MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 plasmid pNHAL01

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013958	TAT	2	6	147	152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013958	GGT	2	6	6277	6282	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013958	ATC	2	6	6377	6382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013958	GCA	2	6	6475	6480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_013958	TTG	2	6	6591	6596	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013958	TTG	2	6	8561	8566	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013958	GCG	2	6	9959	9964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_013958	ATA	2	6	11090	11095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013958	TCT	2	6	11116	11121	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013958	CTG	2	6	11256	11261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_013958	GAT	2	6	11267	11272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013958	ATT	2	6	11824	11829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013958	CTT	2	6	11854	11859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_013958	GAA	3	9	12088	12096	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013958	CTT	2	6	13106	13111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013958	TTA	2	6	13178	13183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013958	ATT	2	6	13606	13611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013958	GGA	2	6	13689	13694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013958	TAA	2	6	14466	14471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013958	ACA	2	6	14485	14490	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_013958	AAC	2	6	15295	15300	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013958	GAA	2	6	15320	15325	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013958	CCT	2	6	16126	16131	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_013958	ACT	2	6	16414	16419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_013958	TTC	2	6	16826	16831	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_013958	AAG	2	6	17653	17658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013958	TCT	2	6	17660	17665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_013958	TCC	2	6	21920	21925	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_013958	ATT	2	6	22026	22031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013958	GGC	2	6	22588	22593	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013958	TCA	2	6	22697	22702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013958	ATT	2	6	22720	22725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013958	AGT	2	6	22739	22744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013958	CGG	2	6	23452	23457	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_013958	ACC	2	6	23462	23467	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_013958	CCA	2	6	23542	23547	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_013958	CAA	2	6	24192	24197	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_013958	AGA	2	6	24471	24476	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013958	ACT	2	6	24713	24718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013958	TTC	2	6	24737	24742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_013958	GAA	2	6	24812	24817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013958	TCA	2	6	26208	26213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_013958	CCA	2	6	26288	26293	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_013958	AGG	2	6	27736	27741	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013958	TAC	2	6	27746	27751	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013958	CAA	2	6	27801	27806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013958	ATT	2	6	27896	27901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013958	AAG	2	6	27916	27921	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013958	GAT	2	6	30246	30251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013958	CAC	2	6	30308	30313	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_013958	GCT	2	6	30334	30339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013958	TTG	2	6	30394	30399	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013958	GAT	2	6	32532	32537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013958	TGA	2	6	34154	34159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013958	CAT	2	6	35303	35308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013958	TTA	2	6	36031	36036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013958	TCC	2	6	36383	36388	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_013958	TGA	2	6	36459	36464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013958	CCA	2	6	36468	36473	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_013958	CGG	3	9	36474	36482	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_013958	GAA	2	6	36570	36575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013958	ATG	3	9	36636	36644	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013958	GGA	2	6	36673	36678	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013958	ACA	2	6	36911	36916	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013958	ATT	2	6	36932	36937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013958	GGC	2	6	36938	36943	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013958	TAT	2	6	36994	36999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013958	AGC	2	6	37089	37094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013958	AAC	2	6	37095	37100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_013958	AAC	2	6	37163	37168	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_013958	AAT	2	6	37274	37279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013958	ATT	2	6	37439	37444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013958	CCT	2	6	37800	37805	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_013958	GGC	2	6	37898	37903	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_013958	CCG	2	6	37926	37931	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_013958	AGG	2	6	38400	38405	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013958	CAC	2	6	38406	38411	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_013958	CAT	2	6	39606	39611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_013958	GCA	2	6	39825	39830	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_013958	ACA	2	6	41131	41136	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_013958	ACA	2	6	41262	41267	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_013958	TCG	2	6	42150	42155	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_013958	AAT	2	6	42968	42973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013958	ACC	2	6	44853	44858	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_013958	CGC	2	6	45042	45047	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_013958	CAG	2	6	45114	45119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_013958	GGT	2	6	45740	45745	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013958	AAT	2	6	45812	45817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013958	CCT	2	6	47130	47135	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_013958	GGA	2	6	47154	47159	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013958	GTT	2	6	50202	50207	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013958	GAT	2	6	50288	50293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013958	CTG	2	6	51934	51939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_013958	ATC	2	6	51948	51953	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_013958	TCG	2	6	52332	52337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_013958	CTT	2	6	52368	52373	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_013958	GCG	2	6	52386	52391	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_013958	TGC	2	6	53375	53380	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_013958	GAA	2	6	53480	53485	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013958	CAC	2	6	53589	53594	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_013958	CCG	2	6	53669	53674	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_013958	GGA	2	6	53730	53735	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013958	CGG	2	6	53809	53814	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_013958	CGA	2	6	53819	53824	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_013958	CGG	2	6	54075	54080	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_013958	TTG	2	6	54225	54230	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013958	ATA	2	6	54237	54242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013958	GCT	2	6	54391	54396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_013958	ACG	2	6	54594	54599	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_013958	TAA	2	6	54671	54676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013958	TCA	2	6	65644	65649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_013958	ATT	2	6	65695	65700	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013958	CCA	2	6	65710	65715	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_013958	GGT	2	6	65788	65793	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013958	CAA	2	6	65820	65825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.