MICAS: Microsatellite Analysis Server

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 chromosome

Total Repeats: 1626

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013960	TTTG	2	8	12189	12196	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013960	GCTT	2	8	12344	12351	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_013960	CACC	2	8	12510	12517	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
4	NC_013960	ATGG	2	8	15466	15473	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013960	CAGG	2	8	19268	19275	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_013960	TATT	2	8	26469	26476	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013960	TATC	2	8	27796	27803	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_013960	CCAG	2	8	27827	27834	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_013960	CCTC	2	8	30109	30116	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
10	NC_013960	TGCA	2	8	30439	30446	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_013960	GTTG	2	8	35464	35471	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013960	AATG	2	8	36428	36435	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013960	CTTC	2	8	38138	38145	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_013960	CCTG	2	8	43208	43215	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_013960	TATT	2	8	44418	44425	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013960	AAAT	2	8	44685	44692	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013960	AAGG	2	8	44928	44935	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013960	TTAT	2	8	48194	48201	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013960	GAAG	2	8	48206	48213	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013960	CAAT	2	8	51865	51872	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_013960	TAGA	2	8	52214	52221	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013960	TTCC	2	8	57010	57017	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_013960	CCAT	2	8	58861	58868	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_013960	ATAA	2	8	60352	60359	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013960	AGTG	2	8	60638	60645	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013960	TTGG	2	8	60946	60953	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013960	TGAC	2	8	63687	63694	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_013960	AGCA	2	8	64404	64411	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_013960	CTAG	2	8	65372	65379	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_013960	CTAG	2	8	65386	65393	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_013960	GTTT	2	8	70985	70992	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013960	GCAT	2	8	73537	73544	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_013960	GAAA	2	8	74208	74215	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013960	AGCC	2	8	74319	74326	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_013960	AAAT	2	8	75562	75569	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013960	ATCC	2	8	75608	75615	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_013960	AGAA	2	8	76867	76874	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013960	AGCA	2	8	77353	77360	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_013960	TCTT	2	8	77516	77523	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_013960	CGGT	2	8	77937	77944	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_013960	CAGG	2	8	78604	78611	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_013960	TAAT	2	8	78698	78705	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013960	TTTA	2	8	90723	90730	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013960	GTTA	2	8	92100	92107	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013960	ATTT	2	8	94768	94775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013960	AGTA	2	8	95918	95925	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013960	CGGT	2	8	96211	96218	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_013960	AAAT	2	8	96921	96928	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013960	GTAA	2	8	101364	101371	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013960	CGGG	2	8	103015	103022	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_013960	CCCG	2	8	103043	103050	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
52	NC_013960	CTTT	2	8	103228	103235	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_013960	TTTC	2	8	108682	108689	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_013960	TCGG	2	8	120553	120560	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_013960	ATTC	2	8	121365	121372	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_013960	CCTA	2	8	121845	121852	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_013960	TGAA	2	8	125646	125653	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013960	AAAT	2	8	126406	126413	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013960	TATT	2	8	129223	129230	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013960	CTAC	2	8	129456	129463	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013960	GGAG	2	8	130063	130070	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013960	CATG	2	8	130208	130215	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_013960	GCTC	2	8	131366	131373	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_013960	CTAC	2	8	132143	132150	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_013960	CGTA	3	12	132169	132180	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_013960	TTTC	2	8	132849	132856	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_013960	GATC	2	8	134414	134421	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_013960	AAGA	2	8	134811	134818	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013960	CTCC	2	8	134871	134878	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
70	NC_013960	TCGC	2	8	136200	136207	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_013960	GACT	2	8	136360	136367	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_013960	TTTC	2	8	136489	136496	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_013960	GTGC	2	8	137042	137049	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_013960	TGGC	2	8	137276	137283	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_013960	AAAT	2	8	137591	137598	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013960	GAAA	2	8	148040	148047	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013960	CTTA	2	8	149012	149019	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_013960	TTGT	2	8	150002	150009	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013960	AGCA	2	8	150027	150034	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_013960	TTGG	2	8	150039	150046	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013960	TGCT	2	8	150827	150834	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_013960	TATG	2	8	150837	150844	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013960	ACCG	2	8	151151	151158	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_013960	AGGA	2	8	151482	151489	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013960	TTAT	2	8	153387	153394	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013960	TGGG	2	8	155725	155732	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013960	AGGG	2	8	157726	157733	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013960	CTGG	2	8	157943	157950	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_013960	TGCT	2	8	158374	158381	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_013960	TTTC	2	8	160527	160534	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_013960	TCCT	2	8	160615	160622	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_013960	GAAG	2	8	160638	160645	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013960	ATTT	2	8	161097	161104	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013960	TCCT	2	8	161444	161451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_013960	TCAG	2	8	163160	163167	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_013960	CCGC	2	8	167893	167900	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
97	NC_013960	GCGG	2	8	167911	167918	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
98	NC_013960	AAAT	2	8	168408	168415	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013960	GTAT	2	8	168503	168510	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013960	AGTC	2	8	168547	168554	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_013960	GCTA	2	8	169603	169610	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_013960	TTGC	2	8	169693	169700	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_013960	TGTC	2	8	173426	173433	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_013960	GTTT	2	8	173843	173850	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013960	CTTA	2	8	174766	174773	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_013960	CACT	2	8	175607	175614	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_013960	AATG	2	8	181153	181160	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013960	ACCG	2	8	181815	181822	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_013960	TGGT	2	8	182570	182577	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013960	TAAG	2	8	184670	184677	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013960	TGAT	2	8	188601	188608	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013960	TTCA	2	8	198388	198395	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_013960	TTGT	2	8	198589	198596	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013960	CAGG	2	8	200134	200141	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_013960	GTTG	2	8	200364	200371	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013960	TGCC	2	8	200703	200710	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_013960	CGCT	2	8	202048	202055	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_013960	CCTC	2	8	206260	206267	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
119	NC_013960	GCCC	2	8	207291	207298	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
120	NC_013960	ACCT	2	8	207391	207398	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_013960	AGGT	2	8	208520	208527	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013960	GAGC	2	8	208847	208854	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_013960	ATGA	2	8	209389	209396	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013960	TAAC	2	8	211238	211245	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_013960	TCTT	2	8	211492	211499	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_013960	ATGC	2	8	211610	211617	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_013960	CGTT	2	8	211731	211738	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_013960	TGGT	2	8	211869	211876	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013960	CTGG	2	8	214097	214104	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_013960	CTGT	2	8	214188	214195	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_013960	TTAT	2	8	215454	215461	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013960	CTTA	2	8	222559	222566	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_013960	GGCA	2	8	235264	235271	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_013960	ATTA	2	8	242370	242377	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013960	ATTT	2	8	243862	243869	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013960	ATCC	2	8	245242	245249	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_013960	CTTT	2	8	248988	248995	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_013960	TGAA	2	8	250445	250452	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013960	CTTC	2	8	251087	251094	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_013960	CGGT	2	8	251109	251116	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_013960	ACTG	2	8	257256	257263	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_013960	GTGG	2	8	257477	257484	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013960	CAAG	2	8	257846	257853	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_013960	CAAA	2	8	257864	257871	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_013960	CTTC	2	8	258317	258324	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_013960	TGTC	2	8	259788	259795	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_013960	TTCA	2	8	269253	269260	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_013960	CTAT	2	8	271549	271556	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_013960	GAAG	2	8	274175	274182	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_013960	TATT	2	8	274687	274694	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_013960	TGGT	2	8	274780	274787	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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