MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF plasmid pNTHE01

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010715	TTTC	2	8	39	46	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_010715	TAAA	2	8	73	80	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010715	AATT	2	8	113	120	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010715	TA	3	6	208	213	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010715	TTTG	2	8	241	248	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010715	CTT	2	6	268	273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010715	CCT	2	6	323	328	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_010715	TTC	2	6	359	364	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010715	TCTT	2	8	413	420	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_010715	ATC	2	6	457	462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_010715	TATT	2	8	475	482	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010715	CTT	2	6	531	536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_010715	TCT	2	6	672	677	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_010715	T	7	7	735	741	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010715	AT	3	6	745	750	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010715	TA	3	6	829	834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010715	TAA	2	6	937	942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010715	AAAT	2	8	984	991	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010715	TAT	2	6	994	999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010715	TAAA	2	8	1000	1007	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010715	TAA	2	6	1094	1099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010715	ATT	2	6	1142	1147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010715	ATT	2	6	1163	1168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010715	TTA	2	6	1182	1187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010715	TTA	2	6	1236	1241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010715	TTC	2	6	1247	1252	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_010715	GTTT	2	8	1283	1290	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010715	TCT	2	6	1323	1328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_010715	T	8	8	1328	1335	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010715	TC	3	6	1377	1382	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010715	TAT	2	6	1412	1417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010715	ATTT	2	8	1450	1457	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010715	TCT	2	6	1473	1478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010715	TAA	2	6	1506	1511	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010715	CTG	2	6	1516	1521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_010715	TTA	2	6	1543	1548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010715	CTT	2	6	1600	1605	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010715	CAG	2	6	1699	1704	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_010715	AAT	2	6	1742	1747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010715	TCTG	2	8	1764	1771	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_010715	TA	3	6	1791	1796	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010715	TGA	2	6	1827	1832	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010715	TTC	2	6	1848	1853	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010715	TC	3	6	1857	1862	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_010715	TAA	2	6	1866	1871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010715	TTGA	2	8	1883	1890	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010715	AAT	2	6	1938	1943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010715	AAC	2	6	1999	2004	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010715	TCC	2	6	2026	2031	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_010715	CTA	2	6	2048	2053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_010715	ATA	2	6	2094	2099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010715	TA	3	6	2124	2129	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010715	ATTTC	2	10	2146	2155	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_010715	CAT	2	6	2168	2173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010715	TGTACC	2	12	2229	2240	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_010715	AAC	2	6	2259	2264	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_010715	ATCTTC	2	12	2265	2276	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_010715	GCA	2	6	2305	2310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010715	CTG	2	6	2372	2377	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_010715	AAAG	2	8	2397	2404	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010715	TGT	2	6	2569	2574	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010715	TCT	3	9	2650	2658	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010715	ATTAC	2	10	2674	2683	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010715	GCT	3	9	2785	2793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010715	TCA	2	6	2941	2946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010715	TC	3	6	2966	2971	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_010715	ATC	2	6	3021	3026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010715	TTC	2	6	3069	3074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010715	ATT	2	6	3075	3080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010715	TAC	2	6	3129	3134	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_010715	A	7	7	3217	3223	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010715	CTT	2	6	3254	3259	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010715	TTC	2	6	3306	3311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010715	GTA	2	6	3349	3354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010715	ATC	2	6	3390	3395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010715	TCA	2	6	3406	3411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010715	AAT	2	6	3561	3566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010715	CTT	2	6	3575	3580	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010715	TCT	2	6	3595	3600	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_010715	A	6	6	3676	3681	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010715	TCA	2	6	3739	3744	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_010715	TTC	2	6	3771	3776	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010715	AT	3	6	3823	3828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010715	AAG	2	6	3878	3883	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010715	GTA	2	6	3907	3912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010715	ACA	2	6	3976	3981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010715	ACA	2	6	4003	4008	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010715	TTC	2	6	4053	4058	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010715	AGG	2	6	4302	4307	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010715	TTG	2	6	4349	4354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010715	CTTC	2	8	4364	4371	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_010715	CAAT	2	8	4441	4448	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_010715	ATT	2	6	4500	4505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010715	AGT	2	6	4539	4544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010715	TC	3	6	4566	4571	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_010715	A	6	6	4588	4593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010715	TTTCTT	2	12	4661	4672	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010715	CTA	2	6	4676	4681	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010715	CTCCAT	2	12	4726	4737	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010715	AT	3	6	4736	4741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010715	A	6	6	4745	4750	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010715	TCA	2	6	4765	4770	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_010715	CT	3	6	4815	4820	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_010715	TTG	2	6	4857	4862	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010715	CCT	2	6	5954	5959	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_010715	TA	3	6	5986	5991	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010715	CTG	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_010715	CTT	2	6	6014	6019	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_010715	T	7	7	6051	6057	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010715	AAT	2	6	6058	6063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010715	ACC	2	6	6631	6636	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_010715	ATCCCG	2	12	6661	6672	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_010715	A	6	6	6681	6686	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010715	A	7	7	6694	6700	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010715	AT	3	6	6812	6817	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010715	ATG	2	6	7051	7056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010715	ACC	2	6	7066	7071	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_010715	A	6	6	7186	7191	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010715	ATA	2	6	7199	7204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010715	A	6	6	7268	7273	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010715	AT	3	6	7329	7334	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010715	T	6	6	7354	7359	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010715	TC	3	6	7361	7366	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_010715	C	8	8	7368	7375	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
125	NC_010715	CATT	2	8	7487	7494	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_010715	A	6	6	9494	9499	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010715	CCT	2	6	9502	9507	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_010715	TA	3	6	9552	9557	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010715	ATA	2	6	9615	9620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010715	AG	3	6	9631	9636	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010715	CT	3	6	9670	9675	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_010715	CTA	2	6	9685	9690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_010715	CTAC	3	12	9724	9735	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_010715	CTAA	2	8	10227	10234	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_010715	TA	3	6	10240	10245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010715	CCT	2	6	10248	10253	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_010715	A	6	6	10293	10298	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010715	TGT	2	6	11498	11503	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010715	TGT	2	6	11511	11516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010715	ATCA	2	8	11534	11541	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_010715	CCT	2	6	12521	12526	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_010715	TCTAT	2	10	12582	12591	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_010715	ATTAA	2	10	12629	12638	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010715	TGT	2	6	12652	12657	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010715	TTTAG	2	10	12669	12678	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010715	A	7	7	12844	12850	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010715	T	7	7	12863	12869	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010715	TTGT	2	8	12881	12888	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010715	TAC	2	6	13049	13054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_010715	ACA	2	6	13108	13113	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_010715	AGTT	2	8	13199	13206	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_010715	TGA	2	6	13287	13292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_010715	GTT	2	6	13294	13299	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_010715	AGTTA	2	10	13316	13325	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_010715	TGT	2	6	13332	13337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_010715	TTG	2	6	13414	13419	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_010715	A	6	6	13430	13435	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_010715	AC	3	6	13449	13454	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
159	NC_010715	CA	3	6	13474	13479	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
160	NC_010715	T	6	6	13483	13488	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_010715	ATTA	2	8	13495	13502	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_010715	T	6	6	13582	13587	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_010715	TTG	2	6	13605	13610	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_010715	A	6	6	14075	14080	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_010715	TCC	2	6	14081	14086	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
166	NC_010715	AGG	2	6	14833	14838	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
167	NC_010715	ACA	2	6	14849	14854	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_010715	AAT	2	6	14884	14889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_010715	C	7	7	14917	14923	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
170	NC_010715	AATCGA	2	12	14927	14938	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
171	NC_010715	TTTCGA	2	12	14939	14950	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
172	NC_010715	AT	3	6	15560	15565	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_010715	A	6	6	15583	15588	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_010715	T	6	6	15597	15602	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_010715	T	7	7	15608	15614	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_010715	CCT	2	6	15626	15631	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
177	NC_010715	A	6	6	15668	15673	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_010715	ATT	2	6	15700	15705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_010715	CTTT	2	8	15709	15716	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
180	NC_010715	ATTT	2	8	15774	15781	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_010715	TGT	2	6	15804	15809	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_010715	ACC	2	6	15982	15987	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
183	NC_010715	CTT	2	6	16739	16744	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_010715	A	6	6	16746	16751	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_010715	AGTTC	2	10	16779	16788	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
186	NC_010715	TTA	2	6	16796	16801	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_010715	TTA	2	6	16808	16813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_010715	TA	3	6	16889	16894	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_010715	TA	3	6	16994	16999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_010715	ATA	2	6	17029	17034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_010715	TATT	2	8	17089	17096	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_010715	ATT	2	6	17105	17110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_010715	TTA	2	6	17133	17138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_010715	A	8	8	17153	17160	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_010715	TA	3	6	17192	17197	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_010715	TTC	3	9	17199	17207	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.