862793	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_015583	GGCAA	2	10	871587	871596	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015583	CGTTC	2	10	885119	885128	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_015583	CCCCA	2	10	886261	886270	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
112	NC_015583	TGCGT	2	10	894649	894658	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015583	GGCAA	2	10	919406	919415	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_015583	CTCCC	2	10	943669	943678	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
115	NC_015583	GGAGC	2	10	959922	959931	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015583	AAGCT	2	10	966242	966251	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_015583	GTCGA	2	10	988020	988029	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_015583	GCGCC	2	10	1023830	1023839	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
119	NC_015583	CAGTG	2	10	1054128	1054137	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015583	TGCAG	2	10	1055017	1055026	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015583	CACGA	2	10	1067928	1067937	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_015583	GGATC	2	10	1068158	1068167	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015583	AGGGC	2	10	1070042	1070051	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015583	GAACG	2	10	1076777	1076786	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015583	TTCGC	2	10	1090488	1090497	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_015583	GGATC	2	10	1129809	1129818	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_015583	GGCAT	2	10	1159748	1159757	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.